source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 4729

Last change on this file since 4729 was 4729, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 Removed edit and view pages for biowells because they are not needed.
Added support to view/edit a sample's bioplate/biowell

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 4729 2009-01-14 15:22:59Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
48  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
49  import="net.sf.basedb.core.Unit"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="java.util.Iterator" 
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83
84final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
85final String callback = request.getParameter("callback");
86final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
87final DbControl dc = sc.newDbControl();
88ItemResultIterator<Sample> samples = null;
89ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
90try
91{
92  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
93  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
94  extractQuery.include(cc.getInclude());
95  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("samples")));
96  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
97  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
98
99  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
105    samples = query.iterate(dc);
106  }
107  catch (Throwable t)
108  {
109    cc.setMessage(t.getMessage());
110    t.printStackTrace();
111  }
112  int numListed = 0;
113  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
114  %>
115  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
116  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
117    <script language="JavaScript">
118    var submitPage = 'index.jsp';
119    var formId = 'samples';
120    function newItem()
121    {
122      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
123    }
124    function newPooledItem()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function newExtract(sampleId)
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
143    }
144    function deleteItems()
145    {
146      var frm = document.forms[formId];
147      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
148      {
149        alert('Please select at least one item in the list');
150        return;
151      }
152      frm.action = submitPage;
153      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
154      frm.submit();
155    }
156    function restoreItems()
157    {
158      var frm = document.forms[formId];
159      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
160      {
161        alert('Please select at least one item in the list');
162        return;
163      }
164      frm.action = submitPage;
165      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
166      frm.submit();
167    }
168    function deleteItemPermanently(itemId)
169    {
170      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
171    }
172    function setOwner()
173    {
174      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
175    }
176    function shareItem(itemId)
177    {
178      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
179    }
180    function shareItems()
181    {
182      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
183    }
184    function configureColumns()
185    {
186      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
187    }
188    function runPlugin(cmd)
189    {
190      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
191    }
192    function returnSelected()
193    {
194      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
195      window.close();
196    }
197    function presetOnChange()
198    {
199      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
200    }
201    function newBioMaterialList()
202    {
203      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
204      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
205    }
206    </script>
207  </base:head>
208 
209  <base:body>
210    <%
211    if (cc.getMessage() != null)
212    {
213      %>
214      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
215      <%
216      cc.setMessage(null);
217    }
218    %>
219    <tbl:table 
220      id="samples" 
221      clazz="itemlist" 
222      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
223      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
224      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
225      title="<%=title%>"
226      action="index.jsp"
227      sc="<%=sc%>"
228      item="<%=itemType%>"
229      >
230      <tbl:hidden 
231        name="mode" 
232        value="<%=mode.getName()%>" 
233      />
234      <tbl:hidden 
235        name="callback" 
236        value="<%=callback%>" 
237        skip="<%=callback == null%>" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="name"
241        property="name"
242        datatype="string"
243        title="Name"
244        sortable="true" 
245        filterable="true"
246        exportable="true"
247        show="always" 
248      />
249      <tbl:columndef 
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true" 
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />     
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="remainingQuantity"
280        property="remainingQuantity"
281        datatype="float"
282        title="Remaining quantity (µg)"
283        sortable="true" 
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286        unit="<%=microGram%>"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="protocol"
290        property="creationEvent.protocol"
291        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
292        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
293        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
294        datatype="string"
295        title="Protocol"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="bioPlate"
302        property="bioWell.bioPlate.name"
303        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
304        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
305        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
306        datatype="string"
307        title="Bioplate"
308        sortable="true" 
309        filterable="true"
310        exportable="true"
311      />
312      <tbl:columndef 
313        id="bioWell"
314        property="bioWell.row"
315        sortproperty="bioWell.row"
316        filterproperty="bioWell.row"
317        exportproperty="bioWell.row"
318        datatype="string"
319        title="Biowell"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />
324     
325      <tbl:columndef 
326        id="eventDate"
327        property="creationEvent.eventDate"
328        datatype="date"
329        title="Created"
330        sortable="true" 
331        filterable="true"
332        exportable="true"
333        formatter="<%=dateFormatter%>"
334      />
335      <tbl:columndef 
336        id="entryDate"
337        property="creationEvent.entryDate"
338        datatype="date"
339        title="Registered"
340        sortable="true" 
341        filterable="true"
342        exportable="true"
343        formatter="<%=dateFormatter%>"
344      />
345      <tbl:columndef 
346        id="pooled"
347        property="pooled"
348        datatype="boolean"
349        title="Pooled"
350        sortable="true" 
351        filterable="true"
352        exportable="true"
353      />
354      <tbl:columndef
355        id="bioSource"
356        title="Biosource"
357        property="parent.name"
358        datatype="string"
359        sortable="true" 
360        filterable="true"
361        exportable="true"
362      />
363      <tbl:columndef
364        id="parents"
365        title="Parents"
366        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
367        datatype="string"
368        filterable="true"
369      />
370      <tbl:columndef
371        id="extracts"
372        title="Extracts"
373        property="&children(name)"
374        datatype="string"
375        filterable="true"
376      />     
377      <tbl:columndef 
378        id="owner"
379        property="owner.name"
380        datatype="string"
381        title="Owner"
382        sortable="true" 
383        filterable="true"
384        exportable="true"
385      />
386      <tbl:columndef 
387        id="description"
388        property="description"
389        datatype="string"
390        title="Description" 
391        sortable="true" 
392        filterable="true" 
393        exportable="true"
394      />     
395      <tbl:columndef
396        id="bioMaterialList"
397        property="@bioMaterialLists"
398        datatype="int"
399        title="Biomaterial list"
400        filterable="true"
401        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
402        multiple="false"
403      />
404      <%
405      for (AnnotationType at : annotationTypes)
406      {
407        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
408        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
409        if (at.isEnumeration())
410        {
411          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
412          List<?> values = at.getValues();
413          for (Object value : values)
414          {
415            String encoded = formatter.format(value);
416            annotationEnum.add(encoded, encoded);
417          }
418        }
419        %>
420        <tbl:columndef 
421          id="<%="at"+at.getId()%>"
422          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
423          property="<%="#"+at.getId()%>"
424          annotation="true"
425          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
426          enumeration="<%=annotationEnum%>"
427          sortable="false" 
428          filterable="true" 
429          exportable="true"
430          formatter="<%=formatter%>"
431          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
432        />
433        <%
434      }
435      %>
436      <tbl:columndef
437        id="permission"
438        title="Permission"
439      />
440      <tbl:columndef
441        id="sharedTo"
442        title="Shared to"
443      />
444      <tbl:toolbar
445        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
446        >
447        <tbl:button 
448          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
449          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
450          onclick="newItem()" 
451          title="New&hellip;" 
452          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
453        />
454        <tbl:button 
455          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
456          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
457          onclick="newPooledItem()" 
458          title="Pool&hellip;" 
459          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
460        />
461        <tbl:button 
462          image="delete.gif"
463          onclick="deleteItems()" 
464          title="Delete" 
465          tooltip="Delete the selected items" 
466        />
467        <tbl:button 
468          image="restore.gif"
469          onclick="restoreItems()" 
470          title="Restore" 
471          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
472        />
473        <tbl:button 
474          image="share.gif"
475          onclick="shareItems()" 
476          title="Share&hellip;" 
477          tooltip="Share the selected items"
478        />
479        <tbl:button 
480          image="take_ownership.png"
481          onclick="setOwner()" 
482          title="Set owner&hellip;"
483          tooltip="Change owner of the selected items"
484        />
485        <tbl:button 
486          image="columns.gif" 
487          onclick="configureColumns()" 
488          title="Columns&hellip;" 
489          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
490        />
491        <tbl:button
492          image="add.png"
493          onclick="newBioMaterialList()"
494          title="New biomaterial list&hellip;"
495          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
496          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
497        />
498        <tbl:button 
499          image="import.gif" 
500          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
501          title="Import&hellip;" 
502          tooltip="Import data" 
503          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
504        />
505        <tbl:button 
506          image="export.gif" 
507          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
508          title="Export&hellip;" 
509          tooltip="Export data" 
510          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
511        />
512        <tbl:button 
513          image="runplugin.gif" 
514          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
515          title="Run plugin&hellip;" 
516          tooltip="Run a plugin" 
517          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
518        />
519      </tbl:toolbar>
520      <tbl:navigator
521        page="<%=cc.getPage()%>" 
522        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
523        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
524        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
525      />
526      <tbl:data>
527        <tbl:columns>
528        <tbl:presetselector 
529          clazz="columnheader"
530          colspan="3"
531          onchange="presetOnChange()"
532        />
533        </tbl:columns>
534
535        <tr>
536          <tbl:header 
537            clazz="index"
538            >&nbsp;</tbl:header>
539          <tbl:header 
540            clazz="check" 
541            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
542            ><base:icon 
543              image="check_uncheck.gif" 
544              tooltip="Check/uncheck all" 
545              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
546            /></tbl:header>
547          <tbl:header 
548            clazz="check" 
549            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
550            >&nbsp;</tbl:header>
551          <tbl:header 
552            clazz="icons" 
553            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
554            >&nbsp;</tbl:header>
555          <tbl:propertyfilter />
556        </tr>
557         
558          <tbl:rows>
559          <%
560          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
561          int selectedItemId = cc.getId();
562          if (samples != null)
563          {           
564            while (samples.hasNext())
565            {
566              Sample item = samples.next();
567              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
568              int itemId = item.getId();
569              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
570              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
571              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
572              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
573              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
574              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
575              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
576                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
577              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
578              index++;
579              numListed++;
580              %>
581              <tbl:row>
582                <tbl:header 
583                  clazz="index"
584                  ><%=index%></tbl:header>
585                <tbl:header 
586                  clazz="check" 
587                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
588                  ><input 
589                    type="checkbox" 
590                    name="<%=itemId%>" 
591                    value="<%=itemId%>" 
592                    title="<%=name%>" 
593                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
594                  ></tbl:header>
595                <tbl:header 
596                  clazz="check" 
597                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
598                  ><input 
599                    type="radio" 
600                    name="item_id" 
601                    value="<%=itemId%>" 
602                    title="<%=name%>" 
603                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
604                  ></tbl:header>
605                <tbl:header 
606                  clazz="icons" 
607                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
608                  ><base:icon 
609                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
610                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
611                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
612                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
613                  /><base:icon 
614                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
615                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
616                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
617                    visible="<%=item.isShared()%>"
618                  />&nbsp;</tbl:header>
619                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
620                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
621                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
622                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
623                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
624                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
625                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
626                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
627                <tbl:cell column="protocol"
628                  ><base:propertyvalue 
629                    item="<%=creationEvent%>" 
630                    property="protocol"
631                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
632                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
633                  /></tbl:cell>
634                <%
635                BioWell well = item.getBioWell();
636                if (well != null)
637                {
638                  BioPlate plate = well.getPlate();
639                  %>
640                  <tbl:cell column="bioPlate">
641                    <%=Base.getLink(ID, plate.getName(), plate.getType(), plate.getId(), true)%>                   
642                  </tbl:cell>
643                  <tbl:cell column="bioWell">
644                    [<%=well.getRow()%>,<%=well.getColumn()%>]
645                  </tbl:cell>
646                  <%
647                }
648                else
649                {
650                  %>
651                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i></tbl:cell>
652                  <tbl:cell column="bioWell"><i>- none -</i></tbl:cell>
653                  <%
654                }
655                %>
656                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
657                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
658                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
659                <tbl:cell column="parents">
660                  <%
661                  if (item.isPooled())
662                  {
663                    String separator = "";
664                    ItemQuery<Sample> parentQuery = (ItemQuery<Sample>)item.getCreationEvent().getSources();
665                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
666                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));                   
667                    for(Sample s : parentQuery.list(dc))
668                    {
669                      out.write(separator);
670                      if (mode.hasPropertyLink())
671                      {
672                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
673                      }
674                      else
675                      {
676                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
677                      }
678                      separator = ", ";
679                    }
680                   
681                  }
682                  %>
683                </tbl:cell>
684                <tbl:cell column="extracts">
685                  <%
686                  extractQuery.setParameter("samples", itemId, Type.INT);
687                  try
688                  {
689                    String separator = "";
690                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
691                    {
692                      out.write(separator);
693                      if (mode.hasPropertyLink())
694                      {
695                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
696                      }
697                      else
698                      {
699                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
700                      }
701                      separator = ", ";
702                    }
703                  }
704                  catch (Throwable t)
705                  {
706                    %>
707                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
708                    <%
709                  }
710                  %>
711                  <base:icon
712                    image="add.png" 
713                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
714                    tooltip="Create new extract" 
715                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
716                  />
717                </tbl:cell>
718                <tbl:cell column="owner"
719                  ><base:propertyvalue 
720                    item="<%=item%>" 
721                    property="owner"
722                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
723                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
724                  /></tbl:cell>
725                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
726                <%
727                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
728                if (as != null)
729                {
730                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
731                  {
732                    if (as.hasAnnotation(at))
733                    {
734                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
735                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
736                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
737                      %>
738                      <tbl:cell 
739                        column="<%="at"+at.getId()%>"
740                        ><tbl:cellvalue 
741                          list="<%=a.getValues(null)%>"
742                          suffix="<%=suffix%>"
743                      /></tbl:cell>
744                      <%
745                    }
746                  }
747                }
748                %>
749                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
750                <tbl:cell column="sharedTo">
751                  <%
752                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
753                  while(sharees.hasNext())
754                  {
755                    Nameable n = sharees.next();
756                    if (mode.hasPropertyLink())
757                    {
758                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
759                    }
760                    else
761                    {
762                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
763                    }
764                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
765                  }
766                  %>
767                </tbl:cell>
768              </tbl:row>
769              <%
770              }
771            }
772          %>
773          </tbl:rows>
774      </tbl:data>
775      <%
776      if (numListed == 0)
777      {
778        %>
779        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
780        <%
781      }
782      else
783      {
784        %>
785        <tbl:navigator
786          page="<%=cc.getPage()%>" 
787          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
788          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
789          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
790          locked="true"
791        />
792        <%
793      }
794      %>
795    </tbl:table>
796    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
797      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
798      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
799      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
800    </base:buttongroup>
801    <br><br><br>
802  </base:body>
803  </base:page>
804  <%
805}
806finally
807{
808  if (samples != null) samples.close();
809  if (dc != null) dc.close();
810}
811%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.