source: trunk/www/biomaterials/bioplatetypes/list_platetypes.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 15.1 KB
Line 
1<%-- $Id $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @version 2.0
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
31  import="net.sf.basedb.core.Include"
32  import="net.sf.basedb.core.Type"
33  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
39  import="net.sf.basedb.core.Permission"
40  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
47  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.util.Values"
53  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
61  import="java.util.Date"
62  import="java.util.List"
63  import="java.util.Map"
64%>
65<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
66<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
67<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
68<%!
69  private static final Item itemType = Item.BIOPLATETYPE;
70  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
71 
72  private static Enumeration<String, String> bioMaterialTypes = new Enumeration<String, String>();
73  static
74  {
75    bioMaterialTypes.add("", "-any-");
76    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
77    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
78  }
79  private static Enumeration<String, String> lockModes = new Enumeration<String, String>();
80  static
81  {
82    for (BioWell.LockMode lm : BioWell.LockMode.values())
83    {
84      lockModes.add(Integer.toString(lm.getValue()), lm.toString());
85    }
86  }
87 
88%>
89<%
90final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
91final String ID = sc.getId();
92final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
93final boolean deletePermission = sc.hasPermission(Permission.DELETE, itemType);
94final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
95
96final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
97final String callback = request.getParameter("callback");
98final String title = mode.generateTitle("bioplate type", "bioplate types");
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100ItemResultIterator<BioPlateType> bioPlateTypes = null;
101try
102{
103  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
104  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(null);
105  subtypesQuery.restrict(
106    Restrictions.in(
107      Hql.property("itemType"), 
108      Expressions.integer(Item.SAMPLE.getValue()), Expressions.integer(Item.EXTRACT.getValue())
109    ));
110  final ItemQuery<ItemSubtype> storageTypeQuery = Base.getSubtypesQuery(Item.HARDWARE);
111  try
112  {
113    final ItemQuery<BioPlateType> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, BioPlateType.getQuery(), mode);
114    bioPlateTypes = query.iterate(dc);
115  }
116  catch (Throwable t)
117  {
118    cc.setMessage(t.getMessage());
119  }
120  int numListed = 0;
121  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
122  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
123  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
124  %>
125  <base:page title="<%=title==null ? "Bioplate types" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
126  <base:head scripts="table.js,~bioplatetypes.js" styles="table.css,toolbar.css">
127    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
128    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
129  </base:head>
130 
131  <base:body>
132    <h1><%=title==null ? "Bioplate types" : title%></h1>
133   
134    <div class="content">
135    <tbl:table 
136      id="bioplatetypes" 
137      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
138      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
139      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
140      action="index.jsp"
141      sc="<%=sc%>"
142      item="<%=itemType%>"
143      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
144      subclass="fulltable"
145      >
146      <tbl:hidden 
147        name="mode" 
148        value="<%=mode.getName()%>" 
149      />
150      <tbl:hidden 
151        name="callback" 
152        value="<%=callback%>" 
153        skip="<%=callback == null%>" 
154      />
155      <tbl:columndef 
156        id="name"
157        property="name"
158        datatype="string"
159        title="Name"
160        sortable="true" 
161        filterable="true"
162        exportable="true"
163        show="always" 
164      />
165      <tbl:columndef 
166        id="id"
167        clazz="uniquecol"
168        property="id"
169        datatype="int"
170        title="ID"
171        sortable="true"
172        filterable="true"
173        exportable="true"
174      />
175      <tbl:columndef
176        id="bioMaterialType"
177        property="bioMaterialType"
178        title="Biomaterial type"
179        datatype="int"
180        sortable="true" 
181        filterable="true" 
182        exportable="true"
183        enumeration="<%=bioMaterialTypes%>"
184      />
185      <tbl:columndef 
186        id="itemSubtype"
187        property="itemSubtype"
188        sortproperty="itemSubtype.name"
189        exportproperty="itemSubtype.name:string"
190        datatype="int"
191        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
192        title="Biomaterial subtype"
193        sortable="true" 
194        filterable="true"
195        exportable="true"
196      />
197      <tbl:columndef 
198        id="storageType"
199        property="storageType"
200        sortproperty="storageType.name"
201        exportproperty="storageType.name:string"
202        datatype="int"
203        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(storageTypeQuery.list(dc), "-none-")%>"
204        title="Storage type"
205        sortable="true" 
206        filterable="true"
207        exportable="true"
208      />
209      <tbl:columndef
210        id="lockMode"
211        property="lockMode"
212        title="Well lock mode"
213        datatype="int"
214        sortable="true" 
215        filterable="true" 
216        exportable="true"
217        enumeration="<%=lockModes%>"
218      />
219      <tbl:columndef 
220        id="description"
221        property="description"
222        datatype="string"
223        title="Description" 
224        sortable="true" 
225        filterable="true" 
226        exportable="true"
227      />
228      <tbl:columndef 
229        id="xt-columns" 
230        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
231        jspcontext="<%=jspContext%>" 
232      />
233      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
234        <tbl:toolbar
235          subclass="bottomborder"
236          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
237          >
238          <tbl:button 
239            id="btnNewItem"
240            disabled="<%=!createPermission%>" 
241            image="new.png" 
242            title="New&hellip;" 
243            tooltip="<%=createPermission ? "Create new bioplate type" : "You do not have permission to create bioplate types"%>" 
244          />
245          <tbl:button 
246            id="btnDeleteItems"
247            image="delete.png"
248            title="Delete" 
249            tooltip="Delete the selected items" 
250          />
251          <tbl:button 
252            id="btnRestoreItems"
253            image="restore.png"
254            title="Restore" 
255            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
256          />
257          <tbl:button 
258            id="btnColumns"
259            image="columns.png" 
260            title="Columns&hellip;" 
261            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
262          />
263          <tbl:button 
264            id="btnImport"
265            data-plugin-type="IMPORT"
266            image="import.png" 
267            title="Import&hellip;" 
268            tooltip="Import data" 
269            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
270          />
271          <tbl:button 
272            id="btnExport"
273            data-plugin-type="EXPORT"
274            image="export.png" 
275            title="Export&hellip;" 
276            tooltip="Export data" 
277            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
278          />
279          <tbl:button 
280            id="btnRunPlugin"
281            data-plugin-type="OTHER"
282            image="runplugin.png" 
283            title="Run plugin&hellip;" 
284            tooltip="Run a plugin" 
285            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
286          />
287          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
288            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
289        </tbl:toolbar>
290        <tbl:panel>
291          <tbl:presetselector />
292          <tbl:navigator
293            page="<%=cc.getPage()%>" 
294            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
295            totalrows="<%=bioPlateTypes == null ? 0 : bioPlateTypes.getTotalCount()%>" 
296            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
297          />
298        </tbl:panel>
299      </div>
300      <tbl:data>
301        <tbl:headers>
302          <tbl:headerrow>
303            <tbl:header colspan="3" />
304            <tbl:columnheaders />
305          </tbl:headerrow>
306          <%
307          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
308          int numRows = cc.getFilterRows();
309          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
310          {
311            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
312            %>
313            <tbl:headerrow>
314              <tbl:header subclass="index" />
315              <tbl:header 
316                subclass="check" 
317                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
318                ><base:icon 
319                  id="check.uncheck"
320                  image="check_uncheck.png" 
321                  tooltip="Check/uncheck all" 
322                  visible="<%=lastRow%>"
323                /></tbl:header>
324              <tbl:header 
325                subclass="check" 
326                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
327                />
328              <tbl:header 
329                subclass="icons" 
330                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
331                >
332                <base:icon
333                  subclass="link table-filter-row-action"
334                  image="add.png"
335                  tooltip="Add extra filter row"
336                  visible="<%=lastRow%>"
337                /><base:icon
338                  subclass="link table-filter-row-action"
339                  image="remove.png"
340                  tooltip="Remove this filter row"
341                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
342                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
343                />
344              </tbl:header>
345              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
346            </tbl:headerrow>
347            <%
348          }
349          %>
350        </tbl:headers>
351        <tbl:rows>
352          <%
353          if (cc.getMessage() != null)
354          {
355            %>
356            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
357              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
358            </tbl:panel>
359            <%
360            cc.setMessage(null);
361          }
362          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
363          int selectedItemId = cc.getId();
364          if (bioPlateTypes != null)
365          {           
366            while (bioPlateTypes.hasNext())
367            {
368              BioPlateType item = bioPlateTypes.next();
369              int itemId = item.getId();
370              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
371              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
372              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
373             
374              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
375                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
376              index++;
377              numListed++;
378              %>
379              <tbl:row>
380                <tbl:header 
381                  clazz="index"
382                  ><%=index%></tbl:header>
383                <tbl:header 
384                  clazz="check" 
385                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
386                  ><input 
387                    type="checkbox" 
388                    name="<%=itemId%>" 
389                    value="<%=itemId%>" 
390                    title="<%=name%>" 
391                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
392                  ></tbl:header>
393                <tbl:header 
394                  clazz="check" 
395                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
396                  ><input 
397                    type="radio" 
398                    name="item_id" 
399                    value="<%=itemId%>" 
400                    title="<%=name%>" 
401                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
402                  ></tbl:header>
403                <tbl:header 
404                  clazz="icons" 
405                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
406                  ><base:icon 
407                    image="deleted.png"
408                    id="<%="delete."+itemId %>"
409                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
410                    data-item-id="<%=itemId%>"
411                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
412                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
413                  />&nbsp;</tbl:header>
414                <tbl:cell column="name"><div
415                  class="link table-item"
416                  data-item-id="<%=itemId%>"
417                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
418                  tabindex="0"
419                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
420                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
421                <tbl:cell column="bioMaterialType"><%=item.getBioMaterialType() == null ? "<i>- any -</i>" : item.getBioMaterialType().toString() %></tbl:cell>
422                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
423                    item="<%=item%>" 
424                    property="itemSubtype"
425                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
426                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
427                  /></tbl:cell>
428                <tbl:cell column="storageType"><base:propertyvalue 
429                    item="<%=item%>" 
430                    property="storageType"
431                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
432                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
433                  /></tbl:cell>
434                <tbl:cell column="lockMode"><%=item.getLockMode()%></tbl:cell>
435                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
436                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
437                  <tbl:cell column="xt-columns" />
438                </tbl:xt-cells>
439              </tbl:row>
440              <%
441              }
442            }
443          if (numListed == 0)
444          {
445            %>
446            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
447              <div class="messagecontainer note">
448              <%=bioPlateTypes == null || bioPlateTypes.getTotalCount() == 0 ? "No bioplate types were found" : "No bioplate types on this page. Please select another page!" %>
449              </div>
450            </tbl:panel>
451            <%
452          }
453          %>
454        </tbl:rows>
455      </tbl:data>
456    </tbl:table>
457    </div>
458   
459    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
460      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
461      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
462      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
463    </base:buttongroup>
464
465  </base:body>
466  </base:page>
467  <%
468}
469finally
470{
471  if (bioPlateTypes != null) bioPlateTypes.close();
472  if (dc != null) dc.close();
473}
474%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.