source: trunk/www/biomaterials/labeledextracts/list_labeledextracts.jsp @ 4869

Last change on this file since 4869 was 4869, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

Fixes #1281 Change display-format of Biowell coordinates.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 26.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_labeledextracts.jsp 4869 2009-03-31 12:21:37Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
31  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
34  import="net.sf.basedb.core.Extract"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
39  import="net.sf.basedb.core.Unit"
40  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.util.Values"
69  import="java.util.Iterator"
70  import="java.util.List"
71  import="java.util.Map"
72  import="java.util.Date"
73%>
74<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
75<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
76<%!
77  private static final Item itemType = Item.LABELEDEXTRACT;
78  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
79%>
80<%
81final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
82final String ID = sc.getId();
83final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
84final boolean createHybridizationPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.HYBRIDIZATION);
85final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
86
87final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
88final String callback = request.getParameter("callback");
89final String title = mode.generateTitle("labeled extract", "labeled extracts");
90final DbControl dc = sc.newDbControl();
91ItemResultIterator<LabeledExtract> labeledExtracts = null;
92ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
93try
94{
95  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
96 
97  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
100  try
101  {
102    final ItemQuery<LabeledExtract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, LabeledExtract.getQuery(), mode);
103    labeledExtracts = query.iterate(dc);
104  }
105  catch (Throwable t)
106  {
107    cc.setMessage(t.getMessage());
108    t.printStackTrace();
109  }
110  int numListed = 0;
111  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
112 
113  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
114  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
115 
116  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
117  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
118  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
119  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
120  int maxRows = result.next().getRows();
121  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
122  {
123    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
124  }
125  %>
126  <base:page title="<%=title==null ? "Labeled extract" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
127  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
128    <script language="JavaScript">
129    var submitPage = 'index.jsp';
130    var formId = 'labeledextracts';
131    function newItem()
132    {
133      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
134    }
135    function newPooledItem()
136    {
137      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
138    }
139    function newHybridization()
140    {
141      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewHybridization');
142    }
143    function editItem(itemId)
144    {
145      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
146    }
147    function viewItem(itemId)
148    {
149      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
150    }
151    function itemOnClick(evt, itemId)
152    {
153      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
154    }
155    function deleteItems()
156    {
157      var frm = document.forms[formId];
158      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
159      {
160        alert('Please select at least one item in the list');
161        return;
162      }
163      frm.action = submitPage;
164      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
165      frm.submit();
166    }
167    function restoreItems()
168    {
169      var frm = document.forms[formId];
170      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
171      {
172        alert('Please select at least one item in the list');
173        return;
174      }
175      frm.action = submitPage;
176      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
177      frm.submit();
178    }
179    function deleteItemPermanently(itemId)
180    {
181      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
182    }
183    function setOwner()
184    {
185      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
186    }
187    function shareItem(itemId)
188    {
189      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareLabeledExtracts', 600, 400);
190    }
191    function shareItems()
192    {
193      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
194    }
195    function configureColumns()
196    {
197      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
198    }
199    function runPlugin(cmd)
200    {
201      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
202    }
203    function returnSelected()
204    {
205      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
206      window.close();
207    }
208    function presetOnChange()
209    {
210      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
211    }
212    function newBioMaterialList()
213    {
214      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
215      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
216    }
217    </script>
218  </base:head>
219 
220  <base:body>
221    <%
222    if (cc.getMessage() != null)
223    {
224      %>
225      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
226      <%
227      cc.setMessage(null);
228    }
229    %>
230    <tbl:table 
231      id="labeledextracts" 
232      clazz="itemlist" 
233      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
234      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
235      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
236      title="<%=title%>"
237      action="index.jsp"
238      sc="<%=sc%>"
239      item="<%=itemType%>"
240      >
241      <tbl:hidden 
242        name="mode" 
243        value="<%=mode.getName()%>" 
244      />
245      <tbl:hidden 
246        name="callback" 
247        value="<%=callback%>" 
248        skip="<%=callback == null%>" 
249      />
250      <tbl:columndef 
251        id="name"
252        property="name"
253        datatype="string"
254        title="Name"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258        show="always" 
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="id"
262        clazz="uniquecol"
263        property="id"
264        datatype="int"
265        title="ID"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="label"
272        property="label"
273        sortproperty="label.name"
274        filterproperty="label.name"
275        exportproperty="label.name"
276        datatype="string"
277        title="Label"
278        sortable="true" 
279        filterable="true"
280        exportable="true"
281      />
282      <tbl:columndef 
283        id="externalId"
284        property="externalId"
285        datatype="string"
286        title="External id"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="originalQuantity"
293        property="originalQuantity"
294        datatype="float"
295        title="Original quantity (µg)"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299        unit="<%=microGram%>"
300      />
301      <tbl:columndef 
302        id="remainingQuantity"
303        property="remainingQuantity"
304        datatype="float"
305        title="Remaining quantity (µg)"
306        sortable="true" 
307        filterable="true"
308        exportable="true"
309        unit="<%=microGram%>"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="protocol"
313        property="creationEvent.protocol"
314        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
315        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
316        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
317        datatype="string"
318        title="Protocol"
319        sortable="true" 
320        filterable="true"
321        exportable="true"
322      />
323      <tbl:columndef 
324        id="eventDate"
325        property="creationEvent.eventDate"
326        datatype="date"
327        title="Created"
328        sortable="true" 
329        filterable="true"
330        exportable="true"
331        formatter="<%=dateFormatter%>"
332      />
333      <tbl:columndef 
334        id="entryDate"
335        property="creationEvent.entryDate"
336        datatype="date"
337        title="Registered"
338        sortable="true" 
339        filterable="true"
340        exportable="true"
341        formatter="<%=dateFormatter%>"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="pooled"
345        property="pooled"
346        datatype="boolean"
347        title="Pooled"
348        sortable="true" 
349        filterable="true"
350        exportable="true"
351      />
352      <tbl:columndef
353        id="parents"
354        title="Parents"
355        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
356        datatype="string"
357        filterable="true"
358      />
359      <tbl:columndef
360        id="hybridizations"
361        title="Hybridizations"
362        property="&sourceEvents(event.hybridization.name)"
363        datatype="string"
364        filterable="true"
365      />
366      <tbl:columndef 
367        id="bioPlate"
368        property="bioWell.bioPlate.name"
369        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
370        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
371        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
372        datatype="string"
373        title="Bioplate"
374        sortable="true" 
375        filterable="true"
376        exportable="true"
377      />
378      <tbl:columndef 
379        id="bioWellRow"
380        property="bioWell.row"
381        sortproperty="bioWell.row"
382        datatype="int"
383        title="Biowell row" 
384        filterable="true"
385        enumeration="<%=wellRows%>"
386        exportable="true"
387        sortable="true"
388        formatter="<%=rowFormatter%>"
389      />
390      <tbl:columndef 
391        id="bioWellColumn"
392        property="bioWell.column"
393        sortproperty="bioWell.column"
394        datatype="int"
395        title="Biowell column"   
396        filterable="true"
397        exportable="true"
398        sortable="true"
399        formatter="<%=columnFormatter%>"
400      />
401      <tbl:columndef 
402        id="owner"
403        property="owner.name"
404        datatype="string"
405        title="Owner"
406        sortable="true" 
407        filterable="true"
408        exportable="true"
409      />
410      <tbl:columndef 
411        id="description"
412        property="description"
413        datatype="string"
414        title="Description" 
415        sortable="true" 
416        filterable="true" 
417        exportable="true"
418      />     
419      <tbl:columndef
420        id="bioMaterialList"
421        property="@bioMaterialLists"
422        datatype="int"
423        title="Biomaterial list"
424        filterable="true"
425        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
426        multiple="false"
427      />
428      <%
429      for (AnnotationType at : annotationTypes)
430      {
431        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
432        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
433        if (at.isEnumeration())
434        {
435          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
436          List<?> values = at.getValues();
437          for (Object value : values)
438          {
439            String encoded = formatter.format(value);
440            annotationEnum.add(encoded, encoded);
441          }
442        }
443        %>
444        <tbl:columndef 
445          id="<%="at"+at.getId()%>"
446          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
447          property="<%="#"+at.getId()%>"
448          annotation="true"
449          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
450          enumeration="<%=annotationEnum%>"
451          sortable="false" 
452          filterable="true" 
453          exportable="true"
454          formatter="<%=formatter%>"
455          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
456        />
457        <%
458      }
459      %>
460      <tbl:columndef
461        id="permission"
462        title="Permission"
463      />
464      <tbl:columndef 
465        id="sharedTo" 
466        title="Shared to" 
467      />
468      <tbl:toolbar
469        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
470        >
471        <tbl:button 
472          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
473          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
474          onclick="newItem()" 
475          title="New&hellip;" 
476          tooltip="<%=createPermission ? "Create new labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
477        />
478        <tbl:button 
479          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
480          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
481          onclick="newPooledItem()" 
482          title="Pool&hellip;" 
483          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
484        />
485        <tbl:button 
486          disabled="<%=createHybridizationPermission ? false : true%>" 
487          image="<%=createHybridizationPermission ? "add.png" : "add_disabled.png"%>" 
488          onclick="newHybridization()" 
489          title="New hybridzation&hellip;" 
490          tooltip="<%=createHybridizationPermission ? "Create new hybridization with the selected labeled extract" : "You do not have permission to create hybridizations"%>" 
491        />
492        <tbl:button 
493          image="delete.gif"
494          onclick="deleteItems()" 
495          title="Delete" 
496          tooltip="Delete the selected items" 
497        />
498        <tbl:button 
499          image="restore.gif"
500          onclick="restoreItems()" 
501          title="Restore" 
502          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
503        />
504        <tbl:button 
505          image="share.gif"
506          onclick="shareItems()" 
507          title="Share&hellip;" 
508          tooltip="Share the selected items"
509        />
510        <tbl:button 
511          image="take_ownership.png"
512          onclick="setOwner()" 
513          title="Set owner&hellip;"
514          tooltip="Change owner of the selected items"
515        />
516        <tbl:button 
517          image="columns.gif" 
518          onclick="configureColumns()" 
519          title="Columns&hellip;" 
520          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
521        />
522        <tbl:button
523          image="add.png"
524          onclick="newBioMaterialList()"
525          title="New biomaterial list&hellip;"
526          tooltip="Create a new biomaterial list from matching labeled extracts"
527          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
528        />
529        <tbl:button 
530          image="import.gif" 
531          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
532          title="Import&hellip;" 
533          tooltip="Import data" 
534          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
535        />
536        <tbl:button 
537          image="export.gif" 
538          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
539          title="Export&hellip;" 
540          tooltip="Export data" 
541          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
542        />
543        <tbl:button 
544          image="runplugin.gif" 
545          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
546          title="Run plugin&hellip;" 
547          tooltip="Run a plugin" 
548          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
549        />
550      </tbl:toolbar>
551      <tbl:navigator
552        page="<%=cc.getPage()%>" 
553        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
554        totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
555        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
556      />
557      <tbl:data>
558        <tbl:columns>
559        <tbl:presetselector 
560          clazz="columnheader"
561          colspan="3"
562          onchange="presetOnChange()"
563        />
564        </tbl:columns>
565
566        <tr>
567          <tbl:header 
568            clazz="index"
569            >&nbsp;</tbl:header>
570          <tbl:header 
571            clazz="check" 
572            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
573            ><base:icon 
574              image="check_uncheck.gif" 
575              tooltip="Check/uncheck all" 
576              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
577            /></tbl:header>
578          <tbl:header 
579            clazz="check" 
580            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
581            >&nbsp;</tbl:header>
582          <tbl:header 
583            clazz="icons" 
584            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
585            >&nbsp;</tbl:header>
586          <tbl:propertyfilter />
587        </tr>
588         
589          <tbl:rows>
590          <%
591          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
592          int selectedItemId = cc.getId();
593          if (labeledExtracts != null)
594          {           
595            while (labeledExtracts.hasNext())
596            {
597              LabeledExtract item = labeledExtracts.next();
598              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
599              int itemId = item.getId();
600              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
601              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
602              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
603              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
604              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);             
605              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
606              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
607                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
608              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
609              index++;
610              numListed++;
611              %>
612              <tbl:row>
613                <tbl:header 
614                  clazz="index"
615                  ><%=index%></tbl:header>
616                <tbl:header 
617                  clazz="check" 
618                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
619                  ><input 
620                    type="checkbox" 
621                    name="<%=itemId%>" 
622                    value="<%=itemId%>" 
623                    title="<%=name%>" 
624                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
625                  ></tbl:header>
626                <tbl:header 
627                  clazz="check" 
628                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
629                  ><input 
630                    type="radio" 
631                    name="item_id" 
632                    value="<%=itemId%>" 
633                    title="<%=name%>" 
634                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
635                  ></tbl:header>
636                <tbl:header 
637                  clazz="icons" 
638                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
639                  ><base:icon 
640                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
641                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
642                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
643                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
644                  /><base:icon 
645                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
646                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
647                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
648                    visible="<%=item.isShared()%>"
649                  />&nbsp;</tbl:header>
650                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
651                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
652                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
653                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="label"
655                  ><base:propertyvalue 
656                    item="<%=item%>" 
657                    property="label"
658                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
659                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
660                  /></tbl:cell>
661                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
662                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
664                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
665                <tbl:cell column="protocol"
666                  ><base:propertyvalue 
667                    item="<%=creationEvent%>" 
668                    property="protocol"
669                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
670                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
671                  /></tbl:cell>
672                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
673                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
674                <tbl:cell column="parents">
675                  <%
676                  if (!item.isPooled())
677                  {
678                    %>
679                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
680                    <%
681                  }
682                  else
683                  {
684                    String separator = "";
685                    ItemQuery<LabeledExtract> parentQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)item.getCreationEvent().getSources();
686                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
687                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
688                   
689                    for (LabeledExtract e : parentQuery.list(dc))
690                    {
691                      out.write(separator);
692                      if (mode.hasPropertyLink())
693                      {
694                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
695                      }
696                      else
697                      {
698                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
699                      }
700                      separator = ", ";
701                    }
702                  }
703                  %></tbl:cell> 
704                <tbl:cell column="hybridizations">
705                  <%                 
706                  try
707                  {
708                    ItemQuery<Hybridization> hybridizationQuery = item.getHybridizations();
709                    hybridizationQuery.include(cc.getInclude());
710                    hybridizationQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
711                    String separator = "";
712                    for (Hybridization h : hybridizationQuery.list(dc))
713                    {
714                      out.write(separator);
715                      if (mode.hasPropertyLink())
716                      {
717                        out.write(Base.getLinkedName(ID, h, false, mode.hasEditLink()));
718                      }
719                      else
720                      {
721                        out.write(HTML.encodeTags(h.getName()));
722                      }
723                      separator = ", ";
724                    }
725                  }
726                  catch (Throwable t)
727                  {
728                    %>
729                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
730                    <%
731                  }
732                  %>
733                  </tbl:cell>
734                <%               
735                BioWell well = null;
736                boolean readBioWell = true;
737                try
738                {
739                  well = item.getBioWell();
740                }
741                catch(PermissionDeniedException e)
742                {
743                  readBioWell = false;
744                }
745                if (!readBioWell)
746                {
747                  %>
748                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
749                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
750                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
751                  <%
752                }
753                else if (well == null)
754                {
755                  %>
756                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
757                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
758                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
759                  <%
760                 
761                }
762                else
763                {               
764                  %>
765                  <tbl:cell column="bioWellRow">
766                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
767                  </tbl:cell>
768                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
769                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
770                  </tbl:cell>
771                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
772                  <%
773                }
774                %>
775                <tbl:cell column="owner"
776                  ><base:propertyvalue 
777                    item="<%=item%>" 
778                    property="owner"
779                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
780                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
781                  /></tbl:cell>
782                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
783                <%
784                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
785                if (as != null)
786                {
787                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
788                  {
789                    if (as.hasAnnotation(at))
790                    {
791                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
792                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
793                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
794                      %>
795                      <tbl:cell 
796                        column="<%="at"+at.getId()%>"
797                        ><tbl:cellvalue 
798                          list="<%=a.getValues(null)%>"
799                          suffix="<%=suffix%>"
800                      /></tbl:cell>
801                      <%
802                    }
803                  }
804                }
805                %>
806                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
807                <tbl:cell column="sharedTo">
808                  <%
809                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
810                  while(sharees.hasNext())
811                  {
812                    Nameable n = sharees.next();
813                    if (mode.hasPropertyLink())
814                    {
815                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
816                    }
817                    else
818                    {
819                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
820                    }
821                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
822                  }
823                  %>
824                </tbl:cell>
825              </tbl:row>
826              <%
827              }
828            }
829          %>
830          </tbl:rows>
831      </tbl:data>
832      <%
833      if (numListed == 0)
834      {
835        %>
836        <tbl:panel><%=labeledExtracts == null || labeledExtracts.getTotalCount() == 0 ? "No labeled extracts were found" : "No labeled extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
837        <%
838      }
839      else
840      {
841        %>
842        <tbl:navigator
843          page="<%=cc.getPage()%>" 
844          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
845          totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
846          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
847          locked="true"
848        />
849        <%
850      }
851      %>
852    </tbl:table>
853    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
854      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
855      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
856      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
857    </base:buttongroup>
858    <br><br><br>
859  </base:body>
860  </base:page>
861  <%
862}
863finally
864{
865  if (labeledExtracts != null) labeledExtracts.close();
866  if (dc != null) dc.close();
867}
868%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.