source: trunk/www/biomaterials/bioplates/view_bioplate.jsp @ 5722

Last change on this file since 5722 was 5722, checked in by Nicklas Nordborg, 12 years ago

References #1597: Subtypes of items

Update the "Move biomaterial" plate event wizard to use item subtypes when possible.

Display item subtype for biomaterials in tooltip on the single-item page for plates.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 22.6 KB
Line 
1<%-- $Id: view_bioplate.jsp 5722 2011-09-07 09:26:07Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Martin
24  @version 2.10
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Group"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Permission"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
37  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
38  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
39  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
40  import="net.sf.basedb.core.User"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
48  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
49  import="net.sf.basedb.core.Project"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.Values"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="java.util.Collections"
66  import="java.util.Date"
67  import="java.util.Map"
68  import="java.util.Set"
69  import="java.util.List"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
75<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
76<%!
77  private static final Item itemType = Item.BIOPLATE;
78  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
79%>
80<%
81final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
82final String ID = sc.getId();
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84final int itemId = cc.getId();
85final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
86final float scale = Base.getScale(sc);
87final DbControl dc = sc.newDbControl();
88try
89{
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91
92  String title = null;
93  BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, itemId);
94  Item bioMaterialType = bioplate.getBioPlateType().getBioMaterialType();
95  PlateGeometry geometry = bioplate.getPlateGeometry();
96 
97  final boolean writePermission = bioplate.hasPermission(Permission.WRITE);
98  final boolean deletePermission = bioplate.hasPermission(Permission.DELETE);
99  final boolean sharePermission = bioplate.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
100  final boolean setOwnerPermission = bioplate.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
101  final boolean isRemoved = bioplate.isRemoved();
102  final boolean isUsed = isRemoved && bioplate.isUsed();
103  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
104  final boolean isOwner = bioplate.isOwner();
105  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioplate);
106  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
107  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
108  %>
109  <base:page title="<%=title%>">
110  <base:head scripts="tabcontrol.js,table.js,ajax.js,json2.js" 
111    styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css,plate.css">
112    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
113    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
114    <script language="JavaScript">
115    function editItem()
116    {
117      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
118    }
119    function shareItem()
120    {
121      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'SharePlate', 600, 400);
122    }
123    function deleteItem()
124    {
125      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
126    }
127    function restoreItem()
128    {
129      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
130    }
131    function deleteItemPermanently()
132    {
133      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
134    }
135    function itemDeleted()
136    {
137      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
138    }
139    function showUsingItems()
140    {
141      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
142    }
143    function setOwner()
144    {
145      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
146    }
147    function runPlugin(cmd)
148    {
149      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
150    }
151    function viewWells()
152    {
153      location.href = 'wells/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioplate_id=<%=itemId%>';
154    }
155    function viewEvents()
156    {
157      location.href = 'events/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioplate_id=<%=itemId%>';
158    }
159    function switchTab(tabControlId, tabId)
160    {
161      if (tabId == 'history' && tabId != '<%=tab%>')
162      {
163        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
164      }
165      else if (tabId == 'wells')
166      {
167        viewWells();
168      }
169      else if (tabId == 'events')
170      {
171        viewEvents();
172      }
173      else
174      {
175        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
176      }
177    }
178    function editWell(wellId)
179    {
180      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'BIOWELL', wellId, true);
181    }
182    function showWellInfo(evt, coordinate, wellId)
183    {
184      // Display the 'wellInfo' postit note
185      var wellInfo = document.getElementById('wellInfo');
186      var wellTd = document.getElementById('well.' + wellId);
187      var pos = Main.getElementPosition(wellTd);
188      wellInfo.style.left = (pos.left + pos.width - 5) + 'px';
189      wellInfo.style.top = (pos.top + 10) + 'px';
190      Main.show('wellInfo');
191
192      // Get the well information
193      var info = wellInfoCache['well.'+wellId];
194      if (!info)
195      {
196        // Use Ajax to load the information
197        wellInfo.innerHTML = '[' + coordinate + '] loading, please wait...';
198        info = loadWellInfo(wellId);
199      }
200      var html;
201      var bioMaterial = info.bioMaterial;
202      if (bioMaterial)
203      {
204        if (bioMaterial.denied)
205        {
206          html = 'Denied';
207        }
208        else
209        {
210          var id = bioMaterial.id;
211          var type = bioMaterial.type;
212          var subtype = bioMaterial.subtype;
213          html = Main.linkItem('<%=ID%>', type, id, bioMaterial.editable, bioMaterial.name);
214          html += ': <b>' + type + '</b>';
215          if (subtype) html += ' <span class="itemsubtype">[' + subtype.name + ']</span>';
216          html += '<br>'+bioMaterial.description;
217        }
218      }
219      else
220      {
221        html = 'Empty';
222      }
223      wellInfo.innerHTML = html;
224    }
225    function hideWellInfo()
226    {
227      Main.hide('wellInfo');
228    }
229    var wellInfoCache = new Array();
230    function loadWellInfo(wellId)
231    {
232      var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
233      var url = 'wells/ajax.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=WellInfo&encodeStrings=1&item_id=' + wellId;
234      request.open("GET", url, false);
235      // NOTE! 'false' causes code to wait for the response. aka. 'Synchronous AJAX' or SJAX.
236      request.send(null);
237      var response = Ajax.parseJsonResponse(request.responseText);
238      if (response.status != 'ok')
239      {
240        alert(response.message);
241        return false;
242      }
243
244      wellInfoCache['well.'+wellId] = response;
245      return response;
246    }
247    function viewOrEditWellItem(event, itemType, itemId, editable)
248    {
249      //Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', itemType, itemId, editable);
250      Main.itemOnClick(event, '<%=ID%>', itemType, itemId, editable);
251    }
252    function moveBioMaterial()
253    {
254      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&cmd=MoveBioMaterial', 'MoveBioMaterial', 900, 600);
255    }
256    function createChildBioPlate()
257    {
258      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&cmd=CreateChildBioPlate', 'CreateChildBioPlate', 900, 600);
259    }
260    </script>
261  </base:head>
262  <base:body attributes="onmouseout='hideWellInfo()'">
263    <p>
264    <p:path>
265      <p:pathelement title="Bioplates" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
266      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioplate.getName())%>" />
267    </p:path>
268   
269    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
270    <t:tab id="properties" title="Properties">
271    <tbl:toolbar
272      >
273      <tbl:button 
274        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
275        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
276        onclick="editItem()" 
277        title="Edit&hellip;" 
278        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioplate" : "You do not have permission to edit this bioplate"%>" 
279      />
280      <tbl:button 
281        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
282        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
283        onclick="deleteItem()" 
284        title="Delete"
285        visible="<%=!bioplate.isRemoved()%>"
286        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this bioplate" : "You do not have permission to delete this bioplate"%>" 
287      />
288      <tbl:button 
289        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
290        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
291        onclick="restoreItem()" 
292        title="Restore"
293        visible="<%=bioplate.isRemoved()%>"
294        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this bioplate" : "You do not have permission to restore this bioplate"%>" 
295      />
296      <tbl:button 
297        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
298        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
299        onclick="shareItem()" 
300        title="Share&hellip;" 
301        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this bioplate to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this bioplate"%>"
302      />
303      <tbl:button 
304        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
305        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
306        onclick="setOwner()" 
307        title="Set owner&hellip;"
308        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
309      />
310      <tbl:button 
311        image="move_to_plate.png" 
312        onclick="moveBioMaterial()" 
313        title="Move biomaterial&hellip;" 
314        tooltip="Move biomaterial on this plate to another plate" 
315      />
316      <tbl:button 
317        image="add.png" 
318        onclick="createChildBioPlate()" 
319        title="<%="Create child bioplate" + (bioMaterialType == Item.EXTRACT ? "/bioassay" : "") +"&hellip;"%>" 
320        tooltip="Create one or more child biomaterial plates" 
321        visible="<%=bioMaterialType != null%>"
322      />
323      <tbl:button 
324        image="import.gif" 
325        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
326        title="Import&hellip;" 
327        tooltip="Import data" 
328        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
329      />
330      <tbl:button 
331        image="export.gif" 
332        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
333        title="Export&hellip;" 
334        tooltip="Export data" 
335        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
336      />
337      <tbl:button 
338        image="runplugin.gif" 
339        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
340        title="Run plugin&hellip;" 
341        tooltip="Run a plugin" 
342        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
343      />
344      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
345        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
346      <tbl:button
347        image="help.gif"
348        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'plate.view.properties')"%>"
349        title="Help&hellip;"
350        tooltip="Get help about this page"
351      />
352      </tbl:toolbar>
353    <div class="boxedbottom">
354      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(bioplate)%></i></div>
355      <%
356      if (bioplate.isRemoved() || bioplate.isShared())
357      {
358        %>
359        <div class="itemstatus">
360          <base:icon 
361            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
362            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
363            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
364            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
365          <base:icon image="used.gif" 
366            onclick="showUsingItems()"
367            tooltip="Show the items that are using this one"
368            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
369          <base:icon image="shared.gif" 
370            visible="<%=bioplate.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
371        </div>
372        <%
373      }
374      %>
375      <table class="form" cellspacing="0">
376      <tr>
377        <td class="prompt">Name</td>
378        <td><%=HTML.encodeTags(bioplate.getName())%></td>
379      </tr>
380      <tr>
381        <td class="prompt">Barcode</td>
382        <td><%=HTML.encodeTags(bioplate.getBarcode())%></td>
383      </tr>
384      <tr>
385        <td class="prompt">Destroyed</td>
386        <td><%=bioplate.isDestroyed() ? "yes" : "no"%></td>
387      </tr>
388      <tr>
389        <td class="prompt">Bioplate type</td>
390        <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="bioPlateType" /></td>
391      </tr>
392      <tr>
393        <td class="prompt">Geometry</td>
394        <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="plateGeometry" /></td>
395      </tr>
396      <tr>
397        <td class="prompt">Free (total) wells</td>
398        <td><%=bioplate.getFreeWells()%> (<%=bioplate.getTotalWells()%>)</td>
399      </tr>
400      <tr>
401        <td class="prompt">Freezer</td>
402        <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="freezer" /></td>
403      </tr>
404      <tr>
405        <td class="prompt">Owner</td>
406        <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="owner" /></td>
407      </tr>
408      <tr>
409        <td class="prompt">Description</td>
410        <td><%=HTML.niceFormat(bioplate.getDescription())%></td>
411      </tr>
412      </table>
413     
414      <base:section id="wells" title="Wells" context="<%=cc%>">
415        <table class="plate" cellspacing="0" cellpadding="0" onmouseout="event.cancelBubble=true">
416        <%
417        int columns = geometry.getColumns();
418        int rows = geometry.getRows();
419        WellCoordinateFormatter rowF = new WellCoordinateFormatter(true);
420        WellCoordinateFormatter colF = new WellCoordinateFormatter(false);
421        %>
422        <tr><td></td>
423        <%
424        for (int c = 0; c < columns; ++c)
425        {
426          %>
427          <td class="columnheader"><%=colF.format(c)%></td>
428          <%
429        }
430        %>
431        </tr>
432        <%
433        for (int r = 0; r < rows; ++r)
434        {
435          String row = rowF.format(r);
436          %>
437          <tr><td class="rowheader"><%=row%></td>
438          <%
439          for (int c = 0; c < columns; ++c)
440          {
441            BioWell well = bioplate.getBioWell(r, c);
442            boolean isEmpty = well.isEmpty();
443            boolean hasBeenUsed = well.hasBeenUsed();
444            boolean canAddBioMaterial = well.canAddBioMaterial();
445            boolean canClearBioMaterial = well.canClearBioMaterial();
446            boolean usePermission = well.hasPermission(Permission.USE);
447           
448            boolean deniedBioMaterial = false;
449           
450            String cls = "well";
451            String tooltip = "";
452            String onClick = null;
453            String onMouseOver = "hideWellInfo()";
454           
455            if (isEmpty)
456            {
457              cls += " empty";
458              if (usePermission && canAddBioMaterial)
459              {
460                // The used is allowed to add biomaterial to the empty well
461                cls += " editable";
462                onClick = "editWell(" + well.getId() + ")";
463                tooltip = "Add biomaterial to this well";
464              }
465              else if (hasBeenUsed) 
466              {
467                // The well has been used and it is not allowed to add biomaterial
468                cls += " used";
469                onMouseOver = "showWellInfo(event, '" + row + (c+1) + "', " + well.getId() + ")";
470                tooltip = "This well has already been used";
471              }
472              else
473              {
474                // The user doesn't have permission to add biomaterial
475                cls += " locked";
476                tooltip = "You are not allowed to add biomaterial to this well";
477              }
478            }
479            else
480            {
481              cls += " filled";
482              try
483              {
484                MeasuredBioMaterial bioMaterial = well.getBioMaterial();
485                onMouseOver = "showWellInfo(event, '" + row + (c+1) + "', " + well.getId() + ")";
486                if (usePermission && canClearBioMaterial && bioMaterial.hasPermission(Permission.WRITE))
487                {
488                  // The user is allowed to replace/remove the biomaterial in the well
489                  cls += " editable";
490                  onClick = "editWell(" + well.getId() + ")";
491                  if (canAddBioMaterial)
492                  {
493                    // Replace and/or remove
494                    tooltip = "Change biomaterial in this well";
495                  }
496                  else
497                  {
498                    // Remove only
499                    tooltip = "Remove the biomaterial from this well";
500                  }
501                }
502                else
503                {
504                  cls += " locked";
505                  tooltip = "This well is locked for modifications";
506                }
507              }
508              catch (PermissionDeniedException ex)
509              {
510                cls += " denied";
511                tooltip = "Access denied";
512              }
513            }
514            %>
515            <td class="<%=cls%>" id="well.<%=well.getId()%>"
516              <%=onClick != null ? "onclick=\"" + onClick + "\"" : ""%>
517              <%=onMouseOver != null ? "onmouseover=\"" + onMouseOver + "\"" : ""%>
518              title="<%=tooltip%>"></td>
519            <%
520          }
521          %>
522          </tr>
523          <%
524        }
525        %>
526        </table>
527        <div class="postit" id="wellInfo" style="display:none; width: 300px; min-height: 30px;" onmouseout="event.cancelBubble=true"></div>
528      </base:section>
529      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
530        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
531        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
532        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
533        <jsp:param name="title" value="Other items related to this bioplate" />
534      </jsp:include>
535      <%
536      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
537      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(bioplate));
538      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
539      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
540      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
541      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
542     
543      if (totalShare > 0)
544      {
545        %>
546        <base:section 
547          id="sharedTo" 
548          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
549          context="<%=cc%>"
550          >
551          <tbl:table 
552            id="itemsSharedTo"
553            clazz="itemlist"
554            columns="all"
555          >
556            <tbl:columndef 
557              id="itemType"
558              title="Item type"
559            />
560            <tbl:columndef 
561              id="name"
562              title="Name"
563            />
564            <tbl:columndef 
565              id="permissions"
566              title="Permissions"
567            />
568            <tbl:data>
569              <tbl:columns>
570              </tbl:columns>
571              <tbl:rows>
572              <%
573              for (Project project : projects)
574              {
575                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
576                %>     
577                <tbl:row>
578                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
579                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
580                    image="deleted.gif" 
581                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
582                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
583                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
584                  <tbl:cell column="permissions">
585                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
586                  </tbl:cell>
587                </tbl:row>
588                <%
589              }
590              for (Group group : groups)
591              {
592                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
593                %>
594                <tbl:row>             
595                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
596                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
597                    image="deleted.gif" 
598                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
599                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
600                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
601                  <tbl:cell column="permissions">
602                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
603                  </tbl:cell>
604                </tbl:row>
605                <% 
606              }
607              for (User user : users)
608              {
609                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
610                %>
611                <tbl:row>             
612                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
613                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
614                    image="deleted.gif" 
615                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
616                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
617                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
618                  <tbl:cell column="permissions">
619                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
620                  </tbl:cell>
621                </tbl:row>
622                <%
623              }
624              %>
625              </tbl:rows>
626            </tbl:data>
627          </tbl:table>
628        </base:section>
629        <%
630      }
631      else
632      {
633        %>
634        <h4>Shared to</h4>
635        This bioplate is not shared
636        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
637        <%
638      }
639      %>
640
641
642    </div>
643      </t:tab>
644     
645      <t:tab id="annotations" title="Annotations" >
646        <div class="boxed">
647        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
648          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
649          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
650          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
651        </jsp:include>
652        </div>
653      </t:tab>
654      <t:tab id="wells" title="Wells" />
655      <t:tab id="events" title="Plate events" />
656      <t:tab id="history" title="Change history" 
657        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
658        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
659        <%
660        if ("history".equals(tab))
661        {
662          %>
663          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
664            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
665            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
666            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
667          </jsp:include>
668          <%
669        }
670        %>
671      </t:tab>
672      </t:tabcontrol>
673  </base:body>
674  </base:page>
675  <%
676}
677finally
678{
679  if (dc != null) dc.close();
680}
681%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.