source: trunk/www/biomaterials/biosources/view_biosource.jsp @ 4882

Last change on this file since 4882 was 4882, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1271: Add extension points to all toolbars

Added code for displaying extensions to all biomaterial pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.3 KB
Line 
1<%-- $Id: view_biosource.jsp 4882 2009-04-03 10:53:42Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Group"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
34  import="net.sf.basedb.core.Permission"
35  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
36  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
37  import="net.sf.basedb.core.Sample"
38  import="net.sf.basedb.core.User"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Project"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
50  import="net.sf.basedb.core.SharedItem"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
54  import="net.sf.basedb.util.Values"
55  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Collections"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Set"
68  import="java.util.List"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
74<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
75<%!
76  private static final Item itemType = Item.BIOSOURCE;
77  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
78%>
79<%
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
81final String ID = sc.getId();
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83final int itemId = cc.getId();
84final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
85final float scale = Base.getScale(sc);
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87try
88{
89  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91
92  String title = null;
93  BioSource bioSource = BioSource.getById(dc, itemId);
94 
95  final boolean usePermission = bioSource.hasPermission(Permission.USE);
96  final boolean writePermission = bioSource.hasPermission(Permission.WRITE);
97  final boolean deletePermission = bioSource.hasPermission(Permission.DELETE);
98  final boolean sharePermission = bioSource.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
99  final boolean setOwnerPermission = bioSource.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
100  final boolean isRemoved = bioSource.isRemoved();
101  final boolean isUsed = isRemoved && bioSource.isUsed();
102  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
103  final boolean isOwner = bioSource.isOwner();
104  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioSource);
105  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
106  %>
107  <base:page title="<%=title%>">
108  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
109    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
110    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
111    <script language="JavaScript">
112    function editItem()
113    {
114      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
115    }
116    function shareItem()
117    {
118      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareBioSource', 600, 400);
119    }
120    function deleteItem()
121    {
122      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
123    }
124    function restoreItem()
125    {
126      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
127    }
128    function deleteItemPermanently()
129    {
130      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
131    }
132    function itemDeleted()
133    {
134      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
135    }
136    function showUsingItems()
137    {
138      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
139    }
140    function setOwner()
141    {
142      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
143    }
144    function runPlugin(cmd)
145    {
146      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
147    }
148    function newSample()
149    {
150      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SAMPLE', 0, true, '&biosource_id=<%=itemId%>');
151    }
152    function switchTab(tabControlId, tabId)
153    {
154      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
155      if (tabId == 'overview' && tabId != '<%=tab%>')
156      {
157        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
158      }
159      else
160      {
161        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
162      }
163    }
164    </script>
165  </base:head>
166  <base:body>
167    <p>
168    <p:path>
169      <p:pathelement title="Biosources" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
170      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioSource.getName())%>" />
171    </p:path>
172   
173    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
174    <t:tab id="properties" title="Properties">
175
176    <tbl:toolbar
177      >
178      <tbl:button 
179        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
180        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
181        onclick="editItem()" 
182        title="Edit&hellip;" 
183        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this biosource" : "You do not have permission to edit this biosource"%>" 
184      />
185      <tbl:button 
186        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
187        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
188        onclick="deleteItem()" 
189        title="Delete"
190        visible="<%=!bioSource.isRemoved()%>"
191        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this biosource" : "You do not have permission to delete this biosource"%>" 
192      />
193      <tbl:button 
194        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
195        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
196        onclick="restoreItem()" 
197        title="Restore"
198        visible="<%=bioSource.isRemoved()%>"
199        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this biosource" : "You do not have permission to restore this biosource"%>" 
200      />
201      <tbl:button 
202        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
203        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
204        onclick="shareItem()" 
205        title="Share&hellip;" 
206        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this biosource to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this biosource"%>"
207      />
208      <tbl:button 
209        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
210        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
211        onclick="setOwner()" 
212        title="Set owner&hellip;"
213        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
214      />
215      <tbl:button
216        image="add.png"
217        onclick="newSample()"
218        title="New sample&hellip;"
219        tooltip="Create a new sample from this biosource"
220        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE) && usePermission%>"
221      />
222      <tbl:button 
223        image="import.gif" 
224        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
225        title="Import&hellip;" 
226        tooltip="Import data" 
227        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
228      />
229      <tbl:button 
230        image="export.gif" 
231        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
232        title="Export&hellip;" 
233        tooltip="Export data" 
234        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
235      />
236      <tbl:button 
237        image="runplugin.gif" 
238        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
239        title="Run plugin&hellip;" 
240        tooltip="Run a plugin" 
241        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
242      />
243      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
244        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
245      <tbl:button
246        image="help.gif"
247        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'biosource.view.properties')"%>"
248        title="Help&hellip;"
249        tooltip="Get help about this page"
250        />
251      </tbl:toolbar>
252    <div class="boxedbottom">
253      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(bioSource)%></i></div>
254      <%
255      if (bioSource.isRemoved() || bioSource.isShared())
256      {
257        %>
258        <div class="itemstatus">
259          <base:icon 
260            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
261            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
262            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
263            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
264          <base:icon image="used.gif" 
265            onclick="showUsingItems()"
266            tooltip="Show the items that are using this one"
267            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
268          <base:icon image="shared.gif" 
269            visible="<%=bioSource.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
270        </div>
271        <%
272      }
273      %>
274      <table class="form" cellspacing="0">
275      <tr>
276        <td class="prompt">Name</td>
277        <td><%=HTML.encodeTags(bioSource.getName())%></td>
278      </tr>
279      <tr>
280        <td class="prompt">Registered</td>
281        <td><%=dateFormatter.format(bioSource.getEntryDate())%></td>
282      </tr>
283      <tr>
284        <td class="prompt">External ID</td>
285        <td><%=HTML.encodeTags(bioSource.getExternalId())%></td>
286      </tr>
287      <tr>
288        <td class="prompt">Owner</td>
289        <td><base:propertyvalue item="<%=bioSource%>" property="owner" /></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <td class="prompt">Description</td>
293        <td><%=HTML.niceFormat(bioSource.getDescription())%></td>
294      </tr>
295      </table>
296
297      <%
298      ItemQuery<Sample> sampleQuery = bioSource.getSamples();
299      sampleQuery.include(Include.ALL);
300      sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
301      ItemResultList<Sample> samples = sampleQuery.list(dc);
302      if (samples.size() == 0)
303      {
304        %>
305        <h4>Samples</h4>
306        No samples have been created from this biosource
307        (or, you don't have permission to view them).
308        <%
309      }
310      else
311      {
312        %>
313        <h4 class="docked">Samples</h4>
314        <tbl:table
315          id="samples"
316          clazz="itemlist"
317          columns="all"
318          >
319        <tbl:columndef 
320          id="name"
321          title="Name"
322        />
323        <tbl:columndef 
324          id="description"
325          title="Description"
326        />
327        <tbl:data>
328          <tbl:columns>
329          </tbl:columns>
330          <tbl:rows>
331          <%
332          for (Sample item : samples)
333          {
334            %>
335            <tbl:row>
336              <tbl:cell column="name"><base:icon 
337                  image="deleted.gif" 
338                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
339                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
340                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
341              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
342            </tbl:row>
343            <%
344          }
345          %>
346          </tbl:rows>
347        </tbl:data>
348        </tbl:table>
349        <%
350      }     
351     
352      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
353      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(bioSource));
354      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
355      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
356      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
357     
358      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
359      {
360        %>
361        <h4 class="docked">Shared to</h4>
362        <tbl:table 
363          id="itemsSharedTo"
364          clazz="itemlist"
365          columns="all"
366        >
367          <tbl:columndef 
368            id="itemType"
369            title="Item type"
370          />
371          <tbl:columndef 
372            id="name"
373            title="Name"
374          />
375          <tbl:columndef 
376            id="permissions"
377            title="Permissions"
378          />
379          <tbl:data>
380            <tbl:columns>
381            </tbl:columns>
382            <tbl:rows>
383            <%
384            while(projects.hasNext())
385            {
386              Project project = projects.next();
387              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
388              %>     
389              <tbl:row>
390                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
391                <tbl:cell column="name"><base:icon 
392                  image="deleted.gif" 
393                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
394                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
395                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
396                <tbl:cell column="permissions">
397                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
398                </tbl:cell>
399              </tbl:row>
400              <%
401            }
402            while(groups.hasNext())
403            {
404              Group group = groups.next();
405              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
406              %>
407              <tbl:row>             
408                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
409                <tbl:cell column="name"><base:icon 
410                  image="deleted.gif" 
411                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
412                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
413                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
414                <tbl:cell column="permissions">
415                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
416                </tbl:cell>
417              </tbl:row>
418              <% 
419            }
420            while (users.hasNext())
421            {
422              User user = users.next();
423              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
424              %>
425              <tbl:row>             
426                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
427                <tbl:cell column="name"><base:icon 
428                  image="deleted.gif" 
429                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
430                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
431                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
432                <tbl:cell column="permissions">
433                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
434                </tbl:cell>
435              </tbl:row>
436              <%
437            }
438            %>
439            </tbl:rows>
440          </tbl:data>
441        </tbl:table>
442        <%
443      }
444      else
445      {
446        %>
447        <h4>Shared to</h4>
448        This biosource is not shared
449        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
450        <%
451      }     
452      %>
453 
454    </div>
455      </t:tab>
456     
457      <t:tab id="annotations" title="Annotations" >
458        <div class="boxed">
459        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
460          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
461          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
462          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
463        </jsp:include>
464        </div>
465      </t:tab>
466      <t:tab id="overview" title="Overview" 
467        tooltip="Display a tree overview of related items">
468        <%
469        if ("overview".equals(tab))
470        {
471          %>
472          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
473            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
474            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
475            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
476          </jsp:include>
477          <%
478        }
479        %>
480      </t:tab>     
481      </t:tabcontrol>
482
483
484  </base:body>
485  </base:page>
486  <%
487}
488finally
489{
490  if (dc != null) dc.close();
491}
492
493%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.