source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 6497

Last change on this file since 6497 was 6497, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

Merge changes between 3.3-beta-1 and 3.3-beta-2 to trunk.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 28.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 6497 2014-06-26 06:48:25Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.Type"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="java.util.Iterator" 
77  import="java.util.List"
78  import="java.util.Map"
79  import="java.util.Date"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
87%>
88<%
89final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
90final String ID = sc.getId();
91final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
92final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
93
94final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
95final String callback = request.getParameter("callback");
96final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
97final DbControl dc = sc.newDbControl();
98ItemResultIterator<Sample> samples = null;
99ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
100try
101{
102  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
103  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
104 
105  // Child extracts
106  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
107  extractQuery.include(cc.getInclude());
108  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
109  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
110  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
111
112  // Child samples
113  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
114  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
115  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
116  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
117  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
118  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
119 
120  // Parent samples
121  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
122  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
123  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
124  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
125  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
126  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
127
128  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
129  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
130  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
131  try
132  {
133    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
134    samples = query.iterate(dc);
135  }
136  catch (Throwable t)
137  {
138    cc.setMessage(t.getMessage());
139    t.printStackTrace();
140  }
141  int numListed = 0;
142  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
143  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
144  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
145  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
146 
147  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
148  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
149  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
150  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
151  int maxRows = result.next().getRows();
152  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
153  {
154    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
155  }
156 
157  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
158  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
159  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
160  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
161  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
162  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
163  {
164    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
165  }
166
167  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
168  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
169  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
170  %>
171  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
172  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
173    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
174    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
175  </base:head>
176 
177  <base:body>
178    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
179    <div class="content">
180    <tbl:table 
181      id="samples" 
182      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
183      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
184      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
185      action="index.jsp"
186      sc="<%=sc%>"
187      item="<%=itemType%>"
188      subclass="fulltable"
189      >
190      <tbl:hidden 
191        name="mode" 
192        value="<%=mode.getName()%>" 
193      />
194      <tbl:hidden 
195        name="callback" 
196        value="<%=callback%>" 
197        skip="<%=callback == null%>" 
198      />
199      <tbl:columndef 
200        id="name"
201        property="name"
202        datatype="string"
203        title="Name"
204        sortable="true" 
205        filterable="true"
206        exportable="true"
207        show="always" 
208      />
209      <tbl:columndef 
210        id="itemSubtype"
211        property="itemSubtype"
212        sortproperty="itemSubtype.name"
213        exportproperty="itemSubtype.name:string"
214        datatype="int"
215        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
216        title="Type"
217        sortable="true" 
218        filterable="true"
219        exportable="true"
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="id"
223        clazz="uniquecol"
224        property="id"
225        datatype="int"
226        title="ID"
227        sortable="true" 
228        filterable="true"
229        exportable="true" 
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="externalId"
233        property="externalId"
234        datatype="string"
235        title="External id"
236        sortable="true" 
237        filterable="true"
238        exportable="true"
239      />     
240      <tbl:columndef 
241        id="originalQuantity"
242        property="originalQuantity"
243        datatype="float"
244        title="Original quantity (µg)"
245        sortable="true" 
246        filterable="true"
247        exportable="true"
248        unit="<%=microGram%>"
249        formatter="<%=numericFormatter%>"
250      />
251      <tbl:columndef 
252        id="remainingQuantity"
253        property="remainingQuantity"
254        datatype="float"
255        title="Remaining quantity (µg)"
256        sortable="true" 
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259        unit="<%=microGram%>"
260        formatter="<%=numericFormatter%>"
261      />
262      <tbl:columndef 
263        id="protocol"
264        property="creationEvent.protocol"
265        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
266        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
267        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
268        datatype="string"
269        title="Protocol"
270        sortable="true" 
271        filterable="true"
272        exportable="true"
273      />
274      <tbl:columndef 
275        id="eventDate"
276        property="creationEvent.eventDate"
277        datatype="date"
278        title="Created"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282        formatter="<%=dateFormatter%>"
283      />
284      <tbl:columndef 
285        id="entryDate"
286        property="creationEvent.entryDate"
287        datatype="date"
288        title="Registered"
289        sortable="true" 
290        filterable="true"
291        exportable="true"
292        formatter="<%=dateFormatter%>"
293      />
294      <%
295      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
296      parentTypes.add("", "-none-");
297      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
298      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
299      %>
300      <tbl:columndef
301        id="parentType"
302        title="Parent type"
303        property="parentType"
304        enumeration="<%=parentTypes%>"
305        datatype="int"
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        sortable="true"
309      />
310      <tbl:columndef
311        id="parents"
312        title="Parent items"
313        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
314        sortproperty="parent.name"
315        datatype="string"
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        sortable="true"
319      />
320      <tbl:columndef
321        id="children"
322        title="Child samples"
323        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
324        datatype="string"
325        filterable="true"
326        exportable="true"
327      />
328      <tbl:columndef
329        id="extracts"
330        title="Extracts"
331        property="&children(name)"
332        datatype="string"
333        filterable="true"
334        exportable="true"
335      />
336      <tbl:columndef 
337        id="bioPlate"
338        property="bioWell.bioPlate.name"
339        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
340        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
341        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
342        datatype="string"
343        title="Bioplate"
344        sortable="true" 
345        filterable="true"
346        exportable="true"
347      />
348      <tbl:columndef 
349        id="bioWellRow"
350        property="bioWell.row"
351        sortproperty="bioWell.row"
352        datatype="int"
353        title="Biowell row" 
354        filterable="true"
355        enumeration="<%=wellRows%>"
356        exportable="true"
357        sortable="true"
358        formatter="<%=rowFormatter%>"
359      />
360      <tbl:columndef 
361        id="bioWellColumn"
362        property="bioWell.column"
363        sortproperty="bioWell.column"
364        datatype="int"
365        title="Biowell column"   
366        filterable="true"
367        enumeration="<%=wellColumns%>"
368        exportable="true"
369        sortable="true"
370        formatter="<%=columnFormatter%>"
371      />     
372      <tbl:columndef 
373        id="owner"
374        property="owner.name"
375        datatype="string"
376        title="Owner"
377        sortable="true" 
378        filterable="true"
379        exportable="true"
380      />
381      <tbl:columndef 
382        id="description"
383        property="description"
384        datatype="string"
385        title="Description" 
386        sortable="true" 
387        filterable="true" 
388        exportable="true"
389      />     
390      <tbl:columndef
391        id="bioMaterialList"
392        property="@bioMaterialLists"
393        datatype="int"
394        title="Biomaterial list"
395        filterable="true"
396        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
397        multiple="false"
398      />
399      <%
400      for (AnnotationType at : annotationTypes)
401      {
402        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
403        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
404        if (at.isEnumeration())
405        {
406          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
407          List<?> values = at.getValues();
408          for (Object value : values)
409          {
410            String encoded = formatter.format(value);
411            annotationEnum.add(encoded, encoded);
412          }
413        }
414        %>
415        <tbl:columndef 
416          id="<%="at"+at.getId()%>"
417          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
418          property="<%="#"+at.getId()%>"
419          annotation="true"
420          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
421          enumeration="<%=annotationEnum%>"
422          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
423          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
424          filterable="true" 
425          exportable="true"
426          formatter="<%=formatter%>"
427          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
428        />
429        <%
430      }
431      %>
432      <tbl:columndef
433        id="permission"
434        title="Permission"
435      />
436      <tbl:columndef
437        id="sharedTo"
438        title="Shared to"
439        filterable="true"
440        filterproperty="!sharedTo.name"
441        datatype="string"
442      />
443      <tbl:columndef 
444        id="xt-columns" 
445        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
446        jspcontext="<%=jspContext%>" 
447      />
448     
449      <div class="panelgroup bottomborder">
450        <tbl:toolbar
451          subclass="bottomborder"
452          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
453          >
454          <tbl:button 
455            id="btnNewItem"
456            disabled="<%=!createPermission%>" 
457            image="new.png" 
458            title="New&hellip;" 
459            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
460          />
461          <tbl:button 
462            id="btnNewPooledItem"
463            disabled="<%=!createPermission%>" 
464            image="new_pooled.png" 
465            title="Pool&hellip;" 
466            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
467          />
468          <tbl:button 
469            id="btnDeleteItems"
470            image="delete.png"
471            title="Delete" 
472            tooltip="Delete the selected items" 
473          />
474          <tbl:button 
475            id="btnRestoreItems"
476            image="restore.png"
477            title="Restore" 
478            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
479          />
480          <tbl:button 
481            id="btnShareItems"
482            image="share.png"
483            title="Share&hellip;" 
484            tooltip="Share the selected items"
485          />
486          <tbl:button 
487            id="btnSetOwner"
488            image="take_ownership.png"
489            title="Set owner&hellip;"
490            tooltip="Change owner of the selected items"
491          />
492          <tbl:button 
493            id="btnColumns"
494            image="columns.png" 
495            title="Columns&hellip;" 
496            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
497          />
498          <tbl:button
499            id="btnNewBioMaterialList"
500            image="add.png"
501            title="New biomaterial list&hellip;"
502            tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
503            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
504          />
505          <tbl:button 
506            id="btnPlaceOnPlate"
507            image="place_on_plate.png" 
508            title="Place on plate&hellip;" 
509            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
510          />
511          <tbl:button 
512            id="btnImport"
513            data-plugin-type="IMPORT"
514            image="import.png" 
515            title="Import&hellip;" 
516            tooltip="Import data" 
517            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
518          />
519          <tbl:button 
520            id="btnExport"
521            data-plugin-type="EXPORT"
522            image="export.png" 
523            title="Export&hellip;" 
524            tooltip="Export data" 
525            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
526          />
527          <tbl:button 
528            id="btnRunPlugin"
529            data-plugin-type="OTHER"
530            image="runplugin.png" 
531            title="Run plugin&hellip;" 
532            tooltip="Run a plugin" 
533            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
534          />
535          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
536            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
537        </tbl:toolbar>
538        <tbl:panel>
539          <tbl:presetselector />
540          <tbl:navigator
541            page="<%=cc.getPage()%>" 
542            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
543            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
544            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
545          />
546        </tbl:panel>
547      </div>
548      <tbl:data>
549        <tbl:headers>
550          <tbl:headerrow>
551            <tbl:header colspan="3" />
552            <tbl:columnheaders />
553          </tbl:headerrow>
554          <tbl:headerrow>
555            <tbl:header subclass="index" />
556            <tbl:header 
557              subclass="check" 
558              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
559              ><base:icon 
560                id="check.uncheck"
561                image="check_uncheck.png" 
562                tooltip="Check/uncheck all"
563              /></tbl:header>
564            <tbl:header 
565              subclass="check" 
566              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
567              />
568            <tbl:header 
569              subclass="icons" 
570              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
571              />
572            <tbl:propertyfilter />
573          </tbl:headerrow>
574        </tbl:headers>
575        <tbl:rows>
576          <%
577          if (cc.getMessage() != null)
578          {
579            %>
580            <tbl:panel clazz="messagepanel">
581              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
582            </tbl:panel>
583            <%
584            cc.setMessage(null);
585          }
586         
587          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
588          int selectedItemId = cc.getId();
589          if (samples != null)
590          {           
591            while (samples.hasNext())
592            {
593              Sample item = samples.next();
594              Item parentType = item.getParentType();
595              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
596              int itemId = item.getId();
597              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
598             
599             
600              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
601              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
602              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
603              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
604                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
605              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
606              index++;
607              numListed++;
608              %>
609              <tbl:row>
610                <tbl:header 
611                  clazz="index"
612                  ><%=index%></tbl:header>
613                <tbl:header 
614                  clazz="check" 
615                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
616                  ><input 
617                    type="checkbox" 
618                    name="<%=itemId%>" 
619                    value="<%=itemId%>" 
620                    title="<%=name%>" 
621                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
622                  ></tbl:header>
623                <tbl:header 
624                  clazz="check" 
625                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
626                  ><input 
627                    type="radio" 
628                    name="item_id" 
629                    value="<%=itemId%>" 
630                    title="<%=name%>" 
631                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
632                  ></tbl:header>
633                <tbl:header 
634                  clazz="icons" 
635                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
636                  ><base:icon 
637                    image="deleted.png"
638                    id="<%="delete."+itemId %>"
639                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
640                    data-item-id="<%=itemId%>"
641                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
642                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
643                  /><base:icon 
644                    image="shared.png" 
645                    id="<%="share."+itemId %>"
646                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
647                    data-item-id="<%=itemId%>"
648                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
649                    visible="<%=item.isShared()%>"
650                  />&nbsp;</tbl:header>
651                <tbl:cell column="name"><div 
652                  class="link table-item"
653                  data-item-id="<%=itemId%>"
654                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
655                  tabindex="0"
656                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
657                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
658                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
659                    item="<%=item%>" 
660                    property="itemSubtype"
661                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
662                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
663                  /></tbl:cell>
664                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
665                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
666                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
667                <tbl:cell column="protocol"
668                  ><base:propertyvalue 
669                    item="<%=creationEvent%>" 
670                    property="protocol"
671                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
672                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
673                  /></tbl:cell>
674                <%               
675                BioWell well = null;
676                boolean readBioWell = true;
677                try
678                {
679                  well = item.getBioWell();
680                }
681                catch(PermissionDeniedException e)
682                {
683                  readBioWell = false;
684                }
685                if (!readBioWell)
686                {
687                  %>
688                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
689                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
690                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
691                  <%
692                }
693                else if (well == null)
694                {
695                  %>
696                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
697                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
698                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
699                  <%
700                 
701                }
702                else
703                {               
704                  %>
705                  <tbl:cell column="bioWellRow">
706                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
707                  </tbl:cell>
708                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
709                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
710                  </tbl:cell>
711                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
712                  <%
713                }
714                %>
715                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
716                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
717                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
718                <tbl:cell column="parents">
719                  <%
720                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
721                  {
722                    Float usedQuantity = null;
723                    if (parentType == Item.SAMPLE)
724                    {
725                      try
726                      {
727                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
728                      }
729                      catch (PermissionDeniedException ex)
730                      {}
731                    }
732                    %>
733                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
734                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
735                    <%
736                  }
737                  else
738                  {
739                    String separator = "";
740                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
741                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
742                    {
743                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
744                      out.write(separator);
745                      if (mode.hasPropertyLink())
746                      {
747                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
748                      }
749                      else
750                      {
751                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
752                      }
753                      if (usedQuantity != null)
754                      {
755                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
756                      }
757                      separator = ", ";
758                    }
759                  }
760                  %>
761                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
762                </tbl:cell>
763                <tbl:cell column="children">
764                  <%
765                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
766                  String separator = "";
767                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
768                  {
769                    out.write(separator);
770                    if (mode.hasPropertyLink())
771                    {
772                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
773                    }
774                    else
775                    {
776                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
777                    }
778                    separator = ", ";
779                  }
780                  %>
781                  <base:icon
782                    id="<%="newsample."+itemId%>"
783                    image="add.png" 
784                    subclass="auto-init"
785                    data-auto-init="new-sample"
786                    data-item-id="<%=itemId %>"
787                    tooltip="Create new child sample" 
788                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
789                  />
790                </tbl:cell>
791                <tbl:cell column="extracts">
792                  <%
793                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
794                  try
795                  {
796                    String separator = "";
797                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
798                    {
799                      out.write(separator);
800                      if (mode.hasPropertyLink())
801                      {
802                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
803                      }
804                      else
805                      {
806                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
807                      }
808                      separator = ", ";
809                    }
810                  }
811                  catch (Throwable t)
812                  {
813                    %>
814                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
815                    <%
816                  }
817                  %>
818                  <base:icon
819                    id="<%="newsample."+itemId%>"
820                    image="add.png" 
821                    subclass="auto-init"
822                    data-auto-init="new-extract"
823                    data-item-id="<%=itemId %>"
824                    tooltip="Create new extract" 
825                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
826                  />
827                </tbl:cell>
828                <tbl:cell column="owner"
829                  ><base:propertyvalue 
830                    item="<%=item%>" 
831                    property="owner"
832                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
833                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
834                  /></tbl:cell>
835                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
836                <%
837                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
838                if (as != null)
839                {
840                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
841                  {
842                    if (as.hasAnnotation(at))
843                    {
844                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
845                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
846                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
847                      %>
848                      <tbl:cell 
849                        column="<%="at"+at.getId()%>"
850                        ><tbl:cellvalue 
851                          list="<%=a.getValues(null)%>"
852                          suffix="<%=suffix%>"
853                      /></tbl:cell>
854                      <%
855                    }
856                  }
857                }
858                %>
859                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
860                <tbl:cell column="sharedTo">
861                  <%
862                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
863                  while(sharees.hasNext())
864                  {
865                    Nameable n = sharees.next();
866                    if (mode.hasPropertyLink())
867                    {
868                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
869                    }
870                    else
871                    {
872                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
873                    }
874                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
875                  }
876                  %>
877                </tbl:cell>
878                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
879                  <tbl:cell column="xt-columns" />
880                </tbl:xt-cells>
881              </tbl:row>
882              <%
883              }
884            }
885            if (numListed == 0)
886            {
887              %>
888              <tbl:panel clazz="messagepanel">
889                <div class="messagecontainer note">
890                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
891                </div>
892              </tbl:panel>
893              <%
894            }
895            %>
896          </tbl:rows>
897      </tbl:data>
898    </tbl:table>
899    </div>
900
901    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
902      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
903      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
904      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
905    </base:buttongroup>
906  </base:body>
907  </base:page>
908  <%
909}
910finally
911{
912  if (samples != null) samples.close();
913  if (dc != null) dc.close();
914}
915%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.