source: trunk/www/biomaterials/bioplates/list_bioplates.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 22.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioplates.jsp 6701 2015-01-30 13:14:46Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.Include"
38  import="net.sf.basedb.core.Type"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
46  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
47  import="net.sf.basedb.core.Metadata.PropertyPath"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
60  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
61  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="net.sf.basedb.util.Values"
75  import="java.util.Iterator"
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79  import="java.util.ArrayList"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.BIOPLATE;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
87
88  private static Enumeration<String, String> bioMaterialTypes = new Enumeration<String, String>();
89  static
90  {
91    bioMaterialTypes.add("", "-any-");
92    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
93    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
94  }
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final String callback = request.getParameter("callback");
104final String title = mode.generateTitle("bioplate", "bioplates");
105final DbControl dc = sc.newDbControl();
106ItemResultIterator<BioPlate> bioplates = null;
107List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
108try
109{
110  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
111  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116
117  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(null);
118  subtypesQuery.restrict(
119    Restrictions.in(
120      Hql.property("itemType"), 
121      Expressions.integer(Item.SAMPLE.getValue()), Expressions.integer(Item.EXTRACT.getValue())
122    ));
123 
124  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
125  geometryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
126  geometryQuery.setCacheResult(true);
127 
128  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
129  try
130  {
131    final ItemQuery<BioPlate> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, BioPlate.getQuery(), mode);
132    bioplates = query.iterate(dc);
133  }
134  catch (Throwable t)
135  {
136    cc.setMessage(t.getMessage());
137    t.printStackTrace();
138  }
139  int numListed = 0;
140  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
141  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
142  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
143  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
144  %>
145  <base:page title="<%=title==null ? "Bioplates" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
146  <base:head scripts="table.js,~bioplates.js" styles="table.css,toolbar.css">
147    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
148    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
149  </base:head> 
150  <base:body>
151    <h1><%=title==null ? "Bioplates" : title%></h1>
152    <div class="content">
153    <tbl:table 
154      id="bioplates"
155      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
156      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
157      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
158      action="index.jsp"
159      sc="<%=sc%>"
160      item="<%=itemType%>"
161      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
162      subclass="fulltable"
163      >
164      <tbl:hidden 
165        name="mode" 
166        value="<%=mode.getName()%>" 
167      />
168      <tbl:hidden 
169        name="callback" 
170        value="<%=callback%>" 
171        skip="<%=callback == null%>" 
172      />
173      <tbl:columndef 
174        id="name"
175        property="name"
176        datatype="string"
177        title="Name"
178        sortable="true" 
179        filterable="true"
180        exportable="true"
181        show="always" 
182      />
183      <tbl:columndef 
184        id="id"
185        clazz="uniquecol"
186        property="id"
187        datatype="int"
188        title="ID"
189        sortable="true"
190        filterable="true"
191        exportable="true"
192      />
193      <tbl:columndef 
194        id="barcode"
195        property="barcode"
196        datatype="string"
197        title="Barcode"
198        sortable="true" 
199        filterable="true"
200        exportable="true"
201      />
202      <tbl:columndef 
203        id="destroyed"
204        property="destroyed"
205        datatype="boolean"
206        title="Destroyed"
207        sortable="true" 
208        filterable="true"
209        exportable="true"
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="eventDate"
213        property="eventDate"
214        datatype="date"
215        title="Created"
216        sortable="true" 
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219        formatter="<%=dateFormatter%>"
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="entryDate"
223        property="entryDate"
224        datatype="date"
225        title="Registered"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229        formatter="<%=dateFormatter%>"
230      />
231      <tbl:columndef
232        id="freeWells"
233        property="freeWells"
234        datatype="int"
235        title="Free (total) wells"
236        sortable="true" 
237        filterable="true"
238        exportable="true"
239      />
240      <%
241      Enumeration<String, String> geometries = new Enumeration<String, String>();
242      ItemResultList<PlateGeometry> plateGeometries = geometryQuery.list(dc);
243      for (PlateGeometry pg : plateGeometries)
244      {
245        geometries.add(Integer.toString(pg.getId()), HTML.encodeTags(pg.getName()));
246      }
247      %>
248      <tbl:columndef 
249        id="plateGeometry"
250        property="plateGeometry"
251        sortproperty="plateGeometry.name"
252        exportproperty="plateGeometry.name:string"
253        datatype="int"
254        enumeration="<%=geometries%>"
255        title="Geometry"
256        sortable="true" 
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="bioPlateType"
262        property="bioPlateType.name"
263        datatype="string"
264        title="Bioplate type"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268      />
269      <tbl:columndef
270        id="bioMaterialType"
271        property="bioPlateType.bioMaterialType"
272        title="Biomaterial type"
273        datatype="int"
274        sortable="true" 
275        filterable="true" 
276        exportable="true"
277        enumeration="<%=bioMaterialTypes%>"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="bioMaterialSubtype"
281        property="bioPlateType.itemSubtype"
282        sortproperty="bioPlateType.itemSubtype.name"
283        exportproperty="bioPlateType.itemSubtype.name:string"
284        datatype="int"
285        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-any-")%>"
286        title="Biomaterial subtype"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="freezer"
293        property="freezer.name"
294        datatype="string"
295        title="Storage location"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="section"
302        property="section"
303        datatype="string"
304        title="Section"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308      />
309      <tbl:columndef 
310        id="tray"
311        property="tray"
312        datatype="string"
313        title="Tray"
314        sortable="true" 
315        filterable="true"
316        exportable="true"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="position"
320        property="position"
321        datatype="string"
322        title="Position"
323        sortable="true" 
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326      />
327      <tbl:columndef 
328        id="owner"
329        property="owner.name"
330        datatype="string"
331        title="Owner"
332        sortable="true" 
333        filterable="true"
334        exportable="true"
335      />
336      <tbl:columndef 
337        id="description"
338        property="description"
339        datatype="string"
340        title="Description" 
341        sortable="true" 
342        filterable="true" 
343        exportable="true"
344      />     
345      <%
346      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
347      {
348        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
349        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
350        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
351        if (at.isEnumeration())
352        {
353          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
354          List<?> values = at.getValues();
355          for (Object value : values)
356          {
357            String encoded = formatter.format(value);
358            annotationEnum.add(encoded, encoded);
359          }
360        }
361        %>
362        <tbl:columndef 
363          id="<%="at"+at.getId()%>"
364          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
365          property="<%="#"+at.getId()%>"
366          annotation="true"
367          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
368          enumeration="<%=annotationEnum%>"
369          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
370          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
371          filterable="true" 
372          exportable="true"
373          formatter="<%=formatter%>"
374          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
375        />
376        <%
377      }
378      %>
379      <tbl:columndef
380        id="permission"
381        title="Permission"
382      />
383      <tbl:columndef
384        id="sharedTo"
385        title="Shared to"
386        filterable="true"
387        filterproperty="!sharedTo.name"
388        datatype="string"
389      />
390      <tbl:columndef 
391        id="xt-columns" 
392        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
393        jspcontext="<%=jspContext%>" 
394      />
395      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
396        <tbl:toolbar
397          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
398          subclass="bottomborder"
399          >
400          <tbl:button 
401            id="btnNewItem"
402            disabled="<%=!createPermission%>" 
403            image="new.png" 
404            title="New&hellip;" 
405            tooltip="<%=createPermission ? "Create new bioplate" : "You do not have permission to create bioplate"%>" 
406          />
407          <tbl:button 
408            id="btnDeleteItems"
409            image="delete.png"
410            title="Delete" 
411            tooltip="Delete the selected items" 
412          />
413          <tbl:button 
414            id="btnRestoreItems"
415            image="restore.png"
416            title="Restore" 
417            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
418          />
419          <tbl:button 
420            id="btnShareItems"
421            image="share.png"
422            title="Share&hellip;" 
423            tooltip="Share the selected items"
424          />
425          <tbl:button 
426            id="btnSetOwner"
427            image="take_ownership.png"
428            title="Set owner&hellip;"
429            tooltip="Change owner of the selected items"
430          />
431          <tbl:button 
432            id="btnColumns"
433            image="columns.png" 
434            title="Columns&hellip;" 
435            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
436          />
437          <tbl:button 
438            id="btnImport"
439            data-plugin-type="IMPORT"
440            image="import.png" 
441            title="Import&hellip;" 
442            tooltip="Import data" 
443            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
444          />
445          <tbl:button 
446            id="btnExport"
447            data-plugin-type="EXPORT"
448            image="export.png" 
449            title="Export&hellip;" 
450            tooltip="Export data" 
451            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
452          />
453          <tbl:button 
454            id="btnRunPlugin"
455            data-plugin-type="OTHER"
456            image="runplugin.png" 
457            title="Run plugin&hellip;" 
458            tooltip="Run a plugin" 
459            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
460          />
461          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
462            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
463        </tbl:toolbar>
464        <tbl:panel>
465          <tbl:presetselector />
466          <tbl:navigator
467            page="<%=cc.getPage()%>" 
468            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
469            totalrows="<%=bioplates == null ? 0 : bioplates.getTotalCount()%>" 
470            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
471          />
472        </tbl:panel>
473      </div>
474      <tbl:data>
475        <tbl:headers>
476          <tbl:headerrow>
477            <tbl:header colspan="3" />
478            <tbl:columnheaders />
479          </tbl:headerrow>
480          <%
481          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
482          int numRows = cc.getFilterRows();
483          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
484          {
485            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
486            %>
487            <tbl:headerrow>
488              <tbl:header subclass="index" />
489              <tbl:header 
490                subclass="check" 
491                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
492                ><base:icon 
493                  id="check.uncheck"
494                  image="check_uncheck.png" 
495                  tooltip="Check/uncheck all" 
496                  visible="<%=lastRow%>"
497                /></tbl:header>
498              <tbl:header 
499                subclass="check" 
500                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
501                />
502              <tbl:header 
503                subclass="icons" 
504                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
505                >
506                <base:icon
507                  subclass="link table-filter-row-action"
508                  image="add.png"
509                  tooltip="Add extra filter row"
510                  visible="<%=lastRow%>"
511                /><base:icon
512                  subclass="link table-filter-row-action"
513                  image="remove.png"
514                  tooltip="Remove this filter row"
515                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
516                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
517                />
518              </tbl:header>
519              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
520            </tbl:headerrow>
521            <%
522          }
523          %>
524        </tbl:headers>
525        <tbl:rows>
526          <%
527          if (cc.getMessage() != null)
528          {
529            %>
530            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
531              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
532            </tbl:panel>
533            <%
534            cc.setMessage(null);
535          }
536          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
537          int selectedItemId = cc.getId();
538          if (bioplates != null)
539          {
540            PropertyPath<BioPlate, Integer> bmType = 
541              Metadata.getInstance(BioPlate.class).getPropertyPath("bioPlateType.bioMaterialType", false);
542            while (bioplates.hasNext())
543            {
544              BioPlate item = bioplates.next();
545              int itemId = item.getId();
546              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
547              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
548              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
549              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
550                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
551              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
552              index++;
553              numListed++;
554              %>
555              <tbl:row>
556                <tbl:header 
557                  clazz="index"
558                  ><%=index%></tbl:header>
559                <tbl:header 
560                  clazz="check" 
561                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
562                  ><input 
563                    type="checkbox" 
564                    name="<%=itemId%>" 
565                    value="<%=itemId%>" 
566                    title="<%=name%>" 
567                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
568                  ></tbl:header>
569                <tbl:header 
570                  clazz="check" 
571                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
572                  ><input 
573                    type="radio" 
574                    name="item_id" 
575                    value="<%=itemId%>" 
576                    title="<%=name%>" 
577                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
578                  ></tbl:header>
579                <tbl:header 
580                  clazz="icons" 
581                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
582                  ><base:icon 
583                    image="deleted.png"
584                    id="<%="delete."+itemId %>"
585                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
586                    data-item-id="<%=itemId%>"
587                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
588                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
589                  /><base:icon 
590                    image="shared.png" 
591                    id="<%="share."+itemId %>"
592                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
593                    data-item-id="<%=itemId%>"
594                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
595                    visible="<%=item.isShared()%>"
596                  />&nbsp;</tbl:header>
597                <tbl:cell column="name"><div 
598                  class="link table-item"
599                  data-item-id="<%=itemId%>"
600                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
601                  tabindex="0"
602                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
603                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
604                <tbl:cell column="barcode"><%=HTML.encodeTags(item.getBarcode())%></tbl:cell>
605                <tbl:cell column="destroyed"><%=item.isDestroyed()%></tbl:cell>
606                <tbl:cell column="freeWells"><%=item.getFreeWells()%> (<%=item.getTotalWells()%>)</tbl:cell>
607                <tbl:cell column="owner"
608                  ><base:propertyvalue 
609                    item="<%=item%>" 
610                    property="owner"
611                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
612                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
613                  /></tbl:cell>
614                <tbl:cell column="plateGeometry"
615                  ><base:propertyvalue 
616                    item="<%=item%>" 
617                    property="plateGeometry"
618                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
619                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
620                  /></tbl:cell>
621                <tbl:cell column="freezer">
622                  <base:propertyvalue 
623                    item="<%=item%>" 
624                    property="freezer"
625                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
626                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
627                  />
628                </tbl:cell>
629                <tbl:cell column="section"><%=HTML.encodeTags(item.getSection())%></tbl:cell>               
630                <tbl:cell column="tray"><%=HTML.encodeTags(item.getTray())%></tbl:cell>               
631                <tbl:cell column="position"><%=HTML.encodeTags(item.getPosition())%></tbl:cell>               
632                <tbl:cell column="bioPlateType">
633                  <base:propertyvalue 
634                    item="<%=item%>" 
635                    property="bioPlateType"
636                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
637                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
638                  />
639                </tbl:cell>
640                <tbl:cell column="bioMaterialType"><%
641                  Integer i = bmType.getValue(dc, item);
642                  %><%=i == null ? "<i>- any -</i>" : Item.fromValue(i).toString() %></tbl:cell>
643                <tbl:cell column="bioMaterialSubtype"><base:propertyvalue 
644                    item="<%=item%>" 
645                    property="bioPlateType.itemSubtype"
646                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
647                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
648                    nulltext="<i>- any -</i>"
649                  /></tbl:cell>
650                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=item.getEventDate()%>" />
651                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
652                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
653                <%
654                if (item.isAnnotated())
655                {
656                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
657                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
658                  {
659                    if (loader.find(snapshot))
660                    {
661                      %>
662                      <tbl:cell 
663                        column="<%="at"+loader.getId()%>"
664                        ><tbl:cellvalue 
665                          list="<%=loader.getValues()%>"
666                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
667                      /></tbl:cell>
668                      <%
669                    }
670                  }
671                }
672                %>
673                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
674                <tbl:cell column="sharedTo">
675                  <%
676                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
677                  while(sharees.hasNext())
678                  {
679                    Nameable n = sharees.next();
680                    if (mode.hasPropertyLink())
681                    {
682                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
683                    }
684                    else
685                    {
686                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
687                    }
688                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
689                  }
690                  %>
691                </tbl:cell>
692                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
693                  <tbl:cell column="xt-columns" />
694                </tbl:xt-cells>
695              </tbl:row>
696              <%
697              }
698            }
699          if (numListed == 0)
700          {
701            %>
702            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
703              <div class="messagecontainer note">
704                <%=bioplates == null || bioplates.getTotalCount() == 0 ? "No plates were found" : "No plates on this page. Please select another page!" %>
705              </div> 
706            </tbl:panel>
707            <%
708          }
709          %>
710        </tbl:rows>
711      </tbl:data>
712    </tbl:table>
713    </div>
714
715    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
716      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
717      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
718      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
719    </base:buttongroup>
720  </base:body>
721  </base:page>
722  <%
723}
724finally
725{
726  if (bioplates != null) bioplates.close();
727  if (dc != null) dc.close();
728}
729%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.