source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 4895

Last change on this file since 4895 was 4895, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

Refereces #1128 Added new formatter classes and tested them on complex properties of extracts. Export of other items' complex properties should be implemented next.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 26.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 4895 2009-04-20 06:38:02Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
32  import="net.sf.basedb.core.Sample"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
40  import="net.sf.basedb.core.Unit"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="net.sf.basedb.util.Values"
74  import="java.util.Iterator"
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
97ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final boolean createLabeledExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.LABELEDEXTRACT);
102  final ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractQuery = LabeledExtract.getQuery();
103  labeledExtractQuery.include(cc.getInclude());
104  labeledExtractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("extracts")));
105  labeledExtractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
106
107  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
108  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
109  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
110  try
111  {
112    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
113    extracts = query.iterate(dc);
114  }
115  catch (Throwable t)
116  {
117    cc.setMessage(t.getMessage());
118    t.printStackTrace();
119  }
120  int numListed = 0;
121  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
122  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
123  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
124 
125  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
126  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
127  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
128  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
129  int maxRows = result.next().getRows();
130  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
131  {
132    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
133  }
134  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
135  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
136  %>
137  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
138  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
139    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
140    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
141    <script language="JavaScript">
142    var submitPage = 'index.jsp';
143    var formId = 'extracts';
144    function newItem()
145    {
146      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
147    }
148    function newPooledItem()
149    {
150      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
151    }
152    function editItem(itemId)
153    {
154      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
155    }
156    function viewItem(itemId)
157    {
158      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
159    }
160    function itemOnClick(evt, itemId)
161    {
162      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
163    }
164    function newLabeledExtract(extractId)
165    {
166      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'LABELEDEXTRACT', 0, true, '&extract_id='+extractId);
167    }
168    function deleteItems()
169    {
170      var frm = document.forms[formId];
171      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
172      {
173        alert('Please select at least one item in the list');
174        return;
175      }
176      frm.action = submitPage;
177      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
178      frm.submit();
179    }
180    function restoreItems()
181    {
182      var frm = document.forms[formId];
183      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
184      {
185        alert('Please select at least one item in the list');
186        return;
187      }
188      frm.action = submitPage;
189      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
190      frm.submit();
191    }
192    function deleteItemPermanently(itemId)
193    {
194      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
195    }
196    function setOwner()
197    {
198      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
199    }
200    function shareItem(itemId)
201    {
202      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareExtracts', 600, 400);
203    }
204    function shareItems()
205    {
206      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
207    }
208    function configureColumns()
209    {
210      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
211    }
212    function runPlugin(cmd)
213    {
214      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
215    }
216    function returnSelected()
217    {
218      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
219      window.close();
220    }
221    function presetOnChange()
222    {
223      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
224    }
225    function newBioMaterialList()
226    {
227      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
228      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
229    }
230    </script>
231  </base:head>
232 
233  <base:body>
234    <%
235    if (cc.getMessage() != null)
236    {
237      %>
238      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
239      <%
240      cc.setMessage(null);
241    }
242    %>
243    <tbl:table 
244      id="extracts" 
245      clazz="itemlist" 
246      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
247      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
248      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
249      title="<%=title%>"
250      action="index.jsp"
251      sc="<%=sc%>"
252      item="<%=itemType%>"
253      >
254      <tbl:hidden 
255        name="mode" 
256        value="<%=mode.getName()%>" 
257      />
258      <tbl:hidden 
259        name="callback" 
260        value="<%=callback%>" 
261        skip="<%=callback == null%>" 
262      />
263      <tbl:columndef 
264        id="name"
265        property="name"
266        datatype="string"
267        title="Name"
268        sortable="true" 
269        filterable="true"
270        exportable="true"
271        show="always" 
272      />
273      <tbl:columndef
274        id="id"
275        clazz="uniquecol"
276        property="id"
277        datatype="int"
278        title="ID"
279        sortable="true"
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="externalId"
285        property="externalId"
286        datatype="string"
287        title="External id"
288        sortable="true" 
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291      />
292      <tbl:columndef 
293        id="originalQuantity"
294        property="originalQuantity"
295        datatype="float"
296        title="Original quantity (µg)"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300        unit="<%=microGram%>"
301      />
302      <tbl:columndef 
303        id="remainingQuantity"
304        property="remainingQuantity"
305        datatype="float"
306        title="Remaining quantity (µg)"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310        unit="<%=microGram%>"
311      />
312      <tbl:columndef 
313        id="protocol"
314        property="creationEvent.protocol"
315        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
316        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
317        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
318        datatype="string"
319        title="Protocol"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />
324      <tbl:columndef 
325        id="eventDate"
326        property="creationEvent.eventDate"
327        datatype="date"
328        title="Created"
329        sortable="true" 
330        filterable="true"
331        exportable="true"
332        formatter="<%=dateFormatter%>"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="entryDate"
336        property="creationEvent.entryDate"
337        datatype="date"
338        title="Registered"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        formatter="<%=dateFormatter%>"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="pooled"
346        property="pooled"
347        datatype="boolean"
348        title="Pooled"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352      />
353      <tbl:columndef
354        id="parents"
355        title="Parents"
356        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
357        datatype="string"
358        filterable="true"
359        exportable="true"
360      />
361      <tbl:columndef
362        id="labeledextracts"
363        title="Labeled extracts"
364        property="&children(name)"
365        datatype="string"
366        filterable="true"
367        exportable="true"
368      />
369      <tbl:columndef 
370        id="bioPlate"
371        property="bioWell.bioPlate.name"
372        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
373        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
374        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
375        datatype="string"
376        title="Bioplate"
377        sortable="true" 
378        filterable="true"
379        exportable="true"
380      />
381      <tbl:columndef 
382        id="bioWellRow"
383        property="bioWell.row"
384        sortproperty="bioWell.row"
385        datatype="int"
386        title="Biowell row" 
387        filterable="true"
388        enumeration="<%=wellRows%>"
389        exportable="true"
390        sortable="true"
391        formatter="<%=rowFormatter%>"
392      />
393      <tbl:columndef 
394        id="bioWellColumn"
395        property="bioWell.column"
396        sortproperty="bioWell.column"
397        datatype="int"
398        title="Biowell column"   
399        filterable="true"
400        exportable="true"
401        sortable="true"
402        formatter="<%=columnFormatter%>"
403      />   
404      <tbl:columndef 
405        id="owner"
406        property="owner.name"
407        datatype="string"
408        title="Owner"
409        sortable="true" 
410        filterable="true"
411        exportable="true"
412      />
413      <tbl:columndef 
414        id="description"
415        property="description"
416        datatype="string"
417        title="Description" 
418        sortable="true" 
419        filterable="true" 
420        exportable="true"
421      />     
422      <tbl:columndef
423        id="bioMaterialList"
424        property="@bioMaterialLists"
425        datatype="int"
426        title="Biomaterial list"
427        filterable="true"
428        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
429        multiple="false"
430      />
431      <%
432      for (AnnotationType at : annotationTypes)
433      {
434        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
435        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
436        if (at.isEnumeration())
437        {
438          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
439          List<?> values = at.getValues();
440          for (Object value : values)
441          {
442            String encoded = formatter.format(value);
443            annotationEnum.add(encoded, encoded);
444          }
445        }
446        %>
447        <tbl:columndef 
448          id="<%="at"+at.getId()%>"
449          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
450          property="<%="#"+at.getId()%>"
451          annotation="true"
452          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
453          enumeration="<%=annotationEnum%>"
454          sortable="false" 
455          filterable="true" 
456          exportable="true"
457          formatter="<%=formatter%>"
458          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
459        />
460        <%
461      }
462      %>
463      <tbl:columndef
464        id="permission"
465        title="Permission"
466      />
467      <tbl:columndef 
468        id="sharedTo" 
469        title="Shared to"
470      />
471      <tbl:toolbar
472        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
473        >
474        <tbl:button 
475          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
476          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
477          onclick="newItem()" 
478          title="New&hellip;" 
479          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
480        />
481        <tbl:button 
482          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
483          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
484          onclick="newPooledItem()" 
485          title="Pool&hellip;" 
486          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
487        />
488        <tbl:button 
489          image="delete.gif"
490          onclick="deleteItems()" 
491          title="Delete" 
492          tooltip="Delete the selected items" 
493        />
494        <tbl:button 
495          image="restore.gif"
496          onclick="restoreItems()" 
497          title="Restore" 
498          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
499        />
500        <tbl:button 
501          image="share.gif"
502          onclick="shareItems()" 
503          title="Share&hellip;" 
504          tooltip="Share the selected items"
505        />
506        <tbl:button 
507          image="take_ownership.png"
508          onclick="setOwner()" 
509          title="Set owner&hellip;"
510          tooltip="Change owner of the selected items"
511        />
512        <tbl:button 
513          image="columns.gif" 
514          onclick="configureColumns()" 
515          title="Columns&hellip;" 
516          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
517        />
518        <tbl:button
519          image="add.png"
520          onclick="newBioMaterialList()"
521          title="New biomaterial list&hellip;"
522          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
523          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
524        />
525        <tbl:button 
526          image="import.gif" 
527          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
528          title="Import&hellip;" 
529          tooltip="Import data" 
530          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
531        />
532        <tbl:button 
533          image="export.gif" 
534          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
535          title="Export&hellip;" 
536          tooltip="Export data" 
537          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
538        />
539        <tbl:button 
540          image="runplugin.gif" 
541          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
542          title="Run plugin&hellip;" 
543          tooltip="Run a plugin" 
544          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
545        />
546        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
547          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
548      </tbl:toolbar>
549      <tbl:navigator
550        page="<%=cc.getPage()%>" 
551        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
552        totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
553        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
554      />
555      <tbl:data>
556        <tbl:columns>
557        <tbl:presetselector 
558          clazz="columnheader"
559          colspan="3"
560          onchange="presetOnChange()"
561        />
562        </tbl:columns>
563
564        <tr>
565          <tbl:header 
566            clazz="index"
567            >&nbsp;</tbl:header>
568          <tbl:header 
569            clazz="check" 
570            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
571            ><base:icon 
572              image="check_uncheck.gif" 
573              tooltip="Check/uncheck all" 
574              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
575            /></tbl:header>
576          <tbl:header 
577            clazz="check" 
578            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
579            >&nbsp;</tbl:header>
580          <tbl:header 
581            clazz="icons" 
582            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
583            >&nbsp;</tbl:header>
584          <tbl:propertyfilter />
585        </tr>
586         
587          <tbl:rows>
588          <%
589          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
590          int selectedItemId = cc.getId();
591          if (extracts != null)
592          {           
593            while (extracts.hasNext())
594            {
595              Extract item = extracts.next();
596              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
597              int itemId = item.getId();
598              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
599              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
600              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
601              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
602              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
603              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
604              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
605                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
606              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
607              index++;
608              numListed++;
609              %>
610              <tbl:row>
611                <tbl:header 
612                  clazz="index"
613                  ><%=index%></tbl:header>
614                <tbl:header 
615                  clazz="check" 
616                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
617                  ><input 
618                    type="checkbox" 
619                    name="<%=itemId%>" 
620                    value="<%=itemId%>" 
621                    title="<%=name%>" 
622                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
623                  ></tbl:header>
624                <tbl:header 
625                  clazz="check" 
626                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
627                  ><input 
628                    type="radio" 
629                    name="item_id" 
630                    value="<%=itemId%>" 
631                    title="<%=name%>" 
632                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
633                  ></tbl:header>
634                <tbl:header 
635                  clazz="icons" 
636                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
637                  ><base:icon 
638                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
639                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
640                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
641                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
642                  /><base:icon 
643                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
644                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
645                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
646                    visible="<%=item.isShared()%>"
647                  />&nbsp;</tbl:header>
648                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
649                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
650                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
651                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
652                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
653                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
655                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
656                <tbl:cell column="protocol"
657                  ><base:propertyvalue 
658                    item="<%=creationEvent%>" 
659                    property="protocol"
660                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
661                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
662                  /></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
664                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
665                <tbl:cell column="parents">
666                  <%
667                  if (!item.isPooled())
668                  {
669                    %>
670                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
671                    <%
672                  }
673                  else
674                  {
675                    String separator = "";
676                    ItemQuery<Extract> parentQuery  = (ItemQuery<Extract>)item.getCreationEvent().getSources();
677                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
678                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
679                   
680                    for (Extract e : parentQuery.list(dc))
681                    {
682                      out.write(separator);
683                      if (mode.hasPropertyLink())
684                      {
685                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
686                      }
687                      else
688                      {
689                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
690                      }
691                      separator = ", ";
692                    }
693                  }
694                  %>
695                </tbl:cell>
696                <tbl:cell column="labeledextracts">
697                  <%
698                  labeledExtractQuery.setParameter("extracts", itemId, Type.INT);
699                  try
700                  {
701                    String separator = "";
702                    for (LabeledExtract le : labeledExtractQuery.list(dc))
703                    {
704                      out.write(separator);
705                      if (mode.hasPropertyLink())
706                      {
707                        out.write(Base.getLinkedName(ID, le, false, mode.hasEditLink()));
708                      }
709                      else
710                      {
711                        out.write(HTML.encodeTags(le.getName()));
712                      }
713                      %>
714                      (<base:propertyvalue 
715                        item="<%=le%>" property="label" 
716                        enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
717                        enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"/>)
718                      <%
719                      separator = ", ";
720                    }
721                  }
722                  catch (Throwable t)
723                  {
724                    %>
725                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
726                    <%
727                  }
728                  %>
729                  <base:icon
730                    image="add.png"
731                    onclick="<%="newLabeledExtract("+itemId+")"%>"
732                    tooltip="Create a new labeled extract"
733                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createLabeledExtractPermission && usePermission%>"
734                  /></tbl:cell>
735               
736                <%               
737                BioWell well = null;
738                boolean readBioWell = true;
739                try
740                {
741                  well = item.getBioWell();
742                }
743                catch(PermissionDeniedException e)
744                {
745                  readBioWell = false;
746                }
747                if (!readBioWell)
748                {
749                  %>
750                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
751                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
752                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
753                  <%
754                }
755                else if (well == null)
756                {
757                  %>
758                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
759                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
760                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
761                  <%
762                 
763                }
764                else
765                {               
766                  %>
767                  <tbl:cell column="bioWellRow">
768                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
769                  </tbl:cell>
770                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
771                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
772                  </tbl:cell>
773                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
774                  <%
775                }
776                %>
777                <tbl:cell column="owner"
778                  ><base:propertyvalue 
779                    item="<%=item%>" 
780                    property="owner"
781                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
782                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
783                  /></tbl:cell>
784                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
785                <%
786                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
787                if (as != null)
788                {
789                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
790                  {
791                    if (as.hasAnnotation(at))
792                    {
793                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
794                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
795                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
796                      %>
797                      <tbl:cell 
798                        column="<%="at"+at.getId()%>"
799                        ><tbl:cellvalue 
800                          list="<%=a.getValues(null)%>"
801                          suffix="<%=suffix%>"
802                      /></tbl:cell>
803                      <%
804                    }
805                  }
806                }
807                %>
808                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
809                <tbl:cell column="sharedTo">
810                  <%
811                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
812                  while(sharees.hasNext())
813                  {
814                    Nameable n = sharees.next();
815                    if (mode.hasPropertyLink())
816                    {
817                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
818                    }
819                    else
820                    {
821                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
822                    }
823                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
824                  }
825                  %>
826                </tbl:cell>
827              </tbl:row>
828              <%
829              }
830            }
831          %>         
832          </tbl:rows>
833      </tbl:data>
834      <%
835      if (numListed == 0)
836      {
837        %>
838        <tbl:panel><%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
839        <%
840      }
841      else
842      {
843        %>
844        <tbl:navigator
845          page="<%=cc.getPage()%>" 
846          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
847          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
848          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
849          locked="true"
850        />
851        <%
852      }
853      %>
854    </tbl:table>
855    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
856      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
857      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
858      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
859    </base:buttongroup>
860    <br><br><br>
861  </base:body>
862  </base:page>
863  <%
864}
865finally
866{
867  if (extracts != null) extracts.close();
868  if (dc != null) dc.close();
869}
870%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.