source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 5645

Last change on this file since 5645 was 5645, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

References #1597: Subtypes of items

Added subtype functionality for sample list, view and edit dialog. Show the inversely related subtypes on the subtype view page.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 28.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 5645 2011-05-27 07:48:13Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.Type"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
75  import="java.util.Iterator" 
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79%>
80<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
81<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
82<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
83<%!
84  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
85  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
86%>
87<%
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
89final String ID = sc.getId();
90final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
91final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
92
93final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
94final String callback = request.getParameter("callback");
95final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97ItemResultIterator<Sample> samples = null;
98ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
99try
100{
101  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
102  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
103  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
104  extractQuery.include(cc.getInclude());
105  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
106  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
107  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
108
109  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
110  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
111  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
112  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.index("src", null), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
113  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
114  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
115 
116  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
117  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("sourceEvents", "srcevt"));
118  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("srcevt", "event", "evt"));
119  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
120  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
121  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
122
123  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
124  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
125  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
126  try
127  {
128    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
129    samples = query.iterate(dc);
130  }
131  catch (Throwable t)
132  {
133    cc.setMessage(t.getMessage());
134    t.printStackTrace();
135  }
136  int numListed = 0;
137  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
138  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
139  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
140 
141  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
142  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
143  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
144  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
145  int maxRows = result.next().getRows();
146  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
147  {
148    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
149  }
150  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
151  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
152  %>
153  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
154  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
155    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
156    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
157    <script language="JavaScript">
158    var submitPage = 'index.jsp';
159    var formId = 'samples';
160    function newItem()
161    {
162      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
163    }
164    function newPooledItem()
165    {
166      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
167    }
168    function editItem(itemId)
169    {
170      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
171    }
172    function viewItem(itemId)
173    {
174      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
175    }
176    function itemOnClick(evt, itemId)
177    {
178      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
179    }
180    function newExtract(sampleId)
181    {
182      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
183    }
184    function deleteItems()
185    {
186      var frm = document.forms[formId];
187      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
188      {
189        alert('Please select at least one item in the list');
190        return;
191      }
192      frm.action = submitPage;
193      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
194      frm.submit();
195    }
196    function restoreItems()
197    {
198      var frm = document.forms[formId];
199      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
200      {
201        alert('Please select at least one item in the list');
202        return;
203      }
204      frm.action = submitPage;
205      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
206      frm.submit();
207    }
208    function deleteItemPermanently(itemId)
209    {
210      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
211    }
212    function setOwner()
213    {
214      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
215    }
216    function shareItem(itemId)
217    {
218      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
219    }
220    function shareItems()
221    {
222      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
223    }
224    function configureColumns()
225    {
226      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
227    }
228    function runPlugin(cmd)
229    {
230      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
231    }
232    function returnSelected()
233    {
234      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
235      window.close();
236    }
237    function presetOnChange()
238    {
239      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
240    }
241    function newBioMaterialList()
242    {
243      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
244      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
245    }
246    function placeOnPlate()
247    {
248      Table.submitToPopup(formId, 'PlaceOnPlate', 900, 600);
249    }
250    </script>
251  </base:head>
252 
253  <base:body>
254    <%
255    if (cc.getMessage() != null)
256    {
257      %>
258      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
259      <%
260      cc.setMessage(null);
261    }
262    %>
263    <tbl:table 
264      id="samples" 
265      clazz="itemlist" 
266      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
267      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
268      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
269      title="<%=title%>"
270      action="index.jsp"
271      sc="<%=sc%>"
272      item="<%=itemType%>"
273      >
274      <tbl:hidden 
275        name="mode" 
276        value="<%=mode.getName()%>" 
277      />
278      <tbl:hidden 
279        name="callback" 
280        value="<%=callback%>" 
281        skip="<%=callback == null%>" 
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="name"
285        property="name"
286        datatype="string"
287        title="Name"
288        sortable="true" 
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291        show="always" 
292      />
293      <tbl:columndef 
294        id="itemSubtype"
295        property="itemSubtype"
296        sortproperty="itemSubtype.name"
297        exportproperty="itemSubtype.name"
298        datatype="int"
299        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
300        title="Type"
301        sortable="true" 
302        filterable="true"
303        exportable="true"
304      />
305      <tbl:columndef 
306        id="id"
307        clazz="uniquecol"
308        property="id"
309        datatype="int"
310        title="ID"
311        sortable="true" 
312        filterable="true"
313        exportable="true" 
314      />
315      <tbl:columndef 
316        id="externalId"
317        property="externalId"
318        datatype="string"
319        title="External id"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />     
324      <tbl:columndef 
325        id="originalQuantity"
326        property="originalQuantity"
327        datatype="float"
328        title="Original quantity (µg)"
329        sortable="true" 
330        filterable="true"
331        exportable="true"
332        unit="<%=microGram%>"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="remainingQuantity"
336        property="remainingQuantity"
337        datatype="float"
338        title="Remaining quantity (µg)"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        unit="<%=microGram%>"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="protocol"
346        property="creationEvent.protocol"
347        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
348        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
349        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
350        datatype="string"
351        title="Protocol"
352        sortable="true" 
353        filterable="true"
354        exportable="true"
355      />
356      <tbl:columndef 
357        id="eventDate"
358        property="creationEvent.eventDate"
359        datatype="date"
360        title="Created"
361        sortable="true" 
362        filterable="true"
363        exportable="true"
364        formatter="<%=dateFormatter%>"
365      />
366      <tbl:columndef 
367        id="entryDate"
368        property="creationEvent.entryDate"
369        datatype="date"
370        title="Registered"
371        sortable="true" 
372        filterable="true"
373        exportable="true"
374        formatter="<%=dateFormatter%>"
375      />
376      <tbl:columndef 
377        id="pooled"
378        property="pooled"
379        datatype="boolean"
380        title="Pooled"
381        sortable="true" 
382        filterable="true"
383        exportable="true"
384      />
385      <tbl:columndef
386        id="bioSource"
387        title="Biosource"
388        property="parent.name"
389        datatype="string"
390        sortable="true" 
391        filterable="true"
392        exportable="true"
393      />
394      <tbl:columndef
395        id="parents"
396        title="Parent samples"
397        property="&creationEvent.sourceBioMaterials(name)"
398        datatype="string"
399        filterable="true"
400        exportable="true"
401      />
402      <tbl:columndef
403        id="children"
404        title="Child samples"
405        property="&sourceEvents(event.bioMaterial.name)"
406        datatype="string"
407        filterable="true"
408        exportable="true"
409      />
410      <tbl:columndef
411        id="extracts"
412        title="Extracts"
413        property="&children(name)"
414        datatype="string"
415        filterable="true"
416        exportable="true"
417      />
418      <tbl:columndef 
419        id="bioPlate"
420        property="bioWell.bioPlate.name"
421        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
422        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
423        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
424        datatype="string"
425        title="Bioplate"
426        sortable="true" 
427        filterable="true"
428        exportable="true"
429      />
430      <tbl:columndef 
431        id="bioWellRow"
432        property="bioWell.row"
433        sortproperty="bioWell.row"
434        datatype="int"
435        title="Biowell row" 
436        filterable="true"
437        enumeration="<%=wellRows%>"
438        exportable="true"
439        sortable="true"
440        formatter="<%=rowFormatter%>"
441      />
442      <tbl:columndef 
443        id="bioWellColumn"
444        property="bioWell.column"
445        sortproperty="bioWell.column"
446        datatype="int"
447        title="Biowell column"   
448        filterable="true"
449        exportable="true"
450        sortable="true"
451        formatter="<%=columnFormatter%>"
452      />     
453      <tbl:columndef 
454        id="owner"
455        property="owner.name"
456        datatype="string"
457        title="Owner"
458        sortable="true" 
459        filterable="true"
460        exportable="true"
461      />
462      <tbl:columndef 
463        id="description"
464        property="description"
465        datatype="string"
466        title="Description" 
467        sortable="true" 
468        filterable="true" 
469        exportable="true"
470      />     
471      <tbl:columndef
472        id="bioMaterialList"
473        property="@bioMaterialLists"
474        datatype="int"
475        title="Biomaterial list"
476        filterable="true"
477        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
478        multiple="false"
479      />
480      <%
481      for (AnnotationType at : annotationTypes)
482      {
483        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
484        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
485        if (at.isEnumeration())
486        {
487          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
488          List<?> values = at.getValues();
489          for (Object value : values)
490          {
491            String encoded = formatter.format(value);
492            annotationEnum.add(encoded, encoded);
493          }
494        }
495        %>
496        <tbl:columndef 
497          id="<%="at"+at.getId()%>"
498          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
499          property="<%="#"+at.getId()%>"
500          annotation="true"
501          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
502          enumeration="<%=annotationEnum%>"
503          sortable="false" 
504          filterable="true" 
505          exportable="true"
506          formatter="<%=formatter%>"
507          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
508        />
509        <%
510      }
511      %>
512      <tbl:columndef
513        id="permission"
514        title="Permission"
515      />
516      <tbl:columndef
517        id="sharedTo"
518        title="Shared to"
519        filterable="true"
520        filterproperty="!sharedTo.name"
521        datatype="string"
522      />
523      <tbl:toolbar
524        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
525        >
526        <tbl:button 
527          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
528          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
529          onclick="newItem()" 
530          title="New&hellip;" 
531          tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
532        />
533        <tbl:button 
534          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
535          image="<%=createPermission ? "new_pooled.gif" : "new_pooled_disabled.gif"%>" 
536          onclick="newPooledItem()" 
537          title="Pool&hellip;" 
538          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
539        />
540        <tbl:button 
541          image="delete.gif"
542          onclick="deleteItems()" 
543          title="Delete" 
544          tooltip="Delete the selected items" 
545        />
546        <tbl:button 
547          image="restore.gif"
548          onclick="restoreItems()" 
549          title="Restore" 
550          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
551        />
552        <tbl:button 
553          image="share.gif"
554          onclick="shareItems()" 
555          title="Share&hellip;" 
556          tooltip="Share the selected items"
557        />
558        <tbl:button 
559          image="take_ownership.png"
560          onclick="setOwner()" 
561          title="Set owner&hellip;"
562          tooltip="Change owner of the selected items"
563        />
564        <tbl:button 
565          image="columns.gif" 
566          onclick="configureColumns()" 
567          title="Columns&hellip;" 
568          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
569        />
570        <tbl:button
571          image="add.png"
572          onclick="newBioMaterialList()"
573          title="New biomaterial list&hellip;"
574          tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
575          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
576        />
577        <tbl:button 
578          image="place_on_plate.png" 
579          onclick="placeOnPlate()" 
580          title="Place on plate&hellip;" 
581          tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
582        />
583        <tbl:button 
584          image="import.gif" 
585          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
586          title="Import&hellip;" 
587          tooltip="Import data" 
588          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
589        />
590        <tbl:button 
591          image="export.gif" 
592          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
593          title="Export&hellip;" 
594          tooltip="Export data" 
595          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
596        />
597        <tbl:button 
598          image="runplugin.gif" 
599          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
600          title="Run plugin&hellip;" 
601          tooltip="Run a plugin" 
602          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
603        />
604        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
605          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
606      </tbl:toolbar>
607      <tbl:navigator
608        page="<%=cc.getPage()%>" 
609        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
610        totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
611        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
612      />
613      <tbl:data>
614        <tbl:columns>
615        <tbl:presetselector 
616          clazz="columnheader"
617          colspan="3"
618          onchange="presetOnChange()"
619        />
620        </tbl:columns>
621
622        <tr>
623          <tbl:header 
624            clazz="index"
625            >&nbsp;</tbl:header>
626          <tbl:header 
627            clazz="check" 
628            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
629            ><base:icon 
630              image="check_uncheck.gif" 
631              tooltip="Check/uncheck all" 
632              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
633            /></tbl:header>
634          <tbl:header 
635            clazz="check" 
636            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
637            >&nbsp;</tbl:header>
638          <tbl:header 
639            clazz="icons" 
640            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
641            >&nbsp;</tbl:header>
642          <tbl:propertyfilter />
643        </tr>
644         
645          <tbl:rows>
646          <%
647          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
648          int selectedItemId = cc.getId();
649          if (samples != null)
650          {           
651            while (samples.hasNext())
652            {
653              Sample item = samples.next();
654              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
655              int itemId = item.getId();
656              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
657              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
658              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
659              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
660              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
661              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
662              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
663                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
664              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
665              index++;
666              numListed++;
667              %>
668              <tbl:row>
669                <tbl:header 
670                  clazz="index"
671                  ><%=index%></tbl:header>
672                <tbl:header 
673                  clazz="check" 
674                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
675                  ><input 
676                    type="checkbox" 
677                    name="<%=itemId%>" 
678                    value="<%=itemId%>" 
679                    title="<%=name%>" 
680                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
681                  ></tbl:header>
682                <tbl:header 
683                  clazz="check" 
684                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
685                  ><input 
686                    type="radio" 
687                    name="item_id" 
688                    value="<%=itemId%>" 
689                    title="<%=name%>" 
690                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
691                  ></tbl:header>
692                <tbl:header 
693                  clazz="icons" 
694                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
695                  ><base:icon 
696                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
697                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
698                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
699                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
700                  /><base:icon 
701                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
702                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
703                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
704                    visible="<%=item.isShared()%>"
705                  />&nbsp;</tbl:header>
706                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
707                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
708                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
709                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
710                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
711                    item="<%=item%>" 
712                    property="itemSubtype"
713                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
714                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
715                  /></tbl:cell>
716                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
717                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
718                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
719                <tbl:cell column="pooled"><%=item.isPooled()%></tbl:cell>
720                <tbl:cell column="protocol"
721                  ><base:propertyvalue 
722                    item="<%=creationEvent%>" 
723                    property="protocol"
724                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
725                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
726                  /></tbl:cell>
727                <%               
728                BioWell well = null;
729                boolean readBioWell = true;
730                try
731                {
732                  well = item.getBioWell();
733                }
734                catch(PermissionDeniedException e)
735                {
736                  readBioWell = false;
737                }
738                if (!readBioWell)
739                {
740                  %>
741                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
742                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
743                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
744                  <%
745                }
746                else if (well == null)
747                {
748                  %>
749                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
750                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
751                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
752                  <%
753                 
754                }
755                else
756                {               
757                  %>
758                  <tbl:cell column="bioWellRow">
759                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
760                  </tbl:cell>
761                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
762                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
763                  </tbl:cell>
764                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
765                  <%
766                }
767                %>
768                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
769                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
770                <tbl:cell column="bioSource"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/></tbl:cell>
771                <tbl:cell column="parents">
772                  <%
773                  if (item.isPooled())
774                  {
775                    String separator = "";
776                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
777                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
778                    {
779                      out.write(separator);
780                      if (mode.hasPropertyLink())
781                      {
782                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
783                      }
784                      else
785                      {
786                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
787                      }
788                      separator = ", ";
789                    }
790                   
791                  }
792                  %>
793                </tbl:cell>
794                <tbl:cell column="children">
795                  <%
796                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
797                  String separator = "";
798                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
799                  {
800                    out.write(separator);
801                    if (mode.hasPropertyLink())
802                    {
803                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
804                    }
805                    else
806                    {
807                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
808                    }
809                    separator = ", ";
810                  }
811                  %>
812                </tbl:cell>
813                <tbl:cell column="extracts">
814                  <%
815                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
816                  try
817                  {
818                    String separator = "";
819                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
820                    {
821                      out.write(separator);
822                      if (mode.hasPropertyLink())
823                      {
824                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
825                      }
826                      else
827                      {
828                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
829                      }
830                      separator = ", ";
831                    }
832                  }
833                  catch (Throwable t)
834                  {
835                    %>
836                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
837                    <%
838                  }
839                  %>
840                  <base:icon
841                    image="add.png" 
842                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
843                    tooltip="Create new extract" 
844                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
845                  />
846                </tbl:cell>
847                <tbl:cell column="owner"
848                  ><base:propertyvalue 
849                    item="<%=item%>" 
850                    property="owner"
851                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
852                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
853                  /></tbl:cell>
854                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
855                <%
856                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
857                if (as != null)
858                {
859                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
860                  {
861                    if (as.hasAnnotation(at))
862                    {
863                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
864                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
865                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
866                      %>
867                      <tbl:cell 
868                        column="<%="at"+at.getId()%>"
869                        ><tbl:cellvalue 
870                          list="<%=a.getValues(null)%>"
871                          suffix="<%=suffix%>"
872                      /></tbl:cell>
873                      <%
874                    }
875                  }
876                }
877                %>
878                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
879                <tbl:cell column="sharedTo">
880                  <%
881                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
882                  while(sharees.hasNext())
883                  {
884                    Nameable n = sharees.next();
885                    if (mode.hasPropertyLink())
886                    {
887                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
888                    }
889                    else
890                    {
891                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
892                    }
893                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
894                  }
895                  %>
896                </tbl:cell>
897              </tbl:row>
898              <%
899              }
900            }
901          %>
902          </tbl:rows>
903      </tbl:data>
904      <%
905      if (numListed == 0)
906      {
907        %>
908        <tbl:panel><%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
909        <%
910      }
911      else
912      {
913        %>
914        <tbl:navigator
915          page="<%=cc.getPage()%>" 
916          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
917          totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
918          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
919          locked="true"
920        />
921        <%
922      }
923      %>
924    </tbl:table>
925    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
926      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
927      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
928      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
929    </base:buttongroup>
930    <br><br><br>
931  </base:body>
932  </base:page>
933  <%
934}
935finally
936{
937  if (samples != null) samples.close();
938  if (dc != null) dc.close();
939}
940%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.