source: trunk/www/admin/itemsubtypes/list_subtypes.jsp @ 7943

Last change on this file since 7943 was 7943, checked in by Nicklas Nordborg, 9 months ago

Merged BASE 3.18.1 to the trunk.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_subtypes.jsp 7943 2021-05-04 12:23:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @since 3.0
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
30  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
32  import="net.sf.basedb.core.Include"
33  import="net.sf.basedb.core.Type"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
37  import="net.sf.basedb.core.Permission"
38  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
39  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
40  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
46  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
47  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
51  import="net.sf.basedb.util.Values"
52  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
62  import="java.util.Date"
63  import="java.util.List"
64  import="java.util.Map"
65%>
66<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
67<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
68<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
69<%!
70  private static final Item itemType = Item.ITEMSUBTYPE;
71  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
72  private static final Enumeration<String, String> items = new Enumeration<String, String>();
73  static
74  {
75    for (Item item : Metadata.getSubtypableItems())
76    {
77      items.add(Integer.toString(item.getValue()), item.toString());
78    }
79  }
80%>
81<%
82final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
83final String ID = sc.getId();
84final boolean writePermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, itemType);
85final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
86final boolean deletePermission = sc.hasPermission(Permission.DELETE, itemType);
87final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
88
89final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
90final String callback = request.getParameter("callback");
91final String title = mode.generateTitle("item subtype", "item subtypes");
92final DbControl dc = sc.newDbControl();
93ItemResultIterator<ItemSubtype> subtypes = null;
94try
95{
96  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
97
98  ItemQuery<ItemSubtype> relatedQuery = ItemSubtype.getQuery(null);
99  relatedQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "pp"));
100  relatedQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pp"), Hql.entityParameter("subtype", Item.ITEMSUBTYPE)));
101  relatedQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
102  relatedQuery.include(cc.getInclude());
103 
104  final ItemQuery<DataFileType> fileTypesQuery = DataFileType.getQuery();
105  fileTypesQuery.include(cc.getInclude());
106  fileTypesQuery.join(Hql.innerJoin("itemSubtypes", "ist"));
107  fileTypesQuery.join(Hql.innerJoin("ist", "itemSubtype", "ist2"));
108  fileTypesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("ist2"), Expressions.parameter("subtype")));
109  fileTypesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
110
111  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
112  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
113  try
114  {
115    final ItemQuery<ItemSubtype> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, ItemSubtype.getQuery(null), mode);
116    subtypes = query.iterate(dc);
117  }
118  catch (Throwable t)
119  {
120    cc.setMessage(t.getMessage());
121    t.printStackTrace();
122  }
123  int numListed = 0;
124  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
125  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<ItemSubtype,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
126  %>
127  <base:page title="<%=title==null ? "Item subtypes" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
128  <base:head scripts="table.js,~subtypes.js" styles="table.css,toolbar.css">
129    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
130    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
131  </base:head>
132 
133  <base:body>
134    <h1><%=title==null ? "Item subtypes" : title%></h1>
135    <div class="content">
136    <tbl:table 
137      id="subtypes" 
138      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
139      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
140      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
141      action="index.jsp"
142      sc="<%=sc%>"
143      item="<%=itemType%>"
144      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
145      subclass="fulltable"
146      stickyheaders="name"
147      >
148      <tbl:hidden 
149        name="mode" 
150        value="<%=mode.getName()%>" 
151      />
152      <tbl:hidden 
153        name="callback" 
154        value="<%=callback%>" 
155        skip="<%=callback == null%>" 
156      />
157      <tbl:columndef 
158        id="name"
159        property="name"
160        datatype="string"
161        title="Name"
162        sortable="true" 
163        filterable="true"
164        exportable="true"
165        show="always" 
166      />
167      <tbl:columndef 
168        id="id"
169        clazz="uniquecol"
170        property="id"
171        datatype="int"
172        title="ID"
173        sortable="true"
174        filterable="true"
175        exportable="true"
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="entryDate"
179        property="entryDate"
180        datatype="date"
181        title="Registered"
182        sortable="true" 
183        filterable="true"
184        exportable="true"
185        formatter="<%=dateFormatter%>"
186      />
187      <tbl:columndef 
188        id="systemId"
189        clazz="uniquecol"
190        property="systemId"
191        datatype="string"
192        title="System ID"
193        sortable="true"
194        filterable="true"
195        exportable="true"
196      />
197      <tbl:columndef 
198        id="itemType"
199        property="itemType"
200        datatype="int"
201        title="Main item type"
202        enumeration="<%=items%>"
203        sortable="true"
204        filterable="true"
205        exportable="true"
206      />
207      <tbl:columndef 
208        id="pushAnnotations"
209        property="pushAnnotations"
210        datatype="boolean"
211        title="Push annotations to parent"
212        sortable="true"
213        filterable="true"
214        exportable="true"
215      />
216      <tbl:columndef 
217        id="relatedTypes"
218        property="&relatedSubtypes(name)"
219        datatype="string"
220        title="Related item types"
221        filterable="true"
222        exportable="true"
223      />     
224      <tbl:columndef
225        id="dataFileTypes"
226        title="File types"
227        property="&fileTypes(dataFileType.name)"
228        datatype="string"
229        filterable="true"
230        exportable="true"
231      />
232      <tbl:columndef 
233        id="description"
234        property="description"
235        datatype="string"
236        title="Description" 
237        sortable="true" 
238        filterable="true" 
239        exportable="true"
240      />
241      <tbl:columndef 
242        id="xt-columns" 
243        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
244        jspcontext="<%=jspContext%>" 
245      />
246      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
247        <tbl:toolbar
248          subclass="bottomborder"
249          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
250          >
251          <tbl:button
252            id="btnNewItem"
253            visible="<%=!mode.isSelectionMode() %>"
254            disabled="<%=createPermission ? false : true %>"
255            image="new.png"
256            title="New&hellip;" 
257            tooltip="<%=createPermission ? "Create new item subtype" : "You do not have permission to create item subtypes"%>"
258          />
259          <tbl:button
260            id="btnDeleteItems"
261            disabled="<%=deletePermission ? false : true %>"
262            image="delete.png"
263            title="Delete"
264            tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete item subtypes" %>" 
265          />
266          <tbl:button 
267            id="btnRestoreItems"
268            disabled="<%=!writePermission%>" 
269            image="restore.png" 
270            title="Restore" 
271            tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to edit item subtypes" %>" 
272          />
273          <tbl:button 
274            id="btnColumns"
275            image="columns.png" 
276            title="Columns&hellip;" 
277            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
278          />
279          <tbl:button 
280            id="btnImport"
281            data-plugin-type="IMPORT"
282            image="import.png" 
283            title="Import&hellip;" 
284            tooltip="Import data" 
285            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
286          />
287          <tbl:button 
288            id="btnExport"
289            data-plugin-type="EXPORT"
290            image="export.png" 
291            title="Export&hellip;" 
292            tooltip="Export data" 
293            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
294          />
295          <tbl:button 
296            id="btnRunPlugin"
297            data-plugin-type="OTHER"
298            image="runplugin.png" 
299            title="Run plugin&hellip;" 
300            tooltip="Run a plugin" 
301            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
302          />
303          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
304            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
305        </tbl:toolbar>
306        <tbl:panel>
307          <tbl:presetselector />
308          <tbl:navigator
309            page="<%=cc.getPage()%>" 
310            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
311            totalrows="<%=subtypes == null ? 0 : subtypes.getTotalCount()%>" 
312            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
313          />
314        </tbl:panel>
315      </div>
316      <tbl:data>
317        <tbl:headers>
318          <tbl:headerrow>
319            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
320            <tbl:columnheaders />
321          </tbl:headerrow>
322          <%
323          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
324          int numRows = cc.getFilterRows();
325          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
326          {
327            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
328            %>
329            <tbl:headerrow>
330              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
331                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
332                  <div class="index"></div>
333                  <div class="check">
334                    <base:icon 
335                      subclass="link table-check"
336                      image="check_uncheck.png" 
337                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
338                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
339                    />
340                  </div>
341                  <div class="icons">
342                    <base:icon
343                      subclass="link table-filter-row-action"
344                      image="add.png"
345                      tooltip="Add extra filter row"
346                      visible="<%=lastRow%>"
347                    /><base:icon
348                      subclass="link table-filter-row-action"
349                      image="remove.png"
350                      tooltip="Remove this filter row"
351                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
352                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
353                    />
354                  </div>
355                </div>
356              </tbl:header>
357              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
358            </tbl:headerrow>
359            <%
360          }
361          %>
362          <tbl:columnsubtitles />
363        </tbl:headers>
364        <tbl:rows>
365          <%
366          if (cc.getMessage() != null)
367          {
368            %>
369            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
370              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
371            </tbl:panel>
372            <%
373            cc.setMessage(null);
374          }
375          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
376          int selectedItemId = cc.getId();
377          if (subtypes != null)
378          {
379           
380            while (subtypes.hasNext())
381            {
382              ItemSubtype item = subtypes.next();
383              int itemId = item.getId();
384              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
385             
386              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
387              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
388                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
389              index++;
390              numListed++;
391              %>
392              <tbl:row>
393                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
394                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
395                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
396                    <div class="check">
397                      <base:input
398                        type="checkbox" 
399                        name="<%=itemId%>" 
400                        value="<%=itemId%>" 
401                        title="<%=name%>" 
402                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
403                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
404                      />
405                      <base:input 
406                        type="radio" 
407                        name="item_id" 
408                        value="<%=itemId%>" 
409                        title="<%=name%>" 
410                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
411                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
412                      />
413                    </div>
414                    <div class="icons">
415                      <base:icon 
416                        image="deleted.png"
417                        id="<%="delete."+itemId %>"
418                        subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
419                        data-item-id="<%=itemId%>"
420                        tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
421                        visible="<%=item.isRemoved()%>"
422                      /><base:icon
423                        image="systemitem.png"
424                        tooltip="This item is a system item"
425                        visible="<%=item.isSystemItem()%>" 
426                      />
427                    </div>
428                  </div>
429                </tbl:header>
430                <tbl:cell column="name"><div 
431                  class="link table-item"
432                  data-item-id="<%=itemId%>"
433                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
434                  tabindex="0"
435                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
436                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
437                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
438                <tbl:cell column="systemId"><%=Values.getString(item.getSystemId())%></tbl:cell>
439                <tbl:cell column="itemType"><%=item.getMainItemType()%></tbl:cell>
440                <tbl:cell column="pushAnnotations"><%=item.getPushAnnotations() %></tbl:cell>
441                <tbl:cell column="relatedTypes">
442                  <%
443                  relatedQuery.setEntityParameter("subtype", item);
444                  String separator = "";
445                  for (ItemSubtype related : relatedQuery.list(dc))
446                  {
447                    out.write(separator);
448                    if (mode.hasPropertyLink())
449                    {
450                      out.write(Base.getLinkedName(ID, related, false, mode.hasEditLink()));
451                    }
452                    else
453                    {
454                      out.write(HTML.encodeTags(related.getName()));
455                    }
456                    out.write(" (" + related.getMainItemType() + ")");
457                    separator = ", ";
458                  }
459                  %>
460                </tbl:cell>
461                <tbl:cell column="dataFileTypes">
462                  <%
463                  fileTypesQuery.setParameter("subtype", itemId, Type.INT);
464                  String separator = "";
465                  for (DataFileType dft : fileTypesQuery.list(dc))
466                  {
467                    out.write(separator);
468                    if (mode.hasPropertyLink())
469                    {
470                      out.write(Base.getLinkedName(ID, dft, false, mode.hasEditLink()));
471                    }
472                    else
473                    {
474                      out.write(HTML.encodeTags(dft.getName()));
475                    }
476                    separator = ", ";
477                  }
478                  %>
479                </tbl:cell>
480                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
481                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
482                  <tbl:cell column="xt-columns" />
483                </tbl:xt-cells>
484              </tbl:row>
485              <%
486              }
487            }
488          if (numListed == 0)
489          {
490            %>
491            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
492              <div class="messagecontainer note">
493              <%=subtypes == null || subtypes.getTotalCount() == 0 ? "No item subtypes were found" : "No item subtypes on this page. Please select another page!" %>
494              </div>
495            </tbl:panel>
496            <%
497          }
498          %>
499        </tbl:rows>
500      </tbl:data>
501    </tbl:table>
502    </div>
503   
504    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
505      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
506      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
507      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
508    </base:buttongroup>
509   
510  </base:body>
511  </base:page>
512  <%
513}
514finally
515{
516  if (subtypes != null) subtypes.close();
517  if (dc != null) dc.close();
518}
519%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.