source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 5946

Last change on this file since 5946 was 5946, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

Replaces a lot of GIF images with PNG.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 32.1 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 5946 2012-02-03 13:18:47Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
36  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
40  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
41  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
42  import="net.sf.basedb.core.Unit"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
44  import="net.sf.basedb.core.Include"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
48  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
49  import="net.sf.basedb.core.Permission"
50  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
51  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
52  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.core.Type"
60  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
61  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
62  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
75  import="net.sf.basedb.util.Values"
76  import="java.util.Iterator"
77  import="java.util.List"
78  import="java.util.Map"
79  import="java.util.Date"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
87%>
88<%
89final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
90final String ID = sc.getId();
91final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
92final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
93
94final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
95final String callback = request.getParameter("callback");
96final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
97final DbControl dc = sc.newDbControl();
98ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
99ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
100try
101{
102  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
103  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
104  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
105  final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
106
107  // Child bioassays
108  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
109  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
110  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
111  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
112  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
113  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
114
115  // Child raw bioassays
116  final ItemQuery<RawBioAssay> rawAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
117  rawAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
118  rawAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  rawAssayQuery.include(cc.getInclude());
120
121  // Child extracts
122  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
123  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
124  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
125  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
126  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
127  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
128 
129  // Parent extracts
130  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
131  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
132  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
133  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
134  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
135  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
136 
137  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
138  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
139  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
140  try
141  {
142    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
143    extracts = query.iterate(dc);
144  }
145  catch (Throwable t)
146  {
147    cc.setMessage(t.getMessage());
148    t.printStackTrace();
149  }
150  int numListed = 0;
151  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
152  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
153  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
154 
155  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
156  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
157  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
158  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
159  int maxRows = result.next().getRows();
160  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
161  {
162    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
163  }
164  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
165  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
166  %>
167  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
168  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
169    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
170    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
171    <script language="JavaScript">
172    var submitPage = 'index.jsp';
173    var formId = 'extracts';
174    function newItem()
175    {
176      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
177    }
178    function newPooledItem()
179    {
180      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
181    }
182    function newPhysicalBioAssay()
183    {
184      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPhysicalBioAssay');
185    }
186    function newExtract(extractId)
187    {
188      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&extract_id='+extractId);
189    }
190    function newRawBioAssay(extractId)
191    {
192      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'RAWBIOASSAY', 0, true, '&extract_id='+extractId);
193    }
194    function editItem(itemId)
195    {
196      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
197    }
198    function viewItem(itemId)
199    {
200      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
201    }
202    function itemOnClick(evt, itemId)
203    {
204      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
205    }
206    function deleteItems()
207    {
208      var frm = document.forms[formId];
209      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
210      {
211        alert('Please select at least one item in the list');
212        return;
213      }
214      frm.action = submitPage;
215      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
216      frm.submit();
217    }
218    function restoreItems()
219    {
220      var frm = document.forms[formId];
221      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
222      {
223        alert('Please select at least one item in the list');
224        return;
225      }
226      frm.action = submitPage;
227      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
228      frm.submit();
229    }
230    function deleteItemPermanently(itemId)
231    {
232      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
233    }
234    function setOwner()
235    {
236      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
237    }
238    function shareItem(itemId)
239    {
240      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareExtracts', 600, 400);
241    }
242    function shareItems()
243    {
244      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
245    }
246    function configureColumns()
247    {
248      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
249    }
250    function runPlugin(cmd)
251    {
252      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
253    }
254    function returnSelected()
255    {
256      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
257      window.close();
258    }
259    function presetOnChange()
260    {
261      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
262    }
263    function newBioMaterialList()
264    {
265      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
266      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
267    }
268    function placeOnPlate()
269    {
270      Table.submitToPopup(formId, 'PlaceOnPlate', 900, 600);
271    }
272    </script>
273  </base:head>
274 
275  <base:body>
276    <%
277    if (cc.getMessage() != null)
278    {
279      %>
280      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
281      <%
282      cc.setMessage(null);
283    }
284    %>
285    <tbl:table 
286      id="extracts" 
287      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
288      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
289      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
290      title="<%=title%>"
291      action="index.jsp"
292      sc="<%=sc%>"
293      item="<%=itemType%>"
294      >
295      <tbl:hidden 
296        name="mode" 
297        value="<%=mode.getName()%>" 
298      />
299      <tbl:hidden 
300        name="callback" 
301        value="<%=callback%>" 
302        skip="<%=callback == null%>" 
303      />
304      <tbl:columndef 
305        id="name"
306        property="name"
307        datatype="string"
308        title="Name"
309        sortable="true" 
310        filterable="true"
311        exportable="true"
312        show="always" 
313      />
314      <tbl:columndef 
315        id="itemSubtype"
316        property="itemSubtype"
317        sortproperty="itemSubtype.name"
318        exportproperty="itemSubtype.name:string"
319        datatype="int"
320        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
321        title="Type"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />
326      <tbl:columndef
327        id="id"
328        clazz="uniquecol"
329        property="id"
330        datatype="int"
331        title="ID"
332        sortable="true"
333        filterable="true"
334        exportable="true"
335      />
336      <tbl:columndef 
337        id="externalId"
338        property="externalId"
339        datatype="string"
340        title="External id"
341        sortable="true" 
342        filterable="true"
343        exportable="true"
344      />
345      <tbl:columndef 
346        id="originalQuantity"
347        property="originalQuantity"
348        datatype="float"
349        title="Original quantity (µg)"
350        sortable="true" 
351        filterable="true"
352        exportable="true"
353        unit="<%=microGram%>"
354      />
355      <tbl:columndef 
356        id="remainingQuantity"
357        property="remainingQuantity"
358        datatype="float"
359        title="Remaining quantity (µg)"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363        unit="<%=microGram%>"
364      />
365      <tbl:columndef 
366        id="tag"
367        property="tag.name"
368        datatype="string"
369        title="Tag"
370        sortable="true" 
371        filterable="true"
372        exportable="true"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="protocol"
376        property="creationEvent.protocol"
377        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
378        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
379        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
380        datatype="string"
381        title="Protocol"
382        sortable="true" 
383        filterable="true"
384        exportable="true"
385      />
386      <tbl:columndef 
387        id="eventDate"
388        property="creationEvent.eventDate"
389        datatype="date"
390        title="Created"
391        sortable="true" 
392        filterable="true"
393        exportable="true"
394        formatter="<%=dateFormatter%>"
395      />
396      <tbl:columndef 
397        id="entryDate"
398        property="creationEvent.entryDate"
399        datatype="date"
400        title="Registered"
401        sortable="true" 
402        filterable="true"
403        exportable="true"
404        formatter="<%=dateFormatter%>"
405      />
406      <%
407      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
408      parentTypes.add("", "-none-");
409      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
410      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
411      %>
412      <tbl:columndef
413        id="parentType"
414        title="Parent type"
415        property="parentType"
416        enumeration="<%=parentTypes%>"
417        datatype="int"
418        filterable="true"
419        exportable="true"
420        sortable="true"
421      />
422      <tbl:columndef
423        id="parents"
424        title="Parent items"
425        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
426        sortproperty="parent.name"
427        datatype="string"
428        filterable="true"
429        exportable="true"
430        sortable="true"
431      />
432      <tbl:columndef
433        id="children"
434        title="Child extracts"
435        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
436        datatype="string"
437        filterable="true"
438        exportable="true"
439      />
440      <tbl:columndef
441        id="physicalBioAssays"
442        title="Physical bioassays"
443        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
444        datatype="string"
445        filterable="true"
446        exportable="true"
447      />
448      <tbl:columndef
449        id="rawBioAssays"
450        title="Raw bioassays"
451        property="&rawBioAssays(name)"
452        datatype="string"
453        filterable="true"
454        exportable="true"
455      />
456      <tbl:columndef 
457        id="bioPlate"
458        property="bioWell.bioPlate.name"
459        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
460        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
461        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
462        datatype="string"
463        title="Bioplate"
464        sortable="true" 
465        filterable="true"
466        exportable="true"
467      />
468      <tbl:columndef 
469        id="bioWellRow"
470        property="bioWell.row"
471        sortproperty="bioWell.row"
472        datatype="int"
473        title="Biowell row" 
474        filterable="true"
475        enumeration="<%=wellRows%>"
476        exportable="true"
477        sortable="true"
478        formatter="<%=rowFormatter%>"
479      />
480      <tbl:columndef 
481        id="bioWellColumn"
482        property="bioWell.column"
483        sortproperty="bioWell.column"
484        datatype="int"
485        title="Biowell column"   
486        filterable="true"
487        exportable="true"
488        sortable="true"
489        formatter="<%=columnFormatter%>"
490      />   
491      <tbl:columndef 
492        id="owner"
493        property="owner.name"
494        datatype="string"
495        title="Owner"
496        sortable="true" 
497        filterable="true"
498        exportable="true"
499      />
500      <tbl:columndef 
501        id="description"
502        property="description"
503        datatype="string"
504        title="Description" 
505        sortable="true" 
506        filterable="true" 
507        exportable="true"
508      />     
509      <tbl:columndef
510        id="bioMaterialList"
511        property="@bioMaterialLists"
512        datatype="int"
513        title="Biomaterial list"
514        filterable="true"
515        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
516        multiple="false"
517      />
518      <%
519      for (AnnotationType at : annotationTypes)
520      {
521        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
522        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
523        if (at.isEnumeration())
524        {
525          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
526          List<?> values = at.getValues();
527          for (Object value : values)
528          {
529            String encoded = formatter.format(value);
530            annotationEnum.add(encoded, encoded);
531          }
532        }
533        %>
534        <tbl:columndef 
535          id="<%="at"+at.getId()%>"
536          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
537          property="<%="#"+at.getId()%>"
538          annotation="true"
539          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
540          enumeration="<%=annotationEnum%>"
541          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
542          sortable="false" 
543          filterable="true" 
544          exportable="true"
545          formatter="<%=formatter%>"
546          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
547        />
548        <%
549      }
550      %>
551      <tbl:columndef
552        id="permission"
553        title="Permission"
554      />
555      <tbl:columndef
556        id="sharedTo"
557        title="Shared to"
558        filterable="true"
559        filterproperty="!sharedTo.name"
560        datatype="string"
561      />
562      <tbl:toolbar
563        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
564        >
565        <tbl:button 
566          disabled="<%=!createPermission%>" 
567          image="new.png" 
568          onclick="newItem()" 
569          title="New&hellip;" 
570          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
571        />
572        <tbl:button 
573          disabled="<%=!createPermission%>" 
574          image="new_pooled.png" 
575          onclick="newPooledItem()" 
576          title="Pool&hellip;" 
577          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
578        />
579        <tbl:button 
580          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
581          image="add.png" 
582          onclick="newPhysicalBioAssay()" 
583          title="New physical bioassay&hellip;" 
584          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
585        />
586        <tbl:button 
587          image="delete.png"
588          onclick="deleteItems()" 
589          title="Delete" 
590          tooltip="Delete the selected items" 
591        />
592        <tbl:button 
593          image="restore.png"
594          onclick="restoreItems()" 
595          title="Restore" 
596          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
597        />
598        <tbl:button 
599          image="share.png"
600          onclick="shareItems()" 
601          title="Share&hellip;" 
602          tooltip="Share the selected items"
603        />
604        <tbl:button 
605          image="take_ownership.png"
606          onclick="setOwner()" 
607          title="Set owner&hellip;"
608          tooltip="Change owner of the selected items"
609        />
610        <tbl:button 
611          image="columns.png" 
612          onclick="configureColumns()" 
613          title="Columns&hellip;" 
614          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
615        />
616        <tbl:button
617          image="add.png"
618          onclick="newBioMaterialList()"
619          title="New biomaterial list&hellip;"
620          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
621          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
622        />
623        <tbl:button 
624          image="place_on_plate.png" 
625          onclick="placeOnPlate()" 
626          title="Place on plate&hellip;" 
627          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
628        />
629        <tbl:button 
630          image="import.png" 
631          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
632          title="Import&hellip;" 
633          tooltip="Import data" 
634          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
635        />
636        <tbl:button 
637          image="export.png" 
638          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
639          title="Export&hellip;" 
640          tooltip="Export data" 
641          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
642        />
643        <tbl:button 
644          image="runplugin.png" 
645          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
646          title="Run plugin&hellip;" 
647          tooltip="Run a plugin" 
648          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
649        />
650        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
651          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
652      </tbl:toolbar>
653      <tbl:navigator
654        page="<%=cc.getPage()%>" 
655        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
656        totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
657        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
658      />
659      <tbl:data>
660        <tbl:columns>
661        <tbl:presetselector 
662          clazz="columnheader"
663          colspan="3"
664          onchange="presetOnChange()"
665        />
666        </tbl:columns>
667
668        <tr>
669          <tbl:header 
670            clazz="index"
671            >&nbsp;</tbl:header>
672          <tbl:header 
673            clazz="check" 
674            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
675            ><base:icon 
676              image="check_uncheck.png" 
677              tooltip="Check/uncheck all" 
678              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
679            /></tbl:header>
680          <tbl:header 
681            clazz="check" 
682            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
683            >&nbsp;</tbl:header>
684          <tbl:header 
685            clazz="icons" 
686            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
687            >&nbsp;</tbl:header>
688          <tbl:propertyfilter />
689        </tr>
690         
691          <tbl:rows>
692          <%
693          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
694          int selectedItemId = cc.getId();
695          if (extracts != null)
696          {           
697            while (extracts.hasNext())
698            {
699              Extract item = extracts.next();
700              Item parentType = item.getParentType();
701              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
702              int itemId = item.getId();
703              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
704              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
705              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
706              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
707              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
708              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
709              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
710                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
711              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
712              index++;
713              numListed++;
714              %>
715              <tbl:row>
716                <tbl:header 
717                  clazz="index"
718                  ><%=index%></tbl:header>
719                <tbl:header 
720                  clazz="check" 
721                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
722                  ><input 
723                    type="checkbox" 
724                    name="<%=itemId%>" 
725                    value="<%=itemId%>" 
726                    title="<%=name%>" 
727                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
728                  ></tbl:header>
729                <tbl:header 
730                  clazz="check" 
731                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
732                  ><input 
733                    type="radio" 
734                    name="item_id" 
735                    value="<%=itemId%>" 
736                    title="<%=name%>" 
737                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
738                  ></tbl:header>
739                <tbl:header 
740                  clazz="icons" 
741                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
742                  ><base:icon 
743                    image="deleted.png"
744                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
745                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
746                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
747                  /><base:icon 
748                    image="shared.png" 
749                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
750                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
751                    visible="<%=item.isShared()%>"
752                  />&nbsp;</tbl:header>
753                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
754                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
755                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
756                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
757                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
758                    item="<%=item%>" 
759                    property="itemSubtype"
760                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
761                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
762                  /></tbl:cell>
763                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
764                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
765                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
766                <tbl:cell column="tag"
767                  ><base:propertyvalue 
768                    item="<%=item%>" 
769                    property="tag"
770                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
771                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
772                  /></tbl:cell>
773                <tbl:cell column="protocol"
774                  ><base:propertyvalue 
775                    item="<%=creationEvent%>" 
776                    property="protocol"
777                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
778                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
779                  /></tbl:cell>
780                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
781                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
782                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
783                <tbl:cell column="parents">
784                  <%
785                  if (item.hasSingleParent() || item.getParentType() == null)
786                  {
787                    %>
788                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
789                    <%
790                  }
791                  else
792                  {
793                    String separator = "";
794                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
795                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
796                    {
797                      out.write(separator);
798                      if (mode.hasPropertyLink())
799                      {
800                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
801                      }
802                      else
803                      {
804                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
805                      }
806                      separator = ", ";
807                    }
808                  }
809                  %>
810                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
811                </tbl:cell>
812                <tbl:cell column="children">
813                  <%
814                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
815                  String separator = "";
816                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
817                  {
818                    out.write(separator);
819                    if (mode.hasPropertyLink())
820                    {
821                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
822                    }
823                    else
824                    {
825                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
826                    }
827                    separator = ", ";
828                  }
829                  %>
830                  <base:icon
831                    image="add.png" 
832                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
833                    tooltip="Create new child extract" 
834                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
835                  />
836                </tbl:cell>
837                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
838                  <%                 
839                  try
840                  {
841                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
842                    String separator = "";
843                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
844                    {
845                      out.write(separator);
846                      if (mode.hasPropertyLink())
847                      {
848                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
849                      }
850                      else
851                      {
852                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
853                      }
854                      separator = ", ";
855                    }
856                  }
857                  catch (Throwable t)
858                  {
859                    %>
860                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
861                    <%
862                  }
863                  %>
864                </tbl:cell>
865                <tbl:cell column="rawBioAssays">
866                  <%                 
867                  try
868                  {
869                    rawAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
870                    String separator = "";
871                    for (RawBioAssay rba : rawAssayQuery.list(dc))
872                    {
873                      out.write(separator);
874                      if (mode.hasPropertyLink())
875                      {
876                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
877                      }
878                      else
879                      {
880                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
881                      }
882                      separator = ", ";
883                    }
884                  }
885                  catch (Throwable t)
886                  {
887                    %>
888                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
889                    <%
890                  }
891                  %>
892                  <base:icon
893                    image="add.png" 
894                    onclick="<%="newRawBioAssay("+itemId+")"%>" 
895                    tooltip="Create new raw bioassay from this extract" 
896                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
897                  />
898                </tbl:cell>
899                <%               
900                BioWell well = null;
901                boolean readBioWell = true;
902                try
903                {
904                  well = item.getBioWell();
905                }
906                catch(PermissionDeniedException e)
907                {
908                  readBioWell = false;
909                }
910                if (!readBioWell)
911                {
912                  %>
913                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
914                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
915                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
916                  <%
917                }
918                else if (well == null)
919                {
920                  %>
921                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
922                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
923                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
924                  <%
925                 
926                }
927                else
928                {               
929                  %>
930                  <tbl:cell column="bioWellRow">
931                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
932                  </tbl:cell>
933                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
934                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
935                  </tbl:cell>
936                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
937                  <%
938                }
939                %>
940                <tbl:cell column="owner"
941                  ><base:propertyvalue 
942                    item="<%=item%>" 
943                    property="owner"
944                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
945                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
946                  /></tbl:cell>
947                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
948                <%
949                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
950                if (as != null)
951                {
952                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
953                  {
954                    if (as.hasAnnotation(at))
955                    {
956                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
957                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
958                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
959                      %>
960                      <tbl:cell 
961                        column="<%="at"+at.getId()%>"
962                        ><tbl:cellvalue 
963                          list="<%=a.getValues(null)%>"
964                          suffix="<%=suffix%>"
965                      /></tbl:cell>
966                      <%
967                    }
968                  }
969                }
970                %>
971                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
972                <tbl:cell column="sharedTo">
973                  <%
974                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
975                  while(sharees.hasNext())
976                  {
977                    Nameable n = sharees.next();
978                    if (mode.hasPropertyLink())
979                    {
980                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
981                    }
982                    else
983                    {
984                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
985                    }
986                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
987                  }
988                  %>
989                </tbl:cell>
990              </tbl:row>
991              <%
992              }
993            }
994          %>         
995          </tbl:rows>
996      </tbl:data>
997      <%
998      if (numListed == 0)
999      {
1000        %>
1001        <tbl:panel><%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
1002        <%
1003      }
1004      else
1005      {
1006        %>
1007        <tbl:navigator
1008          page="<%=cc.getPage()%>" 
1009          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
1010          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
1011          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
1012          locked="true"
1013        />
1014        <%
1015      }
1016      %>
1017    </tbl:table>
1018    <base:buttongroup clazz="fixedatbottom">
1019      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1020      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1021      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1022    </base:buttongroup>
1023    <br><br><br>
1024  </base:body>
1025  </base:page>
1026  <%
1027}
1028finally
1029{
1030  if (extracts != null) extracts.close();
1031  if (dc != null) dc.close();
1032}
1033%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.