source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 4896

Last change on this file since 4896 was 4896, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #1128 Undoing changeset [4895]

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 26.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 4896 2009-04-20 11:08:37Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
32  import="net.sf.basedb.core.Sample"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
40  import="net.sf.basedb.core.Unit"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="net.sf.basedb.util.Values"
74  import="java.util.Iterator"
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
97ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final boolean createLabeledExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.LABELEDEXTRACT);
102  final ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractQuery = LabeledExtract.getQuery();
103  labeledExtractQuery.include(cc.getInclude());
104  labeledExtractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("extracts")));
105  labeledExtractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
106
107  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
108  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
109  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
110  try
111  {
112    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
113    extracts = query.iterate(dc);
114  }
115  catch (Throwable t)
116  {
117    cc.setMessage(t.getMessage());
118    t.printStackTrace();
119  }
120  int numListed = 0;
121  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
122  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
123  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
124 
125  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
126  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
127  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
128  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
129  int maxRows = result.next().getRows();
130  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
131  {
132    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
133  }
134  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
135  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
136  %>
137  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
138  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
139    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
140    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
141    <script language="JavaScript">
142    var submitPage = 'index.jsp';
143    var formId = 'extracts';
144    function newItem()
145    {
146      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
147    }
148    function newPooledItem()
149    {
150      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
151    }
152    function editItem(itemId)
153    {
154      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
155    }
156    function viewItem(itemId)
157    {
158      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
159    }
160    function itemOnClick(evt, itemId)
161    {
162      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
163    }
164    function newLabeledExtract(extractId)
165    {
166      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'LABELEDEXTRACT', 0, true, '&extract_id='+extractId);
167    }
168    function deleteItems()
169    {
170      var frm = document.forms[formId];
171      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
172      {
173        alert('Please select at least one item in the list');
174        return;
175      }
176      frm.action = submitPage;
177      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
178      frm.submit();
179    }
180    function restoreItems()
181    {
182      var frm = document.forms[formId];
183      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
184      {
185        alert('Please select at least one item in the list');
186        return;
187      }
188      frm.action = submitPage;
189      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
190      frm.submit();
191    }
192    function deleteItemPermanently(itemId)
193    {
194      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
195    }
196    function setOwner()
197    {
198      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
199    }
200    function shareItem(itemId)
201    {
202      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareExtracts', 600, 400);
203    }
204    function shareItems()
205    {
206      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
207    }
208    function configureColumns()
209    {
210      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
211    }
212    function runPlugin(cmd)
213    {
214      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
215    }
216    function returnSelected()
217    {
218      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
219      window.close();
220    }
221    function presetOnChange()
222    {
223      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
224    }
225    function newBioMaterialList()
226    {
227      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
228      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
229    }
230    </script>
231  </base:head>
232 
233  <base:body>
234    <%
235    if (cc.getMessage() != null)
236    {
237      %>
238      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
239      <%
240      cc.setMessage(null);
241    }
242    %>
243    <tbl:table 
244      id="extracts" 
245      clazz="itemlist" 
246      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
247      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
248      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
249      title="<%=title%>"
250      action="index.jsp"
251      sc="<%=sc%>"
252      item="<%=itemType%>"
253      >
254      <tbl:hidden 
255        name="mode" 
256        value="<%=mode.getName()%>" 
257      />
258      <tbl:hidden 
259        name="callback" 
260        value="<%=callback%>" 
261        skip="<%=callback == null%>" 
262      />
263      <tbl:columndef 
264        id="name"
265        property="name"
266        datatype="string"
267        title="Name"
268        sortable="true" 
269        filterable="true"
270        exportable="true"
271        show="always" 
272      />
273      <tbl:columndef
274        id="id"
275        clazz="uniquecol"
276        property="id"
277        datatype="int"
278        title="ID"
279        sortable="true"
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="externalId"
285        property="externalId"
286        datatype="string"
287        title="External id"
288        sortable="true" 
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291      />
292      <tbl:columndef 
293        id="originalQuantity"
294        property="originalQuantity"
295        datatype="float"
296        title="Original quantity (µg)"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300        unit="<%=microGram%>"
301      />
302      <tbl:columndef 
303        id="remainingQuantity"
304        property="remainingQuantity"
305        datatype="float"
306        title="Remaining quantity (µg)"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310        unit="<%=microGram%>"
311      />
312      <tbl:columndef 
313        id="protocol"
314        property="creationEvent.protocol"
315        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
316        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
317        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
318        datatype="string"
319        title="Protocol"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />
324      <tbl:columndef 
325        id="eventDate"
326        property="creationEvent.eventDate"
327        datatype="date"
328        title="Created"
329        sortable="true" 
330        filterable="true"
331        exportable="true"
332        formatter="<%=dateFormatter%>"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="entryDate"
336        property="creationEvent.entryDate"
337        datatype="date"
338        title="Registered"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        formatter="<%=dateFormatter%>"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="pooled"
346        property="pooled"
347        datatype="boolean"
348        title="Pooled"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352      />
353      <tbl:columndef
354        id="parents"
355        title="Parents"
356        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
357        datatype="string"
358        filterable="true"
359      />
360      <tbl:columndef
361        id="labeledextracts"
362        title="Labeled extracts"
363        property="&children(name)"
364        datatype="string"
365        filterable="true"
366      />
367      <tbl:columndef 
368        id="bioPlate"
369        property="bioWell.bioPlate.name"
370        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
371        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
372        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
373        datatype="string"
374        title="Bioplate"
375        sortable="true" 
376        filterable="true"
377        exportable="true"
378      />
379      <tbl:columndef 
380        id="bioWellRow"
381        property="bioWell.row"
382        sortproperty="bioWell.row"
383        datatype="int"
384        title="Biowell row" 
385        filterable="true"
386        enumeration="<%=wellRows%>"
387        exportable="true"
388        sortable="true"
389        formatter="<%=rowFormatter%>"
390      />
391      <tbl:columndef 
392        id="bioWellColumn"
393        property="bioWell.column"
394        sortproperty="bioWell.column"
395        datatype="int"
396        title="Biowell column"   
397        filterable="true"
398        exportable="true"
399        sortable="true"
400        formatter="<%=columnFormatter%>"
401      />   
402      <tbl:columndef 
403        id="owner"
404        property="owner.name"
405        datatype="string"
406        title="Owner"
407        sortable="true" 
408        filterable="true"
409        exportable="true"
410      />
411      <tbl:columndef 
412        id="description"
413        property="description"
414        datatype="string"
415        title="Description" 
416        sortable="true" 
417        filterable="true" 
418        exportable="true"
419      />     
420      <tbl:columndef
421        id="bioMaterialList"
422        property="@bioMaterialLists"
423        datatype="int"
424        title="Biomaterial list"
425        filterable="true"
426        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
427        multiple="false"
428      />
429      <%
430      for (AnnotationType at : annotationTypes)
431      {
432        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
433        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
434        if (at.isEnumeration())
435        {
436          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
437          List<?> values = at.getValues();
438          for (Object value : values)
439          {
440            String encoded = formatter.format(value);
441            annotationEnum.add(encoded, encoded);
442          }
443        }
444        %>
445        <tbl:columndef 
446          id="<%="at"+at.getId()%>"
447          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
448          property="<%="#"+at.getId()%>"
449          annotation="true"
450          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
451          enumeration="<%=annotationEnum%>"
452          sortable="false" 
453          filterable="true" 
454          exportable="true"
455          formatter="<%=formatter%>"
456          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
457        />
458        <%
459      }
460      %>
461      <tbl:columndef
462        id="permission"
463        title="Permission"
464      />
465      <tbl:columndef 
466        id="sharedTo" 
467        title="Shared to"
468      />
469      <tbl:toolbar
470        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
471        >
472        <tbl:button 
473          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
474          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
475          onclick="newItem()" 
476          title="New&hellip;" 
477          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
478        />
479        <tbl:button 
480          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
481          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
482          onclick="newPooledItem()" 
483          title="Pool&hellip;" 
484          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
485        />
486        <tbl:button 
487          image="delete.gif"
488          onclick="deleteItems()" 
489          title="Delete" 
490          tooltip="Delete the selected items" 
491        />
492        <tbl:button 
493          image="restore.gif"
494          onclick="restoreItems()" 
495          title="Restore" 
496          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
497        />
498        <tbl:button 
499          image="share.gif"
500          onclick="shareItems()" 
501          title="Share&hellip;" 
502          tooltip="Share the selected items"
503        />
504        <tbl:button 
505          image="take_ownership.png"
506          onclick="setOwner()" 
507          title="Set owner&hellip;"
508          tooltip="Change owner of the selected items"
509        />
510        <tbl:button 
511          image="columns.gif" 
512          onclick="configureColumns()" 
513          title="Columns&hellip;" 
514          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
515        />
516        <tbl:button
517          image="add.png"
518          onclick="newBioMaterialList()"
519          title="New biomaterial list&hellip;"
520          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
521          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
522        />
523        <tbl:button 
524          image="import.gif" 
525          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
526          title="Import&hellip;" 
527          tooltip="Import data" 
528          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
529        />
530        <tbl:button 
531          image="export.gif" 
532          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
533          title="Export&hellip;" 
534          tooltip="Export data" 
535          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
536        />
537        <tbl:button 
538          image="runplugin.gif" 
539          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
540          title="Run plugin&hellip;" 
541          tooltip="Run a plugin" 
542          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
543        />
544        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
545          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
546      </tbl:toolbar>
547      <tbl:navigator
548        page="<%=cc.getPage()%>" 
549        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
550        totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
551        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
552      />
553      <tbl:data>
554        <tbl:columns>
555        <tbl:presetselector 
556          clazz="columnheader"
557          colspan="3"
558          onchange="presetOnChange()"
559        />
560        </tbl:columns>
561
562        <tr>
563          <tbl:header 
564            clazz="index"
565            >&nbsp;</tbl:header>
566          <tbl:header 
567            clazz="check" 
568            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
569            ><base:icon 
570              image="check_uncheck.gif" 
571              tooltip="Check/uncheck all" 
572              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
573            /></tbl:header>
574          <tbl:header 
575            clazz="check" 
576            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
577            >&nbsp;</tbl:header>
578          <tbl:header 
579            clazz="icons" 
580            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
581            >&nbsp;</tbl:header>
582          <tbl:propertyfilter />
583        </tr>
584         
585          <tbl:rows>
586          <%
587          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
588          int selectedItemId = cc.getId();
589          if (extracts != null)
590          {           
591            while (extracts.hasNext())
592            {
593              Extract item = extracts.next();
594              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
595              int itemId = item.getId();
596              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
597              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
598              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
599              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
600              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
601              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
602              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
603                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
604              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
605              index++;
606              numListed++;
607              %>
608              <tbl:row>
609                <tbl:header 
610                  clazz="index"
611                  ><%=index%></tbl:header>
612                <tbl:header 
613                  clazz="check" 
614                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
615                  ><input 
616                    type="checkbox" 
617                    name="<%=itemId%>" 
618                    value="<%=itemId%>" 
619                    title="<%=name%>" 
620                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
621                  ></tbl:header>
622                <tbl:header 
623                  clazz="check" 
624                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
625                  ><input 
626                    type="radio" 
627                    name="item_id" 
628                    value="<%=itemId%>" 
629                    title="<%=name%>" 
630                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
631                  ></tbl:header>
632                <tbl:header 
633                  clazz="icons" 
634                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
635                  ><base:icon 
636                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
637                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
638                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
639                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
640                  /><base:icon 
641                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
642                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
643                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
644                    visible="<%=item.isShared()%>"
645                  />&nbsp;</tbl:header>
646                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
647                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
648                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
649                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
650                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
651                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
652                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
653                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="protocol"
655                  ><base:propertyvalue 
656                    item="<%=creationEvent%>" 
657                    property="protocol"
658                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
659                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
660                  /></tbl:cell>
661                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
662                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
663                <tbl:cell column="parents">
664                  <%
665                  if (!item.isPooled())
666                  {
667                    %>
668                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
669                    <%
670                  }
671                  else
672                  {
673                    String separator = "";
674                    ItemQuery<Extract> parentQuery  = (ItemQuery<Extract>)item.getCreationEvent().getSources();
675                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
676                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
677                   
678                    for (Extract e : parentQuery.list(dc))
679                    {
680                      out.write(separator);
681                      if (mode.hasPropertyLink())
682                      {
683                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
684                      }
685                      else
686                      {
687                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
688                      }
689                      separator = ", ";
690                    }
691                  }
692                  %>
693                </tbl:cell>
694                <tbl:cell column="labeledextracts">
695                  <%
696                  labeledExtractQuery.setParameter("extracts", itemId, Type.INT);
697                  try
698                  {
699                    String separator = "";
700                    for (LabeledExtract le : labeledExtractQuery.list(dc))
701                    {
702                      out.write(separator);
703                      if (mode.hasPropertyLink())
704                      {
705                        out.write(Base.getLinkedName(ID, le, false, mode.hasEditLink()));
706                      }
707                      else
708                      {
709                        out.write(HTML.encodeTags(le.getName()));
710                      }
711                      %>
712                      (<base:propertyvalue 
713                        item="<%=le%>" property="label" 
714                        enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
715                        enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"/>)
716                      <%
717                      separator = ", ";
718                    }
719                  }
720                  catch (Throwable t)
721                  {
722                    %>
723                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
724                    <%
725                  }
726                  %>
727                  <base:icon
728                    image="add.png"
729                    onclick="<%="newLabeledExtract("+itemId+")"%>"
730                    tooltip="Create a new labeled extract"
731                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createLabeledExtractPermission && usePermission%>"
732                  /></tbl:cell>
733               
734                <%               
735                BioWell well = null;
736                boolean readBioWell = true;
737                try
738                {
739                  well = item.getBioWell();
740                }
741                catch(PermissionDeniedException e)
742                {
743                  readBioWell = false;
744                }
745                if (!readBioWell)
746                {
747                  %>
748                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
749                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
750                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
751                  <%
752                }
753                else if (well == null)
754                {
755                  %>
756                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
757                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
758                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
759                  <%
760                 
761                }
762                else
763                {               
764                  %>
765                  <tbl:cell column="bioWellRow">
766                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
767                  </tbl:cell>
768                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
769                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
770                  </tbl:cell>
771                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
772                  <%
773                }
774                %>
775                <tbl:cell column="owner"
776                  ><base:propertyvalue 
777                    item="<%=item%>" 
778                    property="owner"
779                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
780                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
781                  /></tbl:cell>
782                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
783                <%
784                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
785                if (as != null)
786                {
787                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
788                  {
789                    if (as.hasAnnotation(at))
790                    {
791                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
792                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
793                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
794                      %>
795                      <tbl:cell 
796                        column="<%="at"+at.getId()%>"
797                        ><tbl:cellvalue 
798                          list="<%=a.getValues(null)%>"
799                          suffix="<%=suffix%>"
800                      /></tbl:cell>
801                      <%
802                    }
803                  }
804                }
805                %>
806                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
807                <tbl:cell column="sharedTo">
808                  <%
809                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
810                  while(sharees.hasNext())
811                  {
812                    Nameable n = sharees.next();
813                    if (mode.hasPropertyLink())
814                    {
815                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
816                    }
817                    else
818                    {
819                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
820                    }
821                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
822                  }
823                  %>
824                </tbl:cell>
825              </tbl:row>
826              <%
827              }
828            }
829          %>         
830          </tbl:rows>
831      </tbl:data>
832      <%
833      if (numListed == 0)
834      {
835        %>
836        <tbl:panel><%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
837        <%
838      }
839      else
840      {
841        %>
842        <tbl:navigator
843          page="<%=cc.getPage()%>" 
844          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
845          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
846          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
847          locked="true"
848        />
849        <%
850      }
851      %>
852    </tbl:table>
853    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
854      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
855      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
856      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
857    </base:buttongroup>
858    <br><br><br>
859  </base:body>
860  </base:page>
861  <%
862}
863finally
864{
865  if (extracts != null) extracts.close();
866  if (dc != null) dc.close();
867}
868%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.