source: trunk/www/biomaterials/samples/view_sample.jsp @ 5645

Last change on this file since 5645 was 5645, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

References #1597: Subtypes of items

Added subtype functionality for sample list, view and edit dialog. Show the inversely related subtypes on the subtype view page.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 23.5 KB
Line 
1<%-- $Id: view_sample.jsp 5645 2011-05-27 07:48:13Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Permission"
34  import="net.sf.basedb.core.Sample"
35  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
36  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
37  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
38  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
39  import="net.sf.basedb.core.User"
40  import="net.sf.basedb.core.Group"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemProxy"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.Include"
45  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
52  import="net.sf.basedb.core.Project"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
57  import="net.sf.basedb.util.Values"
58  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
59  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
65  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
66  import="java.util.ArrayList"
67  import="java.util.Collections"
68  import="java.util.Date"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Set"
71  import="java.util.List"
72%>
73<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
74<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
75<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
76<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
77<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
78<%!
79  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
80  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
81%>
82<%
83final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
84final String ID = sc.getId();
85final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
86final int itemId = cc.getId();
87final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
88final float scale = Base.getScale(sc);
89final DbControl dc = sc.newDbControl();
90try
91{
92  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
93  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
94
95  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
96  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
97 
98  String title = null;
99  Sample sample = Sample.getById(dc, itemId);
100  BioMaterialEvent creationEvent = sample.getCreationEvent();
101 
102  final boolean usePermission = sample.hasPermission(Permission.USE);
103  final boolean writePermission = sample.hasPermission(Permission.WRITE);
104  final boolean deletePermission = sample.hasPermission(Permission.DELETE);
105  final boolean sharePermission = sample.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
106  final boolean setOwnerPermission = sample.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
107  final boolean isRemoved = sample.isRemoved();
108  final boolean isUsed = isRemoved && sample.isUsed();
109  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
110  final boolean isOwner = sample.isOwner();
111  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, sample);
112  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
113  %>
114  <base:page title="<%=title%>">
115  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
116    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
117    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
118    <script language="JavaScript">
119    function editItem()
120    {
121      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
122    }
123    function shareItem()
124    {
125      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareSample', 600, 400);
126    }
127    function newExtract()
128    {
129      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRACT', 0, true, '&sample_id=<%=itemId%>');
130    }
131    function deleteItem()
132    {
133      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
134    }
135    function restoreItem()
136    {
137      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
138    }
139    function deleteItemPermanently()
140    {
141      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
142    }
143    function itemDeleted()
144    {
145      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
146    }
147    function showUsingItems()
148    {
149      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
150    }
151    function setOwner()
152    {
153      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
154    }
155    function runPlugin(cmd)
156    {
157      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
158    }
159    function viewEvents()
160    {
161      location.href = '../events/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=List&biomaterial_id=<%=itemId%>&biomaterial_type=<%=itemType.name()%>';
162    }
163    function switchTab(tabControlId, tabId)
164    {
165      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
166      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
167      {
168        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
169      }
170      else if (tabId == 'events')
171      {
172        viewEvents();
173      }
174      else
175      {
176        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
177      }
178    }
179    </script>
180  </base:head>
181  <base:body>
182    <p>
183    <p:path>
184      <p:pathelement title="Samples" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
185      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(sample.getName())%>" />
186    </p:path>
187   
188    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
189    <t:tab id="properties" title="Properties">
190
191    <tbl:toolbar
192      >
193      <tbl:button 
194        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
195        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
196        onclick="editItem()" 
197        title="Edit&hellip;" 
198        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this sample" : "You do not have permission to edit this sample"%>" 
199      />
200      <tbl:button 
201        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
202        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
203        onclick="deleteItem()" 
204        title="Delete"
205        visible="<%=!sample.isRemoved()%>"
206        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this sample" : "You do not have permission to delete this sample"%>" 
207      />
208      <tbl:button 
209        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
210        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
211        onclick="restoreItem()" 
212        title="Restore"
213        visible="<%=sample.isRemoved()%>"
214        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this sample" : "You do not have permission to restore this sample"%>" 
215      />
216      <tbl:button 
217        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
218        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
219        onclick="shareItem()" 
220        title="Share&hellip;" 
221        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this sample to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this sample"%>"
222      />
223      <tbl:button 
224        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
225        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
226        onclick="setOwner()" 
227        title="Set owner&hellip;"
228        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
229      />
230      <tbl:button
231        image="add.png"
232        onclick="newExtract()"
233        title="New extract&hellip;"
234        tooltip="Create a new extract from this sample"
235        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT) && usePermission%>"
236      />
237      <tbl:button 
238        image="import.gif" 
239        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
240        title="Import&hellip;" 
241        tooltip="Import data" 
242        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
243      />
244      <tbl:button 
245        image="export.gif" 
246        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
247        title="Export&hellip;" 
248        tooltip="Export data" 
249        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
250      />
251      <tbl:button 
252        image="runplugin.gif" 
253        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
254        title="Run plugin&hellip;" 
255        tooltip="Run a plugin" 
256        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
257      /> 
258      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
259        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
260      <tbl:button
261        image="help.gif"
262        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'sample.view.properties')"%>"
263        title="Help&hellip;"
264        tooltip="Get help about this page"
265      />   
266      </tbl:toolbar>
267    <div class="boxedbottom">
268      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(sample)%></i></div>
269      <%
270      if (sample.isRemoved() || sample.isShared())
271      {
272        %>
273        <div class="itemstatus">
274          <base:icon 
275            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
276            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
277            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
278            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
279          <base:icon image="used.gif" 
280            onclick="showUsingItems()"
281            tooltip="Show the items that are using this one"
282            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
283          <base:icon image="shared.gif" 
284            visible="<%=sample.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
285        </div>
286        <%
287      }
288      %>
289      <table class="form" cellspacing="0">
290      <tr>
291        <td class="prompt">Name</td>
292        <td><%=HTML.encodeTags(sample.getName())%></td>
293      </tr>
294      <tr>
295        <td class="prompt">Type</td>
296        <td><base:propertyvalue item="<%=sample%>" property="itemSubtype" /></td>
297      </tr>
298      <tr>
299        <td class="prompt">External ID</td>
300        <td><%=HTML.encodeTags(sample.getExternalId())%></td>
301      </tr>
302      <tr>
303        <td class="prompt">Created</td>
304        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
305      </tr>
306      <tr>
307        <td class="prompt">Registered</td>
308        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
309      </tr>
310      <%
311      if (!sample.isPooled())
312      {
313        %>
314        <tr>
315          <td class="prompt">Biosource</td>
316          <td><base:propertyvalue item="<%=sample%>" property="parent" /></td>
317        </tr>
318        <%
319      }
320      %>
321      <tr>
322        <td class="prompt">Protocol</td>
323        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
324      </tr>
325      <tr>
326        <td class="prompt">Original quantity</td>
327        <td><%=Values.formatNumber(sample.getOriginalQuantity(), 2, " µg")%></td>
328      </tr>
329      <tr>
330        <td class="prompt">Remaining quantity</td>
331        <td><%=Values.formatNumber(sample.getRemainingQuantity(), 2, " µg")%></td>
332      </tr>
333      <tr>
334        <td class="prompt">Bioplate</td>
335        <td>
336          <base:propertyvalue item="<%=sample%>" property="bioWell.bioPlate" />
337          <%
338          try
339          {
340            BioWell well = sample.getBioWell();
341            if (well != null)
342            {
343              %>
344              [<%=rowFormatter.format(well.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(well.getColumn())%>]
345              <base:icon image="locked.gif"  visible="<%=sample.isLockedInWell()%>"/>
346            <%
347            }
348          }
349          catch (PermissionDeniedException ex)
350          {}
351          %>
352        </td>
353      </tr>
354      <tr>
355        <td class="prompt">Owner</td>
356        <td><base:propertyvalue item="<%=sample%>" property="owner" /></td>
357      </tr>
358      <tr valign="baseline">
359        <td class="prompt">Description</td>
360        <td><%=HTML.niceFormat(sample.getDescription())%></td>
361      </tr>
362      </table>
363 
364      <%
365      if (sample.isPooled())
366      {
367        ItemQuery<Sample> samplesQuery = (ItemQuery<Sample>)creationEvent.getSources();
368        samplesQuery.include(Include.ALL);
369        samplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
370        ItemResultList<Sample> samples = samplesQuery.list(dc);
371        %>
372        <h4 class="docked">Pooled from samples</h4>
373        <tbl:table
374          id="pooled"
375          clazz="itemlist"
376          columns="all"
377          >
378        <tbl:columndef 
379          id="name"
380          title="Name"
381        />
382        <tbl:columndef 
383          id="quantity"
384          title="Used quantity (µg)"
385        />
386        <tbl:columndef 
387          id="description"
388          title="Description"
389        />
390        <tbl:data>
391          <tbl:columns>
392          </tbl:columns>
393          <tbl:rows>
394          <%
395          for (Sample item : samples)
396          {
397            %>
398            <tbl:row>
399              <tbl:cell column="name"><base:icon 
400                  image="deleted.gif" 
401                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
402                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
403                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
404              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
405              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
406            </tbl:row>
407            <%
408          }
409          %>
410          </tbl:rows>
411        </tbl:data>
412        </tbl:table>
413        <%
414      }
415     
416      // Samples this item is pooled in.
417      ItemQuery<BioMaterialEvent> poolingQuery = sample.getPoolingEvents();
418      ItemResultList<BioMaterialEvent> poolingEvents = poolingQuery.list(dc);
419      if (poolingEvents.size() == 0)
420      {
421        %>
422        <h4>Pooled in samples</h4>
423        No samples have been pooled from this sample
424        (or, you don't have permission to view them).
425        <%
426      }
427      else
428      {
429        %>
430        <base:section 
431          id="pooledSection" 
432          title="<%="Pooled in samples (" + poolingEvents.size() + ")"%>"
433          context="<%=cc%>"
434          >
435          <tbl:table 
436            id="poolChilds"
437            clazz="itemlist"
438            columns="all"
439            >
440            <tbl:columndef 
441              id="name"
442              title="Name"
443            />
444            <tbl:columndef 
445              id="quantity"
446              title="Original quantity (µg)"
447            />
448            <tbl:columndef 
449              id="parents"
450              title="Used samples[quantity]" 
451            />
452            <tbl:columndef 
453              id="description"
454              title="Description"
455            />
456            <tbl:data>
457              <tbl:columns></tbl:columns>
458              <tbl:rows>
459              <%
460              for (BioMaterialEvent poolingEvt : poolingEvents)
461              {
462                Sample child = (Sample)poolingEvt.getBioMaterial();
463                ItemQuery<Sample> samplesQuery = (ItemQuery<Sample>)poolingEvt.getSources();
464                samplesQuery.include(Include.ALL);
465                samplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
466                ItemResultList<Sample> parentSamples = samplesQuery.list(dc);
467                %>
468                <tbl:row>
469                  <tbl:cell column="name">
470                    <base:icon 
471                      image="deleted.gif" 
472                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
473                      visible="<%=child.isRemoved()%>"
474                    />
475                    <%=Base.getLinkedName(ID, child, false, true)%>
476                  </tbl:cell>
477                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(child.getOriginalQuantity(), 2)%></tbl:cell>
478                  <tbl:cell column="parents">
479                  <%
480                  String separator = "";
481                  for (Sample parent : parentSamples)
482                  {
483                    out.write(separator);
484                    if (parent.equals(sample))
485                        out.write(HTML.encodeTags(parent.getName()));
486                    else                   
487                      out.write(Base.getLinkedName(ID, parent, false, true));
488                    out.write("[" + Values.formatNumber(poolingEvt.getUsedQuantity(parent), 2) + "µg]");
489                    separator = ", ";
490                  }
491                  %>
492                  </tbl:cell>
493                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(child.getDescription())%></tbl:cell>
494                </tbl:row>
495                <%
496              }
497              %>           
498              </tbl:rows>
499            </tbl:data>
500          </tbl:table>
501        </base:section>
502        <%
503      }
504       
505      // Extracts created from this sample
506      ItemQuery<Extract> extractQuery = sample.getExtracts();
507      extractQuery.include(Include.ALL);
508      extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
509      ItemResultList<Extract> extracts = extractQuery.list(dc);
510      if (extracts.size() == 0)
511      {
512        %>
513        <h4>Extracts</h4>
514        No extracts have been created from this sample
515        (or, you don't have permission to view them).
516        <%
517      }
518      else
519      {
520        %>
521        <base:section 
522          id="extractSection" 
523          title="<%="Extracts (" + extracts.size() + ")"%>"
524          context="<%=cc%>"
525          >
526          <tbl:table
527            id="extracts"
528            clazz="itemlist"
529            columns="all"
530            >
531            <tbl:columndef
532              id="name"
533              title="Name"
534            />
535            <tbl:columndef 
536              id="quantity"
537              title="Used quantity (µg)"
538            />
539            <tbl:columndef
540              id="description"
541              title="Description"
542            />
543            <tbl:data>
544              <tbl:columns></tbl:columns>
545              <tbl:rows>
546                <%
547                for (Extract e : extracts)
548                {
549                  %>
550                  <tbl:row>
551                    <tbl:cell column="name"><base:icon 
552                    image="deleted.gif" 
553                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
554                    visible="<%=e.isRemoved()%>"
555                  /><%=Base.getLinkedName(ID, e, false, true)%></tbl:cell>
556                    <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(e.getCreationEvent().getUsedQuantity(sample), 2)%></tbl:cell>
557                    <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(e.getDescription())%></tbl:cell>
558                  </tbl:row>
559                  <%
560                }
561                %>
562              </tbl:rows>
563            </tbl:data>
564          </tbl:table>
565        </base:section>
566        <%
567      }     
568      %>
569      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
570        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
571        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
572        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
573        <jsp:param name="title" value="Other items related to this sample" />
574      </jsp:include>
575     
576      <%
577      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
578      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(sample));
579      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
580      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
581      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
582      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
583     
584      if (totalShare > 0)
585      {
586        %>
587        <base:section 
588          id="sharedTo" 
589          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
590          context="<%=cc%>"
591          >
592          <tbl:table 
593            id="itemsSharedTo"
594            clazz="itemlist"
595            columns="all"
596          >
597            <tbl:columndef 
598              id="itemType"
599              title="Item type"
600            />
601            <tbl:columndef 
602              id="name"
603              title="Name"
604            />
605            <tbl:columndef 
606              id="permissions"
607              title="Permissions"
608            />
609            <tbl:data>
610              <tbl:columns>
611              </tbl:columns>
612              <tbl:rows>
613              <%
614              for (Project project : projects)
615              {
616                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
617                %>     
618                <tbl:row>
619                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
620                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
621                    image="deleted.gif" 
622                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
623                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
624                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
625                  <tbl:cell column="permissions">
626                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
627                  </tbl:cell>
628                </tbl:row>
629                <%
630              }
631              for (Group group : groups)
632              {
633                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
634                %>
635                <tbl:row>             
636                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
637                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
638                    image="deleted.gif" 
639                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
640                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
641                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
642                  <tbl:cell column="permissions">
643                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
644                  </tbl:cell>
645                </tbl:row>
646                <% 
647              }
648              for (User user : users)
649              {
650                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
651                %>
652                <tbl:row>             
653                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
654                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
655                    image="deleted.gif" 
656                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
657                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
658                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
659                  <tbl:cell column="permissions">
660                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
661                  </tbl:cell>
662                </tbl:row>
663                <%
664              }
665              %>
666              </tbl:rows>
667            </tbl:data>
668          </tbl:table>
669        </base:section>
670        <%
671      }
672      else
673      {
674        %>
675        <h4>Shared to</h4>
676        This sample is not shared
677        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
678        <%
679      }
680      %>     
681    </div>
682      </t:tab>
683     
684      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
685        tooltip="View annotation values and protocol parameters">
686        <div class="boxed">
687        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
688          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
689          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
690          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
691        </jsp:include>
692        </div>
693      </t:tab>
694      <t:tab id="events" title="Events" />
695      <t:tab id="overview" title="Overview" 
696        tooltip="Display a tree overview of related items">
697        <%
698        if ("overview".equals(tab))
699        {
700          %>
701          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
702            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
703            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
704            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
705          </jsp:include>
706          <%
707        }
708        %>
709      </t:tab>     
710      <t:tab id="history" title="Change history" 
711        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
712        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
713        <%
714        if ("history".equals(tab))
715        {
716          %>
717          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
718            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
719            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
720            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
721          </jsp:include>
722          <%
723        }
724        %>
725      </t:tab>     
726      </t:tabcontrol>
727
728  </base:body>
729  </base:page>
730  <%
731}
732finally
733{
734  if (dc != null) dc.close();
735}
736
737%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.