source: trunk/www/biomaterials/bioplates/events/list_events.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.6 KB
Line 
1<%-- $Id $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23--%>
24<%@page import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventParticipant"%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
30  import="net.sf.basedb.core.BioPlateEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
32  import="net.sf.basedb.core.Include"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
36  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
37  import="net.sf.basedb.core.Permission"
38  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
39  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
40  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
47  import="net.sf.basedb.core.Type"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
55  import="net.sf.basedb.util.Values"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Iterator" 
65  import="java.util.List"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Date"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
72<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.BIOPLATEEVENT;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final int bioPlateId = Values.getInt(request.getParameter("bioplate_id"));
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
81final String ID = sc.getId();
82final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode =  ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("bioplate event", "bioplate events");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<BioPlateEvent> events = null;
90try
91{
92
93  final BioPlate bioPlate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
94  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
95  try
96  {
97    final ItemQuery<BioPlateEvent> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, bioPlate.getEvents(), mode);
98    events = query.iterate(dc);
99  }
100  catch (Throwable t)
101  {
102    cc.setMessage(t.getMessage());
103    t.printStackTrace();
104  }
105  int numListed = 0;
106  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
107  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioPlate);
108  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
109  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
110  %>
111  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
112  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~events.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
113    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
114    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
115  </base:head>
116  <base:body>
117    <%
118    if (!mode.isSelectionMode())
119    {
120      %>
121      <p:path><p:pathelement 
122        title="Bioplates" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
123        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioPlate.getName())%>"
124        /></p:path>
125      <%
126    }
127    else
128    {
129      %>
130      <h1><%=title %></h1>
131      <%
132    }
133    %>
134   
135    <t:tabcontrol 
136      id="main" 
137      subclass="content mastertabcontrol"
138      notabs="<%=mode.isSelectionMode() %>"
139      active="events">
140    <t:tab id="properties" title="Properties" />
141    <t:tab id="annotations" title="Annotations" />       
142    <t:tab id="biowells" title="Wells" />
143    <t:tab id="events" title="Plate events">
144    <tbl:table 
145      id="events" 
146      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
147      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
148      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
149      action="index.jsp"
150      sc="<%=sc%>"
151      item="<%=itemType%>"
152      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
153      subclass="fulltable"
154      >
155      <tbl:hidden 
156        name="mode" 
157        value="<%=mode.getName()%>" 
158      />
159      <tbl:hidden 
160        name="bioplate_id" 
161        value="<%=String.valueOf(bioPlateId)%>" 
162      />
163      <tbl:hidden 
164        name="callback" 
165        value="<%=callback%>" 
166        skip="<%=callback == null%>" 
167      />
168      <tbl:columndef 
169        id="name"
170        property="name"
171        datatype="string"
172        title="Name"
173        sortable="true" 
174        filterable="true"
175        exportable="true"
176        show="always" 
177      />
178      <tbl:columndef 
179        id="id"
180        clazz="uniquecol"
181        property="id"
182        datatype="int"
183        title="ID"
184        sortable="true" 
185        filterable="true"
186        exportable="true" 
187      />
188      <tbl:columndef 
189        id="eventType"
190        property="eventType.name"
191        datatype="string"
192        title="Event type" 
193        sortable="true" 
194        filterable="true" 
195        exportable="true"
196      />     
197      <tbl:columndef 
198        id="role"
199        property="$bpp.role"
200        datatype="string"
201        title="Role" 
202        sortable="true" 
203        filterable="true" 
204        exportable="true"
205      />     
206      <tbl:columndef 
207        id="protocol"
208        property="protocol.name"
209        datatype="string"
210        title="Protocol"
211        sortable="true" 
212        filterable="true"
213        exportable="true"
214      />
215      <tbl:columndef 
216        id="hardware"
217        property="hardware.name"
218        datatype="string"
219        title="Hardware"
220        sortable="true" 
221        filterable="true"
222        exportable="true"
223      />
224      <tbl:columndef 
225        id="eventDate"
226        property="eventDate"
227        datatype="date"
228        title="Date"
229        sortable="true" 
230        filterable="true"
231        exportable="true"
232        formatter="<%=dateFormatter%>"
233      />
234      <tbl:columndef 
235        id="entryDate"
236        property="entryDate"
237        datatype="date"
238        title="Registered"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242        formatter="<%=dateFormatter%>"
243      />
244      <tbl:columndef
245        id="participants"
246        title="Participants"
247        property="&participants(bioPlate.name)"
248        datatype="string"
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />
252      <tbl:columndef 
253        id="owner"
254        property="owner.name"
255        datatype="string"
256        title="Owner"
257        sortable="true" 
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="description"
263        property="description"
264        datatype="string"
265        title="Description" 
266        sortable="true" 
267        filterable="true" 
268        exportable="true"
269      />     
270      <tbl:columndef
271        id="permission"
272        title="Permission"
273      />
274      <tbl:columndef
275        id="sharedTo"
276        title="Shared to"
277        filterable="true"
278        filterproperty="!sharedTo.name"
279        datatype="string"
280      />
281      <tbl:columndef 
282        id="xt-columns" 
283        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
284        jspcontext="<%=jspContext%>" 
285      />
286      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
287        <tbl:toolbar
288          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
289          subclass="bottomborder"
290          >
291          <tbl:button 
292            id="btnDeleteItems"
293            image="delete.png"
294            title="Delete" 
295            tooltip="Delete the selected items" 
296          />
297          <tbl:button 
298            id="btnRestoreItems"
299            image="restore.png"
300            title="Restore" 
301            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
302          />
303          <tbl:button 
304            id="btnShareItems"
305            image="share.png"
306            title="Share&hellip;" 
307            tooltip="Share the selected items"
308          />
309          <tbl:button 
310            id="btnSetOwner"
311            image="take_ownership.png"
312            title="Set owner&hellip;"
313            tooltip="Change owner of the selected items"
314          />
315          <tbl:button 
316            id="btnColumns"
317            image="columns.png" 
318            title="Columns&hellip;" 
319            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
320          />
321          <tbl:button 
322            id="btnImport"
323            data-plugin-type="IMPORT"
324            image="import.png" 
325            title="Import&hellip;" 
326            tooltip="Import data" 
327            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
328          />
329          <tbl:button 
330            id="btnExport"
331            data-plugin-type="EXPORT"
332            image="export.png" 
333            title="Export&hellip;" 
334            tooltip="Export data" 
335            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
336          />
337          <tbl:button 
338            id="btnRunPlugin"
339            data-plugin-type="OTHER"
340            image="runplugin.png" 
341            title="Run plugin&hellip;" 
342            tooltip="Run a plugin" 
343            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
344          />
345          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
346            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
347        </tbl:toolbar>
348        <tbl:panel>
349          <tbl:presetselector />
350          <tbl:navigator
351            page="<%=cc.getPage()%>" 
352            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
353            totalrows="<%=events == null ? 0 : events.getTotalCount()%>" 
354            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
355          />
356        </tbl:panel>
357      </div>
358      <tbl:data>
359        <tbl:headers>
360          <tbl:headerrow>
361            <tbl:header colspan="3" />
362            <tbl:columnheaders />
363          </tbl:headerrow>
364          <%
365          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
366          int numRows = cc.getFilterRows();
367          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
368          {
369            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
370            %>
371            <tbl:headerrow>
372              <tbl:header subclass="index" />
373              <tbl:header 
374                subclass="check" 
375                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
376                ><base:icon 
377                  id="check.uncheck"
378                  image="check_uncheck.png" 
379                  tooltip="Check/uncheck all" 
380                  visible="<%=lastRow%>"
381                /></tbl:header>
382              <tbl:header 
383                subclass="check" 
384                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
385                />
386              <tbl:header 
387                subclass="icons" 
388                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
389                >
390                <base:icon
391                  subclass="link table-filter-row-action"
392                  image="add.png"
393                  tooltip="Add extra filter row"
394                  visible="<%=lastRow%>"
395                /><base:icon
396                  subclass="link table-filter-row-action"
397                  image="remove.png"
398                  tooltip="Remove this filter row"
399                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
400                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
401                />
402              </tbl:header>
403              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
404            </tbl:headerrow>
405            <%
406          }
407          %>
408        </tbl:headers>
409        <tbl:rows>
410          <%
411          if (cc.getMessage() != null)
412          {
413            %>
414            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
415              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
416            </tbl:panel>
417            <%
418            cc.setMessage(null);
419          }
420          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
421          int selectedItemId = cc.getId();
422          if (events != null)
423          {           
424            while (events.hasNext())
425            {
426              BioPlateEvent item = events.next();
427              int itemId = item.getId();
428              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
429             
430             
431              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
432              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
433              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
434              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
435                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
436              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
437              index++;
438              numListed++;
439              %>
440              <tbl:row>
441                <tbl:header 
442                  clazz="index"
443                  ><%=index%></tbl:header>
444                <tbl:header 
445                  clazz="check" 
446                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
447                  ><input 
448                    type="checkbox" 
449                    name="<%=itemId%>" 
450                    value="<%=itemId%>" 
451                    title="<%=name%>" 
452                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
453                  ></tbl:header>
454                <tbl:header 
455                  clazz="check" 
456                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
457                  ><input 
458                    type="radio" 
459                    name="item_id" 
460                    value="<%=itemId%>" 
461                    title="<%=name%>" 
462                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
463                  ></tbl:header>
464                <tbl:header 
465                  clazz="icons" 
466                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
467                  ><base:icon 
468                    image="deleted.png"
469                    id="<%="delete."+itemId %>"
470                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
471                    data-item-id="<%=itemId%>"
472                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
473                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
474                  /><base:icon 
475                    image="shared.png" 
476                    id="<%="share."+itemId %>"
477                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
478                    data-item-id="<%=itemId%>"
479                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
480                    visible="<%=item.isShared()%>"
481                  />&nbsp;</tbl:header>
482                <tbl:cell column="name"><div 
483                  class="link table-item"
484                  data-item-id="<%=itemId%>"
485                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
486                  data-extra-url="&bioplate_id=<%=bioPlateId%>"
487                  tabindex="0"
488                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
489                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
490                <tbl:cell column="eventType"><base:propertyvalue 
491                    item="<%=item%>" 
492                    property="eventType"
493                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
494                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
495                  /></tbl:cell>
496                <tbl:cell column="role"><%=HTML.encodeTags(item.getParticipant(bioPlate).getRole())%></tbl:cell>
497                <tbl:cell column="protocol"
498                  ><base:propertyvalue 
499                    item="<%=item%>" 
500                    property="protocol"
501                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
502                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
503                  /></tbl:cell>
504                <tbl:cell column="hardware"
505                  ><base:propertyvalue 
506                    item="<%=item%>" 
507                    property="hardware"
508                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
509                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
510                  /></tbl:cell>
511                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=item.getEventDate()%>" />
512                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
513                <tbl:cell column="participants">
514                  <%
515                  ItemQuery<BioPlateEventParticipant> participantQuery = item.getParticipants();
516                  participantQuery.join(Hql.innerJoin(null, "bioPlate", "bpl", true));
517                  participantQuery.include(Include.ALL);
518                  participantQuery.order(Orders.asc(Hql.property("role")));
519                  participantQuery.order(Orders.asc(Hql.property("index")));
520                  participantQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bpl", "name")));
521                  for (BioPlateEventParticipant participant : participantQuery.list(dc))
522                  {
523                    %>
524                    <base:propertyvalue 
525                      item="<%=participant%>" 
526                      property="bioPlate" 
527                      enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
528                      enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
529                    /> (<%=participant.getRole()%>)<br>
530                    <%
531                  }
532                  %>
533                </tbl:cell>
534                <tbl:cell column="owner"
535                  ><base:propertyvalue 
536                    item="<%=item%>" 
537                    property="owner"
538                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
539                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
540                  /></tbl:cell>
541                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
542                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
543                <tbl:cell column="sharedTo">
544                  <%
545                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
546                  while(sharees.hasNext())
547                  {
548                    Nameable n = sharees.next();
549                    if (mode.hasPropertyLink())
550                    {
551                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
552                    }
553                    else
554                    {
555                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
556                    }
557                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
558                  }
559                  %>
560                </tbl:cell>
561                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
562                  <tbl:cell column="xt-columns" />
563                </tbl:xt-cells>
564              </tbl:row>
565              <%
566              }
567            }
568          if (numListed == 0)
569          {
570            %>
571            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
572              <div class="messagecontainer note">
573                <%=events == null || events.getTotalCount() == 0 ? "No events were found" : "No events on this page. Please select another page!" %>
574              </div>
575            </tbl:panel>
576            <%
577          }
578          %>
579        </tbl:rows>
580      </tbl:data>
581    </tbl:table>
582    </t:tab>
583    <t:tab id="overview" title="Overview" 
584      tooltip="Display a tree overview of related items" />
585    <t:tab id="history" title="Change history" 
586        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
587        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
588    </t:tabcontrol>
589
590    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
591      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
592      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
593      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
594    </base:buttongroup>
595
596  </base:body>
597  </base:page>
598  <%
599}
600finally
601{
602  if (events != null) events.close();
603  if (dc != null) dc.close();
604}
605%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.