source: trunk/www/biomaterials/labeledextracts/list_labeledextracts.jsp @ 4730

Last change on this file since 4730 was 4730, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 A labeledextract's or extract's bioplate/biowell are now available in the webclient. The pages has gone through some testings but can still have some bugs.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 25.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_labeledextracts.jsp 4730 2009-01-15 15:32:54Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
31  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
34  import="net.sf.basedb.core.Extract"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
39  import="net.sf.basedb.core.Unit"
40  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="java.util.Iterator"
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.LABELEDEXTRACT;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final boolean createHybridizationPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.HYBRIDIZATION);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("labeled extract", "labeled extracts");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<LabeledExtract> labeledExtracts = null;
90ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
91try
92{
93  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
94 
95  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
96  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
97  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
98  try
99  {
100    final ItemQuery<LabeledExtract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, LabeledExtract.getQuery(), mode);
101    labeledExtracts = query.iterate(dc);
102  }
103  catch (Throwable t)
104  {
105    cc.setMessage(t.getMessage());
106    t.printStackTrace();
107  }
108  int numListed = 0;
109  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
110  %>
111  <base:page title="<%=title==null ? "Labeled extract" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
112  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
113    <script language="JavaScript">
114    var submitPage = 'index.jsp';
115    var formId = 'labeledextracts';
116    function newItem()
117    {
118      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
119    }
120    function newPooledItem()
121    {
122      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
123    }
124    function newHybridization()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewHybridization');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function deleteItems()
141    {
142      var frm = document.forms[formId];
143      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
144      {
145        alert('Please select at least one item in the list');
146        return;
147      }
148      frm.action = submitPage;
149      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
150      frm.submit();
151    }
152    function restoreItems()
153    {
154      var frm = document.forms[formId];
155      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
156      {
157        alert('Please select at least one item in the list');
158        return;
159      }
160      frm.action = submitPage;
161      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
162      frm.submit();
163    }
164    function deleteItemPermanently(itemId)
165    {
166      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
167    }
168    function setOwner()
169    {
170      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
171    }
172    function shareItem(itemId)
173    {
174      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareLabeledExtracts', 600, 400);
175    }
176    function shareItems()
177    {
178      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
179    }
180    function configureColumns()
181    {
182      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
183    }
184    function runPlugin(cmd)
185    {
186      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
187    }
188    function returnSelected()
189    {
190      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
191      window.close();
192    }
193    function presetOnChange()
194    {
195      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
196    }
197    function newBioMaterialList()
198    {
199      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
200      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
201    }
202    </script>
203  </base:head>
204 
205  <base:body>
206    <%
207    if (cc.getMessage() != null)
208    {
209      %>
210      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
211      <%
212      cc.setMessage(null);
213    }
214    %>
215    <tbl:table 
216      id="labeledextracts" 
217      clazz="itemlist" 
218      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
219      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
220      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
221      title="<%=title%>"
222      action="index.jsp"
223      sc="<%=sc%>"
224      item="<%=itemType%>"
225      >
226      <tbl:hidden 
227        name="mode" 
228        value="<%=mode.getName()%>" 
229      />
230      <tbl:hidden 
231        name="callback" 
232        value="<%=callback%>" 
233        skip="<%=callback == null%>" 
234      />
235      <tbl:columndef 
236        id="name"
237        property="name"
238        datatype="string"
239        title="Name"
240        sortable="true" 
241        filterable="true"
242        exportable="true"
243        show="always" 
244      />
245      <tbl:columndef 
246        id="id"
247        clazz="uniquecol"
248        property="id"
249        datatype="int"
250        title="ID"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="label"
257        property="label"
258        sortproperty="label.name"
259        filterproperty="label.name"
260        exportproperty="label.name"
261        datatype="string"
262        title="Label"
263        sortable="true" 
264        filterable="true"
265        exportable="true"
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="externalId"
269        property="externalId"
270        datatype="string"
271        title="External id"
272        sortable="true" 
273        filterable="true"
274        exportable="true"
275      />
276      <tbl:columndef 
277        id="originalQuantity"
278        property="originalQuantity"
279        datatype="float"
280        title="Original quantity (µg)"
281        sortable="true" 
282        filterable="true"
283        exportable="true"
284        unit="<%=microGram%>"
285      />
286      <tbl:columndef 
287        id="remainingQuantity"
288        property="remainingQuantity"
289        datatype="float"
290        title="Remaining quantity (µg)"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294        unit="<%=microGram%>"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="protocol"
298        property="creationEvent.protocol"
299        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
300        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
301        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
302        datatype="string"
303        title="Protocol"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="eventDate"
310        property="creationEvent.eventDate"
311        datatype="date"
312        title="Created"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316        formatter="<%=dateFormatter%>"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="entryDate"
320        property="creationEvent.entryDate"
321        datatype="date"
322        title="Registered"
323        sortable="true" 
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326        formatter="<%=dateFormatter%>"
327      />
328      <tbl:columndef 
329        id="pooled"
330        property="pooled"
331        datatype="boolean"
332        title="Pooled"
333        sortable="true" 
334        filterable="true"
335        exportable="true"
336      />
337      <tbl:columndef
338        id="parents"
339        title="Parents"
340        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
341        datatype="string"
342        filterable="true"
343      />
344      <tbl:columndef
345        id="hybridizations"
346        title="Hybridizations"
347        property="&sourceEvents(event.hybridization.name)"
348        datatype="string"
349        filterable="true"
350      />
351      <tbl:columndef 
352        id="bioPlate"
353        property="bioWell.bioPlate.name"
354        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
355        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
356        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
357        datatype="string"
358        title="Bioplate"
359        sortable="true" 
360        filterable="true"
361        exportable="true"
362      />
363      <tbl:columndef 
364        id="bioWell"
365        property="bioWell.row"
366        sortproperty="bioWell.row"
367        filterproperty="bioWell.row"
368        exportproperty="bioWell.row"
369        datatype="string"
370        title="Biowell"
371        filterable="true"
372        exportable="true"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="owner"
376        property="owner.name"
377        datatype="string"
378        title="Owner"
379        sortable="true" 
380        filterable="true"
381        exportable="true"
382      />
383      <tbl:columndef 
384        id="description"
385        property="description"
386        datatype="string"
387        title="Description" 
388        sortable="true" 
389        filterable="true" 
390        exportable="true"
391      />     
392      <tbl:columndef
393        id="bioMaterialList"
394        property="@bioMaterialLists"
395        datatype="int"
396        title="Biomaterial list"
397        filterable="true"
398        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
399        multiple="false"
400      />
401      <%
402      for (AnnotationType at : annotationTypes)
403      {
404        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
405        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
406        if (at.isEnumeration())
407        {
408          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
409          List<?> values = at.getValues();
410          for (Object value : values)
411          {
412            String encoded = formatter.format(value);
413            annotationEnum.add(encoded, encoded);
414          }
415        }
416        %>
417        <tbl:columndef 
418          id="<%="at"+at.getId()%>"
419          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
420          property="<%="#"+at.getId()%>"
421          annotation="true"
422          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
423          enumeration="<%=annotationEnum%>"
424          sortable="false" 
425          filterable="true" 
426          exportable="true"
427          formatter="<%=formatter%>"
428          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
429        />
430        <%
431      }
432      %>
433      <tbl:columndef
434        id="permission"
435        title="Permission"
436      />
437      <tbl:columndef 
438        id="sharedTo" 
439        title="Shared to" 
440      />
441      <tbl:toolbar
442        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
443        >
444        <tbl:button 
445          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
446          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
447          onclick="newItem()" 
448          title="New&hellip;" 
449          tooltip="<%=createPermission ? "Create new labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
450        />
451        <tbl:button 
452          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
453          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
454          onclick="newPooledItem()" 
455          title="Pool&hellip;" 
456          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
457        />
458        <tbl:button 
459          disabled="<%=createHybridizationPermission ? false : true%>" 
460          image="<%=createHybridizationPermission ? "add.png" : "add_disabled.png"%>" 
461          onclick="newHybridization()" 
462          title="New hybridzation&hellip;" 
463          tooltip="<%=createHybridizationPermission ? "Create new hybridization with the selected labeled extract" : "You do not have permission to create hybridizations"%>" 
464        />
465        <tbl:button 
466          image="delete.gif"
467          onclick="deleteItems()" 
468          title="Delete" 
469          tooltip="Delete the selected items" 
470        />
471        <tbl:button 
472          image="restore.gif"
473          onclick="restoreItems()" 
474          title="Restore" 
475          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
476        />
477        <tbl:button 
478          image="share.gif"
479          onclick="shareItems()" 
480          title="Share&hellip;" 
481          tooltip="Share the selected items"
482        />
483        <tbl:button 
484          image="take_ownership.png"
485          onclick="setOwner()" 
486          title="Set owner&hellip;"
487          tooltip="Change owner of the selected items"
488        />
489        <tbl:button 
490          image="columns.gif" 
491          onclick="configureColumns()" 
492          title="Columns&hellip;" 
493          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
494        />
495        <tbl:button
496          image="add.png"
497          onclick="newBioMaterialList()"
498          title="New biomaterial list&hellip;"
499          tooltip="Create a new biomaterial list from matching labeled extracts"
500          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
501        />
502        <tbl:button 
503          image="import.gif" 
504          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
505          title="Import&hellip;" 
506          tooltip="Import data" 
507          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
508        />
509        <tbl:button 
510          image="export.gif" 
511          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
512          title="Export&hellip;" 
513          tooltip="Export data" 
514          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
515        />
516        <tbl:button 
517          image="runplugin.gif" 
518          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
519          title="Run plugin&hellip;" 
520          tooltip="Run a plugin" 
521          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
522        />
523      </tbl:toolbar>
524      <tbl:navigator
525        page="<%=cc.getPage()%>" 
526        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
527        totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
528        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
529      />
530      <tbl:data>
531        <tbl:columns>
532        <tbl:presetselector 
533          clazz="columnheader"
534          colspan="3"
535          onchange="presetOnChange()"
536        />
537        </tbl:columns>
538
539        <tr>
540          <tbl:header 
541            clazz="index"
542            >&nbsp;</tbl:header>
543          <tbl:header 
544            clazz="check" 
545            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
546            ><base:icon 
547              image="check_uncheck.gif" 
548              tooltip="Check/uncheck all" 
549              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
550            /></tbl:header>
551          <tbl:header 
552            clazz="check" 
553            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
554            >&nbsp;</tbl:header>
555          <tbl:header 
556            clazz="icons" 
557            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
558            >&nbsp;</tbl:header>
559          <tbl:propertyfilter />
560        </tr>
561         
562          <tbl:rows>
563          <%
564          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
565          int selectedItemId = cc.getId();
566          if (labeledExtracts != null)
567          {           
568            while (labeledExtracts.hasNext())
569            {
570              LabeledExtract item = labeledExtracts.next();
571              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
572              int itemId = item.getId();
573              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
574              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
575              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
576              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
577              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);             
578              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
579              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
580                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
581              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
582              index++;
583              numListed++;
584              %>
585              <tbl:row>
586                <tbl:header 
587                  clazz="index"
588                  ><%=index%></tbl:header>
589                <tbl:header 
590                  clazz="check" 
591                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
592                  ><input 
593                    type="checkbox" 
594                    name="<%=itemId%>" 
595                    value="<%=itemId%>" 
596                    title="<%=name%>" 
597                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
598                  ></tbl:header>
599                <tbl:header 
600                  clazz="check" 
601                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
602                  ><input 
603                    type="radio" 
604                    name="item_id" 
605                    value="<%=itemId%>" 
606                    title="<%=name%>" 
607                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
608                  ></tbl:header>
609                <tbl:header 
610                  clazz="icons" 
611                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
612                  ><base:icon 
613                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
614                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
615                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
616                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
617                  /><base:icon 
618                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
619                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
620                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
621                    visible="<%=item.isShared()%>"
622                  />&nbsp;</tbl:header>
623                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
624                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
625                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
626                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
627                <tbl:cell column="label"
628                  ><base:propertyvalue 
629                    item="<%=item%>" 
630                    property="label"
631                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
632                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
633                  /></tbl:cell>
634                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
635                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
636                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
637                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
638                <tbl:cell column="protocol"
639                  ><base:propertyvalue 
640                    item="<%=creationEvent%>" 
641                    property="protocol"
642                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
643                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
644                  /></tbl:cell>
645                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
646                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
647                <tbl:cell column="parents">
648                  <%
649                  if (!item.isPooled())
650                  {
651                    %>
652                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
653                    <%
654                  }
655                  else
656                  {
657                    String separator = "";
658                    ItemQuery<LabeledExtract> parentQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)item.getCreationEvent().getSources();
659                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
660                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
661                   
662                    for (LabeledExtract e : parentQuery.list(dc))
663                    {
664                      out.write(separator);
665                      if (mode.hasPropertyLink())
666                      {
667                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
668                      }
669                      else
670                      {
671                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
672                      }
673                      separator = ", ";
674                    }
675                  }
676                  %></tbl:cell> 
677                <tbl:cell column="hybridizations">
678                  <%                 
679                  try
680                  {
681                    ItemQuery<Hybridization> hybridizationQuery = item.getHybridizations();
682                    hybridizationQuery.include(cc.getInclude());
683                    hybridizationQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
684                    String separator = "";
685                    for (Hybridization h : hybridizationQuery.list(dc))
686                    {
687                      out.write(separator);
688                      if (mode.hasPropertyLink())
689                      {
690                        out.write(Base.getLinkedName(ID, h, false, mode.hasEditLink()));
691                      }
692                      else
693                      {
694                        out.write(HTML.encodeTags(h.getName()));
695                      }
696                      separator = ", ";
697                    }
698                  }
699                  catch (Throwable t)
700                  {
701                    %>
702                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
703                    <%
704                  }
705                  %>
706                  </tbl:cell>
707                <tbl:cell column="bioPlate">
708                  <base:propertyvalue 
709                    item="<%=item%>" 
710                    property="bioWell.bioPlate"
711                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
712                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
713                  />
714                </tbl:cell>
715                <tbl:cell column="bioWell">
716                  <%
717                  try
718                  {
719                    BioWell bw = item.getBioWell();
720                    if (bw != null)
721                    {
722                      out.write("["+bw.getRow()+","+bw.getColumn()+"]");
723                    }
724                    else
725                    {
726                      out.write("<i>- none -</i>");
727                    }
728                  }
729                  catch (PermissionDeniedException ex)
730                  {
731                    out.write("<i>- denied -</i>");
732                  }
733                  %>
734                </tbl:cell>
735                <tbl:cell column="owner"
736                  ><base:propertyvalue 
737                    item="<%=item%>" 
738                    property="owner"
739                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
740                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
741                  /></tbl:cell>
742                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
743                <%
744                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
745                if (as != null)
746                {
747                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
748                  {
749                    if (as.hasAnnotation(at))
750                    {
751                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
752                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
753                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
754                      %>
755                      <tbl:cell 
756                        column="<%="at"+at.getId()%>"
757                        ><tbl:cellvalue 
758                          list="<%=a.getValues(null)%>"
759                          suffix="<%=suffix%>"
760                      /></tbl:cell>
761                      <%
762                    }
763                  }
764                }
765                %>
766                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
767                <tbl:cell column="sharedTo">
768                  <%
769                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
770                  while(sharees.hasNext())
771                  {
772                    Nameable n = sharees.next();
773                    if (mode.hasPropertyLink())
774                    {
775                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
776                    }
777                    else
778                    {
779                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
780                    }
781                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
782                  }
783                  %>
784                </tbl:cell>
785              </tbl:row>
786              <%
787              }
788            }
789          %>
790          </tbl:rows>
791      </tbl:data>
792      <%
793      if (numListed == 0)
794      {
795        %>
796        <tbl:panel><%=labeledExtracts == null || labeledExtracts.getTotalCount() == 0 ? "No labeled extracts were found" : "No labeled extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
797        <%
798      }
799      else
800      {
801        %>
802        <tbl:navigator
803          page="<%=cc.getPage()%>" 
804          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
805          totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
806          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
807          locked="true"
808        />
809        <%
810      }
811      %>
812    </tbl:table>
813    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
814      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
815      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
816      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
817    </base:buttongroup>
818    <br><br><br>
819  </base:body>
820  </base:page>
821  <%
822}
823finally
824{
825  if (labeledExtracts != null) labeledExtracts.close();
826  if (dc != null) dc.close();
827}
828%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.