source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 4730

Last change on this file since 4730 was 4730, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 A labeledextract's or extract's bioplate/biowell are now available in the webclient. The pages has gone through some testings but can still have some bugs.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 4730 2009-01-15 15:32:54Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
48  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
49  import="net.sf.basedb.core.Unit"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="java.util.Iterator" 
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83
84final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
85final String callback = request.getParameter("callback");
86final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
87final DbControl dc = sc.newDbControl();
88ItemResultIterator<Sample> samples = null;
89ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
90try
91{
92  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
93  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
94  extractQuery.include(cc.getInclude());
95  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("samples")));
96  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
97  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
98
99  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
105    samples = query.iterate(dc);
106  }
107  catch (Throwable t)
108  {
109    cc.setMessage(t.getMessage());
110    t.printStackTrace();
111  }
112  int numListed = 0;
113  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
114  %>
115  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
116  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
117    <script language="JavaScript">
118    var submitPage = 'index.jsp';
119    var formId = 'samples';
120    function newItem()
121    {
122      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
123    }
124    function newPooledItem()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function newExtract(sampleId)
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
143    }
144    function deleteItems()
145    {
146      var frm = document.forms[formId];
147      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
148      {
149        alert('Please select at least one item in the list');
150        return;
151      }
152      frm.action = submitPage;
153      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
154      frm.submit();
155    }
156    function restoreItems()
157    {
158      var frm = document.forms[formId];
159      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
160      {
161        alert('Please select at least one item in the list');
162        return;
163      }
164      frm.action = submitPage;
165      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
166      frm.submit();
167    }
168    function deleteItemPermanently(itemId)
169    {
170      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
171    }
172    function setOwner()
173    {
174      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
175    }
176    function shareItem(itemId)
177    {
178      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
179    }
180    function shareItems()
181    {
182      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
183    }
184    function configureColumns()
185    {
186      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
187    }
188    function runPlugin(cmd)
189    {
190      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
191    }
192    function returnSelected()
193    {
194      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
195      window.close();
196    }
197    function presetOnChange()
198    {
199      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
200    }
201    function newBioMaterialList()
202    {
203      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
204      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
205    }
206    </script>
207  </base:head>
208 
209  <base:body>
210    <%
211    if (cc.getMessage() != null)
212    {
213      %>
214      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
215      <%
216      cc.setMessage(null);
217    }
218    %>
219    <tbl:table 
220      id="samples" 
221      clazz="itemlist" 
222      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
223      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
224      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
225      title="<%=title%>"
226      action="index.jsp"
227      sc="<%=sc%>"
228      item="<%=itemType%>"
229      >
230      <tbl:hidden 
231        name="mode" 
232        value="<%=mode.getName()%>" 
233      />
234      <tbl:hidden 
235        name="callback" 
236        value="<%=callback%>" 
237        skip="<%=callback == null%>" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="name"
241        property="name"
242        datatype="string"
243        title="Name"
244        sortable="true" 
245        filterable="true"
246        exportable="true"
247        show="always" 
248      />
249      <tbl:columndef 
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true" 
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />     
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="remainingQuantity"
280        property="remainingQuantity"
281        datatype="float"
282        title="Remaining quantity (µg)"
283        sortable="true" 
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286        unit="<%=microGram%>"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="protocol"
290        property="creationEvent.protocol"
291        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
292        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
293        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
294        datatype="string"
295        title="Protocol"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="eventDate"
302        property="creationEvent.eventDate"
303        datatype="date"
304        title="Created"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        formatter="<%=dateFormatter%>"
309      />
310      <tbl:columndef 
311        id="entryDate"
312        property="creationEvent.entryDate"
313        datatype="date"
314        title="Registered"
315        sortable="true" 
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        formatter="<%=dateFormatter%>"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="pooled"
322        property="pooled"
323        datatype="boolean"
324        title="Pooled"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328      />
329      <tbl:columndef
330        id="bioSource"
331        title="Biosource"
332        property="parent.name"
333        datatype="string"
334        sortable="true" 
335        filterable="true"
336        exportable="true"
337      />
338      <tbl:columndef
339        id="parents"
340        title="Parents"
341        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
342        datatype="string"
343        filterable="true"
344      />
345      <tbl:columndef
346        id="extracts"
347        title="Extracts"
348        property="&children(name)"
349        datatype="string"
350        filterable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="bioPlate"
354        property="bioWell.bioPlate.name"
355        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
356        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
357        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
358        datatype="string"
359        title="Bioplate"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363      />
364      <tbl:columndef 
365        id="bioWell"
366        property="bioWell.row"
367        sortproperty="bioWell.row"
368        filterproperty="bioWell.row"
369        exportproperty="bioWell.row"
370        datatype="string"
371        title="Biowell" 
372        filterable="true"
373        exportable="true"
374      />     
375      <tbl:columndef 
376        id="owner"
377        property="owner.name"
378        datatype="string"
379        title="Owner"
380        sortable="true" 
381        filterable="true"
382        exportable="true"
383      />
384      <tbl:columndef 
385        id="description"
386        property="description"
387        datatype="string"
388        title="Description" 
389        sortable="true" 
390        filterable="true" 
391        exportable="true"
392      />     
393      <tbl:columndef
394        id="bioMaterialList"
395        property="@bioMaterialLists"
396        datatype="int"
397        title="Biomaterial list"
398        filterable="true"
399        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
400        multiple="false"
401      />
402      <%
403      for (AnnotationType at : annotationTypes)
404      {
405        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
406        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
407        if (at.isEnumeration())
408        {
409          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
410          List<?> values = at.getValues();
411          for (Object value : values)
412          {
413            String encoded = formatter.format(value);
414            annotationEnum.add(encoded, encoded);
415          }
416        }
417        %>
418        <tbl:columndef 
419          id="<%="at"+at.getId()%>"
420          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
421          property="<%="#"+at.getId()%>"
422          annotation="true"
423          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
424          enumeration="<%=annotationEnum%>"
425          sortable="false" 
426          filterable="true" 
427          exportable="true"
428          formatter="<%=formatter%>"
429          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
430        />
431        <%
432      }
433      %>
434      <tbl:columndef
435        id="permission"
436        title="Permission"
437      />
438      <tbl:columndef
439        id="sharedTo"
440        title="Shared to"
441      />
442      <tbl:toolbar
443        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
444        >
445        <tbl:button 
446          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
447          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
448          onclick="newItem()" 
449          title="New&hellip;" 
450          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
451        />
452        <tbl:button 
453          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
454          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
455          onclick="newPooledItem()" 
456          title="Pool&hellip;" 
457          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
458        />
459        <tbl:button 
460          image="delete.gif"
461          onclick="deleteItems()" 
462          title="Delete" 
463          tooltip="Delete the selected items" 
464        />
465        <tbl:button 
466          image="restore.gif"
467          onclick="restoreItems()" 
468          title="Restore" 
469          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
470        />
471        <tbl:button 
472          image="share.gif"
473          onclick="shareItems()" 
474          title="Share&hellip;" 
475          tooltip="Share the selected items"
476        />
477        <tbl:button 
478          image="take_ownership.png"
479          onclick="setOwner()" 
480          title="Set owner&hellip;"
481          tooltip="Change owner of the selected items"
482        />
483        <tbl:button 
484          image="columns.gif" 
485          onclick="configureColumns()" 
486          title="Columns&hellip;" 
487          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
488        />
489        <tbl:button
490          image="add.png"
491          onclick="newBioMaterialList()"
492          title="New biomaterial list&hellip;"
493          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
494          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
495        />
496        <tbl:button 
497          image="import.gif" 
498          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
499          title="Import&hellip;" 
500          tooltip="Import data" 
501          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
502        />
503        <tbl:button 
504          image="export.gif" 
505          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
506          title="Export&hellip;" 
507          tooltip="Export data" 
508          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
509        />
510        <tbl:button 
511          image="runplugin.gif" 
512          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
513          title="Run plugin&hellip;" 
514          tooltip="Run a plugin" 
515          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
516        />
517      </tbl:toolbar>
518      <tbl:navigator
519        page="<%=cc.getPage()%>" 
520        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
521        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
522        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
523      />
524      <tbl:data>
525        <tbl:columns>
526        <tbl:presetselector 
527          clazz="columnheader"
528          colspan="3"
529          onchange="presetOnChange()"
530        />
531        </tbl:columns>
532
533        <tr>
534          <tbl:header 
535            clazz="index"
536            >&nbsp;</tbl:header>
537          <tbl:header 
538            clazz="check" 
539            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
540            ><base:icon 
541              image="check_uncheck.gif" 
542              tooltip="Check/uncheck all" 
543              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
544            /></tbl:header>
545          <tbl:header 
546            clazz="check" 
547            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
548            >&nbsp;</tbl:header>
549          <tbl:header 
550            clazz="icons" 
551            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
552            >&nbsp;</tbl:header>
553          <tbl:propertyfilter />
554        </tr>
555         
556          <tbl:rows>
557          <%
558          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
559          int selectedItemId = cc.getId();
560          if (samples != null)
561          {           
562            while (samples.hasNext())
563            {
564              Sample item = samples.next();
565              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
566              int itemId = item.getId();
567              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
568              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
569              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
570              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
571              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
572              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
573              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
574                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
575              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
576              index++;
577              numListed++;
578              %>
579              <tbl:row>
580                <tbl:header 
581                  clazz="index"
582                  ><%=index%></tbl:header>
583                <tbl:header 
584                  clazz="check" 
585                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
586                  ><input 
587                    type="checkbox" 
588                    name="<%=itemId%>" 
589                    value="<%=itemId%>" 
590                    title="<%=name%>" 
591                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
592                  ></tbl:header>
593                <tbl:header 
594                  clazz="check" 
595                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
596                  ><input 
597                    type="radio" 
598                    name="item_id" 
599                    value="<%=itemId%>" 
600                    title="<%=name%>" 
601                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
602                  ></tbl:header>
603                <tbl:header 
604                  clazz="icons" 
605                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
606                  ><base:icon 
607                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
608                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
609                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
610                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
611                  /><base:icon 
612                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
613                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
614                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
615                    visible="<%=item.isShared()%>"
616                  />&nbsp;</tbl:header>
617                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
618                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
619                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
620                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
621                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
622                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
623                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
624                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
625                <tbl:cell column="protocol"
626                  ><base:propertyvalue 
627                    item="<%=creationEvent%>" 
628                    property="protocol"
629                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
630                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
631                  /></tbl:cell>
632                <tbl:cell column="bioPlate">
633                  <base:propertyvalue 
634                    item="<%=item%>" 
635                    property="bioWell.bioPlate"
636                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
637                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
638                  />
639                </tbl:cell>
640                <tbl:cell column="bioWell">
641                  <%
642                  try
643                  {
644                    BioWell bw = item.getBioWell();
645                    if (bw != null)
646                    {
647                      out.write("["+bw.getRow()+","+bw.getColumn()+"]");
648                    }
649                    else
650                    {
651                      out.write("<i>- none -</i>");
652                    }
653                  }
654                  catch (PermissionDeniedException ex)
655                  {
656                    out.write("<i>- denied -</i>");
657                  }
658                  %>
659                </tbl:cell>
660                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
661                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
662                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="parents">
664                  <%
665                  if (item.isPooled())
666                  {
667                    String separator = "";
668                    ItemQuery<Sample> parentQuery = (ItemQuery<Sample>)item.getCreationEvent().getSources();
669                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
670                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));                   
671                    for(Sample s : parentQuery.list(dc))
672                    {
673                      out.write(separator);
674                      if (mode.hasPropertyLink())
675                      {
676                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
677                      }
678                      else
679                      {
680                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
681                      }
682                      separator = ", ";
683                    }
684                   
685                  }
686                  %>
687                </tbl:cell>
688                <tbl:cell column="extracts">
689                  <%
690                  extractQuery.setParameter("samples", itemId, Type.INT);
691                  try
692                  {
693                    String separator = "";
694                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
695                    {
696                      out.write(separator);
697                      if (mode.hasPropertyLink())
698                      {
699                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
700                      }
701                      else
702                      {
703                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
704                      }
705                      separator = ", ";
706                    }
707                  }
708                  catch (Throwable t)
709                  {
710                    %>
711                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
712                    <%
713                  }
714                  %>
715                  <base:icon
716                    image="add.png" 
717                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
718                    tooltip="Create new extract" 
719                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
720                  />
721                </tbl:cell>
722                <tbl:cell column="owner"
723                  ><base:propertyvalue 
724                    item="<%=item%>" 
725                    property="owner"
726                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
727                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
728                  /></tbl:cell>
729                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
730                <%
731                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
732                if (as != null)
733                {
734                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
735                  {
736                    if (as.hasAnnotation(at))
737                    {
738                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
739                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
740                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
741                      %>
742                      <tbl:cell 
743                        column="<%="at"+at.getId()%>"
744                        ><tbl:cellvalue 
745                          list="<%=a.getValues(null)%>"
746                          suffix="<%=suffix%>"
747                      /></tbl:cell>
748                      <%
749                    }
750                  }
751                }
752                %>
753                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
754                <tbl:cell column="sharedTo">
755                  <%
756                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
757                  while(sharees.hasNext())
758                  {
759                    Nameable n = sharees.next();
760                    if (mode.hasPropertyLink())
761                    {
762                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
763                    }
764                    else
765                    {
766                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
767                    }
768                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
769                  }
770                  %>
771                </tbl:cell>
772              </tbl:row>
773              <%
774              }
775            }
776          %>
777          </tbl:rows>
778      </tbl:data>
779      <%
780      if (numListed == 0)
781      {
782        %>
783        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
784        <%
785      }
786      else
787      {
788        %>
789        <tbl:navigator
790          page="<%=cc.getPage()%>" 
791          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
792          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
793          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
794          locked="true"
795        />
796        <%
797      }
798      %>
799    </tbl:table>
800    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
801      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
802      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
803      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
804    </base:buttongroup>
805    <br><br><br>
806  </base:body>
807  </base:page>
808  <%
809}
810finally
811{
812  if (samples != null) samples.close();
813  if (dc != null) dc.close();
814}
815%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.