source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 4730

Last change on this file since 4730 was 4730, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 A labeledextract's or extract's bioplate/biowell are now available in the webclient. The pages has gone through some testings but can still have some bugs.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 4730 2009-01-15 15:32:54Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
32  import="net.sf.basedb.core.Sample"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
40  import="net.sf.basedb.core.Unit"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="java.util.Iterator"
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83
84final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
85final String callback = request.getParameter("callback");
86final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
87final DbControl dc = sc.newDbControl();
88ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
89ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
90try
91{
92  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
93  final boolean createLabeledExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.LABELEDEXTRACT);
94  final ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractQuery = LabeledExtract.getQuery();
95  labeledExtractQuery.include(cc.getInclude());
96  labeledExtractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("extracts")));
97  labeledExtractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
98
99  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
105    extracts = query.iterate(dc);
106  }
107  catch (Throwable t)
108  {
109    cc.setMessage(t.getMessage());
110    t.printStackTrace();
111  }
112  int numListed = 0;
113  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
114  %>
115  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
116  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
117    <script language="JavaScript">
118    var submitPage = 'index.jsp';
119    var formId = 'extracts';
120    function newItem()
121    {
122      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
123    }
124    function newPooledItem()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function newLabeledExtract(extractId)
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'LABELEDEXTRACT', 0, true, '&extract_id='+extractId);
143    }
144    function deleteItems()
145    {
146      var frm = document.forms[formId];
147      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
148      {
149        alert('Please select at least one item in the list');
150        return;
151      }
152      frm.action = submitPage;
153      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
154      frm.submit();
155    }
156    function restoreItems()
157    {
158      var frm = document.forms[formId];
159      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
160      {
161        alert('Please select at least one item in the list');
162        return;
163      }
164      frm.action = submitPage;
165      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
166      frm.submit();
167    }
168    function deleteItemPermanently(itemId)
169    {
170      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
171    }
172    function setOwner()
173    {
174      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
175    }
176    function shareItem(itemId)
177    {
178      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareExtracts', 600, 400);
179    }
180    function shareItems()
181    {
182      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
183    }
184    function configureColumns()
185    {
186      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
187    }
188    function runPlugin(cmd)
189    {
190      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
191    }
192    function returnSelected()
193    {
194      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
195      window.close();
196    }
197    function presetOnChange()
198    {
199      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
200    }
201    function newBioMaterialList()
202    {
203      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
204      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
205    }
206    </script>
207  </base:head>
208 
209  <base:body>
210    <%
211    if (cc.getMessage() != null)
212    {
213      %>
214      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
215      <%
216      cc.setMessage(null);
217    }
218    %>
219    <tbl:table 
220      id="extracts" 
221      clazz="itemlist" 
222      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
223      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
224      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
225      title="<%=title%>"
226      action="index.jsp"
227      sc="<%=sc%>"
228      item="<%=itemType%>"
229      >
230      <tbl:hidden 
231        name="mode" 
232        value="<%=mode.getName()%>" 
233      />
234      <tbl:hidden 
235        name="callback" 
236        value="<%=callback%>" 
237        skip="<%=callback == null%>" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="name"
241        property="name"
242        datatype="string"
243        title="Name"
244        sortable="true" 
245        filterable="true"
246        exportable="true"
247        show="always" 
248      />
249      <tbl:columndef
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true"
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="remainingQuantity"
280        property="remainingQuantity"
281        datatype="float"
282        title="Remaining quantity (µg)"
283        sortable="true" 
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286        unit="<%=microGram%>"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="protocol"
290        property="creationEvent.protocol"
291        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
292        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
293        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
294        datatype="string"
295        title="Protocol"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="eventDate"
302        property="creationEvent.eventDate"
303        datatype="date"
304        title="Created"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        formatter="<%=dateFormatter%>"
309      />
310      <tbl:columndef 
311        id="entryDate"
312        property="creationEvent.entryDate"
313        datatype="date"
314        title="Registered"
315        sortable="true" 
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        formatter="<%=dateFormatter%>"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="pooled"
322        property="pooled"
323        datatype="boolean"
324        title="Pooled"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328      />
329      <tbl:columndef
330        id="parents"
331        title="Parents"
332        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
333        datatype="string"
334        filterable="true"
335      />
336      <tbl:columndef
337        id="labeledextracts"
338        title="Labeled extracts"
339        property="&children(name)"
340        datatype="string"
341        filterable="true"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="bioPlate"
345        property="bioWell.bioPlate.name"
346        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
347        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
348        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
349        datatype="string"
350        title="Bioplate"
351        sortable="true" 
352        filterable="true"
353        exportable="true"
354      />
355      <tbl:columndef 
356        id="bioWell"
357        property="bioWell.row"
358        sortproperty="bioWell.row"
359        filterproperty="bioWell.row"
360        exportproperty="bioWell.row"
361        datatype="string"
362        title="Biowell" 
363        filterable="true"
364        exportable="true"
365      /> 
366      <tbl:columndef 
367        id="owner"
368        property="owner.name"
369        datatype="string"
370        title="Owner"
371        sortable="true" 
372        filterable="true"
373        exportable="true"
374      />
375      <tbl:columndef 
376        id="description"
377        property="description"
378        datatype="string"
379        title="Description" 
380        sortable="true" 
381        filterable="true" 
382        exportable="true"
383      />     
384      <tbl:columndef
385        id="bioMaterialList"
386        property="@bioMaterialLists"
387        datatype="int"
388        title="Biomaterial list"
389        filterable="true"
390        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
391        multiple="false"
392      />
393      <%
394      for (AnnotationType at : annotationTypes)
395      {
396        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
397        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
398        if (at.isEnumeration())
399        {
400          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
401          List<?> values = at.getValues();
402          for (Object value : values)
403          {
404            String encoded = formatter.format(value);
405            annotationEnum.add(encoded, encoded);
406          }
407        }
408        %>
409        <tbl:columndef 
410          id="<%="at"+at.getId()%>"
411          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
412          property="<%="#"+at.getId()%>"
413          annotation="true"
414          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
415          enumeration="<%=annotationEnum%>"
416          sortable="false" 
417          filterable="true" 
418          exportable="true"
419          formatter="<%=formatter%>"
420          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
421        />
422        <%
423      }
424      %>
425      <tbl:columndef
426        id="permission"
427        title="Permission"
428      />
429      <tbl:columndef 
430        id="sharedTo" 
431        title="Shared to"
432      />
433      <tbl:toolbar
434        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
435        >
436        <tbl:button 
437          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
438          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
439          onclick="newItem()" 
440          title="New&hellip;" 
441          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
442        />
443        <tbl:button 
444          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
445          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
446          onclick="newPooledItem()" 
447          title="Pool&hellip;" 
448          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
449        />
450        <tbl:button 
451          image="delete.gif"
452          onclick="deleteItems()" 
453          title="Delete" 
454          tooltip="Delete the selected items" 
455        />
456        <tbl:button 
457          image="restore.gif"
458          onclick="restoreItems()" 
459          title="Restore" 
460          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
461        />
462        <tbl:button 
463          image="share.gif"
464          onclick="shareItems()" 
465          title="Share&hellip;" 
466          tooltip="Share the selected items"
467        />
468        <tbl:button 
469          image="take_ownership.png"
470          onclick="setOwner()" 
471          title="Set owner&hellip;"
472          tooltip="Change owner of the selected items"
473        />
474        <tbl:button 
475          image="columns.gif" 
476          onclick="configureColumns()" 
477          title="Columns&hellip;" 
478          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
479        />
480        <tbl:button
481          image="add.png"
482          onclick="newBioMaterialList()"
483          title="New biomaterial list&hellip;"
484          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
485          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
486        />
487        <tbl:button 
488          image="import.gif" 
489          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
490          title="Import&hellip;" 
491          tooltip="Import data" 
492          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
493        />
494        <tbl:button 
495          image="export.gif" 
496          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
497          title="Export&hellip;" 
498          tooltip="Export data" 
499          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
500        />
501        <tbl:button 
502          image="runplugin.gif" 
503          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
504          title="Run plugin&hellip;" 
505          tooltip="Run a plugin" 
506          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
507        />
508      </tbl:toolbar>
509      <tbl:navigator
510        page="<%=cc.getPage()%>" 
511        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
512        totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
513        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
514      />
515      <tbl:data>
516        <tbl:columns>
517        <tbl:presetselector 
518          clazz="columnheader"
519          colspan="3"
520          onchange="presetOnChange()"
521        />
522        </tbl:columns>
523
524        <tr>
525          <tbl:header 
526            clazz="index"
527            >&nbsp;</tbl:header>
528          <tbl:header 
529            clazz="check" 
530            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
531            ><base:icon 
532              image="check_uncheck.gif" 
533              tooltip="Check/uncheck all" 
534              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
535            /></tbl:header>
536          <tbl:header 
537            clazz="check" 
538            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
539            >&nbsp;</tbl:header>
540          <tbl:header 
541            clazz="icons" 
542            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
543            >&nbsp;</tbl:header>
544          <tbl:propertyfilter />
545        </tr>
546         
547          <tbl:rows>
548          <%
549          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
550          int selectedItemId = cc.getId();
551          if (extracts != null)
552          {           
553            while (extracts.hasNext())
554            {
555              Extract item = extracts.next();
556              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
557              int itemId = item.getId();
558              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
559              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
560              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
561              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
562              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
563              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
564              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
565                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
566              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
567              index++;
568              numListed++;
569              %>
570              <tbl:row>
571                <tbl:header 
572                  clazz="index"
573                  ><%=index%></tbl:header>
574                <tbl:header 
575                  clazz="check" 
576                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
577                  ><input 
578                    type="checkbox" 
579                    name="<%=itemId%>" 
580                    value="<%=itemId%>" 
581                    title="<%=name%>" 
582                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
583                  ></tbl:header>
584                <tbl:header 
585                  clazz="check" 
586                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
587                  ><input 
588                    type="radio" 
589                    name="item_id" 
590                    value="<%=itemId%>" 
591                    title="<%=name%>" 
592                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
593                  ></tbl:header>
594                <tbl:header 
595                  clazz="icons" 
596                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
597                  ><base:icon 
598                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
599                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
600                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
601                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
602                  /><base:icon 
603                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
604                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
605                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
606                    visible="<%=item.isShared()%>"
607                  />&nbsp;</tbl:header>
608                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
609                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
610                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
611                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
612                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
613                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
614                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
615                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
616                <tbl:cell column="protocol"
617                  ><base:propertyvalue 
618                    item="<%=creationEvent%>" 
619                    property="protocol"
620                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
621                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
622                  /></tbl:cell>
623                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
624                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
625                <tbl:cell column="parents">
626                  <%
627                  if (!item.isPooled())
628                  {
629                    %>
630                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
631                    <%
632                  }
633                  else
634                  {
635                    String separator = "";
636                    ItemQuery<Extract> parentQuery  = (ItemQuery<Extract>)item.getCreationEvent().getSources();
637                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
638                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
639                   
640                    for (Extract e : parentQuery.list(dc))
641                    {
642                      out.write(separator);
643                      if (mode.hasPropertyLink())
644                      {
645                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
646                      }
647                      else
648                      {
649                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
650                      }
651                      separator = ", ";
652                    }
653                  }
654                  %>
655                </tbl:cell>
656                <tbl:cell column="labeledextracts">
657                  <%
658                  labeledExtractQuery.setParameter("extracts", itemId, Type.INT);
659                  try
660                  {
661                    String separator = "";
662                    for (LabeledExtract le : labeledExtractQuery.list(dc))
663                    {
664                      out.write(separator);
665                      if (mode.hasPropertyLink())
666                      {
667                        out.write(Base.getLinkedName(ID, le, false, mode.hasEditLink()));
668                      }
669                      else
670                      {
671                        out.write(HTML.encodeTags(le.getName()));
672                      }
673                      %>
674                      (<base:propertyvalue 
675                        item="<%=le%>" property="label" 
676                        enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
677                        enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"/>)
678                      <%
679                      separator = ", ";
680                    }
681                  }
682                  catch (Throwable t)
683                  {
684                    %>
685                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
686                    <%
687                  }
688                  %>
689                  <base:icon
690                    image="add.png"
691                    onclick="<%="newLabeledExtract("+itemId+")"%>"
692                    tooltip="Create a new labeled extract"
693                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createLabeledExtractPermission && usePermission%>"
694                  /></tbl:cell>
695                <tbl:cell column="bioPlate">
696                  <base:propertyvalue 
697                    item="<%=item%>" 
698                    property="bioWell.bioPlate"
699                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
700                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
701                  />
702                </tbl:cell>
703                <tbl:cell column="bioWell">
704                  <%
705                  try
706                  {
707                    BioWell bw = item.getBioWell();
708                    if (bw != null)
709                    {
710                      out.write("["+bw.getRow()+","+bw.getColumn()+"]");
711                    }
712                    else
713                    {
714                      out.write("<i>- none -</i>");
715                    }
716                  }
717                  catch (PermissionDeniedException ex)
718                  {
719                    out.write("<i>- denied -</i>");
720                  }
721                  %>
722                </tbl:cell>
723                <tbl:cell column="owner"
724                  ><base:propertyvalue 
725                    item="<%=item%>" 
726                    property="owner"
727                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
728                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
729                  /></tbl:cell>
730                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
731                <%
732                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
733                if (as != null)
734                {
735                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
736                  {
737                    if (as.hasAnnotation(at))
738                    {
739                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
740                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
741                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
742                      %>
743                      <tbl:cell 
744                        column="<%="at"+at.getId()%>"
745                        ><tbl:cellvalue 
746                          list="<%=a.getValues(null)%>"
747                          suffix="<%=suffix%>"
748                      /></tbl:cell>
749                      <%
750                    }
751                  }
752                }
753                %>
754                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
755                <tbl:cell column="sharedTo">
756                  <%
757                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
758                  while(sharees.hasNext())
759                  {
760                    Nameable n = sharees.next();
761                    if (mode.hasPropertyLink())
762                    {
763                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
764                    }
765                    else
766                    {
767                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
768                    }
769                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
770                  }
771                  %>
772                </tbl:cell>
773              </tbl:row>
774              <%
775              }
776            }
777          %>         
778          </tbl:rows>
779      </tbl:data>
780      <%
781      if (numListed == 0)
782      {
783        %>
784        <tbl:panel><%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
785        <%
786      }
787      else
788      {
789        %>
790        <tbl:navigator
791          page="<%=cc.getPage()%>" 
792          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
793          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
794          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
795          locked="true"
796        />
797        <%
798      }
799      %>
800    </tbl:table>
801    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
802      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
803      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
804      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
805    </base:buttongroup>
806    <br><br><br>
807  </base:body>
808  </base:page>
809  <%
810}
811finally
812{
813  if (extracts != null) extracts.close();
814  if (dc != null) dc.close();
815}
816%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.