source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 4882

Last change on this file since 4882 was 4882, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1271: Add extension points to all toolbars

Added code for displaying extensions to all biomaterial pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 26.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 4882 2009-04-03 10:53:42Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
48  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
49  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
50  import="net.sf.basedb.core.Unit"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="java.util.Iterator" 
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<Sample> samples = null;
97ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
102  extractQuery.include(cc.getInclude());
103  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("samples")));
104  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
105  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
106
107  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
108  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
109  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
110  try
111  {
112    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
113    samples = query.iterate(dc);
114  }
115  catch (Throwable t)
116  {
117    cc.setMessage(t.getMessage());
118    t.printStackTrace();
119  }
120  int numListed = 0;
121  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
122  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
123  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
124 
125  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
126  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
127  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
128  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
129  int maxRows = result.next().getRows();
130  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
131  {
132    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
133  }
134  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
135  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
136  %>
137  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
138  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
139    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
140    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
141    <script language="JavaScript">
142    var submitPage = 'index.jsp';
143    var formId = 'samples';
144    function newItem()
145    {
146      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
147    }
148    function newPooledItem()
149    {
150      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
151    }
152    function editItem(itemId)
153    {
154      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
155    }
156    function viewItem(itemId)
157    {
158      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
159    }
160    function itemOnClick(evt, itemId)
161    {
162      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
163    }
164    function newExtract(sampleId)
165    {
166      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
167    }
168    function deleteItems()
169    {
170      var frm = document.forms[formId];
171      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
172      {
173        alert('Please select at least one item in the list');
174        return;
175      }
176      frm.action = submitPage;
177      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
178      frm.submit();
179    }
180    function restoreItems()
181    {
182      var frm = document.forms[formId];
183      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
184      {
185        alert('Please select at least one item in the list');
186        return;
187      }
188      frm.action = submitPage;
189      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
190      frm.submit();
191    }
192    function deleteItemPermanently(itemId)
193    {
194      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
195    }
196    function setOwner()
197    {
198      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
199    }
200    function shareItem(itemId)
201    {
202      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
203    }
204    function shareItems()
205    {
206      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
207    }
208    function configureColumns()
209    {
210      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
211    }
212    function runPlugin(cmd)
213    {
214      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
215    }
216    function returnSelected()
217    {
218      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
219      window.close();
220    }
221    function presetOnChange()
222    {
223      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
224    }
225    function newBioMaterialList()
226    {
227      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
228      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
229    }
230    </script>
231  </base:head>
232 
233  <base:body>
234    <%
235    if (cc.getMessage() != null)
236    {
237      %>
238      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
239      <%
240      cc.setMessage(null);
241    }
242    %>
243    <tbl:table 
244      id="samples" 
245      clazz="itemlist" 
246      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
247      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
248      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
249      title="<%=title%>"
250      action="index.jsp"
251      sc="<%=sc%>"
252      item="<%=itemType%>"
253      >
254      <tbl:hidden 
255        name="mode" 
256        value="<%=mode.getName()%>" 
257      />
258      <tbl:hidden 
259        name="callback" 
260        value="<%=callback%>" 
261        skip="<%=callback == null%>" 
262      />
263      <tbl:columndef 
264        id="name"
265        property="name"
266        datatype="string"
267        title="Name"
268        sortable="true" 
269        filterable="true"
270        exportable="true"
271        show="always" 
272      />
273      <tbl:columndef 
274        id="id"
275        clazz="uniquecol"
276        property="id"
277        datatype="int"
278        title="ID"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true" 
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="externalId"
285        property="externalId"
286        datatype="string"
287        title="External id"
288        sortable="true" 
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291      />     
292      <tbl:columndef 
293        id="originalQuantity"
294        property="originalQuantity"
295        datatype="float"
296        title="Original quantity (µg)"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300        unit="<%=microGram%>"
301      />
302      <tbl:columndef 
303        id="remainingQuantity"
304        property="remainingQuantity"
305        datatype="float"
306        title="Remaining quantity (µg)"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310        unit="<%=microGram%>"
311      />
312      <tbl:columndef 
313        id="protocol"
314        property="creationEvent.protocol"
315        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
316        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
317        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
318        datatype="string"
319        title="Protocol"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />
324      <tbl:columndef 
325        id="eventDate"
326        property="creationEvent.eventDate"
327        datatype="date"
328        title="Created"
329        sortable="true" 
330        filterable="true"
331        exportable="true"
332        formatter="<%=dateFormatter%>"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="entryDate"
336        property="creationEvent.entryDate"
337        datatype="date"
338        title="Registered"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        formatter="<%=dateFormatter%>"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="pooled"
346        property="pooled"
347        datatype="boolean"
348        title="Pooled"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352      />
353      <tbl:columndef
354        id="bioSource"
355        title="Biosource"
356        property="parent.name"
357        datatype="string"
358        sortable="true" 
359        filterable="true"
360        exportable="true"
361      />
362      <tbl:columndef
363        id="parents"
364        title="Parents"
365        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
366        datatype="string"
367        filterable="true"
368      />
369      <tbl:columndef
370        id="extracts"
371        title="Extracts"
372        property="&children(name)"
373        datatype="string"
374        filterable="true"
375      />
376      <tbl:columndef 
377        id="bioPlate"
378        property="bioWell.bioPlate.name"
379        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
380        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
381        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
382        datatype="string"
383        title="Bioplate"
384        sortable="true" 
385        filterable="true"
386        exportable="true"
387      />
388      <tbl:columndef 
389        id="bioWellRow"
390        property="bioWell.row"
391        sortproperty="bioWell.row"
392        datatype="int"
393        title="Biowell row" 
394        filterable="true"
395        enumeration="<%=wellRows%>"
396        exportable="true"
397        sortable="true"
398        formatter="<%=rowFormatter%>"
399      />
400      <tbl:columndef 
401        id="bioWellColumn"
402        property="bioWell.column"
403        sortproperty="bioWell.column"
404        datatype="int"
405        title="Biowell column"   
406        filterable="true"
407        exportable="true"
408        sortable="true"
409        formatter="<%=columnFormatter%>"
410      />     
411      <tbl:columndef 
412        id="owner"
413        property="owner.name"
414        datatype="string"
415        title="Owner"
416        sortable="true" 
417        filterable="true"
418        exportable="true"
419      />
420      <tbl:columndef 
421        id="description"
422        property="description"
423        datatype="string"
424        title="Description" 
425        sortable="true" 
426        filterable="true" 
427        exportable="true"
428      />     
429      <tbl:columndef
430        id="bioMaterialList"
431        property="@bioMaterialLists"
432        datatype="int"
433        title="Biomaterial list"
434        filterable="true"
435        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
436        multiple="false"
437      />
438      <%
439      for (AnnotationType at : annotationTypes)
440      {
441        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
442        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
443        if (at.isEnumeration())
444        {
445          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
446          List<?> values = at.getValues();
447          for (Object value : values)
448          {
449            String encoded = formatter.format(value);
450            annotationEnum.add(encoded, encoded);
451          }
452        }
453        %>
454        <tbl:columndef 
455          id="<%="at"+at.getId()%>"
456          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
457          property="<%="#"+at.getId()%>"
458          annotation="true"
459          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
460          enumeration="<%=annotationEnum%>"
461          sortable="false" 
462          filterable="true" 
463          exportable="true"
464          formatter="<%=formatter%>"
465          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
466        />
467        <%
468      }
469      %>
470      <tbl:columndef
471        id="permission"
472        title="Permission"
473      />
474      <tbl:columndef
475        id="sharedTo"
476        title="Shared to"
477      />
478      <tbl:toolbar
479        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
480        >
481        <tbl:button 
482          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
483          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
484          onclick="newItem()" 
485          title="New&hellip;" 
486          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
487        />
488        <tbl:button 
489          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
490          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
491          onclick="newPooledItem()" 
492          title="Pool&hellip;" 
493          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
494        />
495        <tbl:button 
496          image="delete.gif"
497          onclick="deleteItems()" 
498          title="Delete" 
499          tooltip="Delete the selected items" 
500        />
501        <tbl:button 
502          image="restore.gif"
503          onclick="restoreItems()" 
504          title="Restore" 
505          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
506        />
507        <tbl:button 
508          image="share.gif"
509          onclick="shareItems()" 
510          title="Share&hellip;" 
511          tooltip="Share the selected items"
512        />
513        <tbl:button 
514          image="take_ownership.png"
515          onclick="setOwner()" 
516          title="Set owner&hellip;"
517          tooltip="Change owner of the selected items"
518        />
519        <tbl:button 
520          image="columns.gif" 
521          onclick="configureColumns()" 
522          title="Columns&hellip;" 
523          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
524        />
525        <tbl:button
526          image="add.png"
527          onclick="newBioMaterialList()"
528          title="New biomaterial list&hellip;"
529          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
530          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
531        />
532        <tbl:button 
533          image="import.gif" 
534          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
535          title="Import&hellip;" 
536          tooltip="Import data" 
537          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
538        />
539        <tbl:button 
540          image="export.gif" 
541          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
542          title="Export&hellip;" 
543          tooltip="Export data" 
544          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
545        />
546        <tbl:button 
547          image="runplugin.gif" 
548          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
549          title="Run plugin&hellip;" 
550          tooltip="Run a plugin" 
551          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
552        />
553        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
554          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
555      </tbl:toolbar>
556      <tbl:navigator
557        page="<%=cc.getPage()%>" 
558        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
559        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
560        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
561      />
562      <tbl:data>
563        <tbl:columns>
564        <tbl:presetselector 
565          clazz="columnheader"
566          colspan="3"
567          onchange="presetOnChange()"
568        />
569        </tbl:columns>
570
571        <tr>
572          <tbl:header 
573            clazz="index"
574            >&nbsp;</tbl:header>
575          <tbl:header 
576            clazz="check" 
577            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
578            ><base:icon 
579              image="check_uncheck.gif" 
580              tooltip="Check/uncheck all" 
581              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
582            /></tbl:header>
583          <tbl:header 
584            clazz="check" 
585            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
586            >&nbsp;</tbl:header>
587          <tbl:header 
588            clazz="icons" 
589            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
590            >&nbsp;</tbl:header>
591          <tbl:propertyfilter />
592        </tr>
593         
594          <tbl:rows>
595          <%
596          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
597          int selectedItemId = cc.getId();
598          if (samples != null)
599          {           
600            while (samples.hasNext())
601            {
602              Sample item = samples.next();
603              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
604              int itemId = item.getId();
605              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
606              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
607              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
608              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
609              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
610              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
611              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
612                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
613              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
614              index++;
615              numListed++;
616              %>
617              <tbl:row>
618                <tbl:header 
619                  clazz="index"
620                  ><%=index%></tbl:header>
621                <tbl:header 
622                  clazz="check" 
623                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
624                  ><input 
625                    type="checkbox" 
626                    name="<%=itemId%>" 
627                    value="<%=itemId%>" 
628                    title="<%=name%>" 
629                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
630                  ></tbl:header>
631                <tbl:header 
632                  clazz="check" 
633                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
634                  ><input 
635                    type="radio" 
636                    name="item_id" 
637                    value="<%=itemId%>" 
638                    title="<%=name%>" 
639                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
640                  ></tbl:header>
641                <tbl:header 
642                  clazz="icons" 
643                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
644                  ><base:icon 
645                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
646                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
647                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
648                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
649                  /><base:icon 
650                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
651                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
652                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
653                    visible="<%=item.isShared()%>"
654                  />&nbsp;</tbl:header>
655                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
656                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
657                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
658                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
659                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
660                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
661                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
662                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="protocol"
664                  ><base:propertyvalue 
665                    item="<%=creationEvent%>" 
666                    property="protocol"
667                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
668                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
669                  /></tbl:cell>
670                <%               
671                BioWell well = null;
672                boolean readBioWell = true;
673                try
674                {
675                  well = item.getBioWell();
676                }
677                catch(PermissionDeniedException e)
678                {
679                  readBioWell = false;
680                }
681                if (!readBioWell)
682                {
683                  %>
684                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
685                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
686                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
687                  <%
688                }
689                else if (well == null)
690                {
691                  %>
692                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
693                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
694                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
695                  <%
696                 
697                }
698                else
699                {               
700                  %>
701                  <tbl:cell column="bioWellRow">
702                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
703                  </tbl:cell>
704                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
705                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
706                  </tbl:cell>
707                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
708                  <%
709                }
710                %>
711                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
712                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
713                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
714                <tbl:cell column="parents">
715                  <%
716                  if (item.isPooled())
717                  {
718                    String separator = "";
719                    ItemQuery<Sample> parentQuery = (ItemQuery<Sample>)item.getCreationEvent().getSources();
720                    parentQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
721                    parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));                   
722                    for(Sample s : parentQuery.list(dc))
723                    {
724                      out.write(separator);
725                      if (mode.hasPropertyLink())
726                      {
727                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
728                      }
729                      else
730                      {
731                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
732                      }
733                      separator = ", ";
734                    }
735                   
736                  }
737                  %>
738                </tbl:cell>
739                <tbl:cell column="extracts">
740                  <%
741                  extractQuery.setParameter("samples", itemId, Type.INT);
742                  try
743                  {
744                    String separator = "";
745                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
746                    {
747                      out.write(separator);
748                      if (mode.hasPropertyLink())
749                      {
750                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
751                      }
752                      else
753                      {
754                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
755                      }
756                      separator = ", ";
757                    }
758                  }
759                  catch (Throwable t)
760                  {
761                    %>
762                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
763                    <%
764                  }
765                  %>
766                  <base:icon
767                    image="add.png" 
768                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
769                    tooltip="Create new extract" 
770                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
771                  />
772                </tbl:cell>
773                <tbl:cell column="owner"
774                  ><base:propertyvalue 
775                    item="<%=item%>" 
776                    property="owner"
777                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
778                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
779                  /></tbl:cell>
780                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
781                <%
782                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
783                if (as != null)
784                {
785                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
786                  {
787                    if (as.hasAnnotation(at))
788                    {
789                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
790                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
791                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
792                      %>
793                      <tbl:cell 
794                        column="<%="at"+at.getId()%>"
795                        ><tbl:cellvalue 
796                          list="<%=a.getValues(null)%>"
797                          suffix="<%=suffix%>"
798                      /></tbl:cell>
799                      <%
800                    }
801                  }
802                }
803                %>
804                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
805                <tbl:cell column="sharedTo">
806                  <%
807                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
808                  while(sharees.hasNext())
809                  {
810                    Nameable n = sharees.next();
811                    if (mode.hasPropertyLink())
812                    {
813                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
814                    }
815                    else
816                    {
817                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
818                    }
819                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
820                  }
821                  %>
822                </tbl:cell>
823              </tbl:row>
824              <%
825              }
826            }
827          %>
828          </tbl:rows>
829      </tbl:data>
830      <%
831      if (numListed == 0)
832      {
833        %>
834        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
835        <%
836      }
837      else
838      {
839        %>
840        <tbl:navigator
841          page="<%=cc.getPage()%>" 
842          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
843          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
844          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
845          locked="true"
846        />
847        <%
848      }
849      %>
850    </tbl:table>
851    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
852      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
853      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
854      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
855    </base:buttongroup>
856    <br><br><br>
857  </base:body>
858  </base:page>
859  <%
860}
861finally
862{
863  if (samples != null) samples.close();
864  if (dc != null) dc.close();
865}
866%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.