source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 7773

Last change on this file since 7773 was 7773, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2202: Include information from parent items in list pages

Implemented a simple dialog for selecting parent item columns. It currently allows selecting to display the name of a parent item or any annotation that is attached to it. It can probably be improved a bit more.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 31.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 7773 2020-02-17 10:10:58Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
63  import="net.sf.basedb.core.Type"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
66  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
82  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
83  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
84  import="java.util.Iterator" 
85  import="java.util.List"
86  import="java.util.Map"
87  import="java.util.Date"
88  import="java.util.ArrayList"
89%>
90<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
91<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
92<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
93<%!
94  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
95  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
96%>
97<%
98final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
99final String ID = sc.getId();
100final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
101final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
102
103final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
104final String callback = request.getParameter("callback");
105final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
106final DbControl dc = sc.newDbControl();
107ItemResultIterator<Sample> samples = null;
108List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
109try
110{
111  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
112  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
113 
114  // Child extracts
115  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
116  extractQuery.include(cc.getInclude());
117  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
118  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
120
121  // Child samples
122  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
123  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
124  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
125  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
126  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
127  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
128 
129  // Parent samples
130  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
131  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
132  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
133  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
134  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
135  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
136
137  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
138  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
139  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
140  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
141  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
142  {
143    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
144  }
145  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
146  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
147  {
148    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
149  }
150  try
151  {
152    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
153    samples = query.iterate(dc);
154  }
155  catch (Throwable t)
156  {
157    cc.setMessage(t.getMessage());
158    t.printStackTrace();
159  }
160  int numListed = 0;
161  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
162  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
163  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
164  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
165 
166  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
167  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
168  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
169  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
170  int maxRows = result.next().getRows();
171  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
172  {
173    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
174  }
175 
176  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
177  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
178  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
179  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
180  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
181  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
182  {
183    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
184  }
185
186  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
187  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
188  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Sample,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
189  %>
190  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
191  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
192    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
193    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
194  </base:head>
195 
196  <base:body>
197    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
198    <div class="content">
199    <tbl:table 
200      id="samples" 
201      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
202      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
203      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
204      action="index.jsp"
205      sc="<%=sc%>"
206      item="<%=itemType%>"
207      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
208      subclass="fulltable"
209      data-inherited-annotations="true"
210      data-parent-columns="true"
211      >
212      <tbl:hidden 
213        name="mode" 
214        value="<%=mode.getName()%>" 
215      />
216      <tbl:hidden 
217        name="callback" 
218        value="<%=callback%>" 
219        skip="<%=callback == null%>" 
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="name"
223        property="name"
224        datatype="string"
225        title="Name"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229        show="always" 
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="itemSubtype"
233        property="itemSubtype"
234        sortproperty="itemSubtype.name"
235        exportproperty="itemSubtype.name:string"
236        datatype="int"
237        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
238        title="Type"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="id"
245        clazz="uniquecol"
246        property="id"
247        datatype="int"
248        title="ID"
249        sortable="true" 
250        filterable="true"
251        exportable="true" 
252      />
253      <tbl:columndef 
254        id="externalId"
255        property="externalId"
256        datatype="string"
257        title="External id"
258        sortable="true" 
259        filterable="true"
260        exportable="true"
261      />     
262      <tbl:columndef 
263        id="originalQuantity"
264        property="originalQuantity"
265        datatype="float"
266        title="Original quantity (µg)"
267        sortable="true" 
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270        unit="<%=microGram%>"
271        formatter="<%=numericFormatter%>"
272      />
273      <tbl:columndef 
274        id="remainingQuantity"
275        property="remainingQuantity"
276        datatype="float"
277        title="Remaining quantity (µg)"
278        sortable="true" 
279        filterable="true"
280        exportable="true"
281        unit="<%=microGram%>"
282        formatter="<%=numericFormatter%>"
283      />
284      <tbl:columndef 
285        id="protocol"
286        property="creationEvent.protocol"
287        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
288        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
289        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
290        datatype="string"
291        title="Protocol"
292        sortable="true" 
293        filterable="true"
294        exportable="true"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="kit"
298        property="creationEvent.kit"
299        sortproperty="creationEvent.kit.name"
300        filterproperty="creationEvent.kit.name"
301        exportproperty="creationEvent.kit.name"
302        datatype="string"
303        title="Kit"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="eventDate"
310        property="creationEvent.eventDate"
311        datatype="date"
312        title="Created"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316        formatter="<%=dateFormatter%>"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="entryDate"
320        property="creationEvent.entryDate"
321        datatype="date"
322        title="Registered"
323        sortable="true" 
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326        formatter="<%=dateFormatter%>"
327      />
328      <%
329      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
330      parentTypes.add("", "-none-");
331      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
332      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
333      %>
334      <tbl:columndef
335        id="parentType"
336        title="Parent type"
337        property="parentType"
338        enumeration="<%=parentTypes%>"
339        datatype="int"
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        sortable="true"
343      />
344      <tbl:columndef
345        id="parents"
346        title="Parent items"
347        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
348        sortproperty="parent.name"
349        datatype="string"
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352        sortable="true"
353      />
354      <tbl:columndef
355        id="children"
356        title="Child samples"
357        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
358        datatype="string"
359        filterable="true"
360        exportable="true"
361      />
362      <tbl:columndef
363        id="extracts"
364        title="Extracts"
365        property="&children(name)"
366        datatype="string"
367        filterable="true"
368        exportable="true"
369      />
370      <tbl:columndef 
371        id="bioPlate"
372        property="bioWell.bioPlate.name"
373        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
374        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
375        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
376        datatype="string"
377        title="Bioplate"
378        sortable="true" 
379        filterable="true"
380        exportable="true"
381      />
382      <tbl:columndef 
383        id="bioWellRow"
384        property="bioWell.row"
385        sortproperty="bioWell.row"
386        datatype="int"
387        title="Biowell row" 
388        filterable="true"
389        enumeration="<%=wellRows%>"
390        exportable="true"
391        sortable="true"
392        formatter="<%=rowFormatter%>"
393      />
394      <tbl:columndef 
395        id="bioWellColumn"
396        property="bioWell.column"
397        sortproperty="bioWell.column"
398        datatype="int"
399        title="Biowell column"   
400        filterable="true"
401        enumeration="<%=wellColumns%>"
402        exportable="true"
403        sortable="true"
404        formatter="<%=columnFormatter%>"
405      />     
406      <tbl:columndef 
407        id="owner"
408        property="owner.name"
409        datatype="string"
410        title="Owner"
411        sortable="true" 
412        filterable="true"
413        exportable="true"
414      />
415      <tbl:columndef 
416        id="description"
417        property="description"
418        datatype="string"
419        title="Description" 
420        sortable="true" 
421        filterable="true" 
422        exportable="true"
423      />     
424      <tbl:columndef
425        id="itemList"
426        property="§itemLists"
427        datatype="int"
428        title="Item list"
429        filterable="true"
430        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
431        multiple="false"
432      />
433      <%
434      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
435      {
436        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
437        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
438        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
439        if (at.isEnumeration())
440        {
441          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
442          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
443          List<?> values = at.getValues();
444          for (Object value : values)
445          {
446            String encoded = formatter.format(value);
447            annotationEnum.add(encoded, encoded);
448          }
449        }
450        %>
451        <tbl:columndef 
452          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
453          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
454          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
455          annotation="true"
456          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
457          enumeration="<%=annotationEnum%>"
458          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
459          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
460          filterable="true" 
461          exportable="true"
462          formatter="<%=formatter%>"
463          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
464        />
465        <%
466      }
467      %>
468      <tbl:columndef
469        id="permission"
470        title="Permission"
471      />
472      <tbl:columndef
473        id="sharedTo"
474        title="Shared to"
475        filterable="true"
476        filterproperty="!sharedTo.name"
477        datatype="string"
478      />
479      <tbl:columndef 
480        id="xt-columns" 
481        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
482        jspcontext="<%=jspContext%>" 
483      />
484     
485      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
486        <tbl:toolbar
487          subclass="bottomborder"
488          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
489          >
490          <tbl:button 
491            id="btnNewItem"
492            disabled="<%=!createPermission%>" 
493            image="new.png" 
494            title="New&hellip;" 
495            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
496          />
497          <tbl:button 
498            id="btnNewPooledItem"
499            disabled="<%=!createPermission%>" 
500            image="new_pooled.png" 
501            title="Pool&hellip;" 
502            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
503          />
504          <tbl:button 
505            id="btnDeleteItems"
506            image="delete.png"
507            title="Delete" 
508            tooltip="Delete the selected items" 
509          />
510          <tbl:button 
511            id="btnRestoreItems"
512            image="restore.png"
513            title="Restore" 
514            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
515          />
516          <tbl:button 
517            id="btnShareItems"
518            image="share.png"
519            title="Share&hellip;" 
520            tooltip="Share the selected items"
521          />
522          <tbl:button 
523            id="btnSetOwner"
524            image="take_ownership.png"
525            title="Set owner&hellip;"
526            tooltip="Change owner of the selected items"
527          />
528          <tbl:button 
529            id="btnColumns"
530            image="columns.png" 
531            title="Columns&hellip;" 
532            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
533          />
534          <tbl:button
535            id="btnNewItemList"
536            image="add.png"
537            title="New item list&hellip;"
538            tooltip="Create a new item list from matching samples"
539            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
540          />
541          <tbl:button 
542            id="btnPlaceOnPlate"
543            image="place_on_plate.png" 
544            title="Place on plate&hellip;" 
545            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
546          />
547          <tbl:button
548            id="btnInheritAnnotations"
549            image="inherit.png"
550            title="Inherit annotations&hellip;"
551            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
552          />
553          <tbl:button 
554            id="btnImport"
555            data-plugin-type="IMPORT"
556            image="import.png" 
557            title="Import&hellip;" 
558            tooltip="Import data" 
559            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
560          />
561          <tbl:button 
562            id="btnExport"
563            data-plugin-type="EXPORT"
564            image="export.png" 
565            title="Export&hellip;" 
566            tooltip="Export data" 
567            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
568          />
569          <tbl:button 
570            id="btnRunPlugin"
571            data-plugin-type="OTHER"
572            image="runplugin.png" 
573            title="Run plugin&hellip;" 
574            tooltip="Run a plugin" 
575            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
576          />
577          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
578            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
579        </tbl:toolbar>
580        <tbl:panel>
581          <tbl:presetselector />
582          <tbl:navigator
583            page="<%=cc.getPage()%>" 
584            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
585            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
586            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
587          />
588        </tbl:panel>
589      </div>
590      <tbl:data>
591        <tbl:headers>
592          <tbl:headerrow>
593            <tbl:header colspan="3" />
594            <tbl:columnheaders />
595          </tbl:headerrow>
596          <%
597          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
598          int numRows = cc.getFilterRows();
599          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
600          {
601            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
602            %>
603            <tbl:headerrow>
604              <tbl:header subclass="index" />
605              <tbl:header 
606                subclass="check" 
607                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
608                ><base:icon 
609                  subclass="link table-check"
610                  image="check_uncheck.png" 
611                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
612                  visible="<%=lastRow%>"
613                /></tbl:header>
614              <tbl:header 
615                subclass="check" 
616                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
617                />
618              <tbl:header 
619                subclass="icons" 
620                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
621                >
622                <base:icon
623                  subclass="link table-filter-row-action"
624                  image="add.png"
625                  tooltip="Add extra filter row"
626                  visible="<%=lastRow%>"
627                /><base:icon
628                  subclass="link table-filter-row-action"
629                  image="remove.png"
630                  tooltip="Remove this filter row"
631                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
632                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
633                />
634              </tbl:header>
635              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
636            </tbl:headerrow>
637            <%
638          }
639          %>
640        </tbl:headers>
641        <tbl:rows>
642          <%
643          if (cc.getMessage() != null)
644          {
645            %>
646            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
647              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
648            </tbl:panel>
649            <%
650            cc.setMessage(null);
651          }
652         
653          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
654          int selectedItemId = cc.getId();
655          if (samples != null)
656          {           
657            while (samples.hasNext())
658            {
659              Sample item = samples.next();
660              Item parentType = item.getParentType();
661              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
662              int itemId = item.getId();
663              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
664             
665             
666              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
667              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
668              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
669              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
670                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
671              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
672              index++;
673              numListed++;
674              %>
675              <tbl:row>
676                <tbl:header 
677                  clazz="index"
678                  ><%=index%></tbl:header>
679                <tbl:header 
680                  clazz="check" 
681                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
682                  ><input 
683                    type="checkbox" 
684                    name="<%=itemId%>" 
685                    value="<%=itemId%>" 
686                    title="<%=name%>" 
687                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
688                  ></tbl:header>
689                <tbl:header 
690                  clazz="check" 
691                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
692                  ><input 
693                    type="radio" 
694                    name="item_id" 
695                    value="<%=itemId%>" 
696                    title="<%=name%>" 
697                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
698                  ></tbl:header>
699                <tbl:header 
700                  clazz="icons" 
701                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
702                  ><base:icon 
703                    image="deleted.png"
704                    id="<%="delete."+itemId %>"
705                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
706                    data-item-id="<%=itemId%>"
707                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
708                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
709                  /><base:icon 
710                    image="shared.png" 
711                    id="<%="share."+itemId %>"
712                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
713                    data-item-id="<%=itemId%>"
714                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
715                    visible="<%=item.isShared()%>"
716                  />&nbsp;</tbl:header>
717                <tbl:cell column="name"><div 
718                  class="link table-item"
719                  data-item-id="<%=itemId%>"
720                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
721                  tabindex="0"
722                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
723                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
724                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
725                    item="<%=item%>" 
726                    property="itemSubtype"
727                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
728                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
729                  /></tbl:cell>
730                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
731                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
732                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
733                <tbl:cell column="protocol"
734                  ><base:propertyvalue 
735                    item="<%=creationEvent%>" 
736                    property="protocol"
737                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
738                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
739                  /></tbl:cell>
740                <tbl:cell column="kit"
741                  ><base:propertyvalue 
742                    item="<%=creationEvent%>" 
743                    property="kit"
744                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
745                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
746                  /></tbl:cell>
747                <%               
748                BioWell well = null;
749                boolean readBioWell = true;
750                try
751                {
752                  well = item.getBioWell();
753                }
754                catch(PermissionDeniedException e)
755                {
756                  readBioWell = false;
757                }
758                if (!readBioWell)
759                {
760                  %>
761                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
762                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
763                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
764                  <%
765                }
766                else if (well == null)
767                {
768                  %>
769                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
770                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
771                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
772                  <%
773                 
774                }
775                else
776                {               
777                  %>
778                  <tbl:cell column="bioWellRow">
779                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
780                  </tbl:cell>
781                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
782                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
783                  </tbl:cell>
784                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
785                  <%
786                }
787                %>
788                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
789                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
790                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
791                <tbl:cell column="parents">
792                  <%
793                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
794                  {
795                    Float usedQuantity = null;
796                    if (parentType == Item.SAMPLE)
797                    {
798                      try
799                      {
800                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
801                      }
802                      catch (PermissionDeniedException ex)
803                      {}
804                    }
805                    %>
806                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
807                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
808                    <%
809                  }
810                  else
811                  {
812                    String separator = "";
813                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
814                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
815                    {
816                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
817                      out.write(separator);
818                      if (mode.hasPropertyLink())
819                      {
820                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
821                      }
822                      else
823                      {
824                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
825                      }
826                      if (usedQuantity != null)
827                      {
828                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
829                      }
830                      separator = ", ";
831                    }
832                  }
833                  %>
834                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
835                </tbl:cell>
836                <tbl:cell column="children">
837                  <%
838                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
839                  String separator = "";
840                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
841                  {
842                    out.write(separator);
843                    if (mode.hasPropertyLink())
844                    {
845                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
846                    }
847                    else
848                    {
849                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
850                    }
851                    separator = ", ";
852                  }
853                  %>
854                  <base:icon
855                    id="<%="newsample."+itemId%>"
856                    image="add.png" 
857                    subclass="auto-init"
858                    data-auto-init="new-sample"
859                    data-item-id="<%=itemId %>"
860                    tooltip="Create new child sample" 
861                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
862                  />
863                </tbl:cell>
864                <tbl:cell column="extracts">
865                  <%
866                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
867                  try
868                  {
869                    String separator = "";
870                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
871                    {
872                      out.write(separator);
873                      if (mode.hasPropertyLink())
874                      {
875                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
876                      }
877                      else
878                      {
879                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
880                      }
881                      separator = ", ";
882                    }
883                  }
884                  catch (Throwable t)
885                  {
886                    %>
887                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
888                    <%
889                  }
890                  %>
891                  <base:icon
892                    id="<%="newsample."+itemId%>"
893                    image="add.png" 
894                    subclass="auto-init"
895                    data-auto-init="new-extract"
896                    data-item-id="<%=itemId %>"
897                    tooltip="Create new extract" 
898                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
899                  />
900                </tbl:cell>
901                <tbl:cell column="owner"
902                  ><base:propertyvalue 
903                    item="<%=item%>" 
904                    property="owner"
905                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
906                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
907                  /></tbl:cell>
908                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
909                <%
910                if (item.isAnnotated())
911                {
912                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
913                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
914                  {
915                    %>
916                    <tbl:cell 
917                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
918                      ><%
919                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
920                      {
921                        %><tbl:cellvalue 
922                          list="<%=loader.getValues()%>"
923                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
924                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
925                        /><%
926                      }
927                      %></tbl:cell>
928                    <%
929                  }
930                }
931                %>
932                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
933                <tbl:cell column="sharedTo">
934                  <%
935                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
936                  while(sharees.hasNext())
937                  {
938                    Nameable n = sharees.next();
939                    if (mode.hasPropertyLink())
940                    {
941                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
942                    }
943                    else
944                    {
945                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
946                    }
947                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
948                  }
949                  %>
950                </tbl:cell>
951                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
952                  <tbl:cell column="xt-columns" />
953                </tbl:xt-cells>
954              </tbl:row>
955              <%
956              }
957            }
958            if (numListed == 0)
959            {
960              %>
961              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
962                <div class="messagecontainer note">
963                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
964                </div>
965              </tbl:panel>
966              <%
967            }
968            %>
969          </tbl:rows>
970      </tbl:data>
971    </tbl:table>
972    </div>
973
974    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
975      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
976      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
977      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
978    </base:buttongroup>
979  </base:body>
980  </base:page>
981  <%
982}
983finally
984{
985  if (samples != null) samples.close();
986  if (dc != null) dc.close();
987}
988%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.