source: trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 33.1 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 6701 2015-01-30 13:14:46Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
36  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
37  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
40  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
41  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
42  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
43  import="net.sf.basedb.core.Unit"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
45  import="net.sf.basedb.core.Include"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
49  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
50  import="net.sf.basedb.core.Permission"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
53  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
59  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
65  import="net.sf.basedb.core.Type"
66  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
67  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="net.sf.basedb.util.Values"
83  import="java.util.Iterator"
84  import="java.util.List"
85  import="java.util.Map"
86  import="java.util.Date"
87  import="java.util.ArrayList"
88%>
89<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
90<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%!
93  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
94  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final String callback = request.getParameter("callback");
104final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
105final DbControl dc = sc.newDbControl();
106ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
107List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
108try
109{
110  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
111  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
117  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
118  {
119    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
120  }
121  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
122  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
123  final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
124
125  // Child bioassays
126  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
127  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
128  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
129  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
130  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
131  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
132
133  // Child raw bioassays
134  final ItemQuery<RawBioAssay> rawAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
135  rawAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
136  rawAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
137  rawAssayQuery.include(cc.getInclude());
138
139  // Child extracts
140  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
141  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
142  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
143  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
144  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
145  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
146 
147  // Parent extracts
148  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
149  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
150  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
151  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
152  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
153  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
154 
155  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
156  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
157  try
158  {
159    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
160    extracts = query.iterate(dc);
161  }
162  catch (Throwable t)
163  {
164    cc.setMessage(t.getMessage());
165    t.printStackTrace();
166  }
167  int numListed = 0;
168  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
169  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
170  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
171  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
172 
173  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
174  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
175  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
176  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
177  int maxRows = result.next().getRows();
178  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
179  {
180    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
181  }
182
183  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
184  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
185  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
186  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
187  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
188  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
189  {
190    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
191  }
192
193  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
194  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
195  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
196  %>
197  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
198  <base:head scripts="table.js,~extracts.js" styles="table.css,toolbar.css">
199    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
200    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
201  </base:head>
202 
203  <base:body>
204  <h1><%=title==null ? "Extracts" : title%></h1>
205  <div class="content">
206    <tbl:table 
207      id="extracts" 
208      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
209      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
210      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
211      action="index.jsp"
212      sc="<%=sc%>"
213      item="<%=itemType%>"
214      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
215      subclass="fulltable"
216      data-inherited-annotations="true"
217      >
218      <tbl:hidden 
219        name="mode" 
220        value="<%=mode.getName()%>" 
221      />
222      <tbl:hidden 
223        name="callback" 
224        value="<%=callback%>" 
225        skip="<%=callback == null%>" 
226      />
227      <tbl:columndef 
228        id="name"
229        property="name"
230        datatype="string"
231        title="Name"
232        sortable="true" 
233        filterable="true"
234        exportable="true"
235        show="always" 
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="itemSubtype"
239        property="itemSubtype"
240        sortproperty="itemSubtype.name"
241        exportproperty="itemSubtype.name:string"
242        datatype="int"
243        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
244        title="Type"
245        sortable="true" 
246        filterable="true"
247        exportable="true"
248      />
249      <tbl:columndef
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true"
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277        formatter="<%=numericFormatter%>"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="remainingQuantity"
281        property="remainingQuantity"
282        datatype="float"
283        title="Remaining quantity (µg)"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287        unit="<%=microGram%>"
288        formatter="<%=numericFormatter%>"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="tag"
292        property="tag.name"
293        datatype="string"
294        title="Tag"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="protocol"
301        property="creationEvent.protocol"
302        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
303        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
304        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
305        datatype="string"
306        title="Protocol"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="eventDate"
313        property="creationEvent.eventDate"
314        datatype="date"
315        title="Created"
316        sortable="true" 
317        filterable="true"
318        exportable="true"
319        formatter="<%=dateFormatter%>"
320      />
321      <tbl:columndef 
322        id="entryDate"
323        property="creationEvent.entryDate"
324        datatype="date"
325        title="Registered"
326        sortable="true" 
327        filterable="true"
328        exportable="true"
329        formatter="<%=dateFormatter%>"
330      />
331      <%
332      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
333      parentTypes.add("", "-none-");
334      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
335      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
336      %>
337      <tbl:columndef
338        id="parentType"
339        title="Parent type"
340        property="parentType"
341        enumeration="<%=parentTypes%>"
342        datatype="int"
343        filterable="true"
344        exportable="true"
345        sortable="true"
346      />
347      <tbl:columndef
348        id="parents"
349        title="Parent items"
350        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
351        sortproperty="parent.name"
352        datatype="string"
353        filterable="true"
354        exportable="true"
355        sortable="true"
356      />
357      <tbl:columndef
358        id="children"
359        title="Child extracts"
360        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
361        datatype="string"
362        filterable="true"
363        exportable="true"
364      />
365      <tbl:columndef
366        id="physicalBioAssays"
367        title="Physical bioassays"
368        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
369        datatype="string"
370        filterable="true"
371        exportable="true"
372      />
373      <tbl:columndef
374        id="rawBioAssays"
375        title="Raw bioassays"
376        property="&rawBioAssays(name)"
377        datatype="string"
378        filterable="true"
379        exportable="true"
380      />
381      <tbl:columndef 
382        id="bioPlate"
383        property="bioWell.bioPlate.name"
384        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
385        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
386        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
387        datatype="string"
388        title="Bioplate"
389        sortable="true" 
390        filterable="true"
391        exportable="true"
392      />
393      <tbl:columndef 
394        id="bioWellRow"
395        property="bioWell.row"
396        sortproperty="bioWell.row"
397        datatype="int"
398        title="Biowell row" 
399        filterable="true"
400        enumeration="<%=wellRows%>"
401        exportable="true"
402        sortable="true"
403        formatter="<%=rowFormatter%>"
404      />
405      <tbl:columndef 
406        id="bioWellColumn"
407        property="bioWell.column"
408        sortproperty="bioWell.column"
409        datatype="int"
410        title="Biowell column"   
411        filterable="true"
412        enumeration="<%=wellColumns%>"
413        exportable="true"
414        sortable="true"
415        formatter="<%=columnFormatter%>"
416      />   
417      <tbl:columndef 
418        id="owner"
419        property="owner.name"
420        datatype="string"
421        title="Owner"
422        sortable="true" 
423        filterable="true"
424        exportable="true"
425      />
426      <tbl:columndef 
427        id="description"
428        property="description"
429        datatype="string"
430        title="Description" 
431        sortable="true" 
432        filterable="true" 
433        exportable="true"
434      />     
435      <tbl:columndef
436        id="bioMaterialList"
437        property="@bioMaterialLists"
438        datatype="int"
439        title="Biomaterial list"
440        filterable="true"
441        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
442        multiple="false"
443      />
444      <%
445      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
446      {
447        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
448        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
449        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
450        if (at.isEnumeration())
451        {
452          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
453          List<?> values = at.getValues();
454          for (Object value : values)
455          {
456            String encoded = formatter.format(value);
457            annotationEnum.add(encoded, encoded);
458          }
459        }
460        %>
461        <tbl:columndef 
462          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
463          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
464          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
465          annotation="true"
466          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
467          enumeration="<%=annotationEnum%>"
468          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
469          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
470          filterable="true" 
471          exportable="true"
472          formatter="<%=formatter%>"
473          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
474        />
475        <%
476      }
477      %>
478      <tbl:columndef
479        id="permission"
480        title="Permission"
481      />
482      <tbl:columndef
483        id="sharedTo"
484        title="Shared to"
485        filterable="true"
486        filterproperty="!sharedTo.name"
487        datatype="string"
488      />
489      <tbl:columndef 
490        id="xt-columns" 
491        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
492        jspcontext="<%=jspContext%>" 
493      />
494    <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
495      <tbl:toolbar
496        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
497        subclass="bottomborder"
498        >
499        <tbl:button 
500          id="btnNewItem"
501          disabled="<%=!createPermission%>" 
502          image="new.png" 
503          title="New&hellip;" 
504          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
505        />
506        <tbl:button 
507          id="btnNewPooledItem"
508          disabled="<%=!createPermission%>" 
509          image="new_pooled.png" 
510          title="Pool&hellip;" 
511          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
512        />
513        <tbl:button 
514          id="btnNewPhysicalBioAssay"
515          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
516          image="add.png" 
517          title="New physical bioassay&hellip;" 
518          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
519        />
520        <tbl:button 
521          id="btnDeleteItems"
522          image="delete.png"
523          title="Delete" 
524          tooltip="Delete the selected items" 
525        />
526        <tbl:button 
527          id="btnRestoreItems"
528          image="restore.png"
529          title="Restore" 
530          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
531        />
532        <tbl:button 
533          id="btnShareItems"
534          image="share.png"
535          title="Share&hellip;" 
536          tooltip="Share the selected items"
537        />
538        <tbl:button 
539          id="btnSetOwner"
540          image="take_ownership.png"
541          title="Set owner&hellip;"
542          tooltip="Change owner of the selected items"
543        />
544        <tbl:button 
545          id="btnColumns"
546          image="columns.png" 
547          title="Columns&hellip;" 
548          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
549        />
550        <tbl:button
551          id="btnNewBioMaterialList"
552          image="add.png"
553          title="New biomaterial list&hellip;"
554          tooltip="Create a new biomaterial list from matching extracts"
555          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
556        />
557        <tbl:button 
558          id="btnPlaceOnPlate"
559          image="place_on_plate.png" 
560          title="Place on plate&hellip;" 
561          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
562        />
563        <tbl:button
564          id="btnInheritAnnotations"
565          image="inherit.png"
566          title="Inherit annotations&hellip;"
567          tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
568        />
569        <tbl:button 
570          id="btnImport"
571          data-plugin-type="IMPORT"
572          image="import.png" 
573          title="Import&hellip;" 
574          tooltip="Import data" 
575          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
576        />
577        <tbl:button 
578          id="btnExport"
579          data-plugin-type="EXPORT"
580          image="export.png" 
581          title="Export&hellip;" 
582          tooltip="Export data" 
583          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
584        />
585        <tbl:button 
586          id="btnRunPlugin"
587          data-plugin-type="OTHER"
588          image="runplugin.png" 
589          title="Run plugin&hellip;" 
590          tooltip="Run a plugin" 
591          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
592        />
593        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
594          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
595      </tbl:toolbar>
596      <tbl:panel>
597          <tbl:presetselector />
598        <tbl:navigator
599          page="<%=cc.getPage()%>" 
600          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
601          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
602          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
603        />
604      </tbl:panel>
605    </div>
606      <tbl:data>
607        <tbl:headers>
608          <tbl:headerrow>
609            <tbl:header colspan="3" />
610            <tbl:columnheaders />
611          </tbl:headerrow>
612          <%
613          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
614          int numRows = cc.getFilterRows();
615          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
616          {
617            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
618            %>
619            <tbl:headerrow>
620              <tbl:header subclass="index" />
621              <tbl:header 
622                subclass="check" 
623                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
624                ><base:icon 
625                  id="check.uncheck"
626                  image="check_uncheck.png" 
627                  tooltip="Check/uncheck all" 
628                  visible="<%=lastRow%>"
629                /></tbl:header>
630              <tbl:header 
631                subclass="check" 
632                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
633                />
634              <tbl:header 
635                subclass="icons" 
636                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
637                >
638                <base:icon
639                  subclass="link table-filter-row-action"
640                  image="add.png"
641                  tooltip="Add extra filter row"
642                  visible="<%=lastRow%>"
643                /><base:icon
644                  subclass="link table-filter-row-action"
645                  image="remove.png"
646                  tooltip="Remove this filter row"
647                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
648                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
649                />
650              </tbl:header>
651              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
652            </tbl:headerrow>
653            <%
654          }
655          %>
656        </tbl:headers>
657        <tbl:rows>
658          <%
659          if (cc.getMessage() != null)
660          {
661            %>
662            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
663              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
664            </tbl:panel>
665            <%
666            cc.setMessage(null);
667          }
668          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
669          int selectedItemId = cc.getId();
670          if (extracts != null)
671          {           
672            while (extracts.hasNext())
673            {
674              Extract item = extracts.next();
675              Item parentType = item.getParentType();
676              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
677              int itemId = item.getId();
678              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
679             
680             
681              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
682              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
683              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
684              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
685                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
686              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
687              index++;
688              numListed++;
689              %>
690              <tbl:row>
691                <tbl:header 
692                  clazz="index"
693                  ><%=index%></tbl:header>
694                <tbl:header 
695                  clazz="check" 
696                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
697                  ><input 
698                    type="checkbox" 
699                    name="<%=itemId%>" 
700                    value="<%=itemId%>" 
701                    title="<%=name%>" 
702                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
703                  ></tbl:header>
704                <tbl:header 
705                  clazz="check" 
706                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
707                  ><input 
708                    type="radio" 
709                    name="item_id" 
710                    value="<%=itemId%>" 
711                    title="<%=name%>" 
712                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
713                  ></tbl:header>
714                <tbl:header 
715                  clazz="icons" 
716                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
717                  ><base:icon 
718                    image="deleted.png"
719                    id="<%="delete."+itemId %>"
720                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
721                    data-item-id="<%=itemId%>"
722                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
723                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
724                  /><base:icon 
725                    image="shared.png" 
726                    id="<%="share."+itemId %>"
727                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
728                    data-item-id="<%=itemId%>"
729                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
730                    visible="<%=item.isShared()%>"
731                  />&nbsp;</tbl:header>
732                <tbl:cell column="name"><div
733                  class="link table-item"
734                  data-item-id="<%=itemId%>"
735                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
736                  tabindex="0"
737                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
738                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
739                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
740                    item="<%=item%>" 
741                    property="itemSubtype"
742                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
743                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
744                  /></tbl:cell>
745                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
746                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
747                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
748                <tbl:cell column="tag"
749                  ><base:propertyvalue 
750                    item="<%=item%>" 
751                    property="tag"
752                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
753                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
754                  /></tbl:cell>
755                <tbl:cell column="protocol"
756                  ><base:propertyvalue 
757                    item="<%=creationEvent%>" 
758                    property="protocol"
759                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
760                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
761                  /></tbl:cell>
762                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
763                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
764                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
765                <tbl:cell column="parents">
766                  <%
767                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
768                  {
769                    Float usedQuantity = null;
770                    if (parentType != null)
771                    {
772                      try
773                      {
774                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)item.getParent());
775                      }
776                      catch (PermissionDeniedException ex)
777                      {}
778                    }
779                    %>
780                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent" />
781                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
782                    <%
783                  }
784                  else
785                  {
786                    String separator = "";
787                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
788                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
789                    {
790                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(e);
791                      out.write(separator);
792                      if (mode.hasPropertyLink())
793                      {
794                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
795                      }
796                      else
797                      {
798                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
799                      }
800                      if (usedQuantity != null)
801                      {
802                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
803                      }
804                      separator = ", ";
805                    }
806                  }
807                  %>
808                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
809                </tbl:cell>
810                <tbl:cell column="children">
811                  <%
812                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
813                  String separator = "";
814                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
815                  {
816                    out.write(separator);
817                    if (mode.hasPropertyLink())
818                    {
819                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
820                    }
821                    else
822                    {
823                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
824                    }
825                    separator = ", ";
826                  }
827                  %>
828                  <base:icon
829                    id="<%="newextract."+itemId%>"
830                    image="add.png" 
831                    subclass="auto-init"
832                    data-auto-init="new-extract"
833                    data-item-id="<%=itemId %>"
834                    tooltip="Create new child extract" 
835                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
836                  />
837                </tbl:cell>
838                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
839                  <%                 
840                  try
841                  {
842                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
843                    String separator = "";
844                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
845                    {
846                      out.write(separator);
847                      if (mode.hasPropertyLink())
848                      {
849                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
850                      }
851                      else
852                      {
853                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
854                      }
855                      separator = ", ";
856                    }
857                  }
858                  catch (Throwable t)
859                  {
860                    %>
861                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
862                    <%
863                  }
864                  %>
865                </tbl:cell>
866                <tbl:cell column="rawBioAssays">
867                  <%                 
868                  try
869                  {
870                    rawAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
871                    String separator = "";
872                    for (RawBioAssay rba : rawAssayQuery.list(dc))
873                    {
874                      out.write(separator);
875                      if (mode.hasPropertyLink())
876                      {
877                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
878                      }
879                      else
880                      {
881                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
882                      }
883                      separator = ", ";
884                    }
885                  }
886                  catch (Throwable t)
887                  {
888                    %>
889                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
890                    <%
891                  }
892                  %>
893                  <base:icon
894                    id="<%="newRawBioAssay."+itemId%>"
895                    image="add.png" 
896                    subclass="auto-init"
897                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
898                    data-item-id="<%=itemId %>"
899                    tooltip="Create new raw bioassay from this extract" 
900                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
901                  />
902                </tbl:cell>
903                <%               
904                BioWell well = null;
905                boolean readBioWell = true;
906                try
907                {
908                  well = item.getBioWell();
909                }
910                catch(PermissionDeniedException e)
911                {
912                  readBioWell = false;
913                }
914                if (!readBioWell)
915                {
916                  %>
917                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
918                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
919                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
920                  <%
921                }
922                else if (well == null)
923                {
924                  %>
925                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
926                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
927                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
928                  <%
929                 
930                }
931                else
932                {               
933                  %>
934                  <tbl:cell column="bioWellRow">
935                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
936                  </tbl:cell>
937                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
938                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
939                  </tbl:cell>
940                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
941                  <%
942                }
943                %>
944                <tbl:cell column="owner"
945                  ><base:propertyvalue 
946                    item="<%=item%>" 
947                    property="owner"
948                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
949                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
950                  /></tbl:cell>
951                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
952                <%
953                if (item.isAnnotated())
954                {
955                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
956                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
957                  {
958                    if (loader.find(snapshot))
959                    {
960                      %>
961                      <tbl:cell 
962                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
963                        ><tbl:cellvalue 
964                          list="<%=loader.getValues()%>"
965                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
966                      /></tbl:cell>
967                      <%
968                    }
969                  }
970                }
971                %>
972                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
973                <tbl:cell column="sharedTo">
974                  <%
975                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
976                  while(sharees.hasNext())
977                  {
978                    Nameable n = sharees.next();
979                    if (mode.hasPropertyLink())
980                    {
981                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
982                    }
983                    else
984                    {
985                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
986                    }
987                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
988                  }
989                  %>
990                </tbl:cell>
991                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
992                  <tbl:cell column="xt-columns" />
993                </tbl:xt-cells>
994              </tbl:row>
995              <%
996              }
997            }
998            if (numListed == 0)
999            {
1000              %>
1001              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
1002                <div class="messagecontainer note">
1003                <%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %>
1004                </div>
1005              </tbl:panel>
1006              <%
1007            }
1008          %>         
1009        </tbl:rows>
1010      </tbl:data>
1011    </tbl:table>
1012    </div>
1013    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
1014      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1015      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1016      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1017    </base:buttongroup>
1018   
1019  </base:body>
1020  </base:page>
1021  <%
1022}
1023finally
1024{
1025  if (extracts != null) extracts.close();
1026  if (dc != null) dc.close();
1027}
1028%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.