source: trunk/www/biomaterials/biosources/view_biosource.jsp @ 6242

Last change on this file since 6242 was 6242, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

References #1729 and #1730. Implement lazy loading of 'Item overview' as a tab activation event instead of a page reload.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 14.6 KB
Line 
1<%-- $Id: view_biosource.jsp 6242 2013-02-25 09:10:44Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Group"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
34  import="net.sf.basedb.core.Permission"
35  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
36  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
37  import="net.sf.basedb.core.Sample"
38  import="net.sf.basedb.core.User"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
43  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
45  import="net.sf.basedb.core.Project"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
48  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
49  import="net.sf.basedb.core.SharedItem"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
54  import="net.sf.basedb.util.Values"
55  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Collections"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Set"
68  import="java.util.List"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
74<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
75<%!
76  private static final Item itemType = Item.BIOSOURCE;
77  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
78%>
79<%
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
81final String ID = sc.getId();
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83final int itemId = cc.getId();
84final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
85final float scale = Base.getScale(sc);
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87try
88{
89  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91
92  String title = null;
93  BioSource bioSource = BioSource.getById(dc, itemId);
94 
95  final boolean usePermission = bioSource.hasPermission(Permission.USE);
96  final boolean writePermission = bioSource.hasPermission(Permission.WRITE);
97  final boolean deletePermission = bioSource.hasPermission(Permission.DELETE);
98  final boolean sharePermission = bioSource.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
99  final boolean setOwnerPermission = bioSource.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
100  final boolean isRemoved = bioSource.isRemoved();
101  final boolean isUsed = isRemoved && bioSource.isUsed();
102  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
103  final boolean isOwner = bioSource.isOwner();
104  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioSource);
105  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
106  %>
107  <base:page title="<%=title%>">
108  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
109    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
110    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
111    <script>
112    function editItem()
113    {
114      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
115    }
116    function shareItem()
117    {
118      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareBioSource', 600, 400);
119    }
120    function deleteItem()
121    {
122      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
123    }
124    function restoreItem()
125    {
126      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
127    }
128    function deleteItemPermanently()
129    {
130      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
131    }
132    function itemDeleted()
133    {
134      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
135    }
136    function showUsingItems()
137    {
138      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
139    }
140    function setOwner()
141    {
142      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
143    }
144    function runPlugin(cmd)
145    {
146      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
147    }
148    function newSample()
149    {
150      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SAMPLE', 0, true, '&biosource_id=<%=itemId%>');
151    }
152    function switchTab(tabControlId, tabId)
153    {
154      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
155      if ((tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
156      {
157        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
158      }
159      else
160      {
161        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
162      }
163    }
164    </script>
165  </base:head>
166  <base:body>
167    <p:path><p:pathelement 
168      title="Biosources" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" /><p:pathelement 
169      title="<%=HTML.encodeTags(bioSource.getName())%>" /></p:path>
170   
171    <t:tabcontrol id="main" subclass="content mastertabcontrol" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
172    <t:tab id="properties" title="Properties">
173
174      <div>
175      <table class="fullform bottomborder">
176      <tr>
177        <th class="itemstatus">
178          <base:icon 
179            image="shared.png" 
180            visible="<%=bioSource.isShared()%>"
181            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
182          />
183          <base:icon 
184            image="deleted.png"
185            onclick="deleteItemPermanently()"
186            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
187            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
188            visible="<%=isRemoved%>" 
189          />
190          <base:icon image="used.png" 
191            onclick="showUsingItems()"
192            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
193            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
194        </th>
195        <td style="padding: 0px;">
196          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
197            <tbl:button 
198              disabled="<%=!writePermission%>" 
199              image="edit.png" 
200              onclick="editItem()" 
201              title="Edit&hellip;" 
202              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this biosource" : "You do not have permission to edit this biosource"%>" 
203            />
204            <tbl:button 
205              disabled="<%=!deletePermission%>" 
206              image="delete.png" 
207              onclick="deleteItem()" 
208              title="Delete"
209              visible="<%=!bioSource.isRemoved()%>"
210              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this biosource" : "You do not have permission to delete this biosource"%>" 
211            />
212            <tbl:button 
213              disabled="<%=!writePermission%>" 
214              image="restore.png" 
215              onclick="restoreItem()" 
216              title="Restore"
217              visible="<%=bioSource.isRemoved()%>"
218              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this biosource" : "You do not have permission to restore this biosource"%>" 
219            />
220            <tbl:button 
221              disabled="<%=!sharePermission%>"
222              image="share.png"
223              onclick="shareItem()" 
224              title="Share&hellip;" 
225              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this biosource to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this biosource"%>"
226            />
227            <tbl:button 
228              disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
229              image="take_ownership.png"
230              onclick="setOwner()" 
231              title="Set owner&hellip;"
232              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
233            />
234            <tbl:button
235              image="add.png"
236              onclick="newSample()"
237              title="New sample&hellip;"
238              tooltip="Create a new sample from this biosource"
239              visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE) && usePermission%>"
240            />
241            <tbl:button 
242              image="import.png" 
243              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
244              title="Import&hellip;" 
245              tooltip="Import data" 
246              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
247            />
248            <tbl:button 
249              image="export.png" 
250              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
251              title="Export&hellip;" 
252              tooltip="Export data" 
253              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
254            />
255            <tbl:button 
256              image="runplugin.png" 
257              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
258              title="Run plugin&hellip;" 
259              tooltip="Run a plugin" 
260              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
261            />
262            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
263              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
264            <tbl:button
265              image="help.png"
266              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'biosource.view.properties')"%>"
267              title="Help&hellip;"
268              tooltip="Get help about this page"
269              />
270            </tbl:toolbar>
271        </td>
272      </tr>
273      <tr>
274        <th>Name</th>
275        <td><%=HTML.encodeTags(bioSource.getName())%></td>
276      </tr>
277      <tr>
278        <th>Type</th>
279        <td><base:propertyvalue item="<%=bioSource%>" property="itemSubtype" /></td>
280      </tr>
281      <tr>
282        <th>Registered</th>
283        <td><%=dateFormatter.format(bioSource.getEntryDate())%></td>
284      </tr>
285      <tr>
286        <th>External ID</th>
287        <td><%=HTML.encodeTags(bioSource.getExternalId())%></td>
288      </tr>
289      <tr>
290        <th>Owner</th>
291        <td><base:propertyvalue item="<%=bioSource%>" property="owner" /></td>
292      </tr>
293      <tr>
294        <th>Permissions</th>
295        <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(bioSource)%></td>
296      </tr>
297      <tr>
298        <th>Description</th>
299        <td><%=HTML.niceFormat(bioSource.getDescription())%></td>
300      </tr>
301      </table>
302      </div>
303      <%
304      ItemQuery<Sample> sampleQuery = bioSource.getSamples();
305      sampleQuery.include(Include.ALL);
306      sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
307      ItemResultList<Sample> samples = sampleQuery.list(dc);
308      %>
309      <base:section 
310        id="sampleSection" 
311        title="<%="Child samples (" + samples.size() + ")"%>"
312        context="<%=cc%>"
313        >
314        <%
315        if (samples.size() == 0)
316        {
317          %>
318          <div class="messagecontainer note">
319          No samples have been created from this biosource
320          (or, you don't have permission to view them).
321          </div>
322          <%
323        }
324        else
325        {
326          %>
327          <tbl:table
328            id="samples"
329           
330            columns="all"
331            >
332          <tbl:columndef 
333            id="name"
334            title="Name"
335          />
336          <tbl:columndef 
337            id="type"
338            title="Type"
339          />
340          <tbl:columndef 
341            id="description"
342            title="Description"
343          />
344          <tbl:data>
345            <tbl:headers>
346              <tbl:headerrow>
347                <tbl:columnheaders />
348              </tbl:headerrow>
349            </tbl:headers>
350            <tbl:rows>
351            <%
352            for (Sample item : samples)
353            {
354              %>
355              <tbl:row>
356                <tbl:cell column="name"><base:icon 
357                    image="deleted.png" 
358                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
359                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
360                  /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
361                  <tbl:cell column="type"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
362                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
363              </tbl:row>
364              <%
365            }
366            %>
367            </tbl:rows>
368          </tbl:data>
369          </tbl:table>
370          <%
371        }     
372        %>
373      </base:section>
374      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
375        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
376        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
377        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
378        <jsp:param name="title" value="Other items related to this biosource" />
379      </jsp:include>
380     
381      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
382        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
383        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
384        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
385        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
386      </jsp:include>
387      </t:tab>
388     
389      <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
390        tooltip="View annotation values" clazz="white">
391        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
392          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
393          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
394          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
395        </jsp:include>
396      </t:tab>
397      <t:tab id="overview" title="Overview" 
398        tooltip="Display a tree overview of related items"
399        activate="Overview.loadOnce()">
400        <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
401          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
402          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
403          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
404        </jsp:include>
405      </t:tab>     
406      <t:tab id="history" title="Change history" 
407        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
408        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
409        <%
410        if ("history".equals(tab))
411        {
412          %>
413          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
414            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
415            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
416            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
417          </jsp:include>
418          <%
419        }
420        %>
421      </t:tab>     
422      </t:tabcontrol>
423  </base:body>
424  </base:page>
425  <%
426}
427finally
428{
429  if (dc != null) dc.close();
430}
431
432%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.