source: trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 7813

Last change on this file since 7813 was 7813, checked in by Nicklas Nordborg, 3 years ago

Merge BASE 3.16.1 to the trunk.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 31.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 7813 2020-05-19 12:24:30Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemList"
45  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
46  import="net.sf.basedb.core.Permission"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
51  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
52  import="net.sf.basedb.core.Unit"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
64  import="net.sf.basedb.core.Type"
65  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
66  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
67  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
72  import="net.sf.basedb.util.Values"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
75  import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.LinkedItemFormatter"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
82  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
83  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
84  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
85  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
86  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
87  import="java.util.Iterator" 
88  import="java.util.List"
89  import="java.util.Map"
90  import="java.util.Date"
91  import="java.util.ArrayList"
92%>
93<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
94<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
95<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
96<%!
97  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
98  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
99%>
100<%
101final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
102final String ID = sc.getId();
103final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
104final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
105
106final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
107final Formatter<Nameable> nameableFormatter = mode.hasPropertyLink() ? new LinkedItemFormatter(mode.hasEditLink()) : new NameableFormatter();
108final String callback = request.getParameter("callback");
109final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
110final DbControl dc = sc.newDbControl();
111ItemResultIterator<Sample> samples = null;
112List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
113try
114{
115  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
116  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
117 
118  // Child extracts
119  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
120  extractQuery.include(cc.getInclude());
121  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
122  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
123  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
124
125  // Child samples
126  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
127  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
128  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
129  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
130  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
131  childSamplesQuery.setIncludes(cc.getInclude());
132 
133  // Parent samples
134  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
135  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
136  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
137  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
138  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
139  parentSamplesQuery.setIncludes(cc.getInclude());
140
141  // List membership
142  final ItemQuery<ItemList> listQuery = ItemList.getQuery();
143  listQuery.setIncludes(cc.getInclude());
144  listQuery.join(Hql.innerJoin("members", "m"));
145  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("memberType"), Expressions.integer(itemType.getValue())));
146  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("m"), Expressions.parameter("itemId", Type.INT)));
147  listQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
148 
149  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
150  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
151  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
152  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
153  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
154  {
155    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
156  }
157  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
158  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
159  {
160    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
161  }
162  try
163  {
164    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
165    samples = query.iterate(dc);
166  }
167  catch (Throwable t)
168  {
169    cc.setMessage(t.getMessage());
170    t.printStackTrace();
171  }
172  int numListed = 0;
173  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
174  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
175  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
176  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
177 
178  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
179  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
180  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
181  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
182  int maxRows = result.next().getRows();
183  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
184  {
185    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
186  }
187 
188  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
189  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
190  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
191  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
192  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
193  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
194  {
195    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
196  }
197
198  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
199  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
200  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Sample,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
201  %>
202  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
203  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
204    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
205    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
206  </base:head>
207 
208  <base:body>
209    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
210    <div class="content">
211    <tbl:table 
212      id="samples" 
213      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
214      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
215      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
216      action="index.jsp"
217      sc="<%=sc%>"
218      item="<%=itemType%>"
219      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
220      subclass="fulltable"
221      data-inherited-annotations="true"
222      data-parent-columns="true"
223      >
224      <tbl:hidden 
225        name="mode" 
226        value="<%=mode.getName()%>" 
227      />
228      <tbl:hidden 
229        name="callback" 
230        value="<%=callback%>" 
231        skip="<%=callback == null%>" 
232      />
233      <tbl:columndef 
234        id="name"
235        property="name"
236        datatype="string"
237        title="Name"
238        sortable="true" 
239        filterable="true"
240        exportable="true"
241        show="always" 
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="itemSubtype"
245        property="itemSubtype"
246        sortproperty="itemSubtype.name"
247        exportproperty="itemSubtype.name:string"
248        datatype="int"
249        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
250        title="Type"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="id"
257        clazz="uniquecol"
258        property="id"
259        datatype="int"
260        title="ID"
261        sortable="true" 
262        filterable="true"
263        exportable="true" 
264      />
265      <tbl:columndef 
266        id="externalId"
267        property="externalId"
268        datatype="string"
269        title="External id"
270        sortable="true" 
271        filterable="true"
272        exportable="true"
273      />     
274      <tbl:columndef 
275        id="originalQuantity"
276        property="originalQuantity"
277        datatype="float"
278        title="Original quantity (µg)"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282        unit="<%=microGram%>"
283        formatter="<%=numericFormatter%>"
284      />
285      <tbl:columndef 
286        id="remainingQuantity"
287        property="remainingQuantity"
288        datatype="float"
289        title="Remaining quantity (µg)"
290        sortable="true" 
291        filterable="true"
292        exportable="true"
293        unit="<%=microGram%>"
294        formatter="<%=numericFormatter%>"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="protocol"
298        property="creationEvent.protocol"
299        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
300        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
301        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
302        datatype="string"
303        title="Protocol"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="kit"
310        property="creationEvent.kit"
311        sortproperty="creationEvent.kit.name"
312        filterproperty="creationEvent.kit.name"
313        exportproperty="creationEvent.kit.name"
314        datatype="string"
315        title="Kit"
316        sortable="true" 
317        filterable="true"
318        exportable="true"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="eventDate"
322        property="creationEvent.eventDate"
323        datatype="date"
324        title="Created"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328        formatter="<%=dateFormatter%>"
329      />
330      <tbl:columndef 
331        id="entryDate"
332        property="creationEvent.entryDate"
333        datatype="date"
334        title="Registered"
335        sortable="true" 
336        filterable="true"
337        exportable="true"
338        formatter="<%=dateFormatter%>"
339      />
340      <%
341      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
342      parentTypes.add("", "-none-");
343      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
344      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
345      %>
346      <tbl:columndef
347        id="parentType"
348        title="Parent type"
349        property="parentType"
350        enumeration="<%=parentTypes%>"
351        datatype="int"
352        filterable="true"
353        exportable="true"
354        sortable="true"
355      />
356      <tbl:columndef
357        id="parents"
358        title="Parent items"
359        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
360        sortproperty="parent.name"
361        datatype="string"
362        filterable="true"
363        exportable="true"
364        sortable="true"
365      />
366      <tbl:columndef
367        id="children"
368        title="Child samples"
369        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
370        datatype="string"
371        filterable="true"
372        exportable="true"
373      />
374      <tbl:columndef
375        id="extracts"
376        title="Extracts"
377        property="&children(name)"
378        datatype="string"
379        filterable="true"
380        exportable="true"
381      />
382      <tbl:columndef 
383        id="bioPlate"
384        property="bioWell.bioPlate.name"
385        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
386        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
387        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
388        datatype="string"
389        title="Bioplate"
390        sortable="true" 
391        filterable="true"
392        exportable="true"
393      />
394      <tbl:columndef 
395        id="bioWellRow"
396        property="bioWell.row"
397        sortproperty="bioWell.row"
398        datatype="int"
399        title="Biowell row" 
400        filterable="true"
401        enumeration="<%=wellRows%>"
402        exportable="true"
403        sortable="true"
404        formatter="<%=rowFormatter%>"
405      />
406      <tbl:columndef 
407        id="bioWellColumn"
408        property="bioWell.column"
409        sortproperty="bioWell.column"
410        datatype="int"
411        title="Biowell column"   
412        filterable="true"
413        enumeration="<%=wellColumns%>"
414        exportable="true"
415        sortable="true"
416        formatter="<%=columnFormatter%>"
417      />     
418      <tbl:columndef 
419        id="owner"
420        property="owner.name"
421        datatype="string"
422        title="Owner"
423        sortable="true" 
424        filterable="true"
425        exportable="true"
426      />
427      <tbl:columndef 
428        id="description"
429        property="description"
430        datatype="string"
431        title="Description" 
432        sortable="true" 
433        filterable="true" 
434        exportable="true"
435      />     
436      <tbl:columndef
437        id="itemList"
438        property="§itemLists"
439        datatype="int"
440        title="Item list"
441        filterable="true"
442        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
443      />
444      <%
445      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
446      {
447        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
448        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
449        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
450        if (at.isEnumeration())
451        {
452          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
453          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
454          List<?> values = at.getValues();
455          for (Object value : values)
456          {
457            String encoded = formatter.format(value);
458            annotationEnum.add(encoded, encoded);
459          }
460        }
461        %>
462        <tbl:columndef 
463          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
464          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
465          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
466          annotation="true"
467          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
468          enumeration="<%=annotationEnum%>"
469          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
470          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
471          filterable="true" 
472          exportable="true"
473          formatter="<%=formatter%>"
474          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
475        />
476        <%
477      }
478      %>
479      <tbl:columndef
480        id="permission"
481        title="Permission"
482      />
483      <tbl:columndef
484        id="sharedTo"
485        title="Shared to"
486        filterable="true"
487        filterproperty="!sharedTo.name"
488        datatype="string"
489      />
490      <tbl:columndef 
491        id="xt-columns" 
492        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
493        jspcontext="<%=jspContext%>" 
494      />
495     
496      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
497        <tbl:toolbar
498          subclass="bottomborder"
499          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
500          >
501          <tbl:button 
502            id="btnNewItem"
503            disabled="<%=!createPermission%>" 
504            image="new.png" 
505            title="New&hellip;" 
506            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
507          />
508          <tbl:button 
509            id="btnNewPooledItem"
510            disabled="<%=!createPermission%>" 
511            image="new_pooled.png" 
512            title="Pool&hellip;" 
513            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
514          />
515          <tbl:button 
516            id="btnDeleteItems"
517            image="delete.png"
518            title="Delete" 
519            tooltip="Delete the selected items" 
520          />
521          <tbl:button 
522            id="btnRestoreItems"
523            image="restore.png"
524            title="Restore" 
525            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
526          />
527          <tbl:button 
528            id="btnShareItems"
529            image="share.png"
530            title="Share&hellip;" 
531            tooltip="Share the selected items"
532          />
533          <tbl:button 
534            id="btnSetOwner"
535            image="take_ownership.png"
536            title="Set owner&hellip;"
537            tooltip="Change owner of the selected items"
538          />
539          <tbl:button 
540            id="btnColumns"
541            image="columns.png" 
542            title="Columns&hellip;" 
543            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
544          />
545          <tbl:button
546            id="btnNewItemList"
547            image="add.png"
548            title="New item list&hellip;"
549            tooltip="Create a new item list from matching samples"
550            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
551          />
552          <tbl:button
553            id="btnAddToItemList"
554            image="add.png"
555            title="Add to item list&hellip;"
556            tooltip="Add samples to an existing item list"
557          />
558          <tbl:button 
559            id="btnPlaceOnPlate"
560            image="place_on_plate.png" 
561            title="Place on plate&hellip;" 
562            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
563          />
564          <tbl:button
565            id="btnInheritAnnotations"
566            image="inherit.png"
567            title="Inherit annotations&hellip;"
568            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
569          />
570          <tbl:button 
571            id="btnImport"
572            data-plugin-type="IMPORT"
573            image="import.png" 
574            title="Import&hellip;" 
575            tooltip="Import data" 
576            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
577          />
578          <tbl:button 
579            id="btnExport"
580            data-plugin-type="EXPORT"
581            image="export.png" 
582            title="Export&hellip;" 
583            tooltip="Export data" 
584            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
585          />
586          <tbl:button 
587            id="btnRunPlugin"
588            data-plugin-type="OTHER"
589            image="runplugin.png" 
590            title="Run plugin&hellip;" 
591            tooltip="Run a plugin" 
592            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
593          />
594          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
595            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
596        </tbl:toolbar>
597        <tbl:panel>
598          <tbl:presetselector />
599          <tbl:navigator
600            page="<%=cc.getPage()%>" 
601            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
602            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
603            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
604          />
605        </tbl:panel>
606      </div>
607      <tbl:data>
608        <tbl:headers>
609          <tbl:headerrow>
610            <tbl:header colspan="3" />
611            <tbl:columnheaders />
612          </tbl:headerrow>
613          <%
614          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
615          int numRows = cc.getFilterRows();
616          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
617          {
618            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
619            %>
620            <tbl:headerrow>
621              <tbl:header subclass="index" />
622              <tbl:header 
623                subclass="check" 
624                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
625                ><base:icon 
626                  subclass="link table-check"
627                  image="check_uncheck.png" 
628                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
629                  visible="<%=lastRow%>"
630                /></tbl:header>
631              <tbl:header 
632                subclass="check" 
633                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
634                />
635              <tbl:header 
636                subclass="icons" 
637                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
638                >
639                <base:icon
640                  subclass="link table-filter-row-action"
641                  image="add.png"
642                  tooltip="Add extra filter row"
643                  visible="<%=lastRow%>"
644                /><base:icon
645                  subclass="link table-filter-row-action"
646                  image="remove.png"
647                  tooltip="Remove this filter row"
648                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
649                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
650                />
651              </tbl:header>
652              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
653            </tbl:headerrow>
654            <%
655          }
656          %>
657        </tbl:headers>
658        <tbl:rows>
659          <%
660          if (cc.getMessage() != null)
661          {
662            %>
663            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
664              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
665            </tbl:panel>
666            <%
667            cc.setMessage(null);
668          }
669         
670          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
671          int selectedItemId = cc.getId();
672          if (samples != null)
673          {           
674            while (samples.hasNext())
675            {
676              Sample item = samples.next();
677              Item parentType = item.getParentType();
678              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
679              int itemId = item.getId();
680              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
681             
682             
683              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
684              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
685              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
686              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
687                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
688              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
689              index++;
690              numListed++;
691              %>
692              <tbl:row>
693                <tbl:header 
694                  clazz="index"
695                  ><%=index%></tbl:header>
696                <tbl:header 
697                  clazz="check" 
698                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
699                  ><input 
700                    type="checkbox" 
701                    name="<%=itemId%>" 
702                    value="<%=itemId%>" 
703                    title="<%=name%>" 
704                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
705                  ></tbl:header>
706                <tbl:header 
707                  clazz="check" 
708                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
709                  ><input 
710                    type="radio" 
711                    name="item_id" 
712                    value="<%=itemId%>" 
713                    title="<%=name%>" 
714                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
715                  ></tbl:header>
716                <tbl:header 
717                  clazz="icons" 
718                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
719                  ><base:icon 
720                    image="deleted.png"
721                    id="<%="delete."+itemId %>"
722                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
723                    data-item-id="<%=itemId%>"
724                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
725                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
726                  /><base:icon 
727                    image="shared.png" 
728                    id="<%="share."+itemId %>"
729                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
730                    data-item-id="<%=itemId%>"
731                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
732                    visible="<%=item.isShared()%>"
733                  />&nbsp;</tbl:header>
734                <tbl:cell column="name"><div 
735                  class="link table-item"
736                  data-item-id="<%=itemId%>"
737                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
738                  tabindex="0"
739                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
740                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
742                    item="<%=item%>" 
743                    property="itemSubtype"
744                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
745                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
746                  /></tbl:cell>
747                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
748                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
749                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
750                <tbl:cell column="protocol"
751                  ><base:propertyvalue 
752                    item="<%=creationEvent%>" 
753                    property="protocol"
754                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
755                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
756                  /></tbl:cell>
757                <tbl:cell column="kit"
758                  ><base:propertyvalue 
759                    item="<%=creationEvent%>" 
760                    property="kit"
761                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
762                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
763                  /></tbl:cell>
764                <%               
765                BioWell well = null;
766                boolean readBioWell = true;
767                try
768                {
769                  well = item.getBioWell();
770                }
771                catch(PermissionDeniedException e)
772                {
773                  readBioWell = false;
774                }
775                if (!readBioWell)
776                {
777                  %>
778                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
779                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
780                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
781                  <%
782                }
783                else if (well == null)
784                {
785                  %>
786                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
787                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
788                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
789                  <%
790                 
791                }
792                else
793                {               
794                  %>
795                  <tbl:cell column="bioWellRow">
796                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
797                  </tbl:cell>
798                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
799                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
800                  </tbl:cell>
801                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
802                  <%
803                }
804                %>
805                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
806                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
807                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
808                <tbl:cell column="parents">
809                  <%
810                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
811                  {
812                    Float usedQuantity = null;
813                    if (parentType == Item.SAMPLE)
814                    {
815                      try
816                      {
817                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
818                      }
819                      catch (PermissionDeniedException ex)
820                      {}
821                    }
822                    %>
823                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
824                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
825                    <%
826                  }
827                  else
828                  {
829                    String separator = "";
830                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
831                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
832                    {
833                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
834                      out.write(separator);
835                      if (mode.hasPropertyLink())
836                      {
837                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
838                      }
839                      else
840                      {
841                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
842                      }
843                      if (usedQuantity != null)
844                      {
845                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
846                      }
847                      separator = ", ";
848                    }
849                  }
850                  %>
851                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
852                </tbl:cell>
853                <tbl:cell column="children">
854                  <%
855                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
856                  %>
857                  <%=Values.getString(childSamplesQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
858                  <base:icon
859                    id="<%="newsample."+itemId%>"
860                    image="add.png" 
861                    subclass="auto-init"
862                    data-auto-init="new-sample"
863                    data-item-id="<%=itemId %>"
864                    tooltip="Create new child sample" 
865                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
866                  />
867                </tbl:cell>
868                <tbl:cell column="extracts">
869                  <%
870                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
871                  %>
872                  <%=Values.getString(extractQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
873                  <base:icon
874                    id="<%="newsample."+itemId%>"
875                    image="add.png" 
876                    subclass="auto-init"
877                    data-auto-init="new-extract"
878                    data-item-id="<%=itemId %>"
879                    tooltip="Create new extract" 
880                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
881                  />
882                </tbl:cell>
883                <tbl:cell column="itemList">
884                  <%
885                  listQuery.setParameter("itemId", itemId, Type.INT);
886                  %>
887                  <%=Values.getString(listQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
888                </tbl:cell>
889                <tbl:cell column="owner"
890                  ><base:propertyvalue 
891                    item="<%=item%>" 
892                    property="owner"
893                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
894                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
895                  /></tbl:cell>
896                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
897                <%
898                if (item.isAnnotated())
899                {
900                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
901                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
902                  {
903                    %>
904                    <tbl:cell 
905                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
906                      ><%
907                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
908                      {
909                        %><tbl:cellvalue 
910                          list="<%=loader.getValues()%>"
911                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
912                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
913                        /><%
914                      }
915                      %></tbl:cell>
916                    <%
917                  }
918                }
919                %>
920                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
921                <tbl:cell column="sharedTo">
922                  <%=Values.getString(ShareableUtil.getSharedTo(dc, item), ", ", false, nameableFormatter) %>
923                </tbl:cell>
924                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
925                  <tbl:cell column="xt-columns" />
926                </tbl:xt-cells>
927              </tbl:row>
928              <%
929              }
930            }
931            if (numListed == 0)
932            {
933              %>
934              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
935                <div class="messagecontainer note">
936                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
937                </div>
938              </tbl:panel>
939              <%
940            }
941            %>
942          </tbl:rows>
943      </tbl:data>
944    </tbl:table>
945    </div>
946
947    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
948      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
949      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
950      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
951    </base:buttongroup>
952  </base:body>
953  </base:page>
954  <%
955}
956finally
957{
958  if (samples != null) samples.close();
959  if (dc != null) dc.close();
960}
961%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.