source: trunk/www/biomaterials/events/list_events.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 20.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_events.jsp 6701 2015-01-30 13:14:46Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlateEvent"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventParticipant"
34  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
35  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
36  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
37  import="net.sf.basedb.core.Unit"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.Permission"
41  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
42  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
48  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
49  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
50  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.Values"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="java.util.List"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Date"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
72<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.BIOMATERIALEVENT;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final Item bioMaterialType = Item.valueOf(request.getParameter("biomaterial_type"));
80final int bioMaterialId = Values.getInt(request.getParameter("biomaterial_id"));
81final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
82final String ID = sc.getId();
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("event", "events");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<BioMaterialEvent> events = null;
90try
91{
92  final MeasuredBioMaterial bioMaterial = (MeasuredBioMaterial)bioMaterialType.getById(dc, bioMaterialId);
93  final BioMaterialEvent creationEvent = bioMaterial.getCreationEvent();
94  final boolean createPermission = bioMaterial.hasPermission(Permission.WRITE);
95  final boolean deletePermission = createPermission;
96
97  String viewPage = null;
98  String listName = null;
99  if (bioMaterialType == Item.SAMPLE)
100  {
101    listName = "Samples";
102    viewPage = "../samples/index.jsp";
103  }
104  else if (bioMaterialType == Item.EXTRACT)
105  {
106    listName = "Extracts";
107    viewPage = "../extracts/index.jsp";
108  }
109 
110  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
111  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
112  try
113  {
114    final ItemQuery<BioMaterialEvent> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, bioMaterial.getEvents(), mode);
115    events = query.iterate(dc);
116  }
117  catch (Throwable t)
118  {
119    cc.setMessage(t.getMessage());
120    t.printStackTrace();
121  }
122  int numListed = 0;
123  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
124  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
125  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioMaterial);
126  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
127  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
128  %>
129  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
130  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~events.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
131    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
132    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
133  </base:head>
134 
135  <base:body>
136    <p:path><p:pathelement 
137      title="<%=listName%>" href="<%=viewPage+"?ID="+ID%>" 
138      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioMaterial.getName())%>"
139      /></p:path>
140
141    <t:tabcontrol 
142      id="main" 
143      subclass="mastertabcontrol content"
144      active="events">
145    <t:tab id="properties" title="Properties" />
146    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters"
147      tooltip="View annotation values and protocol parameters" />
148   
149    <t:tab id="events" title="Events">
150    <tbl:table 
151      id="events" 
152      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
153      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
154      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
155      action="index.jsp"
156      sc="<%=sc%>"
157      item="<%=itemType%>"
158      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
159      subclass="fulltable"
160      >
161      <tbl:hidden 
162        name="mode" 
163        value="<%=mode.getName()%>" 
164      />
165      <tbl:hidden 
166        name="biomaterial_id"
167        value="<%=String.valueOf(bioMaterialId)%>" 
168      />
169      <tbl:hidden 
170        name="biomaterial_type" 
171        value="<%=bioMaterialType.name()%>" 
172      />
173      <tbl:hidden 
174        name="callback" 
175        value="<%=callback%>" 
176        skip="<%=callback == null%>" 
177      />
178      <%
179      Enumeration<String, String> eventTypes = new Enumeration<String, String>();
180      for (BioMaterialEvent.Type et : BioMaterialEvent.Type.values())
181      {
182        eventTypes.add(Integer.toString(et.getValue()), HTML.encodeTags(et.toString()));
183      }
184      %>
185      <tbl:columndef 
186        id="type"
187        property="eventType"
188        datatype="int"
189        title="Type"
190        enumeration="<%=eventTypes%>"
191        sortable="true" 
192        filterable="true"
193        exportable="true"
194        show="always" 
195      />
196      <tbl:columndef 
197        id="id"
198        clazz="uniquecol"
199        property="id"
200        datatype="int"
201        title="ID"
202        sortable="true"
203        filterable="true"
204        exportable="true"
205      />
206      <tbl:columndef 
207        id="entryDate"
208        property="entryDate"
209        datatype="date"
210        title="Entry date"
211        sortable="true" 
212        filterable="true"
213        exportable="true"
214        formatter="<%=dateFormatter%>"
215      />
216      <tbl:columndef 
217        id="eventDate"
218        property="eventDate"
219        datatype="date"
220        title="Event date"
221        sortable="true" 
222        filterable="true"
223        exportable="true"
224        formatter="<%=dateFormatter%>"
225      />
226      <tbl:columndef 
227        id="quantity"
228        datatype="float"
229        title="Used quantity (µg)"
230        sortable="false" 
231        filterable="false"
232        exportable="false"
233        unit="<%=microGram%>"
234        formatter="<%=numericFormatter %>"
235      />
236      <tbl:columndef
237        id="bioPlateEvent"
238        property="bioPlateEventParticipant.event.name"
239        datatype="string"
240        title="Plate event"
241        sortable="true" 
242        filterable="true"
243        exportable="true"
244      />
245      <tbl:columndef 
246        id="protocol"
247        property="protocol.name"
248        datatype="string"
249        title="Protocol"
250        sortable="true" 
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253      />
254      <tbl:columndef 
255        id="user"
256        property="user.name"
257        datatype="string"
258        title="User"
259        sortable="true" 
260        filterable="true"
261        exportable="true"
262      />
263      <tbl:columndef 
264        id="comment"
265        property="comment"
266        datatype="string"
267        title="Comment" 
268        sortable="true" 
269        filterable="true" 
270        exportable="true"
271      />
272      <tbl:columndef
273        id="permission"
274        title="Permission"
275      />
276      <tbl:columndef 
277        id="xt-columns" 
278        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
279        jspcontext="<%=jspContext%>" 
280      />
281      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
282        <tbl:toolbar
283          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
284          subclass="bottomborder"
285          >
286          <tbl:button 
287            id="btnNewItem"
288            data-extra-url="<%="&biomaterial_type="+bioMaterialType.name()+"&biomaterial_id="+bioMaterialId%>"
289            disabled="<%=!createPermission%>" 
290            image="new.png" 
291            title="New&hellip;" 
292            tooltip="<%=createPermission ? "Create new event" : "You do not have permission to create events"%>" 
293          />
294          <tbl:button 
295            id="btnDeleteItems"
296            disabled="<%=!deletePermission%>" 
297            image="delete.png" 
298            title="Delete&hellip;"
299            data-confirm="1"
300            tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected events" : "You do not have permission to delete events"%>" 
301          />
302          <tbl:button 
303            id="btnColumns"
304            image="columns.png" 
305            title="Columns&hellip;" 
306            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
307          />
308          <tbl:button 
309            id="btnImport"
310            data-plugin-type="IMPORT"
311            image="import.png" 
312            title="Import&hellip;" 
313            tooltip="Import data" 
314            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
315          />
316          <tbl:button 
317            id="btnExport"
318            data-plugin-type="EXPORT"
319            image="export.png" 
320            title="Export&hellip;" 
321            tooltip="Export data" 
322            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
323          />
324          <tbl:button 
325            id="btnRunPlugin"
326            data-plugin-type="OTHER"
327            image="runplugin.png" 
328            title="Run plugin&hellip;" 
329            tooltip="Run a plugin" 
330            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
331          />
332          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
333            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
334        </tbl:toolbar>
335        <tbl:panel>
336          <tbl:presetselector />
337          <tbl:navigator
338            page="<%=cc.getPage()%>" 
339            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
340            totalrows="<%=events == null ? 0 : events.getTotalCount()%>" 
341            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
342          />
343        </tbl:panel>
344      </div>
345      <tbl:data>
346        <tbl:headers>
347          <tbl:headerrow>
348            <tbl:header colspan="3" />
349            <tbl:columnheaders />
350          </tbl:headerrow>
351          <%
352          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
353          int numRows = cc.getFilterRows();
354          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
355          {
356            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
357            %>
358            <tbl:headerrow>
359              <tbl:header subclass="index" />
360              <tbl:header 
361                subclass="check" 
362                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
363                ><base:icon 
364                  id="check.uncheck"
365                  image="check_uncheck.png" 
366                  tooltip="Check/uncheck all" 
367                  visible="<%=lastRow%>"
368                /></tbl:header>
369              <tbl:header 
370                subclass="check" 
371                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
372                />
373              <tbl:header 
374                subclass="icons" 
375                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
376                >
377                <base:icon
378                  subclass="link table-filter-row-action"
379                  image="add.png"
380                  tooltip="Add extra filter row"
381                  visible="<%=lastRow%>"
382                /><base:icon
383                  subclass="link table-filter-row-action"
384                  image="remove.png"
385                  tooltip="Remove this filter row"
386                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
387                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
388                />
389              </tbl:header>
390              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
391            </tbl:headerrow>
392            <%
393          }
394          %>
395        </tbl:headers>
396        <tbl:rows>
397          <%
398          if (cc.getMessage() != null)
399          {
400            %>
401            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
402              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
403            </tbl:panel>
404            <%
405            cc.setMessage(null);
406          }
407          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
408          int selectedItemId = cc.getId();
409          if (events != null)
410          {
411            while (events.hasNext())
412            {
413              BioMaterialEvent item = events.next();
414              BioMaterialEvent.Type eventType = item.getEventType();
415              int itemId = item.getId();
416              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
417              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
418                "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
419              String name = "TODO";
420              index++;
421              numListed++;
422              %>
423              <tbl:row>
424                <tbl:header 
425                  clazz="index"
426                  ><%=index%></tbl:header>
427                <tbl:header 
428                  clazz="check" 
429                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
430                  ><input 
431                    type="checkbox" 
432                    name="<%=itemId%>" 
433                    value="<%=itemId%>" 
434                    title="TODO" 
435                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
436                  ></tbl:header>
437                <tbl:header 
438                  clazz="check" 
439                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
440                  ><input 
441                      type="radio" 
442                      name="item_id" 
443                      value="<%=itemId%>" 
444                      title="<%=name%>" 
445                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
446                    ></tbl:header>
447                <tbl:header 
448                  clazz="icons" 
449                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
450                  >&nbsp;</tbl:header>
451                <tbl:cell column="type">
452                  <%
453                  if (eventType == BioMaterialEvent.Type.OTHER)
454                  {
455                    %>
456                    <div
457                      class="link table-item"
458                      data-item-id="<%=itemId%>"
459                      data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
460                      data-extra-url="&biomaterial_type=<%=bioMaterialType.name()%>&biomaterial_id=<%=bioMaterialId%>"
461                      tabindex="0"
462                      title="<%=tooltip%>"><%=eventType%></div>
463                    <%
464                  }
465                  else if (eventType == BioMaterialEvent.Type.CREATION)
466                  {
467                    if (item.equals(creationEvent))
468                    {
469                      %>
470                      <div
471                        class="link table-item"
472                        data-item-id="<%=itemId%>"
473                        data-no-edit="1" 
474                        data-extra-url="&biomaterial_type=<%=bioMaterialType.name()%>&biomaterial_id=<%=bioMaterialId%>"
475                        tabindex="0"
476                        title="View this item">Created</div>
477                      <%
478                    }
479                    else
480                    {
481                      MeasuredBioMaterial child = null;
482                      try
483                      {
484                        child = item.getBioMaterial();
485                      }
486                      catch (PermissionDeniedException ex)
487                      {}
488                      %>
489                      <div
490                        class="link table-item"
491                        data-item-id="<%=itemId%>"
492                        data-no-edit="1" 
493                        data-extra-url="&biomaterial_type=<%=bioMaterialType.name()%>&biomaterial_id=<%=bioMaterialId%>"
494                        tabindex="0"
495                        title="View this item">
496                        Created <%=child == null ? "child" : child.getType().toString().toLowerCase() %>: <base:propertyvalue 
497                            item="<%=item%>" 
498                            property="bioMaterial"
499                            enableEditLink="<%=false%>" 
500                            enablePropertyLink="<%=false%>"
501                          />
502                        </div>
503                      <%
504                    }
505                  }
506                  else if (eventType == BioMaterialEvent.Type.BIOASSAY)
507                  {
508                    %>
509                    <div
510                      class="link table-item"
511                      data-item-id="<%=itemId%>"
512                      data-no-edit="1" 
513                      data-extra-url="&biomaterial_type=<%=bioMaterialType.name()%>&biomaterial_id=<%=bioMaterialId%>"
514                      tabindex="0"
515                      title="View this item">
516                        Bioassay: <base:propertyvalue 
517                            item="<%=item%>" 
518                            property="physicalBioAssay"
519                            enableEditLink="<%=false%>" 
520                            enablePropertyLink="<%=false%>"
521                          />
522                    </div>
523                    <%
524                  }
525                  %>
526                </tbl:cell>
527                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
528                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=item.getEventDate()%>" />
529                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
530                <tbl:cell column="quantity" value="<%=item.getUsedQuantity(bioMaterial)%>" />
531                <tbl:cell column="bioPlateEvent">
532                  <%
533                  try
534                  {
535                    BioPlateEventParticipant participant = item.getBioPlateEventParticipant();
536                    if (participant != null)
537                    {
538                      BioPlateEvent event = participant.getEvent();
539                      String extraUrl = "";
540                      try
541                      {
542                        extraUrl = "&bioplate_id=" + participant.getBioPlate().getId();
543                      }
544                      catch (PermissionDeniedException ex)
545                      {}
546                      boolean editLink = event.hasPermission(Permission.WRITE);
547                      if (mode.hasPropertyLink())
548                      {
549                        %>
550                        <span class="link auto-init"
551                          data-auto-init="item-link" 
552                          data-item-type="BIOPLATEEVENT"
553                          data-item-id="<%=event.getId()%>"
554                          data-no-edit="<%=editLink ? 0 : 1 %>"
555                          data-extra-url="<%=extraUrl %>"
556                          title="View this bioplate event <%=editLink? "(use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : ""%>"
557                        >
558                        <%=HTML.encodeTags(event.getName()) %>
559                        </span>
560                        <%
561                      }
562                      else
563                      {
564                        %>
565                        <%=HTML.encodeTags(event.getName()) %>
566                        <%
567                      }
568                    }
569                    else
570                    {
571                      %>
572                      <i>- none -</i>
573                      <%
574                    }
575                  }
576                  catch (PermissionDeniedException ex)
577                  {
578                    %>
579                    <i>- denied -</i>
580                    <%
581                  }
582                  %>
583                </tbl:cell>
584                <tbl:cell column="protocol"
585                  ><base:propertyvalue 
586                    item="<%=item%>" 
587                    property="protocol"
588                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
589                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
590                  /></tbl:cell>
591                <tbl:cell column="user"
592                  ><base:propertyvalue 
593                    item="<%=item%>" 
594                    property="user"
595                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
596                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
597                  /></tbl:cell>
598                <tbl:cell column="comment"><%=HTML.encodeTags(item.getComment())%></tbl:cell>
599                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
600                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
601                  <tbl:cell column="xt-columns" />
602                </tbl:xt-cells>
603              </tbl:row>
604              <%
605            }
606          }
607          if (numListed == 0)
608          {
609            %>
610            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
611              <div class="messagecontainer note">
612              <%=events == null || events.getTotalCount() == 0 ? "No events were found" : "No events on this page. Please select another page!" %>
613              </div>
614            </tbl:panel>
615            <%
616          }
617          %>
618          </tbl:rows>
619        </tbl:data>
620    </tbl:table>
621    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
622      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
623      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
624      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
625    </base:buttongroup>
626    </t:tab>
627   
628    <t:tab id="overview" title="Overview" 
629      tooltip="Display a tree overview of related items" />
630    <t:tab id="history" title="Change history" 
631        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
632        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
633    </t:tabcontrol>
634
635  </base:body>
636  </base:page>
637  <%
638}
639finally
640{
641  if (events != null) events.close();
642  if (dc != null) dc.close();
643}
644%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.