source: trunk/www/admin/annotationtypes/view_annotationtype.jsp @ 5941

Last change on this file since 5941 was 5941, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

View pages for all items in the Adminstrate menu.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 14.7 KB
Line 
1<%-- $Id: view_annotationtype.jsp 5941 2012-02-01 13:26:23Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.Include"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Permission"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationTypeCategory"
36  import="net.sf.basedb.core.User"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
41  import="net.sf.basedb.core.Group"
42  import="net.sf.basedb.core.Project"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Values"
54  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
61  import="java.util.Map"
62  import="java.util.Collections"
63  import="java.util.Date"
64  import="java.util.Set"
65  import="java.util.List"
66%>
67<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
68<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
69<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
70<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.ANNOTATIONTYPE;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
75%>
76<%
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
78final String ID = sc.getId();
79final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
80final int itemId = cc.getId();
81final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
82final float scale = Base.getScale(sc);
83final DbControl dc = sc.newDbControl();
84try
85{
86  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
87
88  String title = null;
89  AnnotationType annotationType = AnnotationType.getById(dc, itemId);
90 
91  final boolean writePermission = annotationType.hasPermission(Permission.WRITE);
92  final boolean deletePermission = annotationType.hasPermission(Permission.DELETE);
93  final boolean sharePermission = annotationType.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
94  final boolean setOwnerPermission = annotationType.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
95  final boolean isOwner = annotationType.isOwner();
96  final boolean isRemoved = annotationType.isRemoved();
97  final boolean isUsed = isRemoved && annotationType.isUsed();
98  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
99  Formatter dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
100  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, annotationType);
101  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
102  %>
103  <base:page title="<%=title%>">
104  <base:head scripts="tabcontrol.js ,table.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
105    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
106    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
107    <script language="JavaScript">
108    function editItem()
109    {
110      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
111    }
112    function shareItem()
113    {
114      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareAnnotationType', 600, 400);
115    }
116    function deleteItem()
117    {
118      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
119    }
120    function restoreItem()
121    {
122      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
123    }
124    function deleteItemPermanently()
125    {
126      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
127    }
128    function itemDeleted()
129    {
130      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
131    }
132    function showUsingItems()
133    {
134      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
135    }
136    function setOwner()
137    {
138      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
139    }
140    function runPlugin(cmd)
141    {
142      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
143    }
144    function switchTab(tabControlId, tabId)
145    {
146      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
147      if (tabId == 'history' && tabId != '<%=tab%>')
148      {
149        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
150      }
151      else
152      {
153        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
154      }
155    }
156    </script>
157  </base:head>
158  <base:body>
159    <p:path><p:pathelement 
160      title="Annotation types" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
161      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(annotationType.getName())%>" 
162      /></p:path>
163   
164    <t:tabcontrol 
165      id="main" 
166      subclass="content mastertabcontrol" 
167      active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
168    <t:tab id="properties" title="Properties">
169      <div>
170      <table class="fullform bottomborder">
171      <tr>
172        <th class="itemstatus">
173          <base:icon 
174            image="shared.gif" 
175            visible="<%=annotationType.isShared()%>"
176            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
177          />
178          <base:icon 
179            image="deleted.gif"
180            onclick="deleteItemPermanently()"
181            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
182            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
183            visible="<%=isRemoved%>" 
184          />
185          <base:icon image="used.gif" 
186            onclick="showUsingItems()"
187            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
188            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
189        </th>
190        <td style="padding: 0px;">
191          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
192            <tbl:button 
193              disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
194              image="edit.gif" 
195              onclick="editItem()" 
196              title="Edit&hellip;" 
197              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this annotation type" : "You do not have permission to edit this annotation type"%>" 
198            />
199            <tbl:button 
200              disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
201              image="delete.gif" 
202              onclick="deleteItem()" 
203              title="Delete"
204              visible="<%=!annotationType.isRemoved()%>"
205              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this annotation type" : "You do not have permission to delete this annotation type"%>" 
206            />
207            <tbl:button 
208              disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
209              image="restore.gif" 
210              onclick="restoreItem()" 
211              title="Restore"
212              visible="<%=annotationType.isRemoved()%>"
213              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this annotation type" : "You do not have permission to restore this annotation type"%>" 
214            />
215            <tbl:button 
216              disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
217              image="share.gif"
218              onclick="shareItem()" 
219              title="Share&hellip;" 
220              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this annotation type to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this annotation type"%>"
221            />
222            <tbl:button 
223              disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
224              image="take_ownership.png"
225              onclick="setOwner()" 
226              title="Set ownership&hellip;"
227              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Set owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
228            />
229            <tbl:button 
230              image="import.gif" 
231              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
232              title="Import&hellip;" 
233              tooltip="Import data" 
234              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
235            />
236            <tbl:button 
237              image="export.gif" 
238              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
239              title="Export&hellip;" 
240              tooltip="Export data" 
241              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
242            />
243            <tbl:button 
244              image="runplugin.gif" 
245              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
246              title="Run plugin&hellip;" 
247              tooltip="Run a plugin" 
248              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
249            />
250            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
251              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
252            <tbl:button
253              image="help.png"
254              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'annotationtype.view.properties')"%>"
255              title="Help&hellip;"
256              tooltip="Get help about this page"
257            />
258          </tbl:toolbar>
259        </td>
260      </tr>
261      <tr>
262        <th>Name</th>
263        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getName())%></td>
264      </tr>
265      <tr>
266        <th>Registered</th>
267        <td><%=dateFormatter.format(annotationType.getEntryDate())%></td>
268      </tr>
269      <tr>
270        <th>External ID</th>
271        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getExternalId())%></td>
272      </tr>
273      <tr>
274        <th>Value type</th>
275        <td><%=annotationType.getValueType()%></td>
276      </tr>
277      <tr>
278        <th>Default unit</th>
279        <td>
280          <%
281          if (annotationType.supportUnits())
282          {
283            %>
284            <base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="quantity" />
285            ›
286            <base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="defaultUnit"  />
287            <%
288          }
289          else
290          {
291            %>
292            <i>- none -</i>
293            <%
294          }
295          %>
296        </td>
297      </tr>
298      <tr>
299        <th>Enumeration</th>
300        <td><%=annotationType.isEnumeration() ? 
301          HTML.encodeTags(Values.getString((List)annotationType.getValues(), ", ", true, 
302            (Formatter)FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, annotationType.getValueType()))) : "no"%></td>
303      </tr>
304      <tr>
305        <th>Default value</th>
306        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getDefaultValue())%></td>
307      </tr>
308      <tr>
309        <th>Multiplicity</th>
310        <td><%=annotationType.getMultiplicity() == 0 ? "<i>- unlimited -</i>" : annotationType.getMultiplicity()%></td>
311      </tr>
312      <tr>
313        <th>Required by MIAME</th>
314        <td><%=annotationType.isRequiredForMiame() ? "yes" : "no"%></td>
315      </tr>
316      <tr>
317        <th>Protocol parameter</th>
318        <td><%=annotationType.isProtocolParameter() ? "yes" : "no"%></td>
319      </tr>
320      <tr>
321        <th>Items</th>
322        <td><%=Values.getString(annotationType.getEnabledItems(), ", ", true)%></td>
323      </tr>
324      <tr>
325        <th>Owner</th>
326        <td><base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="owner" /></td>
327      </tr>
328      <tr>
329        <th>Permissions</th>
330        <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(annotationType)%></td>
331      </tr>
332      <tr >
333        <th>Description</th>
334        <td><%=HTML.niceFormat(annotationType.getDescription())%></td>
335      </tr>
336      </table>
337      </div>
338      <%
339      ItemQuery<AnnotationTypeCategory> categoryQuery = 
340        annotationType.getCategories();
341      categoryQuery.include(Include.ALL);
342      categoryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
343      ItemResultList<AnnotationTypeCategory> categories = categoryQuery.list(dc);
344      %>
345      <base:section 
346        id="categories" 
347        title="<%="Categories (" + categories.size() + ")"%>"
348        context="<%=cc%>"
349        >
350        <%
351        if (categories.size() == 0)
352        {
353          %>
354          <div class="messagecontainer note">
355          This annotation type isn't a member of any category (or, you don't have permission to view them).
356          </div>
357          <%
358        }
359        else
360        {
361          %>
362          <tbl:table
363            id="members"
364            columns="all"
365            >
366          <tbl:columndef 
367            id="name"
368            title="Name"
369          />
370          <tbl:columndef 
371            id="description"
372            title="Description"
373          />
374          <tbl:data>
375            <tbl:headers>
376              <tbl:headerrow>
377                <tbl:columnheaders />
378              </tbl:headerrow>
379            </tbl:headers>
380            <tbl:rows>
381            <%
382            for (AnnotationTypeCategory category : categories)
383            {
384              %>
385              <tbl:row>
386                <tbl:cell column="name"><base:icon 
387                    image="deleted.gif" 
388                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
389                    visible="<%=category.isRemoved()%>"
390                  /><%=Base.getLinkedName(ID, category, false, true)%></tbl:cell>
391                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(category.getDescription())%></tbl:cell>
392              </tbl:row>
393              <%
394            }
395            %>
396            </tbl:rows>
397          </tbl:data>
398          </tbl:table>
399          <%
400        }
401        %>
402      </base:section>
403      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
404        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
405        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
406        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
407        <jsp:param name="title" value="Other items related to this annotation type" />
408      </jsp:include>
409      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
410        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
411        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
412        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
413        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
414      </jsp:include>
415      </t:tab>
416      <t:tab id="history" title="Change history" 
417        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
418        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
419        <%
420        if ("history".equals(tab))
421        {
422          %>
423          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
424            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
425            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
426            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
427          </jsp:include>
428          <%
429        }
430        %>
431      </t:tab>
432      </t:tabcontrol>
433
434  </base:body>
435  </base:page>
436  <%
437}
438finally
439{
440  if (dc != null) dc.close();
441}
442
443%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.