source: trunk/www/common/overview/info.jsp @ 5104

Last change on this file since 5104 was 5104, checked in by Nicklas Nordborg, 14 years ago

Fixes #1372: Item link in the 'Overview' tab should use the regular click-to-view and shift/ctrl/alt-click to edit
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 14.7 KB
Line 
1<%-- $Id: info.jsp 5104 2009-09-28 09:39:57Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21--%>
22<%@ page session="false"
23  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
24  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
25  import="net.sf.basedb.core.Project"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
28  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
29  import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.FileStoreEnabled"
34  import="net.sf.basedb.core.FileSetMember"
35  import="net.sf.basedb.core.File"
36  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
38  import="net.sf.basedb.core.Permission"
39  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException"
41  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
42  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
43  import="net.sf.basedb.util.Values"
44  import="net.sf.basedb.util.NestedIterator"
45  import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
46  import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"
47  import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
48  import="net.sf.basedb.util.overview.ValidationOptions"
49  import="net.sf.basedb.util.overview.Validator"
50  import="net.sf.basedb.util.overview.Severity"
51  import="net.sf.basedb.util.overview.Failure"
52  import="net.sf.basedb.util.overview.Fix"
53  import="java.util.ArrayList"
54  import="java.util.List"
55  import="java.util.LinkedList"
56  import="java.util.Iterator"
57  import="java.util.Collection"
58  import="java.util.Collections"
59%>
60<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
61<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
62<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
63<%!
64private String getPath(String ID, Node node)
65{
66  Node parent = node.getParent();
67  if (parent == null) return "";
68  String path = getPath(ID, parent);
69  if (parent.getNodeType() == Node.Type.FOLDER)
70  {
71    //path += "/" + HTML.encodeTags(parent.getTitle());
72  }
73  else
74  {
75    BasicItem item = parent.getItem();
76    if (path.length() > 0)
77    {
78      path += "<img src=\"../../images/submenu.gif\" style=\"padding: 0px 4px 5px 6px;\" >";
79    }
80    path += Base.getLink(ID, parent.getTitle(), item.getType(), item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE));
81//    path += "<a href=\"javascript:Main.editItem('" + item.getType().name() + "', " + item.getId() +
82//      ")\" title=\"Edit this item\" style=\"padding-right: 4px; white-space: nowrap;\">" + HTML.encodeTags(parent.getTitle()) + "</a>";
83  }
84  return path;
85}
86%>
87<%
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
89final String ID = sc.getId();
90final float scale = Base.getScale(sc);
91final DbControl dc = sc.newDbControl();
92try
93{
94  GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
95  ValidationOptions options = overview.getValidationOptions();
96  String nodeId = request.getParameter("nodeId");
97  Boolean showFailures = Values.getBoolean(request.getParameter("show_failures"), false);
98  Node node = overview.getNode(nodeId);
99  if (node == null) node = overview.getRootNode();
100
101  BasicItem item = node.getItem();
102  List<Failure> failures = overview.getFailures();
103  if (failures == null) failures = new LinkedList<Failure>();
104  %>
105  <base:page title="" type="popup">
106  <base:head scripts="" styles="newjoust.css">
107  <script language="JavaScript">
108  function editItem(itemType, itemId, extraUrl)
109  {
110    Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', itemType, itemId, true, extraUrl);
111  }
112  function editAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
113  {
114    var url = getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID=<%=ID%>';
115    url += '&item_type=' + itemType;
116    url += '&item_id=' + itemId;
117    url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
118    url += '&standalone=1';
119    Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
120  }
121  function editInheritedAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
122  {
123    var url = getRoot() + 'common/annotations/inherit.jsp?ID=<%=ID%>';
124    url += '&item_type='+itemType;
125    url += '&item_id='+itemId;
126    url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
127    url += '&standalone=1';
128    Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
129  }
130  function editDataFile(itemType, itemId)
131  {
132    Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', itemType, itemId, true, '&tab=datafiles');
133  }
134  </script>
135  </base:head>
136
137    <base:body>
138      <table class="form">
139      <tr>
140        <td class="prompt">Path</td>
141        <td><%=getPath(ID, node)%></td>
142      </tr>
143      <%
144      if (item instanceof FileSetMember)
145      {
146        FileSetMember member = null;
147        boolean notFound = false;
148        try
149        { 
150          member = FileSetMember.getById(dc, item.getId());
151        }
152        catch (ItemNotFoundException ex)
153        {
154          notFound = true;
155        }
156        File file = null;
157        DataFileType dft = null;
158        boolean deniedFile = false;
159        boolean deniedFileType = false;
160        if (member != null)
161        {
162          try
163          {
164            file = member.getFile();
165          }
166          catch (PermissionDeniedException ex)
167          {
168            deniedFile = true;
169          }
170          try
171          {
172            dft = member.getDataFileType();
173          }
174          catch (PermissionDeniedException ex)
175          {
176            deniedFileType = true;
177          }
178        }
179        if (dft != null || file != null)
180        {
181          %>
182          <tr>
183            <td class="prompt">
184              <%=dft == null ? "Data file" : HTML.encodeTags(dft.getName())%>
185            </td>
186            <td>
187              <%=Base.getLinkedFile(ID, file, deniedFile, true, true, "../../")%>
188            </td>
189          </tr>
190          <%
191        }
192        else
193        {
194          %>
195          <tr>
196          <td class="prompt"><%=HTML.encodeTags(node.getTitle())%></td>
197          <td>
198            <%=notFound ? "<i>- not found -</i>" : "<i>- denied -</i>"%>
199          </td>
200          </tr>
201          <%
202        }
203      }
204      else
205      {
206        %>
207        <tr>
208          <td class="prompt"><%=node.getNodeType() == Node.Type.FOLDER ? 
209            "Folder" : item != null ? item.getType().toString() : "Item"%></td>
210          <td>
211            <%
212            if (item != null)
213            {
214              %>
215              <%=Base.getLink(ID, node.getTitle(), item.getType(),item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE))%>
216              <%
217            }
218            else
219            {
220              %>
221              <%=HTML.encodeTags(node.getTitle())%>
222              <%
223            }
224            %>
225          </td>
226        </tr>
227        <%
228      }
229      %>
230      <tr>
231        <td class="prompt">Errors (children)</td>
232        <%
233        if (showFailures)
234        {
235        %>
236          <td><%=node.getNumErrors()+node.getChildErrors()%> (<%=node.getChildErrors()%>)</td>
237        <%
238        }
239        else
240        {       
241        %>
242          <td><i>- n/a -</i></td>
243        <%
244        }
245        %>
246      </tr>
247      <tr>
248        <td class="prompt">Warnings (children)</td>
249        <%
250        if (showFailures)
251        {
252        %>
253          <td><%=node.getNumWarnings()+node.getChildWarnings()%> (<%=node.getChildWarnings()%>)</td>
254        <%
255        }
256        else
257        {       
258        %>
259          <td><i>- n/a -</i></td>
260        <%
261        }
262        %>
263      </tr>
264      <%
265      if (item instanceof Nameable)
266      {
267        Nameable nameable = (Nameable)item;
268        %>
269        <tr>
270          <td class="prompt">Description</td>
271          <td><%=HTML.niceFormat(nameable.getDescription())%></td>
272        </tr>
273        <%
274      }
275      %>
276      </table>
277      <p>
278     
279      <%
280      List<Annotation> annotations = null;
281      String annotationsTitle = "";
282      Annotatable annotatable = null;
283      if (item instanceof Annotation)
284      {
285        Annotation a = (Annotation)item;
286        dc.reattachItem(a, false);
287        annotations = Collections.singletonList(a);
288        try
289        {
290          annotatable = a.getAnnotationSet().getItem();
291        }
292        catch (Throwable t)
293        {}
294        annotationsTitle = "Annotation values";
295      }
296      else if (item instanceof AnnotationType)
297      {
298        // Find the annotatable parent
299        Node parentNode = node;
300        while (parentNode != null)
301        {
302          BasicItem parentItem = parentNode.getItem();
303          if (parentItem instanceof Annotatable)
304          {
305            annotatable = (Annotatable)parentItem;
306            dc.reattachItem((BasicItem)annotatable, false);
307            if (annotatable.isAnnotated())
308            {
309              annotations = annotatable.getAnnotationSet().findAnnotations(dc, (AnnotationType)item, true);
310            }
311            annotationsTitle = "Annotation values";
312            break;
313          }
314          parentNode = parentNode.getParent();
315        }
316      }
317      else if (item instanceof Annotatable)
318      {
319        annotationsTitle = "Annotations &amp; protocol parameters";
320        annotatable = (Annotatable)item;
321        if (annotatable.isAnnotated())
322        {
323          dc.reattachItem((BasicItem)annotatable, false);
324 
325          // Load annotations & protocol parameters
326          List<Node> nodes = new LinkedList<Node>();
327          Node folder = node.getChild("annotations");
328          if (folder != null && folder.getChildren() != null) nodes.addAll(folder.getChildren());
329          Node protocolNode = node.getChild("protocol");
330          if (protocolNode != null && protocolNode.getChildren() != null) nodes.addAll(protocolNode.getChildren());
331          if (nodes.size() > 0)
332          {
333            annotations = new LinkedList<Annotation>();
334            for (Node n : nodes)
335            {
336              BasicItem aItem = n.getItem();
337              if (aItem instanceof Annotation)
338              {
339                annotations.add((Annotation)aItem);
340              }
341              else if (aItem instanceof AnnotationType)
342              {
343                annotations.addAll(annotatable.getAnnotationSet().findAnnotations(dc, (AnnotationType)aItem, true));
344              }
345            }
346          }
347        }
348      }
349      if (annotations != null && annotations.size() > 0)
350      {
351        %>
352        <h4><%=annotationsTitle%></h4>
353        <table border=0 cellspacing=0 cellpadding=0>
354        <%
355        for (Annotation a : annotations)
356        {
357          a = Annotation.getById(dc, a.getId());
358          String unitSymbol = a.hasUnit() ? "&nbsp;" + a.getUnitSymbol(null) : "";
359          AnnotationType at = null;
360          Annotatable annotationOwner = null;
361          try
362          {
363            at = a.getAnnotationType();
364          }
365          catch (Throwable t)
366          {}
367          try
368          {
369            annotationOwner = a.getAnnotationSet().getItem();
370          }
371          catch (Throwable t)
372          {}
373          String icon = at != null && at.isProtocolParameter() ? 
374              "parameter.gif" : "joust/annotation.gif";
375          String editLink = null;
376          String editTooltip = null;
377          if (annotatable != null && annotatable.hasPermission(Permission.WRITE) && at != null)
378          {
379            if (annotatable.equals(annotationOwner))
380            {
381              editLink = "editAnnotation('" + annotatable.getType().name() + "', " + annotatable.getId() + ", " + at.getId() + ")";
382              editTooltip = "Edit the values of this annotation";
383            }
384            else
385            {
386              editLink = "editInheritedAnnotation('" + annotatable.getType().name() + "', " + annotatable.getId() + ", " + at.getId() + ")";
387              editTooltip = "Inherit this annotation from another item";
388            }
389          }
390          %>
391          <tr>
392            <td><base:icon visible="<%=icon != null%>" image="<%=icon%>" />&nbsp;</td>
393            <td>
394              <%
395              if (at != null)
396              {
397                %>
398                <%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%>
399                <%
400              }
401              else
402              {
403                %>
404                <%=a.getValueType() %>
405                <%
406              }
407              %>
408            </td>
409            <td>
410              <%
411              if (annotationOwner != null && !annotationOwner.equals(annotatable))
412              {
413                String ownerName = annotationOwner instanceof Nameable ?
414                    ((Nameable)annotationOwner).getName() : annotationOwner.toString();
415                %>
416                <base:icon image="bullet.gif" tooltip="Annotation is inherited from" />
417                <%=Base.getLink(ID, ownerName, annotationOwner.getType(), annotationOwner.getId(), annotationOwner.hasPermission(Permission.WRITE)) %>
418                <%
419              }
420              %>
421            </td>
422            <td><base:icon image="bullet.gif" /></td>
423            <td><%=Values.getString(a.getValues(null), ", ", true)%><%=unitSymbol%></td>
424            <td>&nbsp;
425              <%
426              if (editLink != null)
427              {
428                %><base:icon image="edit.gif" onclick="<%=editLink%>" 
429                  tooltip="<%=editTooltip%>" />
430                <%
431              }
432              %>
433            </td>
434          </tr>
435          <%
436        }
437        %>
438        </table>
439        <%
440      }     
441      if (showFailures)
442      {
443        %>
444        <h4>Failure details</h4>     
445        <table>
446        <%
447        int numFailures = 0;
448        for (Failure failure : failures)
449        {
450          Validator validator = failure.getValidator();
451          Severity severity = options.getSeverity(validator);
452          if (failure.getNode() == node && severity != Severity.IGNORE)
453          {
454            numFailures++;
455            List<Fix> fixes = failure.getFixes();
456            %>
457            <tr>
458              <td><base:icon image="<%=severity == Severity.ERROR ? 
459                "error.gif" : "warning.gif"%>" /></td>
460              <td><b><%=HTML.encodeTags(failure.getMessage())%></b></td>
461            </tr>
462            <tr>
463              <td style="border-bottom: 1px dotted #999999;"></td>
464              <td style="border-bottom: 1px dotted #999999;">
465                <%=HTML.encodeTags(validator.getDescription())%><br>
466                <%
467                if (fixes != null && fixes.size() > 0)
468                {
469                  for (Fix fix : fixes)
470                  {
471                    if (fix == null) continue;
472                    BasicItem fixItem = fix.getItem();
473                    if (fixItem.hasPermission(Permission.WRITE))
474                    {
475                      String fixIt = "";
476                      if (fix.isAnnotationFix())
477                      {
478                        AnnotationType at = fix.getAnnotationType();
479                        if (fix.isFromInherited())
480                        {
481                          fixIt = "editInheritedAnnotation('" + fixItem.getType().name() + "', " + 
482                            fixItem.getId() + ", " + at.getId() + ")";
483                        }
484                        else
485                        {
486                          fixIt = "editAnnotation('" + fixItem.getType().name() + "', " + 
487                            fixItem.getId() + ", " + at.getId() + ")";
488                        }
489                      }
490                      else if (fix.isDataFileFix())
491                      {
492                        FileSetMember member = fix.getFileSetMember();
493                        fixIt = "editDataFile('" + fixItem.getType().name() + "', " + 
494                          fixItem.getId() + ")";
495                      }
496                      else
497                      {
498                        fixIt = "editItem('" + fixItem.getType().name() + "', " + 
499                          fixItem.getId() + ")";
500                      }
501                      %>
502                      <base:icon image="fixit.png" 
503                        style="padding-bottom: 4px;" /><a href="javascript:<%=fixIt%>"
504                        title="Edit this item to fix the problem"><%=HTML.encodeTags(fix.getMessage())%></a><br>
505                      <%
506                    }
507                  }
508                }
509                %>
510              </td>
511            </tr>
512            <%
513          }
514        }
515        %>
516        </table>
517        <%
518        if (numFailures == 0)
519        {
520          %>
521          No validation failures on this item
522          <%
523        }       
524      }
525      %>
526    </base:body>
527  </base:page>
528  <%
529}
530finally
531{
532  if (dc != null) dc.close();
533}
534%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.