source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 5666

Last change on this file since 5666 was 5666, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

References #1597: Subtypes of items

Fixes an issue with the table exporter plug-in and item subtypes. The exporter now supports setting a data type specifically for the exportproperty attribute of a <columndef> tag, when the property to export is different than what is used for filtering.

Eg.

<tbl:columndef
  ...
  property="itemSubtype"
  exportproperty="itemSubtype.name:string"
/>

In this case, filtering is done on the id (INT) column but the name is exported.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 30.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 5666 2011-06-23 10:54:53Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
40  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
41  import="net.sf.basedb.core.Unit"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.Include"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
47  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
48  import="net.sf.basedb.core.Permission"
49  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
50  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
51  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.Type"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="net.sf.basedb.util.Values"
75  import="java.util.Iterator"
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79%>
80<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
81<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
82<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
83<%!
84  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
85  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
86%>
87<%
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
89final String ID = sc.getId();
90final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
91final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
92
93final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
94final String callback = request.getParameter("callback");
95final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
98ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
99try
100{
101  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
102  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
103  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
104
105  // Child bioassays
106  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
107  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
108  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
109  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
110  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
111  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
112
113  // Child extracts
114  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
115  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
116  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
117  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
118  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
120 
121  // Parent extracts
122  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
123  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
124  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
125  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
126  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
127  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
128 
129  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
130  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
131  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
132  try
133  {
134    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
135    extracts = query.iterate(dc);
136  }
137  catch (Throwable t)
138  {
139    cc.setMessage(t.getMessage());
140    t.printStackTrace();
141  }
142  int numListed = 0;
143  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
144  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
145  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
146 
147  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
148  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
149  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
150  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
151  int maxRows = result.next().getRows();
152  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
153  {
154    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
155  }
156  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
157  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
158  %>
159  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
160  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
161    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
162    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
163    <script language="JavaScript">
164    var submitPage = 'index.jsp';
165    var formId = 'extracts';
166    function newItem()
167    {
168      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
169    }
170    function newPooledItem()
171    {
172      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
173    }
174    function newPhysicalBioAssay()
175    {
176      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPhysicalBioAssay');
177    }
178    function newExtract(extractId)
179    {
180      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&extract_id='+extractId);
181    }
182    function editItem(itemId)
183    {
184      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
185    }
186    function viewItem(itemId)
187    {
188      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
189    }
190    function itemOnClick(evt, itemId)
191    {
192      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
193    }
194    function deleteItems()
195    {
196      var frm = document.forms[formId];
197      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
198      {
199        alert('Please select at least one item in the list');
200        return;
201      }
202      frm.action = submitPage;
203      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
204      frm.submit();
205    }
206    function restoreItems()
207    {
208      var frm = document.forms[formId];
209      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
210      {
211        alert('Please select at least one item in the list');
212        return;
213      }
214      frm.action = submitPage;
215      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
216      frm.submit();
217    }
218    function deleteItemPermanently(itemId)
219    {
220      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
221    }
222    function setOwner()
223    {
224      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
225    }
226    function shareItem(itemId)
227    {
228      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareExtracts', 600, 400);
229    }
230    function shareItems()
231    {
232      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
233    }
234    function configureColumns()
235    {
236      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
237    }
238    function runPlugin(cmd)
239    {
240      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
241    }
242    function returnSelected()
243    {
244      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
245      window.close();
246    }
247    function presetOnChange()
248    {
249      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
250    }
251    function newBioMaterialList()
252    {
253      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
254      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
255    }
256    function placeOnPlate()
257    {
258      Table.submitToPopup(formId, 'PlaceOnPlate', 900, 600);
259    }
260    </script>
261  </base:head>
262 
263  <base:body>
264    <%
265    if (cc.getMessage() != null)
266    {
267      %>
268      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
269      <%
270      cc.setMessage(null);
271    }
272    %>
273    <tbl:table 
274      id="extracts" 
275      clazz="itemlist" 
276      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
277      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
278      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
279      title="<%=title%>"
280      action="index.jsp"
281      sc="<%=sc%>"
282      item="<%=itemType%>"
283      >
284      <tbl:hidden 
285        name="mode" 
286        value="<%=mode.getName()%>" 
287      />
288      <tbl:hidden 
289        name="callback" 
290        value="<%=callback%>" 
291        skip="<%=callback == null%>" 
292      />
293      <tbl:columndef 
294        id="name"
295        property="name"
296        datatype="string"
297        title="Name"
298        sortable="true" 
299        filterable="true"
300        exportable="true"
301        show="always" 
302      />
303      <tbl:columndef 
304        id="itemSubtype"
305        property="itemSubtype"
306        sortproperty="itemSubtype.name"
307        exportproperty="itemSubtype.name:string"
308        datatype="int"
309        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
310        title="Type"
311        sortable="true" 
312        filterable="true"
313        exportable="true"
314      />
315      <tbl:columndef
316        id="id"
317        clazz="uniquecol"
318        property="id"
319        datatype="int"
320        title="ID"
321        sortable="true"
322        filterable="true"
323        exportable="true"
324      />
325      <tbl:columndef 
326        id="externalId"
327        property="externalId"
328        datatype="string"
329        title="External id"
330        sortable="true" 
331        filterable="true"
332        exportable="true"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="originalQuantity"
336        property="originalQuantity"
337        datatype="float"
338        title="Original quantity (µg)"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        unit="<%=microGram%>"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="remainingQuantity"
346        property="remainingQuantity"
347        datatype="float"
348        title="Remaining quantity (µg)"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352        unit="<%=microGram%>"
353      />
354      <tbl:columndef 
355        id="protocol"
356        property="creationEvent.protocol"
357        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
358        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
359        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
360        datatype="string"
361        title="Protocol"
362        sortable="true" 
363        filterable="true"
364        exportable="true"
365      />
366      <tbl:columndef 
367        id="eventDate"
368        property="creationEvent.eventDate"
369        datatype="date"
370        title="Created"
371        sortable="true" 
372        filterable="true"
373        exportable="true"
374        formatter="<%=dateFormatter%>"
375      />
376      <tbl:columndef 
377        id="entryDate"
378        property="creationEvent.entryDate"
379        datatype="date"
380        title="Registered"
381        sortable="true" 
382        filterable="true"
383        exportable="true"
384        formatter="<%=dateFormatter%>"
385      />
386      <%
387      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
388      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
389      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
390      %>
391      <tbl:columndef
392        id="parentType"
393        title="Parent type"
394        property="parentType"
395        enumeration="<%=parentTypes%>"
396        datatype="int"
397        filterable="true"
398        exportable="true"
399        sortable="true"
400      />
401      <tbl:columndef
402        id="parents"
403        title="Parent items"
404        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
405        sortproperty="parent.name"
406        datatype="string"
407        filterable="true"
408        exportable="true"
409        sortable="true"
410      />
411      <tbl:columndef
412        id="children"
413        title="Child extracts"
414        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
415        datatype="string"
416        filterable="true"
417        exportable="true"
418      />
419      <tbl:columndef
420        id="physicalBioAssays"
421        title="Physical bioassays"
422        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
423        datatype="string"
424        filterable="true"
425        exportable="true"
426      />
427      <tbl:columndef 
428        id="bioPlate"
429        property="bioWell.bioPlate.name"
430        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
431        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
432        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
433        datatype="string"
434        title="Bioplate"
435        sortable="true" 
436        filterable="true"
437        exportable="true"
438      />
439      <tbl:columndef 
440        id="bioWellRow"
441        property="bioWell.row"
442        sortproperty="bioWell.row"
443        datatype="int"
444        title="Biowell row" 
445        filterable="true"
446        enumeration="<%=wellRows%>"
447        exportable="true"
448        sortable="true"
449        formatter="<%=rowFormatter%>"
450      />
451      <tbl:columndef 
452        id="bioWellColumn"
453        property="bioWell.column"
454        sortproperty="bioWell.column"
455        datatype="int"
456        title="Biowell column"   
457        filterable="true"
458        exportable="true"
459        sortable="true"
460        formatter="<%=columnFormatter%>"
461      />   
462      <tbl:columndef 
463        id="owner"
464        property="owner.name"
465        datatype="string"
466        title="Owner"
467        sortable="true" 
468        filterable="true"
469        exportable="true"
470      />
471      <tbl:columndef 
472        id="description"
473        property="description"
474        datatype="string"
475        title="Description" 
476        sortable="true" 
477        filterable="true" 
478        exportable="true"
479      />     
480      <tbl:columndef
481        id="bioMaterialList"
482        property="@bioMaterialLists"
483        datatype="int"
484        title="Biomaterial list"
485        filterable="true"
486        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
487        multiple="false"
488      />
489      <%
490      for (AnnotationType at : annotationTypes)
491      {
492        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
493        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
494        if (at.isEnumeration())
495        {
496          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
497          List<?> values = at.getValues();
498          for (Object value : values)
499          {
500            String encoded = formatter.format(value);
501            annotationEnum.add(encoded, encoded);
502          }
503        }
504        %>
505        <tbl:columndef 
506          id="<%="at"+at.getId()%>"
507          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
508          property="<%="#"+at.getId()%>"
509          annotation="true"
510          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
511          enumeration="<%=annotationEnum%>"
512          sortable="false" 
513          filterable="true" 
514          exportable="true"
515          formatter="<%=formatter%>"
516          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
517        />
518        <%
519      }
520      %>
521      <tbl:columndef
522        id="permission"
523        title="Permission"
524      />
525      <tbl:columndef
526        id="sharedTo"
527        title="Shared to"
528        filterable="true"
529        filterproperty="!sharedTo.name"
530        datatype="string"
531      />
532      <tbl:toolbar
533        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
534        >
535        <tbl:button 
536          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
537          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
538          onclick="newItem()" 
539          title="New&hellip;" 
540          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
541        />
542        <tbl:button 
543          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
544          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
545          onclick="newPooledItem()" 
546          title="Pool&hellip;" 
547          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
548        />
549        <tbl:button 
550          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
551          image="<%=createBioAssayPermission ? "add.png" : "add_disabled.png"%>" 
552          onclick="newPhysicalBioAssay()" 
553          title="New physical bioassay&hellip;" 
554          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
555        />
556        <tbl:button 
557          image="delete.gif"
558          onclick="deleteItems()" 
559          title="Delete" 
560          tooltip="Delete the selected items" 
561        />
562        <tbl:button 
563          image="restore.gif"
564          onclick="restoreItems()" 
565          title="Restore" 
566          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
567        />
568        <tbl:button 
569          image="share.gif"
570          onclick="shareItems()" 
571          title="Share&hellip;" 
572          tooltip="Share the selected items"
573        />
574        <tbl:button 
575          image="take_ownership.png"
576          onclick="setOwner()" 
577          title="Set owner&hellip;"
578          tooltip="Change owner of the selected items"
579        />
580        <tbl:button 
581          image="columns.gif" 
582          onclick="configureColumns()" 
583          title="Columns&hellip;" 
584          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
585        />
586        <tbl:button
587          image="add.png"
588          onclick="newBioMaterialList()"
589          title="New biomaterial list&hellip;"
590          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
591          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
592        />
593        <tbl:button 
594          image="place_on_plate.png" 
595          onclick="placeOnPlate()" 
596          title="Place on plate&hellip;" 
597          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
598        />
599        <tbl:button 
600          image="import.gif" 
601          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
602          title="Import&hellip;" 
603          tooltip="Import data" 
604          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
605        />
606        <tbl:button 
607          image="export.gif" 
608          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
609          title="Export&hellip;" 
610          tooltip="Export data" 
611          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
612        />
613        <tbl:button 
614          image="runplugin.gif" 
615          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
616          title="Run plugin&hellip;" 
617          tooltip="Run a plugin" 
618          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
619        />
620        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
621          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
622      </tbl:toolbar>
623      <tbl:navigator
624        page="<%=cc.getPage()%>" 
625        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
626        totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
627        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
628      />
629      <tbl:data>
630        <tbl:columns>
631        <tbl:presetselector 
632          clazz="columnheader"
633          colspan="3"
634          onchange="presetOnChange()"
635        />
636        </tbl:columns>
637
638        <tr>
639          <tbl:header 
640            clazz="index"
641            >&nbsp;</tbl:header>
642          <tbl:header 
643            clazz="check" 
644            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
645            ><base:icon 
646              image="check_uncheck.gif" 
647              tooltip="Check/uncheck all" 
648              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
649            /></tbl:header>
650          <tbl:header 
651            clazz="check" 
652            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
653            >&nbsp;</tbl:header>
654          <tbl:header 
655            clazz="icons" 
656            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
657            >&nbsp;</tbl:header>
658          <tbl:propertyfilter />
659        </tr>
660         
661          <tbl:rows>
662          <%
663          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
664          int selectedItemId = cc.getId();
665          if (extracts != null)
666          {           
667            while (extracts.hasNext())
668            {
669              Extract item = extracts.next();
670              Item parentType = item.getParentType();
671              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
672              int itemId = item.getId();
673              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
674              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
675              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
676              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
677              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
678              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
679              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
680                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
681              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
682              index++;
683              numListed++;
684              %>
685              <tbl:row>
686                <tbl:header 
687                  clazz="index"
688                  ><%=index%></tbl:header>
689                <tbl:header 
690                  clazz="check" 
691                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
692                  ><input 
693                    type="checkbox" 
694                    name="<%=itemId%>" 
695                    value="<%=itemId%>" 
696                    title="<%=name%>" 
697                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
698                  ></tbl:header>
699                <tbl:header 
700                  clazz="check" 
701                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
702                  ><input 
703                    type="radio" 
704                    name="item_id" 
705                    value="<%=itemId%>" 
706                    title="<%=name%>" 
707                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
708                  ></tbl:header>
709                <tbl:header 
710                  clazz="icons" 
711                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
712                  ><base:icon 
713                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
714                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
715                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
716                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
717                  /><base:icon 
718                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
719                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
720                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
721                    visible="<%=item.isShared()%>"
722                  />&nbsp;</tbl:header>
723                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
724                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
725                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
726                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
727                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
728                    item="<%=item%>" 
729                    property="itemSubtype"
730                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
731                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
732                  /></tbl:cell>
733                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
734                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
735                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
736                <tbl:cell column="protocol"
737                  ><base:propertyvalue 
738                    item="<%=creationEvent%>" 
739                    property="protocol"
740                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
741                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
742                  /></tbl:cell>
743                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
744                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
745                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
746                <tbl:cell column="parents">
747                  <%
748                  if (item.hasSingleParent() || item.getParentType() == null)
749                  {
750                    %>
751                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
752                    <%
753                  }
754                  else
755                  {
756                    String separator = "";
757                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
758                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
759                    {
760                      out.write(separator);
761                      if (mode.hasPropertyLink())
762                      {
763                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
764                      }
765                      else
766                      {
767                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
768                      }
769                      separator = ", ";
770                    }
771                  }
772                  %>
773                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
774                </tbl:cell>
775                <tbl:cell column="children">
776                  <%
777                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
778                  String separator = "";
779                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
780                  {
781                    out.write(separator);
782                    if (mode.hasPropertyLink())
783                    {
784                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
785                    }
786                    else
787                    {
788                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
789                    }
790                    separator = ", ";
791                  }
792                  %>
793                  <base:icon
794                    image="add.png" 
795                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
796                    tooltip="Create new child extract" 
797                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
798                  />
799                </tbl:cell>
800                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
801                  <%                 
802                  try
803                  {
804                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
805                    String separator = "";
806                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
807                    {
808                      out.write(separator);
809                      if (mode.hasPropertyLink())
810                      {
811                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
812                      }
813                      else
814                      {
815                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
816                      }
817                      separator = ", ";
818                    }
819                  }
820                  catch (Throwable t)
821                  {
822                    %>
823                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
824                    <%
825                  }
826                  %>
827                  </tbl:cell>
828                <%               
829                BioWell well = null;
830                boolean readBioWell = true;
831                try
832                {
833                  well = item.getBioWell();
834                }
835                catch(PermissionDeniedException e)
836                {
837                  readBioWell = false;
838                }
839                if (!readBioWell)
840                {
841                  %>
842                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
843                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
844                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
845                  <%
846                }
847                else if (well == null)
848                {
849                  %>
850                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
851                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
852                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
853                  <%
854                 
855                }
856                else
857                {               
858                  %>
859                  <tbl:cell column="bioWellRow">
860                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
861                  </tbl:cell>
862                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
863                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
864                  </tbl:cell>
865                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
866                  <%
867                }
868                %>
869                <tbl:cell column="owner"
870                  ><base:propertyvalue 
871                    item="<%=item%>" 
872                    property="owner"
873                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
874                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
875                  /></tbl:cell>
876                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
877                <%
878                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
879                if (as != null)
880                {
881                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
882                  {
883                    if (as.hasAnnotation(at))
884                    {
885                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
886                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
887                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
888                      %>
889                      <tbl:cell 
890                        column="<%="at"+at.getId()%>"
891                        ><tbl:cellvalue 
892                          list="<%=a.getValues(null)%>"
893                          suffix="<%=suffix%>"
894                      /></tbl:cell>
895                      <%
896                    }
897                  }
898                }
899                %>
900                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
901                <tbl:cell column="sharedTo">
902                  <%
903                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
904                  while(sharees.hasNext())
905                  {
906                    Nameable n = sharees.next();
907                    if (mode.hasPropertyLink())
908                    {
909                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
910                    }
911                    else
912                    {
913                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
914                    }
915                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
916                  }
917                  %>
918                </tbl:cell>
919              </tbl:row>
920              <%
921              }
922            }
923          %>         
924          </tbl:rows>
925      </tbl:data>
926      <%
927      if (numListed == 0)
928      {
929        %>
930        <tbl:panel><%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
931        <%
932      }
933      else
934      {
935        %>
936        <tbl:navigator
937          page="<%=cc.getPage()%>" 
938          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
939          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
940          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
941          locked="true"
942        />
943        <%
944      }
945      %>
946    </tbl:table>
947    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
948      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
949      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
950      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
951    </base:buttongroup>
952    <br><br><br>
953  </base:body>
954  </base:page>
955  <%
956}
957finally
958{
959  if (extracts != null) extracts.close();
960  if (dc != null) dc.close();
961}
962%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.