source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 5567

Last change on this file since 5567 was 5567, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

Fixes #1574: Display child items of same type in biomaterial listings

Also makes all lists behave the same with respect to query generation and exporting.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 28.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 5567 2011-02-10 12:23:42Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
48  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
49  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
50  import="net.sf.basedb.core.Unit"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Type"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="java.util.Iterator" 
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<Sample> samples = null;
97ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
102  extractQuery.include(cc.getInclude());
103  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
104  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
105  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
106
107  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
108  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
109  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
110  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.index("src", null), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
111  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
112  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
113 
114  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
115  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("sourceEvents", "srcevt"));
116  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("srcevt", "event", "evt"));
117  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
118  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
120
121  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
122  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
123  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
124  try
125  {
126    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
127    samples = query.iterate(dc);
128  }
129  catch (Throwable t)
130  {
131    cc.setMessage(t.getMessage());
132    t.printStackTrace();
133  }
134  int numListed = 0;
135  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
136  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
137  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
138 
139  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
140  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
141  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
142  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
143  int maxRows = result.next().getRows();
144  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
145  {
146    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
147  }
148  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
149  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
150  %>
151  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
152  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
153    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
154    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
155    <script language="JavaScript">
156    var submitPage = 'index.jsp';
157    var formId = 'samples';
158    function newItem()
159    {
160      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
161    }
162    function newPooledItem()
163    {
164      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
165    }
166    function editItem(itemId)
167    {
168      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
169    }
170    function viewItem(itemId)
171    {
172      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
173    }
174    function itemOnClick(evt, itemId)
175    {
176      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
177    }
178    function newExtract(sampleId)
179    {
180      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
181    }
182    function deleteItems()
183    {
184      var frm = document.forms[formId];
185      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
186      {
187        alert('Please select at least one item in the list');
188        return;
189      }
190      frm.action = submitPage;
191      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
192      frm.submit();
193    }
194    function restoreItems()
195    {
196      var frm = document.forms[formId];
197      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
198      {
199        alert('Please select at least one item in the list');
200        return;
201      }
202      frm.action = submitPage;
203      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
204      frm.submit();
205    }
206    function deleteItemPermanently(itemId)
207    {
208      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
209    }
210    function setOwner()
211    {
212      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
213    }
214    function shareItem(itemId)
215    {
216      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
217    }
218    function shareItems()
219    {
220      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
221    }
222    function configureColumns()
223    {
224      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
225    }
226    function runPlugin(cmd)
227    {
228      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
229    }
230    function returnSelected()
231    {
232      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
233      window.close();
234    }
235    function presetOnChange()
236    {
237      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
238    }
239    function newBioMaterialList()
240    {
241      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
242      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
243    }
244    function placeOnPlate()
245    {
246      Table.submitToPopup(formId, 'PlaceOnPlate', 900, 600);
247    }
248    </script>
249  </base:head>
250 
251  <base:body>
252    <%
253    if (cc.getMessage() != null)
254    {
255      %>
256      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
257      <%
258      cc.setMessage(null);
259    }
260    %>
261    <tbl:table 
262      id="samples" 
263      clazz="itemlist" 
264      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
265      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
266      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
267      title="<%=title%>"
268      action="index.jsp"
269      sc="<%=sc%>"
270      item="<%=itemType%>"
271      >
272      <tbl:hidden 
273        name="mode" 
274        value="<%=mode.getName()%>" 
275      />
276      <tbl:hidden 
277        name="callback" 
278        value="<%=callback%>" 
279        skip="<%=callback == null%>" 
280      />
281      <tbl:columndef 
282        id="name"
283        property="name"
284        datatype="string"
285        title="Name"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289        show="always" 
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="id"
293        clazz="uniquecol"
294        property="id"
295        datatype="int"
296        title="ID"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true" 
300      />
301      <tbl:columndef 
302        id="externalId"
303        property="externalId"
304        datatype="string"
305        title="External id"
306        sortable="true" 
307        filterable="true"
308        exportable="true"
309      />     
310      <tbl:columndef 
311        id="originalQuantity"
312        property="originalQuantity"
313        datatype="float"
314        title="Original quantity (µg)"
315        sortable="true" 
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        unit="<%=microGram%>"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="remainingQuantity"
322        property="remainingQuantity"
323        datatype="float"
324        title="Remaining quantity (µg)"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328        unit="<%=microGram%>"
329      />
330      <tbl:columndef 
331        id="protocol"
332        property="creationEvent.protocol"
333        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
334        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
335        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
336        datatype="string"
337        title="Protocol"
338        sortable="true" 
339        filterable="true"
340        exportable="true"
341      />
342      <tbl:columndef 
343        id="eventDate"
344        property="creationEvent.eventDate"
345        datatype="date"
346        title="Created"
347        sortable="true" 
348        filterable="true"
349        exportable="true"
350        formatter="<%=dateFormatter%>"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="entryDate"
354        property="creationEvent.entryDate"
355        datatype="date"
356        title="Registered"
357        sortable="true" 
358        filterable="true"
359        exportable="true"
360        formatter="<%=dateFormatter%>"
361      />
362      <tbl:columndef 
363        id="pooled"
364        property="pooled"
365        datatype="boolean"
366        title="Pooled"
367        sortable="true" 
368        filterable="true"
369        exportable="true"
370      />
371      <tbl:columndef
372        id="bioSource"
373        title="Biosource"
374        property="parent.name"
375        datatype="string"
376        sortable="true" 
377        filterable="true"
378        exportable="true"
379      />
380      <tbl:columndef
381        id="parents"
382        title="Parent samples"
383        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
384        datatype="string"
385        filterable="true"
386        exportable="true"
387      />
388      <tbl:columndef
389        id="children"
390        title="Child samples"
391        property="&sourceEvents(event.bioMaterial.name)"
392        datatype="string"
393        filterable="true"
394        exportable="true"
395      />
396      <tbl:columndef
397        id="extracts"
398        title="Extracts"
399        property="&children(name)"
400        datatype="string"
401        filterable="true"
402        exportable="true"
403      />
404      <tbl:columndef 
405        id="bioPlate"
406        property="bioWell.bioPlate.name"
407        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
408        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
409        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
410        datatype="string"
411        title="Bioplate"
412        sortable="true" 
413        filterable="true"
414        exportable="true"
415      />
416      <tbl:columndef 
417        id="bioWellRow"
418        property="bioWell.row"
419        sortproperty="bioWell.row"
420        datatype="int"
421        title="Biowell row" 
422        filterable="true"
423        enumeration="<%=wellRows%>"
424        exportable="true"
425        sortable="true"
426        formatter="<%=rowFormatter%>"
427      />
428      <tbl:columndef 
429        id="bioWellColumn"
430        property="bioWell.column"
431        sortproperty="bioWell.column"
432        datatype="int"
433        title="Biowell column"   
434        filterable="true"
435        exportable="true"
436        sortable="true"
437        formatter="<%=columnFormatter%>"
438      />     
439      <tbl:columndef 
440        id="owner"
441        property="owner.name"
442        datatype="string"
443        title="Owner"
444        sortable="true" 
445        filterable="true"
446        exportable="true"
447      />
448      <tbl:columndef 
449        id="description"
450        property="description"
451        datatype="string"
452        title="Description" 
453        sortable="true" 
454        filterable="true" 
455        exportable="true"
456      />     
457      <tbl:columndef
458        id="bioMaterialList"
459        property="@bioMaterialLists"
460        datatype="int"
461        title="Biomaterial list"
462        filterable="true"
463        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
464        multiple="false"
465      />
466      <%
467      for (AnnotationType at : annotationTypes)
468      {
469        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
470        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
471        if (at.isEnumeration())
472        {
473          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
474          List<?> values = at.getValues();
475          for (Object value : values)
476          {
477            String encoded = formatter.format(value);
478            annotationEnum.add(encoded, encoded);
479          }
480        }
481        %>
482        <tbl:columndef 
483          id="<%="at"+at.getId()%>"
484          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
485          property="<%="#"+at.getId()%>"
486          annotation="true"
487          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
488          enumeration="<%=annotationEnum%>"
489          sortable="false" 
490          filterable="true" 
491          exportable="true"
492          formatter="<%=formatter%>"
493          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
494        />
495        <%
496      }
497      %>
498      <tbl:columndef
499        id="permission"
500        title="Permission"
501      />
502      <tbl:columndef
503        id="sharedTo"
504        title="Shared to"
505        filterable="true"
506        filterproperty="!sharedTo.name"
507        datatype="string"
508      />
509      <tbl:toolbar
510        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
511        >
512        <tbl:button 
513          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
514          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
515          onclick="newItem()" 
516          title="New&hellip;" 
517          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
518        />
519        <tbl:button 
520          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
521          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
522          onclick="newPooledItem()" 
523          title="Pool&hellip;" 
524          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
525        />
526        <tbl:button 
527          image="delete.gif"
528          onclick="deleteItems()" 
529          title="Delete" 
530          tooltip="Delete the selected items" 
531        />
532        <tbl:button 
533          image="restore.gif"
534          onclick="restoreItems()" 
535          title="Restore" 
536          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
537        />
538        <tbl:button 
539          image="share.gif"
540          onclick="shareItems()" 
541          title="Share&hellip;" 
542          tooltip="Share the selected items"
543        />
544        <tbl:button 
545          image="take_ownership.png"
546          onclick="setOwner()" 
547          title="Set owner&hellip;"
548          tooltip="Change owner of the selected items"
549        />
550        <tbl:button 
551          image="columns.gif" 
552          onclick="configureColumns()" 
553          title="Columns&hellip;" 
554          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
555        />
556        <tbl:button
557          image="add.png"
558          onclick="newBioMaterialList()"
559          title="New biomaterial list&hellip;"
560          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
561          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
562        />
563        <tbl:button 
564          image="place_on_plate.png" 
565          onclick="placeOnPlate()" 
566          title="Place on plate&hellip;" 
567          tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
568        />
569        <tbl:button 
570          image="import.gif" 
571          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
572          title="Import&hellip;" 
573          tooltip="Import data" 
574          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
575        />
576        <tbl:button 
577          image="export.gif" 
578          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
579          title="Export&hellip;" 
580          tooltip="Export data" 
581          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
582        />
583        <tbl:button 
584          image="runplugin.gif" 
585          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
586          title="Run plugin&hellip;" 
587          tooltip="Run a plugin" 
588          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
589        />
590        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
591          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
592      </tbl:toolbar>
593      <tbl:navigator
594        page="<%=cc.getPage()%>" 
595        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
596        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
597        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
598      />
599      <tbl:data>
600        <tbl:columns>
601        <tbl:presetselector 
602          clazz="columnheader"
603          colspan="3"
604          onchange="presetOnChange()"
605        />
606        </tbl:columns>
607
608        <tr>
609          <tbl:header 
610            clazz="index"
611            >&nbsp;</tbl:header>
612          <tbl:header 
613            clazz="check" 
614            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
615            ><base:icon 
616              image="check_uncheck.gif" 
617              tooltip="Check/uncheck all" 
618              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
619            /></tbl:header>
620          <tbl:header 
621            clazz="check" 
622            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
623            >&nbsp;</tbl:header>
624          <tbl:header 
625            clazz="icons" 
626            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
627            >&nbsp;</tbl:header>
628          <tbl:propertyfilter />
629        </tr>
630         
631          <tbl:rows>
632          <%
633          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
634          int selectedItemId = cc.getId();
635          if (samples != null)
636          {           
637            while (samples.hasNext())
638            {
639              Sample item = samples.next();
640              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
641              int itemId = item.getId();
642              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
643              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
644              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
645              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
646              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
647              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
648              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
649                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
650              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
651              index++;
652              numListed++;
653              %>
654              <tbl:row>
655                <tbl:header 
656                  clazz="index"
657                  ><%=index%></tbl:header>
658                <tbl:header 
659                  clazz="check" 
660                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
661                  ><input 
662                    type="checkbox" 
663                    name="<%=itemId%>" 
664                    value="<%=itemId%>" 
665                    title="<%=name%>" 
666                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
667                  ></tbl:header>
668                <tbl:header 
669                  clazz="check" 
670                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
671                  ><input 
672                    type="radio" 
673                    name="item_id" 
674                    value="<%=itemId%>" 
675                    title="<%=name%>" 
676                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
677                  ></tbl:header>
678                <tbl:header 
679                  clazz="icons" 
680                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
681                  ><base:icon 
682                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
683                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
684                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
685                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
686                  /><base:icon 
687                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
688                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
689                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
690                    visible="<%=item.isShared()%>"
691                  />&nbsp;</tbl:header>
692                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
693                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
694                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
695                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
696                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
697                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
698                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
699                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
700                <tbl:cell column="protocol"
701                  ><base:propertyvalue 
702                    item="<%=creationEvent%>" 
703                    property="protocol"
704                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
705                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
706                  /></tbl:cell>
707                <%               
708                BioWell well = null;
709                boolean readBioWell = true;
710                try
711                {
712                  well = item.getBioWell();
713                }
714                catch(PermissionDeniedException e)
715                {
716                  readBioWell = false;
717                }
718                if (!readBioWell)
719                {
720                  %>
721                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
722                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
723                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
724                  <%
725                }
726                else if (well == null)
727                {
728                  %>
729                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
730                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
731                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
732                  <%
733                 
734                }
735                else
736                {               
737                  %>
738                  <tbl:cell column="bioWellRow">
739                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
740                  </tbl:cell>
741                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
742                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
743                  </tbl:cell>
744                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
745                  <%
746                }
747                %>
748                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
749                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
750                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
751                <tbl:cell column="parents">
752                  <%
753                  if (item.isPooled())
754                  {
755                    String separator = "";
756                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
757                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
758                    {
759                      out.write(separator);
760                      if (mode.hasPropertyLink())
761                      {
762                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
763                      }
764                      else
765                      {
766                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
767                      }
768                      separator = ", ";
769                    }
770                   
771                  }
772                  %>
773                </tbl:cell>
774                <tbl:cell column="children">
775                  <%
776                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
777                  String separator = "";
778                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
779                  {
780                    out.write(separator);
781                    if (mode.hasPropertyLink())
782                    {
783                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
784                    }
785                    else
786                    {
787                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
788                    }
789                    separator = ", ";
790                  }
791                  %>
792                </tbl:cell>
793                <tbl:cell column="extracts">
794                  <%
795                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
796                  try
797                  {
798                    String separator = "";
799                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
800                    {
801                      out.write(separator);
802                      if (mode.hasPropertyLink())
803                      {
804                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
805                      }
806                      else
807                      {
808                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
809                      }
810                      separator = ", ";
811                    }
812                  }
813                  catch (Throwable t)
814                  {
815                    %>
816                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
817                    <%
818                  }
819                  %>
820                  <base:icon
821                    image="add.png" 
822                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
823                    tooltip="Create new extract" 
824                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
825                  />
826                </tbl:cell>
827                <tbl:cell column="owner"
828                  ><base:propertyvalue 
829                    item="<%=item%>" 
830                    property="owner"
831                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
832                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
833                  /></tbl:cell>
834                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
835                <%
836                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
837                if (as != null)
838                {
839                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
840                  {
841                    if (as.hasAnnotation(at))
842                    {
843                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
844                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
845                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
846                      %>
847                      <tbl:cell 
848                        column="<%="at"+at.getId()%>"
849                        ><tbl:cellvalue 
850                          list="<%=a.getValues(null)%>"
851                          suffix="<%=suffix%>"
852                      /></tbl:cell>
853                      <%
854                    }
855                  }
856                }
857                %>
858                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
859                <tbl:cell column="sharedTo">
860                  <%
861                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
862                  while(sharees.hasNext())
863                  {
864                    Nameable n = sharees.next();
865                    if (mode.hasPropertyLink())
866                    {
867                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
868                    }
869                    else
870                    {
871                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
872                    }
873                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
874                  }
875                  %>
876                </tbl:cell>
877              </tbl:row>
878              <%
879              }
880            }
881          %>
882          </tbl:rows>
883      </tbl:data>
884      <%
885      if (numListed == 0)
886      {
887        %>
888        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
889        <%
890      }
891      else
892      {
893        %>
894        <tbl:navigator
895          page="<%=cc.getPage()%>" 
896          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
897          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
898          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
899          locked="true"
900        />
901        <%
902      }
903      %>
904    </tbl:table>
905    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
906      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
907      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
908      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
909    </base:buttongroup>
910    <br><br><br>
911  </base:body>
912  </base:page>
913  <%
914}
915finally
916{
917  if (samples != null) samples.close();
918  if (dc != null) dc.close();
919}
920%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.