source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 4734

Last change on this file since 4734 was 4734, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #979 A biowell's coordinates are split into two columns on biomaterial list-pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 4734 2009-01-23 14:53:04Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
48  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
49  import="net.sf.basedb.core.Unit"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Type"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="java.util.Iterator" 
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83
84final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
85final String callback = request.getParameter("callback");
86final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
87final DbControl dc = sc.newDbControl();
88ItemResultIterator<Sample> samples = null;
89ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
90try
91{
92  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
93  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
94  extractQuery.include(cc.getInclude());
95  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("samples")));
96  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
97  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
98
99  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
105    samples = query.iterate(dc);
106  }
107  catch (Throwable t)
108  {
109    cc.setMessage(t.getMessage());
110    t.printStackTrace();
111  }
112  int numListed = 0;
113  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
114  %>
115  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
116  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
117    <script language="JavaScript">
118    var submitPage = 'index.jsp';
119    var formId = 'samples';
120    function newItem()
121    {
122      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
123    }
124    function newPooledItem()
125    {
126      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
127    }
128    function editItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
131    }
132    function viewItem(itemId)
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
135    }
136    function itemOnClick(evt, itemId)
137    {
138      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
139    }
140    function newExtract(sampleId)
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
143    }
144    function deleteItems()
145    {
146      var frm = document.forms[formId];
147      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
148      {
149        alert('Please select at least one item in the list');
150        return;
151      }
152      frm.action = submitPage;
153      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
154      frm.submit();
155    }
156    function restoreItems()
157    {
158      var frm = document.forms[formId];
159      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
160      {
161        alert('Please select at least one item in the list');
162        return;
163      }
164      frm.action = submitPage;
165      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
166      frm.submit();
167    }
168    function deleteItemPermanently(itemId)
169    {
170      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
171    }
172    function setOwner()
173    {
174      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
175    }
176    function shareItem(itemId)
177    {
178      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
179    }
180    function shareItems()
181    {
182      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
183    }
184    function configureColumns()
185    {
186      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
187    }
188    function runPlugin(cmd)
189    {
190      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
191    }
192    function returnSelected()
193    {
194      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
195      window.close();
196    }
197    function presetOnChange()
198    {
199      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
200    }
201    function newBioMaterialList()
202    {
203      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
204      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
205    }
206    </script>
207  </base:head>
208 
209  <base:body>
210    <%
211    if (cc.getMessage() != null)
212    {
213      %>
214      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
215      <%
216      cc.setMessage(null);
217    }
218    %>
219    <tbl:table 
220      id="samples" 
221      clazz="itemlist" 
222      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
223      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
224      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
225      title="<%=title%>"
226      action="index.jsp"
227      sc="<%=sc%>"
228      item="<%=itemType%>"
229      >
230      <tbl:hidden 
231        name="mode" 
232        value="<%=mode.getName()%>" 
233      />
234      <tbl:hidden 
235        name="callback" 
236        value="<%=callback%>" 
237        skip="<%=callback == null%>" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="name"
241        property="name"
242        datatype="string"
243        title="Name"
244        sortable="true" 
245        filterable="true"
246        exportable="true"
247        show="always" 
248      />
249      <tbl:columndef 
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true" 
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />     
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="remainingQuantity"
280        property="remainingQuantity"
281        datatype="float"
282        title="Remaining quantity (µg)"
283        sortable="true" 
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286        unit="<%=microGram%>"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="protocol"
290        property="creationEvent.protocol"
291        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
292        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
293        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
294        datatype="string"
295        title="Protocol"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="eventDate"
302        property="creationEvent.eventDate"
303        datatype="date"
304        title="Created"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        formatter="<%=dateFormatter%>"
309      />
310      <tbl:columndef 
311        id="entryDate"
312        property="creationEvent.entryDate"
313        datatype="date"
314        title="Registered"
315        sortable="true" 
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        formatter="<%=dateFormatter%>"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="pooled"
322        property="pooled"
323        datatype="boolean"
324        title="Pooled"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328      />
329      <tbl:columndef
330        id="bioSource"
331        title="Biosource"
332        property="parent.name"
333        datatype="string"
334        sortable="true" 
335        filterable="true"
336        exportable="true"
337      />
338      <tbl:columndef
339        id="parents"
340        title="Parents"
341        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
342        datatype="string"
343        filterable="true"
344      />
345      <tbl:columndef
346        id="extracts"
347        title="Extracts"
348        property="&children(name)"
349        datatype="string"
350        filterable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="bioPlate"
354        property="bioWell.bioPlate.name"
355        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
356        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
357        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
358        datatype="string"
359        title="Bioplate"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363      />
364      <tbl:columndef 
365        id="bioWellRow"
366        property="bioWell.row"
367        sortproperty="bioWell.row"
368        datatype="int"
369        title="Biowell row" 
370        filterable="true"
371        exportable="true"
372        sortable="true"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="bioWellColumn"
376        property="bioWell.column"
377        sortproperty="bioWell.column"
378        datatype="int"
379        title="Biowell column"   
380        filterable="true"
381        exportable="true"
382        sortable="true"
383      />     
384      <tbl:columndef 
385        id="owner"
386        property="owner.name"
387        datatype="string"
388        title="Owner"
389        sortable="true" 
390        filterable="true"
391        exportable="true"
392      />
393      <tbl:columndef 
394        id="description"
395        property="description"
396        datatype="string"
397        title="Description" 
398        sortable="true" 
399        filterable="true" 
400        exportable="true"
401      />     
402      <tbl:columndef
403        id="bioMaterialList"
404        property="@bioMaterialLists"
405        datatype="int"
406        title="Biomaterial list"
407        filterable="true"
408        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
409        multiple="false"
410      />
411      <%
412      for (AnnotationType at : annotationTypes)
413      {
414        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
415        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
416        if (at.isEnumeration())
417        {
418          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
419          List<?> values = at.getValues();
420          for (Object value : values)
421          {
422            String encoded = formatter.format(value);
423            annotationEnum.add(encoded, encoded);
424          }
425        }
426        %>
427        <tbl:columndef 
428          id="<%="at"+at.getId()%>"
429          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
430          property="<%="#"+at.getId()%>"
431          annotation="true"
432          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
433          enumeration="<%=annotationEnum%>"
434          sortable="false" 
435          filterable="true" 
436          exportable="true"
437          formatter="<%=formatter%>"
438          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
439        />
440        <%
441      }
442      %>
443      <tbl:columndef
444        id="permission"
445        title="Permission"
446      />
447      <tbl:columndef
448        id="sharedTo"
449        title="Shared to"
450      />
451      <tbl:toolbar
452        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
453        >
454        <tbl:button 
455          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
456          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
457          onclick="newItem()" 
458          title="New&hellip;" 
459          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
460        />
461        <tbl:button 
462          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
463          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
464          onclick="newPooledItem()" 
465          title="Pool&hellip;" 
466          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
467        />
468        <tbl:button 
469          image="delete.gif"
470          onclick="deleteItems()" 
471          title="Delete" 
472          tooltip="Delete the selected items" 
473        />
474        <tbl:button 
475          image="restore.gif"
476          onclick="restoreItems()" 
477          title="Restore" 
478          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
479        />
480        <tbl:button 
481          image="share.gif"
482          onclick="shareItems()" 
483          title="Share&hellip;" 
484          tooltip="Share the selected items"
485        />
486        <tbl:button 
487          image="take_ownership.png"
488          onclick="setOwner()" 
489          title="Set owner&hellip;"
490          tooltip="Change owner of the selected items"
491        />
492        <tbl:button 
493          image="columns.gif" 
494          onclick="configureColumns()" 
495          title="Columns&hellip;" 
496          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
497        />
498        <tbl:button
499          image="add.png"
500          onclick="newBioMaterialList()"
501          title="New biomaterial list&hellip;"
502          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
503          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
504        />
505        <tbl:button 
506          image="import.gif" 
507          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
508          title="Import&hellip;" 
509          tooltip="Import data" 
510          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
511        />
512        <tbl:button 
513          image="export.gif" 
514          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
515          title="Export&hellip;" 
516          tooltip="Export data" 
517          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
518        />
519        <tbl:button 
520          image="runplugin.gif" 
521          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
522          title="Run plugin&hellip;" 
523          tooltip="Run a plugin" 
524          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
525        />
526      </tbl:toolbar>
527      <tbl:navigator
528        page="<%=cc.getPage()%>" 
529        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
530        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
531        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
532      />
533      <tbl:data>
534        <tbl:columns>
535        <tbl:presetselector 
536          clazz="columnheader"
537          colspan="3"
538          onchange="presetOnChange()"
539        />
540        </tbl:columns>
541
542        <tr>
543          <tbl:header 
544            clazz="index"
545            >&nbsp;</tbl:header>
546          <tbl:header 
547            clazz="check" 
548            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
549            ><base:icon 
550              image="check_uncheck.gif" 
551              tooltip="Check/uncheck all" 
552              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
553            /></tbl:header>
554          <tbl:header 
555            clazz="check" 
556            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
557            >&nbsp;</tbl:header>
558          <tbl:header 
559            clazz="icons" 
560            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
561            >&nbsp;</tbl:header>
562          <tbl:propertyfilter />
563        </tr>
564         
565          <tbl:rows>
566          <%
567          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
568          int selectedItemId = cc.getId();
569          if (samples != null)
570          {           
571            while (samples.hasNext())
572            {
573              Sample item = samples.next();
574              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
575              int itemId = item.getId();
576              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
577              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
578              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
579              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
580              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
581              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
582              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
583                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
584              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
585              index++;
586              numListed++;
587              %>
588              <tbl:row>
589                <tbl:header 
590                  clazz="index"
591                  ><%=index%></tbl:header>
592                <tbl:header 
593                  clazz="check" 
594                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
595                  ><input 
596                    type="checkbox" 
597                    name="<%=itemId%>" 
598                    value="<%=itemId%>" 
599                    title="<%=name%>" 
600                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
601                  ></tbl:header>
602                <tbl:header 
603                  clazz="check" 
604                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
605                  ><input 
606                    type="radio" 
607                    name="item_id" 
608                    value="<%=itemId%>" 
609                    title="<%=name%>" 
610                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
611                  ></tbl:header>
612                <tbl:header 
613                  clazz="icons" 
614                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
615                  ><base:icon 
616                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
617                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
618                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
619                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
620                  /><base:icon 
621                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
622                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
623                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
624                    visible="<%=item.isShared()%>"
625                  />&nbsp;</tbl:header>
626                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
627                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
628                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
629                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
630                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
631                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
632                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
633                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
634                <tbl:cell column="protocol"
635                  ><base:propertyvalue 
636                    item="<%=creationEvent%>" 
637                    property="protocol"
638                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
639                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
640                  /></tbl:cell>
641                <tbl:cell column="bioPlate">
642                  <base:propertyvalue 
643                    item="<%=item%>" 
644                    property="bioWell.bioPlate"
645                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
646                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
647                  />
648                </tbl:cell>
649                <tbl:cell column="bioWellRow">
650                  <base:propertyvalue 
651                    item="<%=item%>" 
652                    property="bioWell.row"
653                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
654                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
655                  />
656                </tbl:cell>
657                <tbl:cell column="bioWellColumn">
658                  <base:propertyvalue 
659                    item="<%=item%>" 
660                    property="bioWell.column"
661                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
662                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
663                  />
664                </tbl:cell>
665                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
666                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
667                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
668                <tbl:cell column="parents">
669                  <%
670                  if (item.isPooled())
671                  {
672                    String separator = "";
673                    ItemQuery<Sample> parentQuery = (ItemQuery<Sample>)item.getCreationEvent().getSources();
674                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
675                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));                   
676                    for(Sample s : parentQuery.list(dc))
677                    {
678                      out.write(separator);
679                      if (mode.hasPropertyLink())
680                      {
681                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
682                      }
683                      else
684                      {
685                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
686                      }
687                      separator = ", ";
688                    }
689                   
690                  }
691                  %>
692                </tbl:cell>
693                <tbl:cell column="extracts">
694                  <%
695                  extractQuery.setParameter("samples", itemId, Type.INT);
696                  try
697                  {
698                    String separator = "";
699                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
700                    {
701                      out.write(separator);
702                      if (mode.hasPropertyLink())
703                      {
704                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
705                      }
706                      else
707                      {
708                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
709                      }
710                      separator = ", ";
711                    }
712                  }
713                  catch (Throwable t)
714                  {
715                    %>
716                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
717                    <%
718                  }
719                  %>
720                  <base:icon
721                    image="add.png" 
722                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
723                    tooltip="Create new extract" 
724                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
725                  />
726                </tbl:cell>
727                <tbl:cell column="owner"
728                  ><base:propertyvalue 
729                    item="<%=item%>" 
730                    property="owner"
731                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
732                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
733                  /></tbl:cell>
734                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
735                <%
736                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
737                if (as != null)
738                {
739                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
740                  {
741                    if (as.hasAnnotation(at))
742                    {
743                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
744                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
745                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
746                      %>
747                      <tbl:cell 
748                        column="<%="at"+at.getId()%>"
749                        ><tbl:cellvalue 
750                          list="<%=a.getValues(null)%>"
751                          suffix="<%=suffix%>"
752                      /></tbl:cell>
753                      <%
754                    }
755                  }
756                }
757                %>
758                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
759                <tbl:cell column="sharedTo">
760                  <%
761                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
762                  while(sharees.hasNext())
763                  {
764                    Nameable n = sharees.next();
765                    if (mode.hasPropertyLink())
766                    {
767                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
768                    }
769                    else
770                    {
771                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
772                    }
773                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
774                  }
775                  %>
776                </tbl:cell>
777              </tbl:row>
778              <%
779              }
780            }
781          %>
782          </tbl:rows>
783      </tbl:data>
784      <%
785      if (numListed == 0)
786      {
787        %>
788        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
789        <%
790      }
791      else
792      {
793        %>
794        <tbl:navigator
795          page="<%=cc.getPage()%>" 
796          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
797          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
798          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
799          locked="true"
800        />
801        <%
802      }
803      %>
804    </tbl:table>
805    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
806      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
807      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
808      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
809    </base:buttongroup>
810    <br><br><br>
811  </base:body>
812  </base:page>
813  <%
814}
815finally
816{
817  if (samples != null) samples.close();
818  if (dc != null) dc.close();
819}
820%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.