source: trunk/www/common/overview/info.jsp @ 6382

Last change on this file since 6382 was 6382, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

References #1729 and #1730. The Joust menu tree on the 'Item overview' page has been fixed. Implemented lazy loading functionality.

More icons have been reszied to 18x18 pixels.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.2 KB
Line 
1<%-- $Id: info.jsp 6382 2013-12-17 13:08:15Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21--%>
22<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
23  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
24  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
25  import="net.sf.basedb.core.Project"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
28  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
29  import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
34  import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
35  import="net.sf.basedb.core.AnyToAny"
36  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
37  import="net.sf.basedb.core.FileStoreEnabled"
38  import="net.sf.basedb.core.FileSetMember"
39  import="net.sf.basedb.core.File"
40  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException"
45  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
46  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
47  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
49  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationFilter"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.section.SectionAction"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
56  import="net.sf.basedb.util.Values"
57  import="net.sf.basedb.util.NestedIterator"
58  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
59  import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
60  import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
62  import="net.sf.basedb.util.overview.ValidationOptions"
63  import="net.sf.basedb.util.overview.Validator"
64  import="net.sf.basedb.util.overview.Severity"
65  import="net.sf.basedb.util.overview.Failure"
66  import="net.sf.basedb.util.overview.Fix"
67  import="net.sf.basedb.util.overview.extensions.ValidationRuleAction"
68  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
69  import="java.util.ArrayList"
70  import="java.util.List"
71  import="java.util.LinkedList"
72  import="java.util.Iterator"
73  import="java.util.Collection"
74  import="java.util.Collections"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
78<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
79<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
80<%!
81private String getPath(DbControl dc, String ID, Node node)
82{
83  Node parent = node.getParent();
84  if (parent == null) return "";
85  String path = getPath(dc, ID, parent);
86  if (parent.getNodeType() == Node.Type.FOLDER)
87  {
88    //path += "/" + HTML.encodeTags(parent.getTitle());
89  }
90  else
91  {
92    BasicItem item = parent.getItem();
93    if (path.length() > 0)
94    {
95      path += " <b>›</b> ";
96    }
97    path += Base.getLink(ID, parent.getTitle(), item.getType(), item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE));
98   
99    if (item instanceof Subtypable)
100    {
101      ItemSubtype subtype = ((Subtypable)parent.getItem(dc)).getItemSubtype();
102      if (subtype != null)
103      {
104        path += " <span class=\"itemsubtype\">(" + Base.getLinkedName(ID, subtype, false, true) + ")</span>";
105      }
106    }
107  }
108  return path;
109}
110%>
111<%
112final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
113final String ID = sc.getId();
114final float scale = Base.getScale(sc);
115final DbControl dc = sc.newDbControl();
116try
117{
118  final GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
119  final ItemContext cc = sc.getCurrentContext(overview.getRootItem().getType());
120  final SnapshotManager snapshotManager = new SnapshotManager();
121  final AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
122  final AnnotationFilter annotationFilter = new AnnotationFilter();
123  ValidationOptions options = overview.getValidationOptions();
124  String nodeId = request.getParameter("nodeId");
125  Boolean showFailures = Values.getBoolean(request.getParameter("show_failures"), false);
126  Node node = overview.getNode(nodeId);
127  if (node == null) node = overview.getRootNode();
128
129  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, null, node);
130  ExtensionsInvoker<SectionAction> invoker = (ExtensionsInvoker<SectionAction>)ExtensionsControl.useExtensions(
131      jspContext, "net.sf.basedb.clients.web.overview.info-details");
132 
133  BasicItem item = node.getItem(dc);
134  List<Failure> failures = overview.getFailures();
135  if (failures == null) failures = new LinkedList<Failure>();
136  %>
137  <base:page title="" type="iframe">
138  <base:head styles="table.css" scripts="dragdrop.js,~info.js">
139    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
140    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
141  <style>
142  .itemsubtype .link
143  {
144    color: #777777;
145  }
146  </style>
147  </base:head>
148
149    <base:body>
150      <div class="absolutefull auto-init" data-auto-init="drag-support">
151      <div>
152      <table class="fullform bottomborder outlined">
153      <tr>
154        <th>Path</th>
155        <td><%=getPath(dc, ID, node)%></td>
156      </tr>
157      <%
158      if (item instanceof FileSetMember)
159      {
160        FileSetMember member = null;
161        boolean notFound = false;
162        try
163        { 
164          member = FileSetMember.getById(dc, item.getId());
165        }
166        catch (ItemNotFoundException ex)
167        {
168          notFound = true;
169        }
170        File file = null;
171        DataFileType dft = null;
172        boolean deniedFile = false;
173        boolean deniedFileType = false;
174        if (member != null)
175        {
176          try
177          {
178            file = member.getFile();
179          }
180          catch (PermissionDeniedException ex)
181          {
182            deniedFile = true;
183          }
184          try
185          {
186            dft = member.getDataFileType();
187          }
188          catch (PermissionDeniedException ex)
189          {
190            deniedFileType = true;
191          }
192        }
193        if (dft != null || file != null)
194        {
195          %>
196          <tr>
197            <th><%=dft == null ? "Data file" : HTML.encodeTags(dft.getName())%></th>
198            <td>
199              <%=Base.getLinkedFile(ID, file, deniedFile, true, true, "../../")%>
200            </td>
201          </tr>
202          <%
203        }
204        else
205        {
206          %>
207          <tr>
208          <th><%=HTML.encodeTags(node.getTitle())%></th>
209          <td>
210            <%=notFound ? "<i>- not found -</i>" : "<i>- denied -</i>"%>
211          </td>
212          </tr>
213          <%
214        }
215      }
216      else if (item instanceof AnyToAny)
217      {
218        AnyToAny any = AnyToAny.getById(dc, item.getId());
219        String linkTo = null;
220        try
221        {
222          BasicItem to = any.getTo();
223          String name = to instanceof Nameable ? ((Nameable)to).getName() : to.toString();
224          linkTo = Base.getLink(ID, HTML.encodeTags(name), 
225              to.getType(), to.getId(), to.hasPermission(Permission.WRITE));
226        }
227        catch (PermissionDeniedException ex)
228        {
229          linkTo = any.getToType() + "[id=" + any.getToId() + "] (<i>denied</i>)";
230        }
231        catch (ItemNotFoundException ex)
232        {
233          linkTo = any.getToType() + "[id=" + any.getToId() + "] (<i>missing</i>)";
234        }
235        %>
236        <tr>
237          <th>Any-to-any link</th>
238          <td>
239            <table>
240            <tr>
241              <td><%=Base.getLinkedName(ID, any, false, true) %></td>
242              <td><base:icon image="bullet.png" /></td>
243              <td><%=linkTo%></td>
244            </tr>
245            </table>
246          </td>
247        </tr>
248        <%
249      }
250      else
251      {
252        %>
253        <tr>
254          <th><%=node.getNodeType() == Node.Type.FOLDER ? 
255              "Folder" : item != null ? item.getType().toString() : "Item"%></th>
256          <td>
257            <%
258            if (item != null)
259            {
260              %>
261              <%=Base.getLink(ID, node.getTitle(), item.getType(),item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE))%>
262              <%
263              if (item instanceof Subtypable)
264              {
265                ItemSubtype subtype = ((Subtypable)item).getItemSubtype();
266                if (subtype != null)
267                {
268                  %>
269                  <span class="itemsubtype">(<%=Base.getLinkedName(ID, subtype, false, true)%>)</span>
270                  <%
271                }
272              }
273            }
274            else
275            {
276              %>
277              <%=HTML.encodeTags(node.getTitle())%>
278              <%
279            }
280            %>
281          </td>
282        </tr>
283        <%
284      }
285      %>
286      <tr>
287        <th>Errors (children)</th>
288        <%
289        if (showFailures)
290        {
291        %>
292          <td><%=node.getNumErrors()+node.getChildErrors()%> (<%=node.getChildErrors()%>)</td>
293        <%
294        }
295        else
296        {       
297        %>
298          <td><i>- n/a -</i></td>
299        <%
300        }
301        %>
302      </tr>
303      <tr>
304        <th>Warnings (children)</th>
305        <%
306        if (showFailures)
307        {
308        %>
309          <td><%=node.getNumWarnings()+node.getChildWarnings()%> (<%=node.getChildWarnings()%>)</td>
310        <%
311        }
312        else
313        {       
314        %>
315          <td><i>- n/a -</i></td>
316        <%
317        }
318        %>
319      </tr>
320      <%
321      if (item instanceof Nameable)
322      {
323        Nameable nameable = (Nameable)item;
324        %>
325        <tr>
326          <th>Description</th>
327          <td><%=HTML.niceFormat(nameable.getDescription())%></td>
328        </tr>
329        <%
330      }
331      %>
332      </table>
333      </div>
334      <%
335      List<AnnotationSnapshot> annotations = new LinkedList<AnnotationSnapshot>();
336      String annotationsTitle = "";
337      Annotatable annotatable = null;
338      if (item instanceof Annotation)
339      {
340        Annotation a = Annotation.getById(dc, item.getId());
341        AnnotationSetSnapshot snapshot = snapshotManager.getSnapshot(dc, a.getAnnotationSet().getId());
342        annotationFilter.setAnnotation(a);
343        annotations.addAll(snapshotManager.findAnnotations(dc, snapshot, annotationFilter, true));
344       
345        // Find the annotatable parent node
346        Node parentNode = node;
347        while (parentNode != null)
348        {
349          BasicItem parentItem = parentNode.getItem();
350          if (parentItem instanceof Annotatable)
351          {
352            annotatable = (Annotatable)parentItem;
353            break;
354          }
355          parentNode = parentNode.getParent();
356        }
357        annotationsTitle = "Annotation values";
358      }
359      else if (item instanceof AnnotationType)
360      {
361        // Find the annotatable parent
362        Node parentNode = node;
363        while (parentNode != null)
364        {
365          BasicItem parentItem = parentNode.getItem();
366          if (parentItem instanceof Annotatable && !(parentItem instanceof Protocol))
367          {
368            annotatable = (Annotatable)parentItem.getType().getById(dc, parentItem.getId());
369            if (annotatable.isAnnotated())
370            {
371              annotationTypeFilter.setAnnotationType((AnnotationType)item);
372              annotations.addAll(snapshotManager.findAnnotations(dc, annotatable, annotationTypeFilter, true));
373            }
374            annotationsTitle = "Annotation values";
375            break;
376          }
377          parentNode = parentNode.getParent();
378        }
379      }
380      else if (item instanceof Annotatable)
381      {
382        annotationsTitle = "Annotations &amp; protocol parameters";
383        annotatable = (Annotatable)item.getType().getById(dc, item.getId());
384        if (annotatable.isAnnotated())
385        {
386          annotations.addAll(snapshotManager.findAnnotations(dc, annotatable, null, true));
387        }
388       
389      }
390      if (annotations != null && annotations.size() > 0)
391      {
392        %>
393        <base:section
394          id="allAnnotations"
395          title="<%="Annotations &amp; parameters (" +  annotations.size() + ")"%>"
396          context="<%=cc %>">
397       
398        <tbl:table id="annotations">
399          <tbl:columndef id="annotation" title="Annotation/parameter" />
400          <tbl:columndef id="owner" title="Owner" />
401          <tbl:columndef id="values" title="Value" />
402          <tbl:columndef id="edit" title="" />
403          <tbl:data>
404            <tbl:headers>
405              <tbl:headerrow>
406                <tbl:columnheaders />
407              </tbl:headerrow>
408            </tbl:headers>
409            <tbl:rows>
410              <%
411              for (AnnotationSnapshot snapshot : annotations)
412              {
413                Annotation a = snapshot.getAnnotation(dc);
414                AnnotationType at = snapshot.getAnnotationType(dc);
415                Formatter formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, a, null);
416                Annotatable annotationOwner = null;
417                try
418                {
419                  annotationOwner = snapshot.getItem(dc);
420                }
421                catch (Throwable t)
422                {}
423                String icon = at != null && at.isProtocolParameter() ? 
424                    "parameter.png" : "annotation.png";
425                String autoInit = null;
426                String editTooltip = null;
427                if (annotatable != null && annotatable.hasPermission(Permission.WRITE))
428                {
429                  if (annotatable.equals(annotationOwner))
430                  {
431                    autoInit = "edit-annotation";
432                    editTooltip = "Edit the values of this annotation";
433                  }
434                  else
435                  {
436                    autoInit = "edit-inherited-annotation";
437                    editTooltip = "Inherit this annotation from another item";
438                  }
439                }
440                %>
441                <tbl:row>
442                  <tbl:cell column="annotation"><base:icon image="<%=icon%>" />
443                    <%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%>
444                  </tbl:cell>
445                  <tbl:cell column="owner">
446                    <%
447                    if (annotationOwner != null && !annotationOwner.equals(annotatable))
448                    {
449                      String ownerName = annotationOwner instanceof Nameable ?
450                          ((Nameable)annotationOwner).getName() : annotationOwner.toString();
451                      %>
452                      <%=Base.getLink(ID, ownerName, annotationOwner.getType(), annotationOwner.getId(), annotationOwner.hasPermission(Permission.WRITE)) %>
453                      <%
454                    }
455                    %>
456                  </tbl:cell>
457                  <tbl:cell column="values"><%=Values.getString(a.getValues(null), ", ", true, formatter)%></tbl:cell>
458                  <tbl:cell column="edit"><base:icon id="<%=Integer.toString(a.getId())%>" image="edit.png" subclass="auto-init" data-auto-init="<%=autoInit %>"
459                    data-item-type="<%=annotatable.getType().name()%>" 
460                    data-item-id="<%=annotatable.getId()%>" 
461                    data-annotation-type-id="<%=at.getId()%>"
462                    tooltip="<%=editTooltip%>" visible="<%=autoInit != null %>"/></tbl:cell>
463                </tbl:row>
464                <%
465              }
466              %>
467            </tbl:rows>
468          </tbl:data>       
469        </tbl:table>
470        </base:section>
471        <%
472      }     
473      if (showFailures)
474      {
475        %>
476        <base:section
477          id="failures"
478          title="<%="Failure details (" + (node.getNumErrors() + node.getNumWarnings()) + ")"%>"
479          context="<%=cc %>"
480          >
481        <table>
482        <%
483        int numFailures = 0;
484        for (Failure failure : failures)
485        {
486          ValidationRuleAction validator = failure.getValidator();
487          Severity severity = options.getSeverity(validator);
488          if (failure.getNode() == node && severity != Severity.IGNORE)
489          {
490            numFailures++;
491            List<Fix> fixes = failure.getFixes();
492            %>
493            <tr>
494              <td><base:icon image="<%=severity == Severity.ERROR ? "error.png" : "warning.png"%>" style="padding-right: 4px;"/></td>
495              <td><b><%=HTML.encodeTags(failure.getMessage())%></b></td>
496            </tr>
497            <tr>
498              <td></td>
499              <td style="padding-bottom: 0.3em;">
500                <%=HTML.encodeTags(validator.getDescription())%><br>
501                <%
502                if (fixes != null && fixes.size() > 0)
503                {
504                  for (Fix fix : fixes)
505                  {
506                    if (fix == null) continue;
507                    BasicItem fixItem = fix.getItem();
508                    boolean enabled = fixItem.hasPermission(Permission.WRITE);
509                    AnnotationType at = fix.getAnnotationType();
510                    String autoInit = "";
511                    if (enabled)
512                    {
513                      if (fix.isAnnotationFix())
514                      {
515                        autoInit = fix.isFromInherited() ? "edit-inherited-annotation" : "edit-annotation";
516                      }
517                      else if (fix.isDataFileFix())
518                      {
519                        autoInit = "edit-data-file";
520                      }
521                      else
522                      {
523                        autoInit = "edit-item";
524                      }
525                    }
526                    %>
527                    <base:icon image="fixit.png" 
528                      style="padding-bottom: 4px;" 
529                      id="<%=Integer.toString(fix.hashCode())%>"
530                      enabled="<%=enabled %>"
531                      subclass="auto-init"
532                      data-auto-init="<%=autoInit%>"
533                      data-item-type="<%=fixItem.getType().name()%>"
534                      data-item-id="<%=fixItem.getId()%>"
535                      data-annotation-type-id="<%=at != null ? at.getId() : ""%>"
536                      tooltip="<%=enabled ? "Edit this item to fix the problem" : "You do not have permission to modify this item" %>"
537                    ><%=HTML.encodeTags(fix.getMessage())%></base:icon><br>
538                    <%
539                  }
540                }
541                %>
542              </td>
543            </tr>
544            <%
545          }
546        }
547        %>
548        </table>
549        <%
550        if (numFailures == 0)
551        {
552          %>
553          <div class="messagecontainer note">
554          No validation failures on this item
555          </div>
556          <%
557        }
558        %>
559        </base:section>
560        <%
561      }
562     
563      for (SectionAction section : invoker)
564      {
565        %>
566        <base:section 
567          id="<%=section.getId() %>" 
568          showclazz="<%=section.getShowClazz() %>"
569          hideclazz="<%=section.getHideClazz() %>"
570          style="<%=section.getStyle() %>"
571          contentstyle="<%=section.getContentStyle() %>"
572          title="<%=section.getTitle() %>"
573          context="<%=cc %>"
574          ><%=section.getContent() %></base:section>
575        <%
576      }
577      %>
578      </div>
579    </base:body>
580  </base:page>
581  <%
582}
583finally
584{
585  if (dc != null) dc.close();
586}
587%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.