source: trunk/www/common/plugin/test_with_file.jsp @ 5949

Last change on this file since 5949 was 5949, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

References #1655: GUI improvements

  • Use correct width/height (1050/700) of popups for selecting items from a list.
  • Got rid of the <tbl:columns> tag.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 14.1 KB
Line 
1<%-- $Id: test_with_file.jsp 5949 2012-02-08 14:35:29Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  contentType="text/html; charset=UTF-8" 
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.Config"
32  import="net.sf.basedb.core.Location"
33  import="net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser"
34  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
35  import="net.sf.basedb.util.Values"
36  import="net.sf.basedb.plugins.util.Parameters"
37  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
38  import="java.nio.charset.Charset"
39%>
40<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
41<%@ taglib prefix="m" uri="/WEB-INF/menu.tld" %>
42
43<%
44final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
45final String ID = sc.getId();
46final DbControl dc = sc.newDbControl();
47try
48{
49  String preQuote = "(?!\"x\"y)";
50  String postQuote = "(?=\"x\"y)";
51  %>
52  <base:page type="popup" title="Test with file">
53  <base:head scripts="plugin.js,menu.js,ajax.js,json2.js" styles="menu.css">
54    <script language="JavaScript">
55    var timer = 0;
56    var inCall = false;
57    function adjustIFrameSize()
58    {
59      if (inCall) return;
60      inCall = true;
61      var iframeElement = document.getElementById("idParsed");
62      // Find the top coordinate of the IFrame
63      var offsetTop = 1;
64      var offsetTrail = iframeElement;
65      while (offsetTrail)
66      {
67        offsetTop += offsetTrail.offsetTop;
68        offsetTrail = offsetTrail.offsetParent;
69      }
70 
71      // Find the browser window height
72      var windowHeight = Main.getWindowHeight();
73     
74      // Set iframe height
75      var height = windowHeight-offsetTop - 80 * getScale();
76      iframeElement.height = height;
77     
78      var iframe = window.frames['parsed'];
79      var width = Main.getWindowWidth(iframe);
80      var parsedFile = iframe.document.getElementById('parsedFile.content');
81      if (parsedFile)
82      {
83        parsedFile.style.height = (height-40)+'px';
84        parsedFile.style.width = (width-20)+'px';
85      }
86      inCall = false;
87    }
88    function setTimer()
89    {
90      if (inCall) return;
91      if (timer) clearTimeout(timer);
92      timer = setTimeout('adjustIFrameSize()', 150);
93    }
94
95    function browseOnClick()
96    {
97      var frm = document.forms['testwithfile'];
98      var url = '../../filemanager/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SelectOne&title=Test+with+file&callback=setFileCallback';
99      Main.openPopup(url, 'SelectFile', 1050, 700);
100    }
101    function setFileCallback(fileId, path)
102    {
103      var frm = document.forms['testwithfile'];
104      frm.file_id.value = fileId;
105      frm.path.value = path;
106      updateCharset(fileId);
107    }
108    function updateCharset(fileId)
109    {
110      var request = Ajax.getXmlHttpRequest();
111      if (request != null)
112      {
113        var url = '../../filemanager/files/ajax.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=GetFileInfo&item_id=' + fileId;
114        request.open("GET", url, true);
115        Ajax.setReadyStateHandler(request, updateCharsetCallback);
116        request.send(null);
117      }
118      return request != null;
119    }
120    function updateCharsetCallback(request)
121    {
122      var response = Ajax.parseJsonResponse(request.responseText);
123      var charset = response.characterSet;
124      if (charset)
125      {
126        var frm = document.forms['testwithfile'];
127        Forms.selectListOption(frm.charset, charset);
128      }
129    }
130    function showPredefined(event, menu)
131    {
132      Menu.toggleTopMenu(document.getElementById(menu), event.clientX, event.clientY);
133      event.cancelBubble = true;
134    }
135    var preQuote = '(?!")';
136    var postQuote = '(?=")';
137    var whiteSpaceOrQuote = '[\\s\\"]*';
138    var notInsideQoute = '(?=(?:[^"]*"[^"]*")*(?![^"]*"))';
139    function setRegexp(field, regexp)
140    {
141      var frm = document.forms['testwithfile'];
142      frm[field].value = regexp;
143    }
144    function doParse()
145    {
146      var frm = document.forms['testwithfile'];
147      if (Main.trimString(frm.path.value) == '')
148      {
149        frm.path.focus();
150        alert('You must select a file');
151        return false;
152      }
153      else if (Main.trimString(frm.dataSplitter.value) == '')
154      {
155        frm.dataSplitter.focus();
156        alert('You must specify a data splitter regular expression');
157        return false;
158      }
159      frm.submit();
160    }
161   
162    var parameterNames = new Array();
163    function init()
164    {
165      adjustIFrameSize();
166      var frm = document.forms['testwithfile'];
167      var configWin = window.opener;
168      frm.path.value = configWin.getParameterValue('file');
169      frm.header.value = configWin.getParameterValue('headerRegexp');
170      frm.dataHeader.value = configWin.getParameterValue('dataHeaderRegexp');
171      frm.dataSplitter.value = configWin.getParameterValue('dataSplitterRegexp');
172      frm.dataFooter.value = configWin.getParameterValue('dataFooterRegexp');
173      frm.ignore.value = configWin.getParameterValue('ignoreRegexp');
174      frm.minDataColumns.value = configWin.getParameterValue('minDataColumns');
175      frm.maxDataColumns.value = configWin.getParameterValue('maxDataColumns');
176      frm.trimQuotes.checked = configWin.getParameterValue('trimQuotes') != 'false';
177      Forms.selectListOption(frm.charset, configWin.getParameterValue('<%=Parameters.CHARSET_PARAMETER%>'));
178     
179      var allParameters = configWin.Parameters.allParameters;
180      for (var i = 0; i < allParameters.length; i++)
181      {
182        var param = allParameters[i];
183        if (param.name.search('Mapping') >= 0)
184        {
185          parameterNames[parameterNames.length] = param.name;
186          Forms.createHidden(frm, 'mapping.'+param.name+'.label', param.label);
187          Forms.createHidden(frm, 'mapping.'+param.name+'.expression', param.values.length == 0 ? '' : param.values[0]);
188        }
189      }
190      if (parameterNames.length > 0)
191      {
192        Forms.createHidden(frm, 'mappingParameterNames', parameterNames.join(','));
193      }
194    }
195   
196    function saveSettings()
197    {
198      var frm = document.forms['testwithfile'];
199      var configWin = window.opener;
200      configWin.setParameterValue('file', frm.path.value);
201      configWin.setParameterValue('headerRegexp', frm.header.value);
202      configWin.setParameterValue('dataHeaderRegexp', frm.dataHeader.value);
203      configWin.setParameterValue('dataSplitterRegexp', frm.dataSplitter.value);
204      configWin.setParameterValue('dataFooterRegexp', frm.dataFooter.value);
205      configWin.setParameterValue('ignoreRegexp', frm.ignore.value);
206      configWin.setParameterValue('minDataColumns', frm.minDataColumns.value);
207      configWin.setParameterValue('maxDataColumns', frm.maxDataColumns.value);
208      configWin.setParameterValue('trimQuotes', frm.trimQuotes.checked ? 'true' : 'false');
209      configWin.setParameterValue('<%=Parameters.CHARSET_PARAMETER%>', frm.charset[frm.charset.selectedIndex].value);
210      for (var i = 0; i < parameterNames.length; i++)
211      {
212        var name = parameterNames[i];
213        configWin.setParameterValue(name, frm['mapping.'+name+'.expression'].value);
214      }
215      window.close();
216    }
217   
218    function setFormValue(field, value)
219    {
220      var frm = document.forms['testwithfile'];
221      frm.elements[field].value = value;
222    }
223   
224    </script>
225  </base:head>
226  <base:body attributes="onresize='setTimer();'" onload="init();">
227
228  <m:menu 
229    id="predefinedSplitters"
230    style="display: none;">
231 
232    <m:menuitem 
233      title="Tab" 
234      onclick="setRegexp('dataSplitter', '\\\\t')"
235      tooltip="Splits data on tab"
236    />
237    <m:menuitem 
238      title="Comma" 
239      onclick="setRegexp('dataSplitter', ',')"
240      tooltip="Splits data on comma"
241    />
242    <m:menuitem 
243      title="Semicolon" 
244      onclick="setRegexp('dataSplitter', ';')"
245      tooltip="Splits data on semicolon"
246    />
247    <m:menuseparator />
248    <m:menuitem 
249      title="Tab with quotes" 
250      onclick="setRegexp('dataSplitter', preQuote+'\\\\t'+postQuote)"
251      tooltip="Splits data on tab, but only if it is has quotes before and after"
252    />
253    <m:menuitem 
254      title="Comma with quotes" 
255      onclick="setRegexp('dataSplitter', preQuote+','+postQuote)"
256      tooltip="Splits data on comma, but only if it is has quotes before and after"
257    />
258    <m:menuitem 
259      title="Semicolon with quotes" 
260      onclick="setRegexp('dataSplitter', preQuote+';'+postQuote)"
261      tooltip="Splits data on semicolon, but only if it is has quotes before and after"
262    />
263    <m:menuseparator />
264    <m:menuitem 
265      title="Comma; ignored inside quotes" 
266      onclick="setRegexp('dataSplitter', ','+notInsideQoute)"
267      tooltip="Splits data on comma, but not if they are inside quotes"
268    />
269    <m:menuitem 
270      title="Semicolon; ignored inside quotes" 
271      onclick="setRegexp('dataSplitter', ';'+notInsideQoute)"
272      tooltip="Splits data on semicolon, but not if they are inside quotes"
273    />
274  </m:menu>
275
276  <m:menu 
277    id="predefinedHeaders"
278    style="display: none;">
279    <m:menuitem 
280      title="Key = value" 
281      onclick="setRegexp('header', '(.+)=(.*)')"
282      tooltip="Headers have a key and value separated by an equal sign"
283    />
284    <m:menuitem
285      title="Key = value; remove whitespace and quotes"
286      onclick="setRegexp('header', whiteSpaceOrQuote + '(.+?)' + whiteSpaceOrQuote + '=' + whiteSpaceOrQuote + '(.*?)' + whiteSpaceOrQuote)"
287      tooltip="Header have a key and value separated by an equal sign; whitespace and quotes are removed"
288    />
289  </m:menu>
290 
291  <m:menu 
292    id="predefinedIgnore"
293    style="display: none;">
294    <m:menuitem 
295      title="# Comment" 
296      onclick="setRegexp('ignore', '#.*')"
297      tooltip="Ignore all lines starting with #"
298    />
299    <m:menuitem 
300      title="Empty line" 
301      onclick="setRegexp('ignore', '\\\\s*')"
302      tooltip="Ignore all lines that contains nothing but white-space"
303    />
304  </m:menu>
305
306    <form name="testwithfile" action="parse_file.jsp?ID=<%=ID%>" target="parsed" method="post" onsubmit="return false;">
307    <input type="hidden" name="file_id" value="">
308
309    <h3 class="docked">Test with file <base:help helpid="runplugin.testwithfile" /></h3>
310    <div class="boxed">
311      <table class="form">
312      <tr >
313        <td class="prompt">File to test</td>
314        <td colspan="3">
315          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
316            <tr>
317            <td><input type="text" class="text required" name="path" size="60" value="">&nbsp;</td>
318            <td><base:button 
319                title="Browse&hellip;"
320                onclick="browseOnClick()"
321                />
322            </td>
323            <td>&nbsp;</td>
324            <td><base:button title="Parse the file" onclick="doParse()" image="gonext.png"/></td>
325            </tr>
326          </table>
327        </td>
328      </tr>
329      <tr >
330        <td class="prompt">Lines to parse</td>
331        <td>
332          <input type="text" class="text" name="maxLines" size="12" maxlength="10"
333            value="<%=FlatFileParser.DEFAULT_MAX_UNKNOWN_LINES%>"
334            onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)">
335        </td>
336        <td class="prompt">Character set</td>
337        <td>
338          <select name="charset">
339          <%
340          String defaultCharset = Config.getCharset();
341          int numCommon = Config.getCommonCharsets().size();
342          int i = 0;
343          for (String charset : Config.getAllCharsets())
344          {
345            %>
346            <option value="<%=charset%>" 
347              <%=defaultCharset.equalsIgnoreCase(charset) ? "selected" : ""%> 
348              <%=i==numCommon ? "style=\"border-top: 1px solid #666666;\"" : "" %>><%=charset%>
349            <%
350            i++;
351          }
352          %>
353          </select>
354        </td>
355      </tr>
356      <tr >
357        <td class="prompt">Header regexp</td>
358        <td>
359          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
360          <tr>
361          <td>
362            <input type="text" class="text" name="header" size="40">&nbsp;
363          </td>
364          <td>
365            <base:button title="Predefined&hellip;" 
366              onclick="showPredefined(event, 'predefinedHeaders')" />
367          </td>
368          </tr>
369          </table>
370        </td>
371        <td class="prompt">Min data columns</td>
372        <td>
373          <input type="text" class="text" name="minDataColumns" size="12" maxlength="10"
374            onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)">
375        </td>
376      </tr>
377      <tr >
378        <td class="prompt">Data splitter regexp</td>
379        <td>
380          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
381          <tr>
382          <td>
383            <input type="text" class="text required" name="dataSplitter" size="40">&nbsp;
384          </td>
385          <td>
386            <base:button title="Predefined&hellip;" 
387              onclick="showPredefined(event, 'predefinedSplitters')" />
388          </td>
389          </tr>
390          </table>
391        </td>
392        <td class="prompt">Max data columns</td>
393        <td>
394          <input type="text" class="text" name="maxDataColumns" size="12" maxlength="10"
395            onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)">
396        </td>
397      </tr>
398      <tr >
399        <td class="prompt">Ignore regexp</td>
400        <td>
401          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
402          <tr>
403          <td>
404            <input type="text" class="text" name="ignore" size="40">&nbsp;
405          </td>
406          <td>
407            <base:button title="Predefined&hellip;" 
408              onclick="showPredefined(event, 'predefinedIgnore')" />
409          </td>
410          </tr>
411          </table>
412        </td>
413        <td class="prompt"><label for="trimQuotes">Remove quotes</label></td>
414        <td><input type="checkbox" name="trimQuotes" id="trimQuotes" value="1"></td>
415      </tr>
416      <tr >
417        <td class="prompt">Data header regexp</td>
418        <td>
419          <input type="text" class="text" name="dataHeader" size="40">
420        </td>
421      </tr>
422      <tr >
423        <td class="prompt">Data footer regexp</td>
424        <td>
425          <input type="text" class="text" name="dataFooter" size="40">
426        </td>
427      </tr>
428      </table>
429      <div align="right">&nbsp;<i><base:icon image="required.png" />= required information</i></div>
430     
431      <iframe name="parsed" id="idParsed" src="parse_file.jsp?ID=<%=ID%>" width="100%" 
432        frameborder="0" vspace="0" hspace="0"
433        marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no" style="overflow: hidden;;"></iframe>
434     
435     
436    </div>
437    </form>
438 
439    <table align="center">
440    <tr>
441      <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings();" title="Ok" /></td>
442      <td width="50%"><base:button onclick="window.close();" title="Cancel" /></td>
443    </tr>
444    </table>
445  </base:body>
446  </base:page>
447  <%
448}
449finally
450{
451  if (dc != null) dc.close();
452}
453%>
454
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.