source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 6028

Last change on this file since 6028 was 6028, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1674: Define extension points for adding columns to table listings

Started to implement this feature. Using the sample list and software list as a test bed right now. It should support most of the features that are currently possible to do with built-in columns except that exporting is not yet supported at all.

The PropertyPathActionFactory is a test implementation that makes it possible to add columns for almost anything that can be expressed as a property path (see Metadata class). We'll obviously need something more complex for further testing. Maybe something should be added to the example code...

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 30.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 6028 2012-03-26 13:42:47Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.Type"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="java.util.Iterator" 
77  import="java.util.List"
78  import="java.util.Map"
79  import="java.util.Date"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
87%>
88<%
89final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
90final String ID = sc.getId();
91final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
92final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
93
94final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
95final String callback = request.getParameter("callback");
96final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
97final DbControl dc = sc.newDbControl();
98ItemResultIterator<Sample> samples = null;
99ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
100try
101{
102  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
103  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
104 
105  // Child extracts
106  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
107  extractQuery.include(cc.getInclude());
108  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
109  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
110  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
111
112  // Child samples
113  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
114  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
115  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
116  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
117  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
118  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
119 
120  // Parent samples
121  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
122  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
123  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
124  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
125  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
126  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
127
128  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
129  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
130  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
131  try
132  {
133    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
134    samples = query.iterate(dc);
135  }
136  catch (Throwable t)
137  {
138    cc.setMessage(t.getMessage());
139    t.printStackTrace();
140  }
141  int numListed = 0;
142  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
143  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
144  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
145 
146  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
147  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
148  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
149  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
150  int maxRows = result.next().getRows();
151  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
152  {
153    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
154  }
155  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
156  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
157  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
158  %>
159  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
160  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css,toolbar.css,toolbar.css">
161    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
162    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
163    <script language="JavaScript">
164    var submitPage = 'index.jsp';
165    var formId = 'samples';
166    function newItem()
167    {
168      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
169    }
170    function newPooledItem()
171    {
172      Table.poolItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'NewPooledItem');
173    }
174    function editItem(itemId)
175    {
176      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
177    }
178    function viewItem(itemId)
179    {
180      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
181    }
182    function itemOnClick(evt, itemId)
183    {
184      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
185    }
186    function newSample(sampleId)
187    {
188      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SAMPLE', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
189    }
190    function newExtract(sampleId)
191    {
192      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id='+sampleId);
193    }
194    function deleteItems()
195    {
196      var frm = document.forms[formId];
197      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
198      {
199        alert('Please select at least one item in the list');
200        return;
201      }
202      frm.action = submitPage;
203      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
204      frm.submit();
205    }
206    function restoreItems()
207    {
208      var frm = document.forms[formId];
209      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
210      {
211        alert('Please select at least one item in the list');
212        return;
213      }
214      frm.action = submitPage;
215      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
216      frm.submit();
217    }
218    function deleteItemPermanently(itemId)
219    {
220      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
221    }
222    function setOwner()
223    {
224      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
225    }
226    function shareItem(itemId)
227    {
228      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareSamples', 600, 400);
229    }
230    function shareItems()
231    {
232      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
233    }
234    function configureColumns()
235    {
236      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
237    }
238    function runPlugin(cmd)
239    {
240      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
241    }
242    function returnSelected()
243    {
244      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
245      window.close();
246    }
247    function presetOnChange()
248    {
249      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
250    }
251    function newBioMaterialList()
252    {
253      var controller = Main.getController('BIOMATERIALLIST');
254      Table.submitToPopup(formId, 'CreateBioMaterialList', controller.width, controller.height);
255    }
256    function placeOnPlate()
257    {
258      Table.submitToPopup(formId, 'PlaceOnPlate', 900, 600);
259    }
260    </script>
261  </base:head>
262 
263  <base:body>
264    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
265    <div class="content">
266    <tbl:table 
267      id="samples" 
268      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
269      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
270      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
271      action="index.jsp"
272      sc="<%=sc%>"
273      item="<%=itemType%>"
274      subclass="fulltable"
275      >
276      <tbl:hidden 
277        name="mode" 
278        value="<%=mode.getName()%>" 
279      />
280      <tbl:hidden 
281        name="callback" 
282        value="<%=callback%>" 
283        skip="<%=callback == null%>" 
284      />
285      <tbl:columndef 
286        id="name"
287        property="name"
288        datatype="string"
289        title="Name"
290        sortable="true" 
291        filterable="true"
292        exportable="true"
293        show="always" 
294      />
295      <tbl:columndef 
296        id="itemSubtype"
297        property="itemSubtype"
298        sortproperty="itemSubtype.name"
299        exportproperty="itemSubtype.name:string"
300        datatype="int"
301        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
302        title="Type"
303        sortable="true" 
304        filterable="true"
305        exportable="true"
306      />
307      <tbl:columndef 
308        id="id"
309        clazz="uniquecol"
310        property="id"
311        datatype="int"
312        title="ID"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true" 
316      />
317      <tbl:columndef 
318        id="externalId"
319        property="externalId"
320        datatype="string"
321        title="External id"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />     
326      <tbl:columndef 
327        id="originalQuantity"
328        property="originalQuantity"
329        datatype="float"
330        title="Original quantity (µg)"
331        sortable="true" 
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334        unit="<%=microGram%>"
335      />
336      <tbl:columndef 
337        id="remainingQuantity"
338        property="remainingQuantity"
339        datatype="float"
340        title="Remaining quantity (µg)"
341        sortable="true" 
342        filterable="true"
343        exportable="true"
344        unit="<%=microGram%>"
345      />
346      <tbl:columndef 
347        id="protocol"
348        property="creationEvent.protocol"
349        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
350        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
351        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
352        datatype="string"
353        title="Protocol"
354        sortable="true" 
355        filterable="true"
356        exportable="true"
357      />
358      <tbl:columndef 
359        id="eventDate"
360        property="creationEvent.eventDate"
361        datatype="date"
362        title="Created"
363        sortable="true" 
364        filterable="true"
365        exportable="true"
366        formatter="<%=dateFormatter%>"
367      />
368      <tbl:columndef 
369        id="entryDate"
370        property="creationEvent.entryDate"
371        datatype="date"
372        title="Registered"
373        sortable="true" 
374        filterable="true"
375        exportable="true"
376        formatter="<%=dateFormatter%>"
377      />
378      <%
379      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
380      parentTypes.add("", "-none-");
381      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
382      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
383      %>
384      <tbl:columndef
385        id="parentType"
386        title="Parent type"
387        property="parentType"
388        enumeration="<%=parentTypes%>"
389        datatype="int"
390        filterable="true"
391        exportable="true"
392        sortable="true"
393      />
394      <tbl:columndef
395        id="parents"
396        title="Parent items"
397        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
398        sortproperty="parent.name"
399        datatype="string"
400        filterable="true"
401        exportable="true"
402        sortable="true"
403      />
404      <tbl:columndef
405        id="children"
406        title="Child samples"
407        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
408        datatype="string"
409        filterable="true"
410        exportable="true"
411      />
412      <tbl:columndef
413        id="extracts"
414        title="Extracts"
415        property="&children(name)"
416        datatype="string"
417        filterable="true"
418        exportable="true"
419      />
420      <tbl:columndef 
421        id="bioPlate"
422        property="bioWell.bioPlate.name"
423        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
424        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
425        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
426        datatype="string"
427        title="Bioplate"
428        sortable="true" 
429        filterable="true"
430        exportable="true"
431      />
432      <tbl:columndef 
433        id="bioWellRow"
434        property="bioWell.row"
435        sortproperty="bioWell.row"
436        datatype="int"
437        title="Biowell row" 
438        filterable="true"
439        enumeration="<%=wellRows%>"
440        exportable="true"
441        sortable="true"
442        formatter="<%=rowFormatter%>"
443      />
444      <tbl:columndef 
445        id="bioWellColumn"
446        property="bioWell.column"
447        sortproperty="bioWell.column"
448        datatype="int"
449        title="Biowell column"   
450        filterable="true"
451        exportable="true"
452        sortable="true"
453        formatter="<%=columnFormatter%>"
454      />     
455      <tbl:columndef 
456        id="owner"
457        property="owner.name"
458        datatype="string"
459        title="Owner"
460        sortable="true" 
461        filterable="true"
462        exportable="true"
463      />
464      <tbl:columndef 
465        id="description"
466        property="description"
467        datatype="string"
468        title="Description" 
469        sortable="true" 
470        filterable="true" 
471        exportable="true"
472      />     
473      <tbl:columndef
474        id="bioMaterialList"
475        property="@bioMaterialLists"
476        datatype="int"
477        title="Biomaterial list"
478        filterable="true"
479        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
480        multiple="false"
481      />
482      <%
483      for (AnnotationType at : annotationTypes)
484      {
485        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
486        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
487        if (at.isEnumeration())
488        {
489          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
490          List<?> values = at.getValues();
491          for (Object value : values)
492          {
493            String encoded = formatter.format(value);
494            annotationEnum.add(encoded, encoded);
495          }
496        }
497        %>
498        <tbl:columndef 
499          id="<%="at"+at.getId()%>"
500          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
501          property="<%="#"+at.getId()%>"
502          annotation="true"
503          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
504          enumeration="<%=annotationEnum%>"
505          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
506          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
507          filterable="true" 
508          exportable="true"
509          formatter="<%=formatter%>"
510          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
511        />
512        <%
513      }
514      %>
515      <tbl:columndef
516        id="permission"
517        title="Permission"
518      />
519      <tbl:columndef
520        id="sharedTo"
521        title="Shared to"
522        filterable="true"
523        filterproperty="!sharedTo.name"
524        datatype="string"
525      />
526      <tbl:columndef 
527        id="xt-columns" 
528        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
529        jspcontext="<%=jspContext%>" 
530      />
531     
532      <div class="panelgroup bottomborder">
533        <tbl:toolbar
534          subclass="bottomborder"
535          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
536          >
537          <tbl:button 
538            disabled="<%=!createPermission%>" 
539            image="new.png" 
540            onclick="newItem()" 
541            title="New&hellip;" 
542            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
543          />
544          <tbl:button 
545            disabled="<%=!createPermission%>" 
546            image="new_pooled.png" 
547            onclick="newPooledItem()" 
548            title="Pool&hellip;" 
549            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
550          />
551          <tbl:button 
552            image="delete.png"
553            onclick="deleteItems()" 
554            title="Delete" 
555            tooltip="Delete the selected items" 
556          />
557          <tbl:button 
558            image="restore.png"
559            onclick="restoreItems()" 
560            title="Restore" 
561            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
562          />
563          <tbl:button 
564            image="share.png"
565            onclick="shareItems()" 
566            title="Share&hellip;" 
567            tooltip="Share the selected items"
568          />
569          <tbl:button 
570            image="take_ownership.png"
571            onclick="setOwner()" 
572            title="Set owner&hellip;"
573            tooltip="Change owner of the selected items"
574          />
575          <tbl:button 
576            image="columns.png" 
577            onclick="configureColumns()" 
578            title="Columns&hellip;" 
579            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
580          />
581          <tbl:button
582            image="add.png"
583            onclick="newBioMaterialList()"
584            title="New biomaterial list&hellip;"
585            tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
586            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
587          />
588          <tbl:button 
589            image="place_on_plate.png" 
590            onclick="placeOnPlate()" 
591            title="Place on plate&hellip;" 
592            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
593          />
594          <tbl:button 
595            image="import.png" 
596            onclick="runPlugin('ImportItems')" 
597            title="Import&hellip;" 
598            tooltip="Import data" 
599            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
600          />
601          <tbl:button 
602            image="export.png" 
603            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
604            title="Export&hellip;" 
605            tooltip="Export data" 
606            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
607          />
608          <tbl:button 
609            image="runplugin.png" 
610            onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
611            title="Run plugin&hellip;" 
612            tooltip="Run a plugin" 
613            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
614          />
615          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
616            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
617        </tbl:toolbar>
618        <tbl:panel>
619          <tbl:presetselector 
620            onchange="presetOnChange()"
621          />
622          <tbl:navigator
623            page="<%=cc.getPage()%>" 
624            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
625            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
626            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
627          />
628        </tbl:panel>
629      </div>
630      <tbl:data>
631        <tbl:headers>
632          <tbl:headerrow>
633            <tbl:header colspan="3" />
634            <tbl:columnheaders />
635          </tbl:headerrow>
636          <tbl:headerrow>
637            <tbl:header subclass="index" />
638            <tbl:header 
639              subclass="check" 
640              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
641              ><base:icon 
642                image="check_uncheck.png" 
643                tooltip="Check/uncheck all" 
644                onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" 
645              /></tbl:header>
646            <tbl:header 
647              subclass="check" 
648              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
649              />
650            <tbl:header 
651              subclass="icons" 
652              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
653              />
654            <tbl:propertyfilter />
655          </tbl:headerrow>
656        </tbl:headers>
657        <tbl:rows>
658          <%
659          if (cc.getMessage() != null)
660          {
661            %>
662            <tbl:panel clazz="messagepanel">
663              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
664            </tbl:panel>
665            <%
666            cc.setMessage(null);
667          }
668         
669          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
670          int selectedItemId = cc.getId();
671          if (samples != null)
672          {           
673            while (samples.hasNext())
674            {
675              Sample item = samples.next();
676              Item parentType = item.getParentType();
677              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
678              int itemId = item.getId();
679              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
680              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
681              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
682              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
683              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
684              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
685              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
686                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
687              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
688              index++;
689              numListed++;
690              %>
691              <tbl:row>
692                <tbl:header 
693                  clazz="index"
694                  ><%=index%></tbl:header>
695                <tbl:header 
696                  clazz="check" 
697                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
698                  ><input 
699                    type="checkbox" 
700                    name="<%=itemId%>" 
701                    value="<%=itemId%>" 
702                    title="<%=name%>" 
703                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
704                  ></tbl:header>
705                <tbl:header 
706                  clazz="check" 
707                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
708                  ><input 
709                    type="radio" 
710                    name="item_id" 
711                    value="<%=itemId%>" 
712                    title="<%=name%>" 
713                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
714                  ></tbl:header>
715                <tbl:header 
716                  clazz="icons" 
717                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
718                  ><base:icon 
719                    image="deleted.png"
720                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
721                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
722                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
723                  /><base:icon 
724                    image="shared.png" 
725                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
726                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
727                    visible="<%=item.isShared()%>"
728                  />&nbsp;</tbl:header>
729                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
730                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
731                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
732                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
733                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
734                    item="<%=item%>" 
735                    property="itemSubtype"
736                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
737                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
738                  /></tbl:cell>
739                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
740                <tbl:cell column="originalQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="remainingQuantity"><%=Values.formatNumber(item.getRemainingQuantity(), 2)%></tbl:cell>
742                <tbl:cell column="protocol"
743                  ><base:propertyvalue 
744                    item="<%=creationEvent%>" 
745                    property="protocol"
746                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
747                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
748                  /></tbl:cell>
749                <%               
750                BioWell well = null;
751                boolean readBioWell = true;
752                try
753                {
754                  well = item.getBioWell();
755                }
756                catch(PermissionDeniedException e)
757                {
758                  readBioWell = false;
759                }
760                if (!readBioWell)
761                {
762                  %>
763                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
764                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
765                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
766                  <%
767                }
768                else if (well == null)
769                {
770                  %>
771                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
772                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
773                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
774                  <%
775                 
776                }
777                else
778                {               
779                  %>
780                  <tbl:cell column="bioWellRow">
781                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
782                  </tbl:cell>
783                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
784                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
785                  </tbl:cell>
786                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
787                  <%
788                }
789                %>
790                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
791                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
792                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
793                <tbl:cell column="parents">
794                  <%
795                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
796                  {
797                    Float usedQuantity = null;
798                    if (parentType == Item.SAMPLE)
799                    {
800                      try
801                      {
802                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
803                      }
804                      catch (PermissionDeniedException ex)
805                      {}
806                    }
807                    %>
808                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
809                    <%=usedQuantity != null ? "(" + usedQuantity + "µg)" : ""%>
810                    <%
811                  }
812                  else
813                  {
814                    String separator = "";
815                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
816                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
817                    {
818                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
819                      out.write(separator);
820                      if (mode.hasPropertyLink())
821                      {
822                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
823                      }
824                      else
825                      {
826                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
827                      }
828                      if (usedQuantity != null)
829                      {
830                        out.write(" (" + usedQuantity + "µg)");
831                      }
832                      separator = ", ";
833                    }
834                  }
835                  %>
836                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
837                </tbl:cell>
838                <tbl:cell column="children">
839                  <%
840                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
841                  String separator = "";
842                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
843                  {
844                    out.write(separator);
845                    if (mode.hasPropertyLink())
846                    {
847                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
848                    }
849                    else
850                    {
851                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
852                    }
853                    separator = ", ";
854                  }
855                  %>
856                  <base:icon
857                    image="add.png" 
858                    onclick="<%="newSample("+itemId+")"%>" 
859                    tooltip="Create new child sample" 
860                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
861                  />
862                </tbl:cell>
863                <tbl:cell column="extracts">
864                  <%
865                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
866                  try
867                  {
868                    String separator = "";
869                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
870                    {
871                      out.write(separator);
872                      if (mode.hasPropertyLink())
873                      {
874                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
875                      }
876                      else
877                      {
878                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
879                      }
880                      separator = ", ";
881                    }
882                  }
883                  catch (Throwable t)
884                  {
885                    %>
886                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
887                    <%
888                  }
889                  %>
890                  <base:icon
891                    image="add.png" 
892                    onclick="<%="newExtract("+itemId+")"%>" 
893                    tooltip="Create new extract" 
894                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
895                  />
896                </tbl:cell>
897                <tbl:cell column="owner"
898                  ><base:propertyvalue 
899                    item="<%=item%>" 
900                    property="owner"
901                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
902                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
903                  /></tbl:cell>
904                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
905                <%
906                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
907                if (as != null)
908                {
909                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
910                  {
911                    if (as.hasAnnotation(at))
912                    {
913                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
914                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
915                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
916                      %>
917                      <tbl:cell 
918                        column="<%="at"+at.getId()%>"
919                        ><tbl:cellvalue 
920                          list="<%=a.getValues(null)%>"
921                          suffix="<%=suffix%>"
922                      /></tbl:cell>
923                      <%
924                    }
925                  }
926                }
927                %>
928                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
929                <tbl:cell column="sharedTo">
930                  <%
931                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
932                  while(sharees.hasNext())
933                  {
934                    Nameable n = sharees.next();
935                    if (mode.hasPropertyLink())
936                    {
937                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
938                    }
939                    else
940                    {
941                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
942                    }
943                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
944                  }
945                  %>
946                </tbl:cell>
947                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
948                  <tbl:cell column="xt-columns" />
949                </tbl:xt-cells>
950              </tbl:row>
951              <%
952              }
953            }
954            if (numListed == 0)
955            {
956              %>
957              <tbl:panel clazz="messagepanel">
958                <div class="messagecontainer note">
959                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
960                </div>
961              </tbl:panel>
962              <%
963            }
964            %>
965          </tbl:rows>
966      </tbl:data>
967    </tbl:table>
968    </div>
969
970    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
971      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
972      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
973      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
974    </base:buttongroup>
975  </base:body>
976  </base:page>
977  <%
978}
979finally
980{
981  if (samples != null) samples.close();
982  if (dc != null) dc.close();
983}
984%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.