source: trunk/www/biomaterials/lists/list_lists.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_lists.jsp 6701 2015-01-30 13:14:46Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @version 2.10
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialList"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
37  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
38  import="net.sf.basedb.core.Permission"
39  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
40  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
41  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
44  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
45  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
46  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
47  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
54  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
55  import="net.sf.basedb.util.Values"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Iterator"
65  import="java.util.List"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.ArrayList"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.BIOMATERIALLIST;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75  private static Enumeration<String, String> memberTypes = new Enumeration<String, String>();
76  static
77  {
78    memberTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
79    memberTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
80    memberTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
81  }
82
83%>
84<%
85final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
86final String ID = sc.getId();
87final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
88final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
89
90final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
91final String callback = request.getParameter("callback");
92final String title = mode.generateTitle("biomaterial list", "biomaterial lists");
93final DbControl dc = sc.newDbControl();
94ItemResultIterator<BioMaterialList> lists = null;
95List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
96try
97{
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
100  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
101  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
102  {
103    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
104  }
105  try
106  {
107    final ItemQuery<BioMaterialList> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, BioMaterialList.getQuery(), mode);
108    lists = query.iterate(dc);
109  }
110  catch (Throwable t)
111  {
112    cc.setMessage(t.getMessage());
113  }
114  int numListed = 0;
115  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
116  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
117  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
118  %>
119  <base:page title="<%=title==null ? "Biomaterial lists" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
120  <base:head scripts="table.js,~lists.js" styles="table.css,toolbar.css">
121    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
122    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
123  </base:head>
124 
125  <base:body>
126    <h1><%=title==null ? "Biomaterial lists" : title%></h1>
127    <div class="content">
128    <tbl:table 
129      id="lists" 
130      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
131      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
132      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
133      action="index.jsp"
134      sc="<%=sc%>"
135      item="<%=itemType%>"
136      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
137      subclass="fulltable"
138      >
139      <tbl:hidden 
140        name="mode" 
141        value="<%=mode.getName()%>" 
142      />
143      <tbl:hidden 
144        name="callback" 
145        value="<%=callback%>" 
146        skip="<%=callback == null%>" 
147      />
148      <tbl:columndef 
149        id="name"
150        property="name"
151        datatype="string"
152        title="Name"
153        sortable="true" 
154        filterable="true"
155        exportable="true"
156        show="always" 
157      />
158      <tbl:columndef 
159        id="externalId"
160        property="externalId"
161        datatype="string"
162        title="External ID"
163        sortable="true" 
164        filterable="true"
165        exportable="true"
166      />
167      <tbl:columndef 
168        id="memberType"
169        property="memberType"
170        datatype="int"
171        title="Member type"
172        sortable="true" 
173        filterable="true"
174        exportable="true"
175        enumeration="<%=memberTypes%>"
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="size"
179        property="size"
180        datatype="int"
181        title="Size"
182        sortable="true" 
183        filterable="true"
184        exportable="true"
185      />
186      <tbl:columndef 
187        id="id"
188        clazz="uniquecol"
189        property="id"
190        datatype="int"
191        title="ID"
192        sortable="true"
193        filterable="true"
194        exportable="true"
195      />
196      <tbl:columndef 
197        id="owner"
198        property="owner.name"
199        datatype="string"
200        title="Owner"
201        sortable="true" 
202        filterable="true"
203        exportable="true"
204      />
205      <tbl:columndef 
206        id="description"
207        property="description"
208        datatype="string"
209        title="Description" 
210        sortable="true" 
211        filterable="true" 
212        exportable="true"
213      />
214      <%
215      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
216      {
217        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
218        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
219        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
220        if (at.isEnumeration())
221        {
222          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
223          List<?> values = at.getValues();
224          for (Object value : values)
225          {
226            String encoded = formatter.format(value);
227            annotationEnum.add(encoded, encoded);
228          }
229        }
230        %>
231        <tbl:columndef 
232          id="<%="at"+at.getId()%>"
233          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
234          property="<%="#"+at.getId()%>"
235          annotation="true"
236          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
237          enumeration="<%=annotationEnum%>"
238          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
239          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
240          filterable="true" 
241          exportable="true"
242          formatter="<%=formatter%>"
243          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
244        />
245        <%
246      }
247      %>
248      <tbl:columndef
249        id="permission"
250        title="Permission"
251      />
252      <tbl:columndef
253        id="sharedTo"
254        title="Shared to"
255        filterable="true"
256        filterproperty="!sharedTo.name"
257        datatype="string"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="xt-columns" 
261        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
262        jspcontext="<%=jspContext%>" 
263      />
264      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
265        <tbl:toolbar
266          subclass="bottomborder"
267          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
268          >
269          <tbl:button 
270            id="btnNewItem"
271            disabled="<%=!createPermission%>" 
272            image="new.png" 
273            title="New&hellip;" 
274            tooltip="<%=createPermission ? "Create new biomaterial list" : "You do not have permission to create biomaterial lists"%>" 
275          />
276          <tbl:button 
277            id="btnDeleteItems"
278            image="delete.png"
279            title="Delete" 
280            tooltip="Delete the selected items" 
281          />
282          <tbl:button 
283            id="btnRestoreItems"
284            image="restore.png"
285            title="Restore" 
286            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
287          />
288          <tbl:button 
289            id="btnShareItems"
290            image="share.png"
291            title="Share&hellip;" 
292            tooltip="Share the selected items"
293          />
294          <tbl:button 
295            id="btnSetOwner"
296            image="take_ownership.png"
297            title="Set owner&hellip;"
298            tooltip="Change owner of the selected items"
299          />
300          <tbl:button 
301            id="btnColumns"
302            image="columns.png" 
303            title="Columns&hellip;" 
304            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
305          />
306          <tbl:button 
307            id="btnImport"
308            data-plugin-type="IMPORT"
309            image="import.png" 
310            title="Import&hellip;" 
311            tooltip="Import data" 
312            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
313          />
314          <tbl:button 
315            id="btnExport"
316            data-plugin-type="EXPORT"
317            image="export.png" 
318            title="Export&hellip;" 
319            tooltip="Export data" 
320            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
321          />
322          <tbl:button 
323            id="btnRunPlugin"
324            data-plugin-type="OTHER"
325            image="runplugin.png" 
326            title="Run plugin&hellip;" 
327            tooltip="Run a plugin" 
328            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
329          />
330          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
331            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
332        </tbl:toolbar>
333        <tbl:panel>
334          <tbl:presetselector />
335          <tbl:navigator
336            page="<%=cc.getPage()%>" 
337            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
338            totalrows="<%=lists == null ? 0 : lists.getTotalCount()%>" 
339            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
340          />
341        </tbl:panel>
342      </div>
343      <tbl:data>
344        <tbl:headers>
345          <tbl:headerrow>
346            <tbl:header colspan="3" />
347            <tbl:columnheaders />
348          </tbl:headerrow>
349          <%
350          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
351          int numRows = cc.getFilterRows();
352          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
353          {
354            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
355            %>
356            <tbl:headerrow>
357              <tbl:header subclass="index" />
358              <tbl:header 
359                subclass="check" 
360                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
361                ><base:icon 
362                  id="check.uncheck"
363                  image="check_uncheck.png" 
364                  tooltip="Check/uncheck all" 
365                  visible="<%=lastRow%>"
366                /></tbl:header>
367              <tbl:header 
368                subclass="check" 
369                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
370                />
371              <tbl:header 
372                subclass="icons" 
373                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
374                >
375                <base:icon
376                  subclass="link table-filter-row-action"
377                  image="add.png"
378                  tooltip="Add extra filter row"
379                  visible="<%=lastRow%>"
380                /><base:icon
381                  subclass="link table-filter-row-action"
382                  image="remove.png"
383                  tooltip="Remove this filter row"
384                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
385                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
386                />
387              </tbl:header>
388              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
389            </tbl:headerrow>
390            <%
391          }
392          %>
393        </tbl:headers>
394        <tbl:rows>
395          <%
396          if (cc.getMessage() != null)
397          {
398            %>
399            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
400              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
401            </tbl:panel>
402            <%
403            cc.setMessage(null);
404          }
405          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
406          int selectedItemId = cc.getId();
407          if (lists != null)
408          {           
409            while (lists.hasNext())
410            {
411              BioMaterialList item = lists.next();
412              int itemId = item.getId();       
413             
414             
415              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
416              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION); 
417              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
418              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
419              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
420                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
421              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
422              index++;
423              numListed++;
424              %>
425              <tbl:row>
426                <tbl:header 
427                  clazz="index"
428                  ><%=index%></tbl:header>
429                <tbl:header 
430                  clazz="check" 
431                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
432                  ><input 
433                    type="checkbox" 
434                    name="<%=itemId%>" 
435                    value="<%=itemId%>" 
436                    title="<%=name%>" 
437                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
438                  ></tbl:header>
439                <tbl:header 
440                  clazz="check" 
441                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
442                  ><input 
443                    type="radio" 
444                    name="item_id" 
445                    value="<%=itemId%>" 
446                    title="<%=name%>" 
447                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
448                  ></tbl:header>
449                <tbl:header 
450                  clazz="icons" 
451                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
452                  ><base:icon 
453                    image="deleted.png"
454                    id="<%="delete."+itemId %>"
455                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
456                    data-item-id="<%=itemId%>"
457                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
458                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
459                  /><base:icon 
460                    image="shared.png" 
461                    id="<%="share."+itemId %>"
462                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
463                    data-item-id="<%=itemId%>"
464                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
465                    visible="<%=item.isShared()%>"
466                  />&nbsp;</tbl:header>
467                <tbl:cell column="name"><div 
468                  class="link table-item"
469                  data-item-id="<%=itemId%>"
470                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
471                  tabindex="0"
472                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
473                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
474                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
475                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
476                <tbl:cell column="memberType"><%=item.getMemberType()%></tbl:cell>
477                <tbl:cell column="owner"
478                  ><base:propertyvalue 
479                    item="<%=item%>" 
480                    property="owner"
481                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
482                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
483                  /></tbl:cell>
484                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
485                <%
486                if (item.isAnnotated())
487                {
488                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
489                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
490                  {
491                    if (loader.find(snapshot))
492                    {
493                      %>
494                      <tbl:cell 
495                        column="<%="at"+loader.getId()%>"
496                        ><tbl:cellvalue 
497                          list="<%=loader.getValues()%>"
498                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
499                      /></tbl:cell>
500                      <%
501                    }
502                  }
503                }
504                %>
505                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
506                <tbl:cell column="sharedTo">
507                  <%
508                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
509                  while(sharees.hasNext())
510                  {
511                    Nameable n = sharees.next();
512                    if (mode.hasPropertyLink())
513                    {
514                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
515                    }
516                    else
517                    {
518                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
519                    }
520                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
521                  }
522                  %>
523                </tbl:cell>
524                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
525                  <tbl:cell column="xt-columns" />
526                </tbl:xt-cells>
527              </tbl:row>
528              <%
529              }
530            }
531          if (numListed == 0)
532          {
533            %>
534            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
535              <div class="messagecontainer note">
536              <%=lists == null || lists.getTotalCount() == 0 ? "No lists were found" : "No lists on this page. Please select another page!" %>
537              </div>
538            </tbl:panel>
539            <%
540          }
541          %>
542        </tbl:rows>
543      </tbl:data>
544    </tbl:table>
545    </div>
546   
547    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
548      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
549      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
550      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
551    </base:buttongroup>
552   
553  </base:body>
554  </base:page>
555  <%
556}
557finally
558{
559  if (lists != null) lists.close();
560  if (dc != null) dc.close();
561}
562%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.