source: trunk/www/biomaterials/lists/members/list_members.jsp @ 6701

Last change on this file since 6701 was 6701, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the biomaterial list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 34.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_members.jsp 6701 2015-01-30 13:14:46Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
4 
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7 
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
9  under the terms of the GNU General Public License as published by
10  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
11  (at your option) any later version.
12 
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
14  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
16  General Public License for more details.
17 
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @version 2.10
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialList"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
36  import="net.sf.basedb.core.Extract"
37  import="net.sf.basedb.core.Sample"
38  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
39  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
40  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
41  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
42  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
43  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
44  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
45  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
48  import="net.sf.basedb.core.Permission"
49  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
53  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
66  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
80  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
81  import="java.util.Date"
82  import="java.util.Map"
83  import="java.util.List"
84  import="java.util.Iterator"
85  import="java.util.ArrayList"
86%>
87<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
88<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
89<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
90<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%
93final int bioMaterialListId = Values.getInt(request.getParameter("list_id"));
94final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, Item.BIOMATERIALLIST);
95final String ID = sc.getId();
96final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
97final String callback = request.getParameter("callback");
98final String title = mode.generateTitle("member", "members");
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100
101ItemResultIterator<? extends BioMaterial> members = null;
102List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
103try
104{
105  final BioMaterialList list = BioMaterialList.getById(dc, bioMaterialListId);
106  final Item itemType = list.getMemberType();
107
108  final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST, "listmembers."+list.getId());
109  final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, "listmembers."+list.getId(), null, null);
110
111 
112  final boolean addPermission = list.hasPermission(Permission.WRITE);
113  final boolean removePermission = addPermission;
114
115  // Parent samples
116  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
117  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
118  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
119  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
120  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
121  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
122
123  // Parent extracts
124  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
125  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
126  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
127  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
128  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
129  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
130
131  // Child samples
132  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
133  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
134  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
135  if (itemType == Item.BIOSOURCE)
136  {
137    childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("parent", Item.BIOSOURCE)));
138  }
139  else
140  {
141    childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
142    childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
143    childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("parent", Item.SAMPLE)));
144  }
145 
146  // Child extracts
147  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
148  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
149  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
150  if (itemType == Item.SAMPLE)
151  {
152    childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("parent", Item.SAMPLE)));
153  }
154  else
155  {
156    childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
157    childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
158    childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("parent", Item.EXTRACT)));
159  }
160
161  // Child bioassays
162  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
163  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
164  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
165  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
166  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
167  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
168
169  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
170  final Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
171  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
172  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
173  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
174  {
175    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
176  }
177  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
178  try
179  {
180    final ItemQuery<? extends BioMaterial> query = list.getMemberBioMaterials();
181    cc.configureQuery(dc, query, true);
182    members = query.iterate(dc);
183  }
184  catch (Throwable t)
185  {
186    cc.setMessage(t.getMessage());
187    t.printStackTrace();
188  }
189  int numListed = 0;
190  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
191  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
192  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
193  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
194
195  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
196  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
197  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
198  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
199  int maxRows = result.next().getRows();
200  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
201  {
202    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
203  }
204
205  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
206  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
207  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
208  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
209  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
210  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
211  {
212    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
213  }
214
215  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, list);
216  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
217  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
218  %>
219  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
220  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~members.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
221    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
222    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
223  </base:head>
224 
225  <base:body>
226    <p:path><p:pathelement 
227      title="Biomaterial lists" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
228      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(list.getName())%>" 
229      /></p:path>
230    <div id="page-data" class="datacontainer"
231      data-item-type="<%=itemType.name()%>"
232      ></div>
233    <t:tabcontrol 
234      id="main"
235      subclass="content mastertabcontrol"
236      active="members">
237    <t:tab id="properties" title="Properties" />
238   
239    <t:tab id="members" title="Members">
240
241    <tbl:table 
242      id="members" 
243      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
244      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
245      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
246      action="index.jsp"
247      sc="<%=sc%>"
248      item="<%=itemType%>"
249      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
250      subcontext="<%="listmembers."+list.getId()%>"
251      subclass="fulltable"
252      >
253      <tbl:hidden 
254        name="mode" 
255        value="<%=mode.getName()%>" 
256      />
257      <tbl:hidden 
258        name="callback" 
259        value="<%=callback%>" 
260        skip="<%=callback == null%>" 
261      />
262      <tbl:hidden 
263        name="list_id" 
264        value="<%=String.valueOf(bioMaterialListId)%>" 
265      />
266      <tbl:columndef 
267        id="name"
268        property="name"
269        datatype="string"
270        title="Name"
271        sortable="true" 
272        filterable="true"
273        exportable="true"
274        show="always" 
275      />
276      <tbl:columndef 
277        id="itemSubtype"
278        property="itemSubtype"
279        sortproperty="itemSubtype.name"
280        exportproperty="itemSubtype.name:string"
281        datatype="int"
282        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
283        title="Type"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287      />
288      <tbl:columndef 
289         id="id"
290        clazz="uniquecol"
291         property="id"
292         datatype="int"
293         title="ID"
294         sortable="true" 
295         filterable="true"
296         exportable="true"
297      />
298      <tbl:columndef 
299        id="externalId"
300        property="externalId"
301        datatype="string"
302        title="External id"
303        sortable="true" 
304        filterable="true"
305        exportable="true"
306      />
307      <tbl:columndef 
308        id="owner"
309        property="owner.name"
310        datatype="string"
311        title="Owner"
312        sortable="true" 
313        filterable="true"
314        exportable="true"
315      />
316      <tbl:columndef 
317        id="description"
318        property="description"
319        datatype="string"
320        title="Description" 
321        sortable="true" 
322        filterable="true" 
323        exportable="true"
324      />
325      <%
326      if (itemType == Item.BIOSOURCE)
327      {
328        %>
329        <tbl:columndef 
330          id="entryDate"
331          property="entryDate"
332          datatype="date"
333          title="Registered"
334          sortable="true" 
335          filterable="true"
336          exportable="true"
337          formatter="<%=dateFormatter%>"
338        />
339        <tbl:columndef
340          id="children"
341          title="Child samples"
342          property="&children(name)"
343          datatype="string"
344          filterable="true"
345          exportable="true"
346        />
347        <%
348      }
349      if (itemType == Item.SAMPLE || itemType == Item.EXTRACT)
350      {
351        %>
352        <tbl:columndef 
353          id="originalQuantity"
354          property="originalQuantity"
355          datatype="float"
356          title="Original quantity (µg)"
357          sortable="true" 
358          filterable="true"
359          exportable="true"
360          unit="<%=microGram%>"
361          formatter="<%=numericFormatter%>"
362        />
363        <tbl:columndef 
364          id="remainingQuantity"
365          property="remainingQuantity"
366          datatype="float"
367          title="Remaining quantity (µg)"
368          sortable="true" 
369          filterable="true"
370          exportable="true"
371          unit="<%=microGram%>"
372          formatter="<%=numericFormatter%>"
373        />
374        <tbl:columndef 
375          id="protocol"
376          property="creationEvent.protocol"
377          sortproperty="creationEvent.protocol.name"
378          filterproperty="creationEvent.protocol.name"
379          exportproperty="creationEvent.protocol.name"
380          datatype="string"
381          title="Protocol"
382          sortable="true" 
383          filterable="true"
384          exportable="true"
385        />
386        <tbl:columndef 
387          id="eventDate"
388          property="creationEvent.eventDate"
389          datatype="date"
390          title="Created"
391          sortable="true" 
392          filterable="true"
393          exportable="true"
394          formatter="<%=dateFormatter%>"
395        />
396        <tbl:columndef 
397          id="entryDate"
398          property="creationEvent.entryDate"
399          datatype="date"
400          title="Registered"
401          sortable="true" 
402          filterable="true"
403          exportable="true"
404          formatter="<%=dateFormatter%>"
405        />
406        <%
407        Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
408        parentTypes.add("", "-none-");
409        if (itemType == Item.SAMPLE)
410        {
411          parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
412        }
413        parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
414        if (itemType == Item.EXTRACT)
415        {
416          parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
417        }
418        %>
419        <tbl:columndef
420          id="parentType"
421          title="Parent type"
422          property="parentType"
423          enumeration="<%=parentTypes%>"
424          datatype="int"
425          filterable="true"
426          exportable="true"
427          sortable="true"
428        />
429        <tbl:columndef
430          id="parents"
431          title="Parent items"
432          property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
433          sortproperty="parent.name"
434          datatype="string"
435          filterable="true"
436          exportable="true"
437          sortable="true"
438        />
439        <%
440        if (itemType == Item.SAMPLE)
441        {
442          %>
443          <tbl:columndef
444            id="children"
445            title="Child samples"
446            property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
447            datatype="string"
448            filterable="true"
449            exportable="true"
450          />
451          <tbl:columndef
452            id="extracts"
453            title="Child extracts"
454            property="&children(name)"
455            datatype="string"
456            filterable="true"
457            exportable="true"
458          />
459          <%
460        }
461        else
462        {
463          %>
464          <tbl:columndef
465            id="children"
466            title="Child extracts"
467            property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
468            datatype="string"
469            filterable="true"
470            exportable="true"
471          />
472          <tbl:columndef
473            id="physicalBioAssays"
474            title="Physical bioassays"
475            property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
476            datatype="string"
477            filterable="true"
478            exportable="true"
479          />
480          <tbl:columndef 
481            id="tag"
482            property="tag.name"
483            datatype="string"
484            title="Tag"
485            sortable="true" 
486            filterable="true"
487            exportable="true"
488          />
489          <%
490        }
491        %>
492        <tbl:columndef 
493          id="bioPlate"
494          property="bioWell.bioPlate.name"
495          sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
496          filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
497          exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
498          datatype="string"
499          title="Bioplate"
500          sortable="true" 
501          filterable="true"
502          exportable="true"
503        />
504        <tbl:columndef 
505          id="bioWellRow"
506          property="bioWell.row"
507          sortproperty="bioWell.row"
508          datatype="int"
509          title="Biowell row" 
510          filterable="true"
511          enumeration="<%=wellRows%>"
512          exportable="true"
513          sortable="true"
514          formatter="<%=rowFormatter%>"
515        />
516        <tbl:columndef 
517          id="bioWellColumn"
518          property="bioWell.column"
519          sortproperty="bioWell.column"
520          datatype="int"
521          title="Biowell column"   
522          filterable="true"
523          enumeration="<%=wellColumns%>"
524          exportable="true"
525          sortable="true"
526          formatter="<%=columnFormatter%>"
527        />
528        <%
529      }
530      %>
531      <%
532      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
533      {
534        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
535        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
536        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
537        if (at.isEnumeration())
538        {
539          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
540          List<?> values = at.getValues();
541          for (Object value : values)
542          {
543            String encoded = formatter.format(value);
544            annotationEnum.add(encoded, encoded);
545          }
546        }
547        %>
548        <tbl:columndef 
549          id="<%="at"+at.getId()%>"
550          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
551          property="<%="#"+at.getId()%>"
552          annotation="true"
553          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
554          enumeration="<%=annotationEnum%>"
555          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
556          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
557          filterable="true" 
558          exportable="true"
559          formatter="<%=formatter%>"
560          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
561        />
562        <%
563      }
564      %>
565      <tbl:columndef
566        id="permission"
567        title="Permission"
568      />
569      <tbl:columndef
570        id="sharedTo"
571        title="Shared to"
572        filterable="true"
573        filterproperty="!sharedTo.name"
574        datatype="string"
575      />
576      <tbl:columndef 
577        id="xt-columns" 
578        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
579        jspcontext="<%=jspContext%>" 
580      />
581      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
582        <tbl:toolbar
583          subclass="bottomborder"
584          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
585          >
586          <tbl:button 
587            id="btnAddMembers"
588            disabled="<%=addPermission ? false : true%>" 
589            image="add.png" 
590            title="Add&hellip;" 
591            tooltip="<%=addPermission ? "Add more biomaterials to this list" : "You do not have permission to add biomaterial" %>" 
592          />
593          <tbl:button 
594            id="btnRemoveMembers"
595            disabled="<%=removePermission ? false : true%>" 
596            image="remove.png" 
597            title="Remove&hellip;" 
598            tooltip="<%=removePermission ? "Remove the selected items from this list" : "You do not have permission to remove items" %>" 
599          />
600          <tbl:button 
601            id="btnDeleteItems"
602            image="delete.png"
603            title="Delete" 
604            tooltip="Delete the selected items" 
605          />
606          <tbl:button 
607            id="btnRestoreItems"
608            image="restore.png"
609            title="Restore" 
610            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
611          />
612          <tbl:button 
613            id="btnShareItems"
614            image="share.png"
615            title="Share&hellip;" 
616            tooltip="Share the selected items"
617          />
618          <tbl:button 
619            id="btnSetOwner"
620            image="take_ownership.png"
621            title="Set owner&hellip;"
622            tooltip="Change owner of the selected items"
623          />
624          <tbl:button 
625            id="btnColumns"
626            image="columns.png" 
627            title="Columns&hellip;" 
628            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
629          />
630          <tbl:button 
631            id="btnPlaceOnPlate"
632            image="place_on_plate.png" 
633            title="Place on plate&hellip;" 
634            tooltip="Place the selected/matching biomaterial on a bioplate" 
635            visible="<%=itemType != Item.BIOSOURCE%>"
636          />
637          <tbl:button 
638            id="btnImport"
639            data-plugin-type="IMPORT"
640            image="import.png" 
641            title="Import&hellip;" 
642            tooltip="Import data" 
643            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
644          />
645          <tbl:button 
646            id="btnExport"
647            data-plugin-type="EXPORT"
648            image="export.png" 
649            title="Export&hellip;" 
650            tooltip="Export data" 
651            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
652          />
653          <tbl:button 
654            id="btnRunPlugin"
655            data-plugin-type="OTHER"
656            image="runplugin.png" 
657            title="Run plugin&hellip;" 
658            tooltip="Run a plugin" 
659            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
660          />
661          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
662            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
663        </tbl:toolbar>
664        <tbl:panel>
665          <tbl:presetselector />
666          <tbl:navigator
667            page="<%=cc.getPage()%>" 
668            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
669            totalrows="<%=members == null ? 0 : members.getTotalCount()%>" 
670            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
671          />
672        </tbl:panel>
673      </div>
674      <tbl:data>
675        <tbl:headers>
676          <tbl:headerrow>
677            <tbl:header colspan="3" />
678            <tbl:columnheaders />
679          </tbl:headerrow>
680          <%
681          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
682          int numRows = cc.getFilterRows();
683          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
684          {
685            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
686            %>
687            <tbl:headerrow>
688              <tbl:header subclass="index" />
689              <tbl:header 
690                subclass="check" 
691                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
692                ><base:icon 
693                  id="check.uncheck"
694                  image="check_uncheck.png" 
695                  tooltip="Check/uncheck all" 
696                  visible="<%=lastRow%>"
697                /></tbl:header>
698              <tbl:header 
699                subclass="check" 
700                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
701                />
702              <tbl:header 
703                subclass="icons" 
704                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
705                >
706                <base:icon
707                  subclass="link table-filter-row-action"
708                  image="add.png"
709                  tooltip="Add extra filter row"
710                  visible="<%=lastRow%>"
711                /><base:icon
712                  subclass="link table-filter-row-action"
713                  image="remove.png"
714                  tooltip="Remove this filter row"
715                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
716                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
717                />
718              </tbl:header>
719              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
720            </tbl:headerrow>
721            <%
722          }
723          %>
724        </tbl:headers>
725        <tbl:rows>
726          <%
727          if (cc.getMessage() != null)
728          {
729            %>
730            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
731              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
732            </tbl:panel>
733            <%
734            cc.setMessage(null);
735          }
736          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
737          int selectedItemId = cc.getId();
738          if (members != null)
739          {           
740            while (members.hasNext())
741            {
742              BioMaterial item = members.next();
743              int itemId = item.getId();
744              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
745              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
746             
747              MeasuredBioMaterial mbm = null;
748              BioMaterialEvent creationEvent = null;
749              Item parentType = null;
750             
751              if (item instanceof MeasuredBioMaterial)
752              {
753                mbm = (MeasuredBioMaterial)item;
754                creationEvent = mbm.getCreationEvent();
755                parentType = mbm.getParentType();
756              }
757             
758              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
759              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
760              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
761                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
762              index++;
763              numListed++;
764              %>
765              <tbl:row>
766                <tbl:header 
767                  clazz="index"
768                  ><%=index%></tbl:header>
769                <tbl:header 
770                  clazz="check" 
771                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
772                  ><input 
773                    type="checkbox" 
774                    name="<%=itemId%>" 
775                    value="<%=itemId%>" 
776                    title="<%=name%>" 
777                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
778                  ></tbl:header>
779                <tbl:header 
780                  clazz="check" 
781                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
782                  ><input 
783                    type="radio" 
784                    name="item_id" 
785                    value="<%=itemId%>" 
786                    title="<%=name%>" 
787                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
788                  ></tbl:header>
789                <tbl:header 
790                  clazz="icons" 
791                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
792                  ><base:icon 
793                    image="deleted.png"
794                    id="<%="delete."+itemId %>"
795                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
796                    data-item-id="<%=itemId%>"
797                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
798                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
799                  /><base:icon 
800                    image="shared.png" 
801                    id="<%="share."+itemId %>"
802                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
803                    data-item-id="<%=itemId%>"
804                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
805                    visible="<%=item.isShared()%>"
806                  />&nbsp;</tbl:header>
807                <tbl:cell column="name"><div
808                  class="link table-item"
809                  data-item-id="<%=itemId%>"
810                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
811                  tabindex="0"
812                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
813                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
814                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
815                    item="<%=item%>" 
816                    property="itemSubtype"
817                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
818                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
819                  /></tbl:cell>
820                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
821                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
822                <tbl:cell column="owner"
823                  ><base:propertyvalue 
824                    item="<%=item%>" 
825                    property="owner"
826                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
827                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
828                  /></tbl:cell>
829                <%
830                if (itemType == Item.BIOSOURCE)
831                {
832                  %>
833                  <tbl:cell column="entryDate" value="<%=((BioSource)item).getEntryDate()%>" />
834                  <%
835                }
836                if (mbm != null)
837                {
838                  %>
839                  <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=mbm.getOriginalQuantity()%>" />
840                  <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=mbm.getRemainingQuantity()%>" />
841                  <tbl:cell column="protocol"
842                    ><base:propertyvalue 
843                      item="<%=creationEvent%>" 
844                      property="protocol"
845                      enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
846                      enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
847                    /></tbl:cell>
848                  <%               
849                  BioWell well = null;
850                  boolean readBioWell = true;
851                  try
852                  {
853                    well = mbm.getBioWell();
854                  }
855                  catch(PermissionDeniedException e)
856                  {
857                    readBioWell = false;
858                  }
859                  if (!readBioWell)
860                  {
861                    %>
862                    <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
863                    <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
864                    <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
865                    <%
866                  }
867                  else if (well == null)
868                  {
869                    %>
870                    <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
871                    <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
872                    <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
873                    <%
874                   
875                  }
876                  else
877                  {               
878                    %>
879                    <tbl:cell column="bioWellRow">
880                      <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
881                    </tbl:cell>
882                    <tbl:cell column="bioWellColumn">
883                      <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
884                    </tbl:cell>
885                    <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
886                    <%
887                  }
888                  %>
889                  <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
890                  <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
891                  <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
892
893                  <tbl:cell column="parents">
894                    <%
895                    if (mbm.hasSingleParent() || parentType == null)
896                    {
897                      %>
898                      <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
899                      <%
900                    }
901                    else
902                    {
903                      String separator = "";
904                      ItemQuery<MeasuredBioMaterial> parentsQuery = (ItemQuery<MeasuredBioMaterial>)(parentType == Item.SAMPLE ? parentSamplesQuery : parentExtractsQuery);
905                      parentsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
906                      for (MeasuredBioMaterial s : parentsQuery.list(dc))
907                      {
908                        out.write(separator);
909                        if (mode.hasPropertyLink())
910                        {
911                          out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
912                        }
913                        else
914                        {
915                          out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
916                        }
917                        separator = ", ";
918                      }
919                    }
920                    %>
921                    <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
922                  </tbl:cell>
923                  <%
924                }
925                %>
926                <tbl:cell column="tag"
927                  ><base:propertyvalue 
928                    item="<%=item%>" 
929                    property="tag"
930                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
931                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
932                  /></tbl:cell>
933                <tbl:cell column="children">
934                  <%
935                  String separator = "";
936                  ItemQuery<MeasuredBioMaterial> childQuery = (ItemQuery<MeasuredBioMaterial>)(itemType == Item.EXTRACT ? childExtractsQuery : childSamplesQuery);
937                  childQuery.setEntityParameter("parent", item);
938                  for (MeasuredBioMaterial s : childQuery.list(dc))
939                  {
940                    out.write(separator);
941                    if (mode.hasPropertyLink())
942                    {
943                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
944                    }
945                    else
946                    {
947                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
948                    }
949                    separator = ", ";
950                  }
951                  %>
952                </tbl:cell>
953                <tbl:cell column="extracts">
954                  <%
955                  childExtractsQuery.setEntityParameter("parent", item);
956                  try
957                  {
958                    String separator = "";
959                    for(Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
960                    {
961                      out.write(separator);
962                      if (mode.hasPropertyLink())
963                      {
964                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
965                      }
966                      else
967                      {
968                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
969                      }
970                      separator = ", ";
971                    }
972                  }
973                  catch (Throwable t)
974                  {
975                    %>
976                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
977                    <%
978                  }
979                  %>
980                </tbl:cell>
981                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
982                  <%                 
983                  try
984                  {
985                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
986                    String separator = "";
987                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
988                    {
989                      out.write(separator);
990                      if (mode.hasPropertyLink())
991                      {
992                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
993                      }
994                      else
995                      {
996                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
997                      }
998                      separator = ", ";
999                    }
1000                  }
1001                  catch (Throwable t)
1002                  {
1003                    %>
1004                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
1005                    <%
1006                  }
1007                  %>
1008                </tbl:cell>
1009                <%
1010                if (item.isAnnotated())
1011                {
1012                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
1013                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
1014                  {
1015                    if (loader.find(snapshot))
1016                    {
1017                      %>
1018                      <tbl:cell 
1019                        column="<%="at"+loader.getId()%>"
1020                        ><tbl:cellvalue 
1021                          list="<%=loader.getValues()%>"
1022                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
1023                      /></tbl:cell>
1024                      <%
1025                    }
1026                  }
1027                }
1028                %>
1029                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
1030                <tbl:cell column="sharedTo">
1031                  <%
1032                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
1033                  while(sharees.hasNext())
1034                  {
1035                    Nameable n = sharees.next();
1036                    if (mode.hasPropertyLink())
1037                    {
1038                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
1039                    }
1040                    else
1041                    {
1042                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
1043                    }
1044                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
1045                  }
1046                  %>
1047                </tbl:cell>
1048                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
1049                  <tbl:cell column="xt-columns" />
1050                </tbl:xt-cells>
1051              </tbl:row>
1052              <%
1053            }
1054          }
1055          if (numListed == 0)
1056          {
1057            %>
1058            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
1059              <div class="messagecontainer note">
1060              <%=members == null || members.getTotalCount() == 0 ? "No members were found" : "No members on this page. Please select another page!" %>
1061              </div>
1062            </tbl:panel>
1063            <%
1064          }
1065          %>
1066        </tbl:rows>
1067      </tbl:data>
1068    </tbl:table>
1069    </t:tab>
1070    <t:tab id="overview" title="Overview" 
1071      tooltip="Display a tree overview of related items" />
1072    </t:tabcontrol>
1073
1074    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
1075      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1076      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1077      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1078    </base:buttongroup>
1079
1080
1081  </base:body>
1082  </base:page>
1083  <%
1084}
1085finally
1086{
1087  if (members != null) members.close();
1088  if (dc != null) dc.close();
1089}
1090%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.