source: trunk/www/biomaterials/labeledextracts/list_labeledextracts.jsp @ 4882

Last change on this file since 4882 was 4882, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1271: Add extension points to all toolbars

Added code for displaying extensions to all biomaterial pages.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 27.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_labeledextracts.jsp 4882 2009-04-03 10:53:42Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
31  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
34  import="net.sf.basedb.core.Extract"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
39  import="net.sf.basedb.core.Unit"
40  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="net.sf.basedb.util.Values"
74  import="java.util.Iterator"
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.LABELEDEXTRACT;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final boolean createHybridizationPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.HYBRIDIZATION);
91final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
92
93final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
94final String callback = request.getParameter("callback");
95final String title = mode.generateTitle("labeled extract", "labeled extracts");
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97ItemResultIterator<LabeledExtract> labeledExtracts = null;
98ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
99try
100{
101  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
102 
103  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
104  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
105  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
106  try
107  {
108    final ItemQuery<LabeledExtract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, LabeledExtract.getQuery(), mode);
109    labeledExtracts = query.iterate(dc);
110  }
111  catch (Throwable t)
112  {
113    cc.setMessage(t.getMessage());
114    t.printStackTrace();
115  }
116  int numListed = 0;
117  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
118  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
119  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
120 
121  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
122  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
123  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
124  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
125  int maxRows = result.next().getRows();
126  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
127  {
128    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
129  }
130  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
131  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
132  %>
133  <base:page title="<%=title==null ? "Labeled extract" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
134  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
135    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
136    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
137    <script language="JavaScript">
138    var submitPage = 'index.jsp';
139    var formId = 'labeledextracts';
140    function newItem()
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
143    }
144    function newPooledItem()
145    {
146      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
147    }
148    function newHybridization()
149    {
150      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewHybridization');
151    }
152    function editItem(itemId)
153    {
154      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
155    }
156    function viewItem(itemId)
157    {
158      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
159    }
160    function itemOnClick(evt, itemId)
161    {
162      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
163    }
164    function deleteItems()
165    {
166      var frm = document.forms[formId];
167      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
168      {
169        alert('Please select at least one item in the list');
170        return;
171      }
172      frm.action = submitPage;
173      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
174      frm.submit();
175    }
176    function restoreItems()
177    {
178      var frm = document.forms[formId];
179      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
180      {
181        alert('Please select at least one item in the list');
182        return;
183      }
184      frm.action = submitPage;
185      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
186      frm.submit();
187    }
188    function deleteItemPermanently(itemId)
189    {
190      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
191    }
192    function setOwner()
193    {
194      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
195    }
196    function shareItem(itemId)
197    {
198      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareLabeledExtracts', 600, 400);
199    }
200    function shareItems()
201    {
202      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
203    }
204    function configureColumns()
205    {
206      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
207    }
208    function runPlugin(cmd)
209    {
210      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
211    }
212    function returnSelected()
213    {
214      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
215      window.close();
216    }
217    function presetOnChange()
218    {
219      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
220    }
221    function newBioMaterialList()
222    {
223      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
224      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
225    }
226    </script>
227  </base:head>
228 
229  <base:body>
230    <%
231    if (cc.getMessage() != null)
232    {
233      %>
234      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
235      <%
236      cc.setMessage(null);
237    }
238    %>
239    <tbl:table 
240      id="labeledextracts" 
241      clazz="itemlist" 
242      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
243      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
244      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
245      title="<%=title%>"
246      action="index.jsp"
247      sc="<%=sc%>"
248      item="<%=itemType%>"
249      >
250      <tbl:hidden 
251        name="mode" 
252        value="<%=mode.getName()%>" 
253      />
254      <tbl:hidden 
255        name="callback" 
256        value="<%=callback%>" 
257        skip="<%=callback == null%>" 
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="name"
261        property="name"
262        datatype="string"
263        title="Name"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267        show="always" 
268      />
269      <tbl:columndef 
270        id="id"
271        clazz="uniquecol"
272        property="id"
273        datatype="int"
274        title="ID"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="label"
281        property="label"
282        sortproperty="label.name"
283        filterproperty="label.name"
284        exportproperty="label.name"
285        datatype="string"
286        title="Label"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="externalId"
293        property="externalId"
294        datatype="string"
295        title="External id"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="originalQuantity"
302        property="originalQuantity"
303        datatype="float"
304        title="Original quantity (µg)"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        unit="<%=microGram%>"
309      />
310      <tbl:columndef 
311        id="remainingQuantity"
312        property="remainingQuantity"
313        datatype="float"
314        title="Remaining quantity (µg)"
315        sortable="true" 
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        unit="<%=microGram%>"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="protocol"
322        property="creationEvent.protocol"
323        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
324        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
325        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
326        datatype="string"
327        title="Protocol"
328        sortable="true" 
329        filterable="true"
330        exportable="true"
331      />
332      <tbl:columndef 
333        id="eventDate"
334        property="creationEvent.eventDate"
335        datatype="date"
336        title="Created"
337        sortable="true" 
338        filterable="true"
339        exportable="true"
340        formatter="<%=dateFormatter%>"
341      />
342      <tbl:columndef 
343        id="entryDate"
344        property="creationEvent.entryDate"
345        datatype="date"
346        title="Registered"
347        sortable="true" 
348        filterable="true"
349        exportable="true"
350        formatter="<%=dateFormatter%>"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="pooled"
354        property="pooled"
355        datatype="boolean"
356        title="Pooled"
357        sortable="true" 
358        filterable="true"
359        exportable="true"
360      />
361      <tbl:columndef
362        id="parents"
363        title="Parents"
364        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
365        datatype="string"
366        filterable="true"
367      />
368      <tbl:columndef
369        id="hybridizations"
370        title="Hybridizations"
371        property="&sourceEvents(event.hybridization.name)"
372        datatype="string"
373        filterable="true"
374      />
375      <tbl:columndef 
376        id="bioPlate"
377        property="bioWell.bioPlate.name"
378        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
379        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
380        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
381        datatype="string"
382        title="Bioplate"
383        sortable="true" 
384        filterable="true"
385        exportable="true"
386      />
387      <tbl:columndef 
388        id="bioWellRow"
389        property="bioWell.row"
390        sortproperty="bioWell.row"
391        datatype="int"
392        title="Biowell row" 
393        filterable="true"
394        enumeration="<%=wellRows%>"
395        exportable="true"
396        sortable="true"
397        formatter="<%=rowFormatter%>"
398      />
399      <tbl:columndef 
400        id="bioWellColumn"
401        property="bioWell.column"
402        sortproperty="bioWell.column"
403        datatype="int"
404        title="Biowell column"   
405        filterable="true"
406        exportable="true"
407        sortable="true"
408        formatter="<%=columnFormatter%>"
409      />
410      <tbl:columndef 
411        id="owner"
412        property="owner.name"
413        datatype="string"
414        title="Owner"
415        sortable="true" 
416        filterable="true"
417        exportable="true"
418      />
419      <tbl:columndef 
420        id="description"
421        property="description"
422        datatype="string"
423        title="Description" 
424        sortable="true" 
425        filterable="true" 
426        exportable="true"
427      />     
428      <tbl:columndef
429        id="bioMaterialList"
430        property="@bioMaterialLists"
431        datatype="int"
432        title="Biomaterial list"
433        filterable="true"
434        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
435        multiple="false"
436      />
437      <%
438      for (AnnotationType at : annotationTypes)
439      {
440        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
441        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
442        if (at.isEnumeration())
443        {
444          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
445          List<?> values = at.getValues();
446          for (Object value : values)
447          {
448            String encoded = formatter.format(value);
449            annotationEnum.add(encoded, encoded);
450          }
451        }
452        %>
453        <tbl:columndef 
454          id="<%="at"+at.getId()%>"
455          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
456          property="<%="#"+at.getId()%>"
457          annotation="true"
458          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
459          enumeration="<%=annotationEnum%>"
460          sortable="false" 
461          filterable="true" 
462          exportable="true"
463          formatter="<%=formatter%>"
464          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
465        />
466        <%
467      }
468      %>
469      <tbl:columndef
470        id="permission"
471        title="Permission"
472      />
473      <tbl:columndef 
474        id="sharedTo" 
475        title="Shared to" 
476      />
477      <tbl:toolbar
478        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
479        >
480        <tbl:button 
481          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
482          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
483          onclick="newItem()" 
484          title="New&hellip;" 
485          tooltip="<%=createPermission ? "Create new labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
486        />
487        <tbl:button 
488          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
489          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
490          onclick="newPooledItem()" 
491          title="Pool&hellip;" 
492          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled labeled extract" : "You do not have permission to create labeled extracts"%>" 
493        />
494        <tbl:button 
495          disabled="<%=createHybridizationPermission ? false : true%>" 
496          image="<%=createHybridizationPermission ? "add.png" : "add_disabled.png"%>" 
497          onclick="newHybridization()" 
498          title="New hybridzation&hellip;" 
499          tooltip="<%=createHybridizationPermission ? "Create new hybridization with the selected labeled extract" : "You do not have permission to create hybridizations"%>" 
500        />
501        <tbl:button 
502          image="delete.gif"
503          onclick="deleteItems()" 
504          title="Delete" 
505          tooltip="Delete the selected items" 
506        />
507        <tbl:button 
508          image="restore.gif"
509          onclick="restoreItems()" 
510          title="Restore" 
511          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
512        />
513        <tbl:button 
514          image="share.gif"
515          onclick="shareItems()" 
516          title="Share&hellip;" 
517          tooltip="Share the selected items"
518        />
519        <tbl:button 
520          image="take_ownership.png"
521          onclick="setOwner()" 
522          title="Set owner&hellip;"
523          tooltip="Change owner of the selected items"
524        />
525        <tbl:button 
526          image="columns.gif" 
527          onclick="configureColumns()" 
528          title="Columns&hellip;" 
529          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
530        />
531        <tbl:button
532          image="add.png"
533          onclick="newBioMaterialList()"
534          title="New biomaterial list&hellip;"
535          tooltip="Create a new biomaterial list from matching labeled extracts"
536          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
537        />
538        <tbl:button 
539          image="import.gif" 
540          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
541          title="Import&hellip;" 
542          tooltip="Import data" 
543          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
544        />
545        <tbl:button 
546          image="export.gif" 
547          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
548          title="Export&hellip;" 
549          tooltip="Export data" 
550          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
551        />
552        <tbl:button 
553          image="runplugin.gif" 
554          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
555          title="Run plugin&hellip;" 
556          tooltip="Run a plugin" 
557          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
558        />
559        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
560          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
561      </tbl:toolbar>
562      <tbl:navigator
563        page="<%=cc.getPage()%>" 
564        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
565        totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
566        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
567      />
568      <tbl:data>
569        <tbl:columns>
570        <tbl:presetselector 
571          clazz="columnheader"
572          colspan="3"
573          onchange="presetOnChange()"
574        />
575        </tbl:columns>
576
577        <tr>
578          <tbl:header 
579            clazz="index"
580            >&nbsp;</tbl:header>
581          <tbl:header 
582            clazz="check" 
583            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
584            ><base:icon 
585              image="check_uncheck.gif" 
586              tooltip="Check/uncheck all" 
587              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
588            /></tbl:header>
589          <tbl:header 
590            clazz="check" 
591            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
592            >&nbsp;</tbl:header>
593          <tbl:header 
594            clazz="icons" 
595            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
596            >&nbsp;</tbl:header>
597          <tbl:propertyfilter />
598        </tr>
599         
600          <tbl:rows>
601          <%
602          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
603          int selectedItemId = cc.getId();
604          if (labeledExtracts != null)
605          {           
606            while (labeledExtracts.hasNext())
607            {
608              LabeledExtract item = labeledExtracts.next();
609              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
610              int itemId = item.getId();
611              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
612              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
613              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
614              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
615              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);             
616              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
617              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
618                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
619              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
620              index++;
621              numListed++;
622              %>
623              <tbl:row>
624                <tbl:header 
625                  clazz="index"
626                  ><%=index%></tbl:header>
627                <tbl:header 
628                  clazz="check" 
629                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
630                  ><input 
631                    type="checkbox" 
632                    name="<%=itemId%>" 
633                    value="<%=itemId%>" 
634                    title="<%=name%>" 
635                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
636                  ></tbl:header>
637                <tbl:header 
638                  clazz="check" 
639                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
640                  ><input 
641                    type="radio" 
642                    name="item_id" 
643                    value="<%=itemId%>" 
644                    title="<%=name%>" 
645                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
646                  ></tbl:header>
647                <tbl:header 
648                  clazz="icons" 
649                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
650                  ><base:icon 
651                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
652                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
653                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
654                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
655                  /><base:icon 
656                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
657                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
658                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
659                    visible="<%=item.isShared()%>"
660                  />&nbsp;</tbl:header>
661                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
662                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
663                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
664                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
665                <tbl:cell column="label"
666                  ><base:propertyvalue 
667                    item="<%=item%>" 
668                    property="label"
669                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
670                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
671                  /></tbl:cell>
672                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
673                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
674                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
675                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
676                <tbl:cell column="protocol"
677                  ><base:propertyvalue 
678                    item="<%=creationEvent%>" 
679                    property="protocol"
680                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
681                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
682                  /></tbl:cell>
683                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
684                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
685                <tbl:cell column="parents">
686                  <%
687                  if (!item.isPooled())
688                  {
689                    %>
690                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
691                    <%
692                  }
693                  else
694                  {
695                    String separator = "";
696                    ItemQuery<LabeledExtract> parentQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)item.getCreationEvent().getSources();
697                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT, Include.SHARED);
698                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
699                   
700                    for (LabeledExtract e : parentQuery.list(dc))
701                    {
702                      out.write(separator);
703                      if (mode.hasPropertyLink())
704                      {
705                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
706                      }
707                      else
708                      {
709                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
710                      }
711                      separator = ", ";
712                    }
713                  }
714                  %></tbl:cell> 
715                <tbl:cell column="hybridizations">
716                  <%                 
717                  try
718                  {
719                    ItemQuery<Hybridization> hybridizationQuery = item.getHybridizations();
720                    hybridizationQuery.include(cc.getInclude());
721                    hybridizationQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
722                    String separator = "";
723                    for (Hybridization h : hybridizationQuery.list(dc))
724                    {
725                      out.write(separator);
726                      if (mode.hasPropertyLink())
727                      {
728                        out.write(Base.getLinkedName(ID, h, false, mode.hasEditLink()));
729                      }
730                      else
731                      {
732                        out.write(HTML.encodeTags(h.getName()));
733                      }
734                      separator = ", ";
735                    }
736                  }
737                  catch (Throwable t)
738                  {
739                    %>
740                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
741                    <%
742                  }
743                  %>
744                  </tbl:cell>
745                <%               
746                BioWell well = null;
747                boolean readBioWell = true;
748                try
749                {
750                  well = item.getBioWell();
751                }
752                catch(PermissionDeniedException e)
753                {
754                  readBioWell = false;
755                }
756                if (!readBioWell)
757                {
758                  %>
759                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
760                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
761                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
762                  <%
763                }
764                else if (well == null)
765                {
766                  %>
767                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
768                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
769                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
770                  <%
771                 
772                }
773                else
774                {               
775                  %>
776                  <tbl:cell column="bioWellRow">
777                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
778                  </tbl:cell>
779                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
780                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
781                  </tbl:cell>
782                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
783                  <%
784                }
785                %>
786                <tbl:cell column="owner"
787                  ><base:propertyvalue 
788                    item="<%=item%>" 
789                    property="owner"
790                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
791                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
792                  /></tbl:cell>
793                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
794                <%
795                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
796                if (as != null)
797                {
798                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
799                  {
800                    if (as.hasAnnotation(at))
801                    {
802                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
803                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
804                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
805                      %>
806                      <tbl:cell 
807                        column="<%="at"+at.getId()%>"
808                        ><tbl:cellvalue 
809                          list="<%=a.getValues(null)%>"
810                          suffix="<%=suffix%>"
811                      /></tbl:cell>
812                      <%
813                    }
814                  }
815                }
816                %>
817                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
818                <tbl:cell column="sharedTo">
819                  <%
820                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
821                  while(sharees.hasNext())
822                  {
823                    Nameable n = sharees.next();
824                    if (mode.hasPropertyLink())
825                    {
826                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
827                    }
828                    else
829                    {
830                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
831                    }
832                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
833                  }
834                  %>
835                </tbl:cell>
836              </tbl:row>
837              <%
838              }
839            }
840          %>
841          </tbl:rows>
842      </tbl:data>
843      <%
844      if (numListed == 0)
845      {
846        %>
847        <tbl:panel><%=labeledExtracts == null || labeledExtracts.getTotalCount() == 0 ? "No labeled extracts were found" : "No labeled extracts on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
848        <%
849      }
850      else
851      {
852        %>
853        <tbl:navigator
854          page="<%=cc.getPage()%>" 
855          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
856          totalrows="<%=labeledExtracts == null ? 0 : labeledExtracts.getTotalCount()%>" 
857          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
858          locked="true"
859        />
860        <%
861      }
862      %>
863    </tbl:table>
864    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
865      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
866      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
867      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
868    </base:buttongroup>
869    <br><br><br>
870  </base:body>
871  </base:page>
872  <%
873}
874finally
875{
876  if (labeledExtracts != null) labeledExtracts.close();
877  if (dc != null) dc.close();
878}
879%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.