source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 6690

Last change on this file since 6690 was 6690, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

References #1906: Display inherited annotations in list views

Implemented this for samples, extracts physical bioassays, derived bioassays and array (slide/batch/desing) list views
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 6690 2015-01-21 12:25:49Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
63  import="net.sf.basedb.core.Type"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
66  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
80  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
81  import="java.util.Iterator" 
82  import="java.util.List"
83  import="java.util.Map"
84  import="java.util.Date"
85  import="java.util.ArrayList"
86%>
87<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
88<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
89<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
90<%!
91  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
92  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
93%>
94<%
95final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
96final String ID = sc.getId();
97final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
98final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
99
100final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
101final String callback = request.getParameter("callback");
102final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
103final DbControl dc = sc.newDbControl();
104ItemResultIterator<Sample> samples = null;
105List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
106try
107{
108  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
109  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
110 
111  // Child extracts
112  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
113  extractQuery.include(cc.getInclude());
114  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
115  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
116  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
117
118  // Child samples
119  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
120  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
121  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
122  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
123  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
124  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
125 
126  // Parent samples
127  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
128  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
129  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
130  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
131  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
132  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
133
134  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
135  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
136  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
137  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
138  {
139    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
140  }
141  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
142  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
143  {
144    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
145  }
146  try
147  {
148    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
149    samples = query.iterate(dc);
150  }
151  catch (Throwable t)
152  {
153    cc.setMessage(t.getMessage());
154    t.printStackTrace();
155  }
156  int numListed = 0;
157  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
158  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
159  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
160  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
161 
162  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
163  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
164  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
165  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
166  int maxRows = result.next().getRows();
167  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
168  {
169    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
170  }
171 
172  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
173  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
174  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
175  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
176  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
177  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
178  {
179    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
180  }
181
182  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
183  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
184  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
185  %>
186  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
187  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
188    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
189    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
190  </base:head>
191 
192  <base:body>
193    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
194    <div class="content">
195    <tbl:table 
196      id="samples" 
197      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
198      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
199      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
200      action="index.jsp"
201      sc="<%=sc%>"
202      item="<%=itemType%>"
203      subclass="fulltable"
204      data-inherited-annotations="true"
205      >
206      <tbl:hidden 
207        name="mode" 
208        value="<%=mode.getName()%>" 
209      />
210      <tbl:hidden 
211        name="callback" 
212        value="<%=callback%>" 
213        skip="<%=callback == null%>" 
214      />
215      <tbl:columndef 
216        id="name"
217        property="name"
218        datatype="string"
219        title="Name"
220        sortable="true" 
221        filterable="true"
222        exportable="true"
223        show="always" 
224      />
225      <tbl:columndef 
226        id="itemSubtype"
227        property="itemSubtype"
228        sortproperty="itemSubtype.name"
229        exportproperty="itemSubtype.name:string"
230        datatype="int"
231        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
232        title="Type"
233        sortable="true" 
234        filterable="true"
235        exportable="true"
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="id"
239        clazz="uniquecol"
240        property="id"
241        datatype="int"
242        title="ID"
243        sortable="true" 
244        filterable="true"
245        exportable="true" 
246      />
247      <tbl:columndef 
248        id="externalId"
249        property="externalId"
250        datatype="string"
251        title="External id"
252        sortable="true" 
253        filterable="true"
254        exportable="true"
255      />     
256      <tbl:columndef 
257        id="originalQuantity"
258        property="originalQuantity"
259        datatype="float"
260        title="Original quantity (µg)"
261        sortable="true" 
262        filterable="true"
263        exportable="true"
264        unit="<%=microGram%>"
265        formatter="<%=numericFormatter%>"
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="remainingQuantity"
269        property="remainingQuantity"
270        datatype="float"
271        title="Remaining quantity (µg)"
272        sortable="true" 
273        filterable="true"
274        exportable="true"
275        unit="<%=microGram%>"
276        formatter="<%=numericFormatter%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="protocol"
280        property="creationEvent.protocol"
281        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
282        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
283        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
284        datatype="string"
285        title="Protocol"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="eventDate"
292        property="creationEvent.eventDate"
293        datatype="date"
294        title="Created"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298        formatter="<%=dateFormatter%>"
299      />
300      <tbl:columndef 
301        id="entryDate"
302        property="creationEvent.entryDate"
303        datatype="date"
304        title="Registered"
305        sortable="true" 
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308        formatter="<%=dateFormatter%>"
309      />
310      <%
311      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
312      parentTypes.add("", "-none-");
313      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
314      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
315      %>
316      <tbl:columndef
317        id="parentType"
318        title="Parent type"
319        property="parentType"
320        enumeration="<%=parentTypes%>"
321        datatype="int"
322        filterable="true"
323        exportable="true"
324        sortable="true"
325      />
326      <tbl:columndef
327        id="parents"
328        title="Parent items"
329        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
330        sortproperty="parent.name"
331        datatype="string"
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334        sortable="true"
335      />
336      <tbl:columndef
337        id="children"
338        title="Child samples"
339        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
340        datatype="string"
341        filterable="true"
342        exportable="true"
343      />
344      <tbl:columndef
345        id="extracts"
346        title="Extracts"
347        property="&children(name)"
348        datatype="string"
349        filterable="true"
350        exportable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="bioPlate"
354        property="bioWell.bioPlate.name"
355        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
356        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
357        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
358        datatype="string"
359        title="Bioplate"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363      />
364      <tbl:columndef 
365        id="bioWellRow"
366        property="bioWell.row"
367        sortproperty="bioWell.row"
368        datatype="int"
369        title="Biowell row" 
370        filterable="true"
371        enumeration="<%=wellRows%>"
372        exportable="true"
373        sortable="true"
374        formatter="<%=rowFormatter%>"
375      />
376      <tbl:columndef 
377        id="bioWellColumn"
378        property="bioWell.column"
379        sortproperty="bioWell.column"
380        datatype="int"
381        title="Biowell column"   
382        filterable="true"
383        enumeration="<%=wellColumns%>"
384        exportable="true"
385        sortable="true"
386        formatter="<%=columnFormatter%>"
387      />     
388      <tbl:columndef 
389        id="owner"
390        property="owner.name"
391        datatype="string"
392        title="Owner"
393        sortable="true" 
394        filterable="true"
395        exportable="true"
396      />
397      <tbl:columndef 
398        id="description"
399        property="description"
400        datatype="string"
401        title="Description" 
402        sortable="true" 
403        filterable="true" 
404        exportable="true"
405      />     
406      <tbl:columndef
407        id="bioMaterialList"
408        property="@bioMaterialLists"
409        datatype="int"
410        title="Biomaterial list"
411        filterable="true"
412        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
413        multiple="false"
414      />
415      <%
416      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
417      {
418        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
419        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
420        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
421        if (at.isEnumeration())
422        {
423          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
424          List<?> values = at.getValues();
425          for (Object value : values)
426          {
427            String encoded = formatter.format(value);
428            annotationEnum.add(encoded, encoded);
429          }
430        }
431        %>
432        <tbl:columndef 
433          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
434          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
435          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
436          annotation="true"
437          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
438          enumeration="<%=annotationEnum%>"
439          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
440          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
441          filterable="true" 
442          exportable="true"
443          formatter="<%=formatter%>"
444          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
445        />
446        <%
447      }
448      %>
449      <tbl:columndef
450        id="permission"
451        title="Permission"
452      />
453      <tbl:columndef
454        id="sharedTo"
455        title="Shared to"
456        filterable="true"
457        filterproperty="!sharedTo.name"
458        datatype="string"
459      />
460      <tbl:columndef 
461        id="xt-columns" 
462        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
463        jspcontext="<%=jspContext%>" 
464      />
465     
466      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
467        <tbl:toolbar
468          subclass="bottomborder"
469          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
470          >
471          <tbl:button 
472            id="btnNewItem"
473            disabled="<%=!createPermission%>" 
474            image="new.png" 
475            title="New&hellip;" 
476            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
477          />
478          <tbl:button 
479            id="btnNewPooledItem"
480            disabled="<%=!createPermission%>" 
481            image="new_pooled.png" 
482            title="Pool&hellip;" 
483            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
484          />
485          <tbl:button 
486            id="btnDeleteItems"
487            image="delete.png"
488            title="Delete" 
489            tooltip="Delete the selected items" 
490          />
491          <tbl:button 
492            id="btnRestoreItems"
493            image="restore.png"
494            title="Restore" 
495            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
496          />
497          <tbl:button 
498            id="btnShareItems"
499            image="share.png"
500            title="Share&hellip;" 
501            tooltip="Share the selected items"
502          />
503          <tbl:button 
504            id="btnSetOwner"
505            image="take_ownership.png"
506            title="Set owner&hellip;"
507            tooltip="Change owner of the selected items"
508          />
509          <tbl:button 
510            id="btnColumns"
511            image="columns.png" 
512            title="Columns&hellip;" 
513            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
514          />
515          <tbl:button
516            id="btnNewBioMaterialList"
517            image="add.png"
518            title="New biomaterial list&hellip;"
519            tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
520            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
521          />
522          <tbl:button 
523            id="btnPlaceOnPlate"
524            image="place_on_plate.png" 
525            title="Place on plate&hellip;" 
526            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
527          />
528          <tbl:button 
529            id="btnImport"
530            data-plugin-type="IMPORT"
531            image="import.png" 
532            title="Import&hellip;" 
533            tooltip="Import data" 
534            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
535          />
536          <tbl:button 
537            id="btnExport"
538            data-plugin-type="EXPORT"
539            image="export.png" 
540            title="Export&hellip;" 
541            tooltip="Export data" 
542            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
543          />
544          <tbl:button 
545            id="btnRunPlugin"
546            data-plugin-type="OTHER"
547            image="runplugin.png" 
548            title="Run plugin&hellip;" 
549            tooltip="Run a plugin" 
550            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
551          />
552          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
553            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
554        </tbl:toolbar>
555        <tbl:panel>
556          <tbl:presetselector />
557          <tbl:navigator
558            page="<%=cc.getPage()%>" 
559            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
560            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
561            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
562          />
563        </tbl:panel>
564      </div>
565      <tbl:data>
566        <tbl:headers>
567          <tbl:headerrow>
568            <tbl:header colspan="3" />
569            <tbl:columnheaders />
570          </tbl:headerrow>
571          <tbl:headerrow>
572            <tbl:header subclass="index" />
573            <tbl:header 
574              subclass="check" 
575              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
576              ><base:icon 
577                id="check.uncheck"
578                image="check_uncheck.png" 
579                tooltip="Check/uncheck all"
580              /></tbl:header>
581            <tbl:header 
582              subclass="check" 
583              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
584              />
585            <tbl:header 
586              subclass="icons" 
587              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
588              />
589            <tbl:propertyfilter />
590          </tbl:headerrow>
591        </tbl:headers>
592        <tbl:rows>
593          <%
594          if (cc.getMessage() != null)
595          {
596            %>
597            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
598              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
599            </tbl:panel>
600            <%
601            cc.setMessage(null);
602          }
603         
604          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
605          int selectedItemId = cc.getId();
606          if (samples != null)
607          {           
608            while (samples.hasNext())
609            {
610              Sample item = samples.next();
611              Item parentType = item.getParentType();
612              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
613              int itemId = item.getId();
614              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
615             
616             
617              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
618              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
619              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
620              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
621                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
622              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
623              index++;
624              numListed++;
625              %>
626              <tbl:row>
627                <tbl:header 
628                  clazz="index"
629                  ><%=index%></tbl:header>
630                <tbl:header 
631                  clazz="check" 
632                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
633                  ><input 
634                    type="checkbox" 
635                    name="<%=itemId%>" 
636                    value="<%=itemId%>" 
637                    title="<%=name%>" 
638                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
639                  ></tbl:header>
640                <tbl:header 
641                  clazz="check" 
642                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
643                  ><input 
644                    type="radio" 
645                    name="item_id" 
646                    value="<%=itemId%>" 
647                    title="<%=name%>" 
648                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
649                  ></tbl:header>
650                <tbl:header 
651                  clazz="icons" 
652                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
653                  ><base:icon 
654                    image="deleted.png"
655                    id="<%="delete."+itemId %>"
656                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
657                    data-item-id="<%=itemId%>"
658                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
659                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
660                  /><base:icon 
661                    image="shared.png" 
662                    id="<%="share."+itemId %>"
663                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
664                    data-item-id="<%=itemId%>"
665                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
666                    visible="<%=item.isShared()%>"
667                  />&nbsp;</tbl:header>
668                <tbl:cell column="name"><div 
669                  class="link table-item"
670                  data-item-id="<%=itemId%>"
671                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
672                  tabindex="0"
673                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
674                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
675                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
676                    item="<%=item%>" 
677                    property="itemSubtype"
678                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
679                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
680                  /></tbl:cell>
681                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
682                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
683                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
684                <tbl:cell column="protocol"
685                  ><base:propertyvalue 
686                    item="<%=creationEvent%>" 
687                    property="protocol"
688                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
689                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
690                  /></tbl:cell>
691                <%               
692                BioWell well = null;
693                boolean readBioWell = true;
694                try
695                {
696                  well = item.getBioWell();
697                }
698                catch(PermissionDeniedException e)
699                {
700                  readBioWell = false;
701                }
702                if (!readBioWell)
703                {
704                  %>
705                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
706                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
707                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
708                  <%
709                }
710                else if (well == null)
711                {
712                  %>
713                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
714                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
715                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
716                  <%
717                 
718                }
719                else
720                {               
721                  %>
722                  <tbl:cell column="bioWellRow">
723                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
724                  </tbl:cell>
725                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
726                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
727                  </tbl:cell>
728                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
729                  <%
730                }
731                %>
732                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
733                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
734                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
735                <tbl:cell column="parents">
736                  <%
737                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
738                  {
739                    Float usedQuantity = null;
740                    if (parentType == Item.SAMPLE)
741                    {
742                      try
743                      {
744                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
745                      }
746                      catch (PermissionDeniedException ex)
747                      {}
748                    }
749                    %>
750                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
751                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
752                    <%
753                  }
754                  else
755                  {
756                    String separator = "";
757                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
758                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
759                    {
760                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
761                      out.write(separator);
762                      if (mode.hasPropertyLink())
763                      {
764                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
765                      }
766                      else
767                      {
768                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
769                      }
770                      if (usedQuantity != null)
771                      {
772                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
773                      }
774                      separator = ", ";
775                    }
776                  }
777                  %>
778                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
779                </tbl:cell>
780                <tbl:cell column="children">
781                  <%
782                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
783                  String separator = "";
784                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
785                  {
786                    out.write(separator);
787                    if (mode.hasPropertyLink())
788                    {
789                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
790                    }
791                    else
792                    {
793                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
794                    }
795                    separator = ", ";
796                  }
797                  %>
798                  <base:icon
799                    id="<%="newsample."+itemId%>"
800                    image="add.png" 
801                    subclass="auto-init"
802                    data-auto-init="new-sample"
803                    data-item-id="<%=itemId %>"
804                    tooltip="Create new child sample" 
805                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
806                  />
807                </tbl:cell>
808                <tbl:cell column="extracts">
809                  <%
810                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
811                  try
812                  {
813                    String separator = "";
814                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
815                    {
816                      out.write(separator);
817                      if (mode.hasPropertyLink())
818                      {
819                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
820                      }
821                      else
822                      {
823                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
824                      }
825                      separator = ", ";
826                    }
827                  }
828                  catch (Throwable t)
829                  {
830                    %>
831                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
832                    <%
833                  }
834                  %>
835                  <base:icon
836                    id="<%="newsample."+itemId%>"
837                    image="add.png" 
838                    subclass="auto-init"
839                    data-auto-init="new-extract"
840                    data-item-id="<%=itemId %>"
841                    tooltip="Create new extract" 
842                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
843                  />
844                </tbl:cell>
845                <tbl:cell column="owner"
846                  ><base:propertyvalue 
847                    item="<%=item%>" 
848                    property="owner"
849                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
850                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
851                  /></tbl:cell>
852                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
853                <%
854                if (item.isAnnotated())
855                {
856                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
857                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
858                  {
859                    if (loader.find(snapshot))
860                    {
861                      %>
862                      <tbl:cell 
863                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
864                        ><tbl:cellvalue 
865                          list="<%=loader.getValues()%>"
866                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
867                      /></tbl:cell>
868                      <%
869                    }
870                  }
871                }
872                %>
873                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
874                <tbl:cell column="sharedTo">
875                  <%
876                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
877                  while(sharees.hasNext())
878                  {
879                    Nameable n = sharees.next();
880                    if (mode.hasPropertyLink())
881                    {
882                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
883                    }
884                    else
885                    {
886                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
887                    }
888                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
889                  }
890                  %>
891                </tbl:cell>
892                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
893                  <tbl:cell column="xt-columns" />
894                </tbl:xt-cells>
895              </tbl:row>
896              <%
897              }
898            }
899            if (numListed == 0)
900            {
901              %>
902              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
903                <div class="messagecontainer note">
904                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
905                </div>
906              </tbl:panel>
907              <%
908            }
909            %>
910          </tbl:rows>
911      </tbl:data>
912    </tbl:table>
913    </div>
914
915    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
916      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
917      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
918      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
919    </base:buttongroup>
920  </base:body>
921  </base:page>
922  <%
923}
924finally
925{
926  if (samples != null) samples.close();
927  if (dc != null) dc.close();
928}
929%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.