source: trunk/www/biomaterials/labeledextracts/list_labeledextracts.jsp @ 4734

Last change on this file since 4734 was 4734, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 A biowell's coordinates are split into two columns on biomaterial list-pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 25.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_labeledextracts.jsp 4734 2009-01-23 14:53:04Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
31  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
34  import="net.sf.basedb.core.Extract"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
39  import="net.sf.basedb.core.Unit"
40  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="java.util.Iterator"
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.LABELEDEXTRACT;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final boolean createHybridizationPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.HYBRIDIZATION);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("labeled extract", "labeled extracts");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<LabeledExtract> labeledExtracts = null;
90ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
91try
92{
93  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
94 
95  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
96  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
97  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
98  try
99  {
100    final ItemQuery<LabeledExtract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, LabeledExtract.getQuery(), mode);
101    labeledExtracts = query.iterate(dc);
102  }
103  catch (Throwable t)
104  {
105    cc.setMessage(t.getMessage());
106    t.printStackTrace();
107  }
108  int numListed = 0;
109  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
110  %>
111  <base:page title="<%=title==null ? "Labeled extract" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
112  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
113    <script language="JavaScript">
114    var submitPage = 'index.jsp';
115    var formId = 'labeledextracts';
116    function newItem()
117    {
118      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
119    }
120    function newPooledItem()
121    {
122      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
123    }
124    function newHybridization()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewHybridization');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function deleteItems()
141    {
142      var frm = document.forms[formId];
143      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
144      {
145        alert('Please select at least one item in the list');
146        return;
147      }
148      frm.action = submitPage;
149      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
150      frm.submit();
151    }
152    function restoreItems()
153    {
154      var frm = document.forms[formId];
155      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
156      {
157        alert('Please select at least one item in the list');
158        return;
159      }
160      frm.action = submitPage;
161      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
162      frm.submit();
163    }
164    function deleteItemPermanently(itemId)
165    {
166      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
167    }
168    function setOwner()
169    {
170      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
171    }
172    function shareItem(itemId)
173    {
174      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareLabeledExtracts', 600, 400);
175    }
176    function shareItems()
177    {
178      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
179    }
180    function configureColumns()
181    {
182      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
183    }
184    function runPlugin(cmd)
185    {
186      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
187    }
188    function returnSelected()
189    {
190      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
191      window.close();
192    }
193    function presetOnChange()
194    {
195      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
196    }
197    function newBioMaterialList()
198    {
199      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
200      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
201    }
202    </script>
203  </base:head>
204 
205  <base:body>
206    <%
207    if (cc.getMessage() != null)
208    {
209      %>
210      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
211      <%
212      cc.setMessage(null);
213    }
214    %>
215    <tbl:table 
216      id="labeledextracts" 
217      clazz="itemlist" 
218      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
219      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
220      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
221      title="<%=title%>"
222      action="index.jsp"
223      sc="<%=sc%>"
224      item="<%=itemType%>"
225      >
226      <tbl:hidden 
227        name="mode" 
228        value="<%=mode.getName()%>" 
229      />
230      <tbl:hidden 
231        name="callback" 
232        value="<%=callback%>" 
233        skip="<%=callback == null%>" 
234      />
235      <tbl:columndef 
236        id="name"
237        property="name"
238        datatype="string"
239        title="Name"
240        sortable="true" 
241        filterable="true"
242        exportable="true"
243        show="always" 
244      />
245      <tbl:columndef 
246        id="id"
247        clazz="uniquecol"
248        property="id"
249        datatype="int"
250        title="ID"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="label"
257        property="label"
258        sortproperty="label.name"
259        filterproperty="label.name"
260        exportproperty="label.name"
261        datatype="string"
262        title="Label"
263        sortable="true" 
264        filterable="true"
265        exportable="true"
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="externalId"
269        property="externalId"
270        datatype="string"
271        title="External id"
272        sortable="true" 
273        filterable="true"
274        exportable="true"
275      />
276      <tbl:columndef 
277        id="originalQuantity"
278        property="originalQuantity"
279        datatype="float"
280        title="Original quantity (µg)"
281        sortable="true" 
282        filterable="true"
283        exportable="true"
284        unit="<%=microGram%>"
285      />
286      <tbl:columndef 
287        id="remainingQuantity"
288        property="remainingQuantity"
289        datatype="float"
290        title="Remaining quantity (µg)"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294        unit="<%=microGram%>"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="protocol"
298        property="creationEvent.protocol"
299        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
300        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
301        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
302        datatype="string"
303        title="Protocol"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="eventDate"
310        property="creationEvent.eventDate"
311        datatype="date"
312        title="Created"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316        formatter="<%=dateFormatter%>"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="entryDate"
320        property="creationEvent.entryDate"
321        datatype="date"
322        title="Registered"
323        sortable="true" 
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326        formatter="<%=dateFormatter%>"
327      />
328      <tbl:columndef 
329        id="pooled"
330        property="pooled"
331        datatype="boolean"
332        title="Pooled"
333        sortable="true" 
334        filterable="true"
335        exportable="true"
336      />
337      <tbl:columndef
338        id="parents"
339        title="Parents"
340        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
341        datatype="string"
342        filterable="true"
343      />
344      <tbl:columndef
345        id="hybridizations"
346        title="Hybridizations"
347        property="&sourceEvents(event.hybridization.name)"
348        datatype="string"
349        filterable="true"
350      />
351      <tbl:columndef 
352        id="bioPlate"
353        property="bioWell.bioPlate.name"
354        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
355        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
356        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
357        datatype="string"
358        title="Bioplate"
359        sortable="true" 
360        filterable="true"
361        exportable="true"
362      />
363      <tbl:columndef 
364        id="bioWellRow"
365        property="bioWell.row"
366        sortproperty="bioWell.row"
367        datatype="int"
368        title="Biowell row" 
369        filterable="true"
370        exportable="true"
371        sortable="true"
372      />
373      <tbl:columndef 
374        id="bioWellColumn"
375        property="bioWell.column"
376        sortproperty="bioWell.column"
377        datatype="int"
378        title="Biowell column"   
379        filterable="true"
380        exportable="true"
381        sortable="true"
382      />
383      <tbl:columndef 
384        id="owner"
385        property="owner.name"
386        datatype="string"
387        title="Owner"
388        sortable="true" 
389        filterable="true"
390        exportable="true"
391      />
392      <tbl:columndef 
393        id="description"
394        property="description"
395        datatype="string"
396        title="Description" 
397        sortable="true" 
398        filterable="true" 
399        exportable="true"
400      />     
401      <tbl:columndef
402        id="bioMaterialList"
403        property="@bioMaterialLists"
404        datatype="int"
405        title="Biomaterial list"
406        filterable="true"
407        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
408        multiple="false"
409      />
410      <%
411      for (AnnotationType at : annotationTypes)
412      {
413        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
414        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
415        if (at.isEnumeration())
416        {
417          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
418          List<?> values = at.getValues();
419          for (Object value : values)
420          {
421            String encoded = formatter.format(value);
422            annotationEnum.add(encoded, encoded);
423          }
424        }
425        %>
426        <tbl:columndef 
427          id="<%="at"+at.getId()%>"
428          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
429          property="<%="#"+at.getId()%>"
430          annotation="true"
431          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
432          enumeration="<%=annotationEnum%>"
433          sortable="false" 
434          filterable="true" 
435          exportable="true"
436          formatter="<%=formatter%>"
437          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
438        />
439        <%
440      }
441      %>
442      <tbl:columndef
443        id="permission"
444        title="Permission"
445      />
446      <tbl:columndef 
447        id="sharedTo" 
448        title="Shared to" 
449      />
450      <tbl:toolbar
451        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
452        >
453        <tbl:button 
454          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
455          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
456          onclick="newItem()" 
457          title="New&hellip;" 
458          tooltip="<%=createPermission ? "Create new labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
459        />
460        <tbl:button 
461          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
462          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
463          onclick="newPooledItem()" 
464          title="Pool&hellip;" 
465          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
466        />
467        <tbl:button 
468          disabled="<%=createHybridizationPermission ? false : true%>" 
469          image="<%=createHybridizationPermission ? "add.png" : "add_disabled.png"%>" 
470          onclick="newHybridization()" 
471          title="New hybridzation&hellip;" 
472          tooltip="<%=createHybridizationPermission ? "Create new hybridization with the selected labeled extract" : "You do not have permission to create hybridizations"%>" 
473        />
474        <tbl:button 
475          image="delete.gif"
476          onclick="deleteItems()" 
477          title="Delete" 
478          tooltip="Delete the selected items" 
479        />
480        <tbl:button 
481          image="restore.gif"
482          onclick="restoreItems()" 
483          title="Restore" 
484          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
485        />
486        <tbl:button 
487          image="share.gif"
488          onclick="shareItems()" 
489          title="Share&hellip;" 
490          tooltip="Share the selected items"
491        />
492        <tbl:button 
493          image="take_ownership.png"
494          onclick="setOwner()" 
495          title="Set owner&hellip;"
496          tooltip="Change owner of the selected items"
497        />
498        <tbl:button 
499          image="columns.gif" 
500          onclick="configureColumns()" 
501          title="Columns&hellip;" 
502          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
503        />
504        <tbl:button
505          image="add.png"
506          onclick="newBioMaterialList()"
507          title="New biomaterial list&hellip;"
508          tooltip="Create a new biomaterial list from matching labeled extracts"
509          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
510        />
511        <tbl:button 
512          image="import.gif" 
513          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
514          title="Import&hellip;" 
515          tooltip="Import data" 
516          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
517        />
518        <tbl:button 
519          image="export.gif" 
520          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
521          title="Export&hellip;" 
522          tooltip="Export data" 
523          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
524        />
525        <tbl:button 
526          image="runplugin.gif" 
527          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
528          title="Run plugin&hellip;" 
529          tooltip="Run a plugin" 
530          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
531        />
532      </tbl:toolbar>
533      <tbl:navigator
534        page="<%=cc.getPage()%>" 
535        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
536        totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
537        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
538      />
539      <tbl:data>
540        <tbl:columns>
541        <tbl:presetselector 
542          clazz="columnheader"
543          colspan="3"
544          onchange="presetOnChange()"
545        />
546        </tbl:columns>
547
548        <tr>
549          <tbl:header 
550            clazz="index"
551            >&nbsp;</tbl:header>
552          <tbl:header 
553            clazz="check" 
554            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
555            ><base:icon 
556              image="check_uncheck.gif" 
557              tooltip="Check/uncheck all" 
558              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
559            /></tbl:header>
560          <tbl:header 
561            clazz="check" 
562            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
563            >&nbsp;</tbl:header>
564          <tbl:header 
565            clazz="icons" 
566            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
567            >&nbsp;</tbl:header>
568          <tbl:propertyfilter />
569        </tr>
570         
571          <tbl:rows>
572          <%
573          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
574          int selectedItemId = cc.getId();
575          if (labeledExtracts != null)
576          {           
577            while (labeledExtracts.hasNext())
578            {
579              LabeledExtract item = labeledExtracts.next();
580              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
581              int itemId = item.getId();
582              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
583              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
584              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
585              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
586              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);             
587              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
588              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
589                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
590              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
591              index++;
592              numListed++;
593              %>
594              <tbl:row>
595                <tbl:header 
596                  clazz="index"
597                  ><%=index%></tbl:header>
598                <tbl:header 
599                  clazz="check" 
600                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
601                  ><input 
602                    type="checkbox" 
603                    name="<%=itemId%>" 
604                    value="<%=itemId%>" 
605                    title="<%=name%>" 
606                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
607                  ></tbl:header>
608                <tbl:header 
609                  clazz="check" 
610                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
611                  ><input 
612                    type="radio" 
613                    name="item_id" 
614                    value="<%=itemId%>" 
615                    title="<%=name%>" 
616                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
617                  ></tbl:header>
618                <tbl:header 
619                  clazz="icons" 
620                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
621                  ><base:icon 
622                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
623                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
624                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
625                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
626                  /><base:icon 
627                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
628                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
629                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
630                    visible="<%=item.isShared()%>"
631                  />&nbsp;</tbl:header>
632                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
633                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
634                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
635                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
636                <tbl:cell column="label"
637                  ><base:propertyvalue 
638                    item="<%=item%>" 
639                    property="label"
640                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
641                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
642                  /></tbl:cell>
643                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
644                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
645                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
646                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
647                <tbl:cell column="protocol"
648                  ><base:propertyvalue 
649                    item="<%=creationEvent%>" 
650                    property="protocol"
651                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
652                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
653                  /></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
655                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
656                <tbl:cell column="parents">
657                  <%
658                  if (!item.isPooled())
659                  {
660                    %>
661                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
662                    <%
663                  }
664                  else
665                  {
666                    String separator = "";
667                    ItemQuery<LabeledExtract> parentQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)item.getCreationEvent().getSources();
668                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
669                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
670                   
671                    for (LabeledExtract e : parentQuery.list(dc))
672                    {
673                      out.write(separator);
674                      if (mode.hasPropertyLink())
675                      {
676                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
677                      }
678                      else
679                      {
680                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
681                      }
682                      separator = ", ";
683                    }
684                  }
685                  %></tbl:cell> 
686                <tbl:cell column="hybridizations">
687                  <%                 
688                  try
689                  {
690                    ItemQuery<Hybridization> hybridizationQuery = item.getHybridizations();
691                    hybridizationQuery.include(cc.getInclude());
692                    hybridizationQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
693                    String separator = "";
694                    for (Hybridization h : hybridizationQuery.list(dc))
695                    {
696                      out.write(separator);
697                      if (mode.hasPropertyLink())
698                      {
699                        out.write(Base.getLinkedName(ID, h, false, mode.hasEditLink()));
700                      }
701                      else
702                      {
703                        out.write(HTML.encodeTags(h.getName()));
704                      }
705                      separator = ", ";
706                    }
707                  }
708                  catch (Throwable t)
709                  {
710                    %>
711                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
712                    <%
713                  }
714                  %>
715                  </tbl:cell>
716                <tbl:cell column="bioPlate">
717                  <base:propertyvalue 
718                    item="<%=item%>" 
719                    property="bioWell.bioPlate"
720                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
721                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
722                  />
723                </tbl:cell>
724                <tbl:cell column="bioWellRow">
725                  <base:propertyvalue 
726                    item="<%=item%>" 
727                    property="bioWell.row"
728                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
729                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
730                  />
731                </tbl:cell>
732                <tbl:cell column="bioWellColumn">
733                  <base:propertyvalue 
734                    item="<%=item%>" 
735                    property="bioWell.column"
736                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
737                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
738                  />
739                </tbl:cell>
740                <tbl:cell column="owner"
741                  ><base:propertyvalue 
742                    item="<%=item%>" 
743                    property="owner"
744                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
745                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
746                  /></tbl:cell>
747                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
748                <%
749                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
750                if (as != null)
751                {
752                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
753                  {
754                    if (as.hasAnnotation(at))
755                    {
756                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
757                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
758                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
759                      %>
760                      <tbl:cell 
761                        column="<%="at"+at.getId()%>"
762                        ><tbl:cellvalue 
763                          list="<%=a.getValues(null)%>"
764                          suffix="<%=suffix%>"
765                      /></tbl:cell>
766                      <%
767                    }
768                  }
769                }
770                %>
771                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
772                <tbl:cell column="sharedTo">
773                  <%
774                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
775                  while(sharees.hasNext())
776                  {
777                    Nameable n = sharees.next();
778                    if (mode.hasPropertyLink())
779                    {
780                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
781                    }
782                    else
783                    {
784                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
785                    }
786                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
787                  }
788                  %>
789                </tbl:cell>
790              </tbl:row>
791              <%
792              }
793            }
794          %>
795          </tbl:rows>
796      </tbl:data>
797      <%
798      if (numListed == 0)
799      {
800        %>
801        <tbl:panel><%=labeledExtracts == null || labeledExtracts.getTotalCount() == 0 ? "No labeled extracts were found" : "No labeled extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
802        <%
803      }
804      else
805      {
806        %>
807        <tbl:navigator
808          page="<%=cc.getPage()%>" 
809          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
810          totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
811          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
812          locked="true"
813        />
814        <%
815      }
816      %>
817    </tbl:table>
818    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
819      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
820      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
821      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
822    </base:buttongroup>
823    <br><br><br>
824  </base:body>
825  </base:page>
826  <%
827}
828finally
829{
830  if (labeledExtracts != null) labeledExtracts.close();
831  if (dc != null) dc.close();
832}
833%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.