source: trunk/www/include/menu.jsp @ 3679

Last change on this file since 3679 was 3679, checked in by Jari Häkkinen, 15 years ago

Changing the pesky "a (ä) character to a.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 36.2 KB
Line 
1<%-- $Id: menu.jsp 3679 2007-08-17 07:18:29Z jari $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg, Gregory Vincic
4  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson, Gregory Vincic
5  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24  ------------------------------------------------------------------
25
26  This page is included from the <base:page> taglib to display the
27  meny.
28
29  @param name
30    The name of the menu to display:
31    - standard: The standard menu for a logged in user
32    - login: The menu used on pages where no user is logged in
33    - exception: Used on error pages, does not display a menu at all
34    - auto: Will display either the "standard" or "login" menu
35
36  @author Nicklas
37  @version 2.0
38--%>
39<%@ page session="false"
40  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
41  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
42  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.Item"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
47  import="net.sf.basedb.core.User"
48  import="net.sf.basedb.core.Project"
49  import="net.sf.basedb.core.Client"
50  import="net.sf.basedb.core.StringUtil"
51  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
52  import="net.sf.basedb.core.Include"
53  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="java.util.HashMap"
60  import="java.util.ArrayList"
61  import="java.util.List"
62  import="java.util.Arrays"
63%>
64<%@ taglib prefix="m" uri="/WEB-INF/menu.tld" %>
65<%
66final SessionControl sc = Base.getSessionControl(pageContext, false);
67final String ID = sc == null ? "" : sc.getId();
68String name = Values.getString(request.getParameter("name"), "login");
69final String root = request.getContextPath()+"/";
70if ("exception".equals(name) && sc != null && sc.isLoggedIn()) name = "standard";
71
72if ("login".equals(name))
73{
74}
75else if ("recentItems".equals(name) && sc != null && sc.isLoggedIn())
76{
77  // Recently used items menu
78  String stickyItems = Values.getString(sc.getUserClientSetting("menu.mostRecent"), 
79    "EXPERIMENT:BIOASSAYSET:TRANSFORMATION");
80  boolean loadNames = Values.getBoolean(sc.getUserClientSetting("menu.mostRecent.loadNames"), 
81    true);
82  String recentItems = sc.getUserClientSetting("menu.mostRecent.viewed");
83  DbControl dc = loadNames ? sc.newDbControl() : null;
84  try
85  {
86    %>
87    <m:menu
88      id="mostRecent"
89      style="display: none;"
90      >
91      <%
92      int numItems = 0;
93      // Recently viewed items
94      List<String> recentlyViewed = recentItems == null ? 
95        new ArrayList<String>() : Arrays.asList(recentItems.split(":"));
96      if (recentlyViewed.size() > 0)
97      {
98        %>
99        <m:menuitem 
100          title="Recently viewed items" 
101          style="font-weight: bold; color: #000000; background: #e8e8e8;" 
102          enabled="false" 
103        />
104        <m:menuseparator />
105        <%
106        for (String recent : recentlyViewed)
107        {
108          String[] tmp = recent.split("=");
109          Item itemType = Item.valueOf(tmp[0]);
110          int itemId = Values.getInt(tmp[1], 0);
111          if (itemId != 0)
112          {
113            String shortName = "";
114            String fullName = "";
115            if (loadNames)
116            {
117              try
118              {
119                BasicItem item = itemType.getById(dc, itemId);
120                fullName = ((Nameable)item).getName();
121                shortName = HTML.encodeTags(StringUtil.trimString(fullName, 35));
122              }
123              catch (Throwable t)
124              {
125                continue;
126              }
127            }
128            else
129            {
130              fullName = itemType.toString() + "; id=" + itemId;
131              shortName = itemType + " (id=" + itemId + ")";
132            }
133            numItems++;
134            %>
135            <m:menuitem
136              title="<%=numItems + ". " + shortName%>"
137              onclick="<%="Main.viewOrEditItem('" + ID + "', '" + itemType.name() + "', " + itemId + ")"%>"
138              tooltip="<%="Go to " + HTML.encodeTags(fullName) + " (" + itemType + ")"%>"
139            />
140            <%
141          }
142        }
143      }
144      if (stickyItems != null && stickyItems.length() > 0)
145      {
146        int numSticky = 0;
147        if (numItems > 0)
148        {
149          %>
150          <m:menuseparator />
151          <%
152        }
153        %>
154        <m:menuitem 
155          title="Sticky items" 
156          style="font-weight: bold; color: #000000; background: #e8e8e8;" 
157          enabled="false" 
158        />
159        <m:menuseparator />
160        <%
161        // Sticky items
162        for (String recentItem : stickyItems.split(":"))
163        {
164          Item itemType = Item.valueOf(recentItem);
165          ItemContext cc = sc.getCurrentContext(itemType);
166          if (cc.getId() != 0)
167          {
168            String shortName = "";
169            String fullName = "";
170            if (loadNames)
171            {
172              try
173              {
174                BasicItem item = itemType.getById(dc, cc.getId());
175                fullName = ((Nameable)item).getName();
176                shortName = ": " + HTML.encodeTags(StringUtil.trimString(fullName, 30));
177              }
178              catch (Throwable t)
179              {
180                continue;
181              }
182            }
183            else
184            {
185              fullName = itemType.toString() + "; id=" + cc.getId();
186              shortName = " (id=" + cc.getId() + ")";
187            }
188            numItems++;
189            numSticky++;
190            %>
191            <m:menuitem
192              title="<%=itemType + shortName%>"
193              onclick="<%="Main.viewOrEditItem('" + ID + "', '" + itemType.name() + "', " + cc.getId() + ")"%>"
194              tooltip="<%="Go to " + HTML.encodeTags(fullName) + " (" + itemType + ")"%>"
195            />
196            <%
197            if (itemType == Item.BIOASSAYSET)
198            {
199              // Add menu for Experiment explorer as well
200              %>
201              <m:menuitem
202                title="<%="Experiment explorer"+HTML.encodeTags(shortName)%>"
203                onclick="<%="location.href = '"+root+"views/experiments/explorer/view/index.jsp?ID=" + ID + "&bioassayset_id="+cc.getId()+"'"%>"
204                tooltip="Go to experiment explorer"
205              />
206              <%
207            }
208          }
209        }
210        if (numSticky == 0)
211        {
212          %>
213          <m:menuitem 
214            title="<i>- no sticky items -</i>"
215            enabled="false"
216          />
217          <%
218        }
219      }
220      %>
221      <m:menuseparator />
222      <m:menuitem 
223        title="Options&hellip;" 
224        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/preferences.jsp?ID="+ID+"&page=mostRecent', 'Preferences', 500, 400);"%>"
225        tooltip="Change options for this menu" 
226      />
227    </m:menu>
228    <%
229  }
230  finally
231  {
232    if (dc != null) dc.close();
233  }
234}
235else if ("standard".equals(name))
236{
237  final DbControl dc = sc.newDbControl(); 
238  ItemResultList<Project> projects = null;
239  StringBuilder fillText = new StringBuilder();
240  try
241  {
242    fillText.append("<a href=\"javascript:void(0)\" title=\"Refresh current page\"");
243    fillText.append(" onclick=\"location.reload()\">");
244    fillText.append("<img src=\""+root+"images/refresh.gif\" border=\"0\"></a><span class=\"menuseparator\">&nbsp;&nbsp;</span>");
245   
246    fillText.append("<a href=\"javascript:void(0)\" title=\"Go to the most recently viewed item\"");
247    fillText.append(" onclick=\"Menu.toggleTopMenu(document.getElementById('mostRecent'), event.clientX-20, event.clientY); event.cancelBubble = true;\">");
248    fillText.append(" <img src=\""+root+"images/recent.png\" border=\"0\"><img src=\""+root+"images/sort_asc.gif\" border=\"0\"></a><span class=\"menuseparator\">&nbsp;&nbsp;</span>");
249   
250    Project activeProject = sc.getActiveProjectId() == 0 ? null : Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
251    fillText.append("<img src=\""+root+"images/project.gif\" border=\"0\"> <a href=\"javascript:void(0)\" title=\"Switch project\"");
252    fillText.append(" onclick=\"Menu.toggleTopMenu(document.getElementById('projects'), event.clientX-100, event.clientY); event.cancelBubble = true;\">");
253    fillText.append(activeProject == null ? "<i>- none -</i>" : HTML.encodeTags(activeProject.getName()));
254    fillText.append(" <img src=\""+root+"images/sort_asc.gif\" border=\"0\"></a><span class=\"menuseparator\">&nbsp;&nbsp;</span>");
255   
256    User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
257    String userPrompt = sc.isImpersonated() ? "Impersonated" : "User";
258    fillText.append("<img src=\""+root+"images/take_ownership.png\" border=\"0\"> <a href=\"javascript:void(0)\" title=\"Switch user/logout\"");
259    fillText.append(" onclick=\"javascript:Menu.toggleTopMenu(document.getElementById('switchuser'), event.clientX-100, event.clientY); event.cancelBubble = true;\">");
260    fillText.append(HTML.encodeTags(user.getLogin()));
261    fillText.append(" (").append(user.getName()).append(") <img src=\""+root+"images/sort_asc.gif\" border=\"0\"></a>");
262    %>
263    <%
264    // Permission settings
265    final boolean hasFiles              = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.FILE);
266    final boolean createFiles           =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.FILE);
267
268    final boolean hasProjects           = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PROJECT); 
269    final boolean createProjects        =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PROJECT); 
270
271    final boolean hasMessages           = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.MESSAGE); 
272    final boolean createMessages        =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.MESSAGE); 
273
274    final boolean hasLabels             = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.LABEL); 
275    final boolean createLabels          =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.LABEL); 
276
277    final boolean hasBioSources         = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.BIOSOURCE); 
278    final boolean createBioSources      =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOSOURCE); 
279
280    final boolean hasSamples            = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.SAMPLE); 
281    final boolean createSamples         =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE);
282
283    final boolean hasExtracts           = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.EXTRACT); 
284    final boolean createExtracts        =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT); 
285
286    final boolean hasLabeledExtracts    = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.LABELEDEXTRACT); 
287    final boolean createLabeledExtracts =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.LABELEDEXTRACT); 
288
289    final boolean hasHybridizations     = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.HYBRIDIZATION); 
290    final boolean createHybridizations  =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.HYBRIDIZATION); 
291
292    final boolean hasScans              = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.SCAN); 
293    final boolean createScans           =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SCAN); 
294    final boolean hasRawBioAssays       = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.RAWBIOASSAY); 
295    final boolean createRawBioAssays    =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY); 
296    final boolean hasExperiments        = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.EXPERIMENT); 
297    final boolean createExperiments     =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT); 
298    final boolean hasFormulas           = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.FORMULA); 
299    final boolean createFormulas        =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.FORMULA); 
300   
301    final boolean hasReporters          = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTER); 
302    final boolean hasReporterLists      = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTERLIST); 
303    final boolean createReporters       =  sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTER); 
304    final boolean hasJobs               = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.JOB); 
305    final boolean hasSessions           = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.SESSION); 
306    %>
307    <m:menu
308      id="view"
309      style="display: none"
310      >
311      <m:menuitem
312        title="Home" 
313        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"my_base/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
314      />
315      <m:menuitem
316        title="All items"
317        tooltip="View all items that you are the owner of"
318        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/items/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
319      />
320      <m:menuitem
321        title="Trashcan"
322        tooltip="View all items that have been marked for deletion"
323        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/trashcan/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
324      />
325      <m:menuseparator />
326      <m:menuitem 
327        title="Files" 
328        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"filemanager/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
329        tooltip="<%=hasFiles ? "Manage files" : "You do not have permission to manage files"%>" 
330        enabled="<%=hasFiles%>"
331      />
332      <m:menuitem
333        title="Projects"
334        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"my_base/projects/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
335        tooltip="Manage projects"
336        enabled="<%=hasProjects%>"
337      />
338      <m:menuitem 
339        title="Messages" 
340        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"my_base/messages/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
341        tooltip="<%=hasMessages ? "Read your messages" : "You do not have permission to read messages"%>" 
342        enabled="<%=hasMessages%>"
343      />
344      <m:menuitem 
345        title="Jobs" 
346        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/jobs/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
347        tooltip="<%=hasJobs ? "Check the status of your jobs" : "You do not have permission to access jobs"%>" 
348        enabled="<%=hasJobs%>"
349      />
350      <m:menuitem 
351        title="Sessions" 
352        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/sessions/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
353        tooltip="<%=hasSessions ? "Check you login sessions" : "You do not have permission to access sessions"%>" 
354        enabled="<%=hasSessions%>"
355      />
356      <m:menuseparator />
357      <m:menuitem
358        title="Biosources"
359        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"biomaterials/biosources/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
360        tooltip="<%=hasBioSources ? "Manage biosources" : "You do not have permission to manage biosources"%>"
361        enabled="<%=hasBioSources%>"
362      />
363      <m:menuitem
364        title="Samples"
365        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"biomaterials/samples/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
366        tooltip="<%=hasSamples ? "Manage samples" : "You do not have permission to manage samples"%>"
367        enabled="<%=hasSamples%>"
368      />
369      <m:menuitem
370        title="Extracts"
371        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"biomaterials/extracts/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
372        tooltip="<%=hasExtracts ? "Manage extracts" : "You do not have permission to manage extracts"%>"
373        enabled="<%=hasExtracts%>"
374      />
375      <m:menuitem
376        title="Labeled extracts"
377        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"biomaterials/labeledextracts/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
378        tooltip="<%=hasLabeledExtracts ? "Manage labeled extracts" : "You do not have permission to manage labeled extracts"%>"
379        enabled="<%=hasLabeledExtracts%>"
380      />
381      <m:menuitem
382        title="Labels"
383        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"biomaterials/labels/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
384        tooltip="<%=hasLabels ? "Manage labels" : "You do not have permission to manage labels"%>"
385        enabled="<%=hasLabels%>"
386      />
387      <m:menuseparator />
388      <m:menuitem
389        title="Hybridizations"
390        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/hybridizations/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
391        tooltip="<%=hasHybridizations ? "Manage hybridizations" : "You do not have permission to manage hybridizations"%>"
392        enabled="<%=hasHybridizations%>"
393      />
394      <m:menuitem
395        title="Scans"
396        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/scans/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
397        tooltip="<%=hasScans ? "Manage scans" : "You do not have permission to manage scans"%>"
398        enabled="<%=hasScans%>"
399      />
400      <m:menuitem
401        title="Raw bioassays"
402        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/rawbioassays/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
403        tooltip="<%=hasRawBioAssays ? "Manage raw bioassays" : "You do not have permission to manage raw bioassays"%>"
404        enabled="<%=hasRawBioAssays%>"
405      />
406      <m:menuitem
407        title="Experiments"
408        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/experiments/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
409        tooltip="<%=hasExperiments ? "Manage experiments" : "You do not have permission to manage experiments"%>"
410        enabled="<%=hasExperiments%>"
411      />
412      <m:menuitem
413        title="Formulas"
414        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/formulas/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
415        tooltip="<%=hasFormulas ? "Manage formulas" : "You do not have permission to manage formulas"%>"
416        enabled="<%=hasFormulas%>"
417      />
418      <m:menuseparator />
419      <m:menuitem
420        title="Reporters"
421        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/reporters/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
422        tooltip="<%=hasReporters ? "Manage reporters" : "You do not have permission to manage reporters"%>"
423        enabled="<%=hasReporters%>"
424      />
425      <m:menuitem
426        title="Reporter lists"
427        onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+"')"%>"
428        tooltip="<%=hasReporterLists ? "Manage reporter lists" : "You do not have permission to manage reporter lists"%>"
429        enabled="<%=hasReporterLists%>"
430      />
431
432    </m:menu>
433
434
435    <m:menu 
436      id="file" 
437      style="display: none"
438      >
439      <m:submenu 
440        subid="projects" 
441        title="Select project"
442        enabled="<%=hasProjects%>"
443      />
444      <m:menuseparator />
445      <m:menuitem 
446        title="Contact information&hellip;" 
447        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/settings.jsp?ID="+ID+"&page=contact', 'Settings', 500, 360);"%>" 
448        tooltip="Set your address, phone, email, etc." 
449      />
450      <m:menuitem 
451        title="Change password&hellip;" 
452        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/settings.jsp?ID="+ID+"&page=password', 'Settings', 500, 360);"%>" 
453        tooltip="Set your password" 
454      />
455      <m:menuitem 
456        title="Other information&hellip;" 
457        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/settings.jsp?ID="+ID+"&page=other', 'Settings', 500, 360);"%>" 
458        tooltip="Other user-related information" 
459      />
460      <m:menuseparator />
461      <m:menuitem 
462        title="Preferences&hellip;" 
463        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/preferences.jsp?ID="+ID+"', 'Preferences', 500, 400);"%>" 
464        tooltip="Change font sizes, etc." 
465      />
466      <m:menuitem 
467        title="Reload permissions" 
468        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/user/submit_user.jsp?ID="+ID+"&cmd=ReloadPermissions', 'ReloadPermissions', 300, 200);"%>" 
469        tooltip="Reload permissions" 
470      />
471      <m:menuseparator />
472      <m:menuitem 
473        title="Logout&hellip;" 
474        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"logout.jsp?ID="+ID+"', 'Logout', 360, 200);"%>"
475        tooltip="Exit from BASE" 
476      />
477    </m:menu>
478    <%
479    // Projects menu
480    int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
481    final ItemQuery<Project> projectQuery = Project.getQuery();
482    projectQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED);
483    projectQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
484    projectQuery.setCacheResult(true);
485    %>
486    <m:menu 
487      id="projects"
488      style="display: none"
489      >
490      <m:menuitem
491        title="<i>- no active project -</i>"
492        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/projects/set_active.jsp?ID="+ID+"', 'ActivateProject', 300, 140)"%>"
493        icon="<%=activeProjectId == 0 ? "checkedmenu.gif" : null%>"
494        enabled="<%=activeProjectId != 0%>"
495        tooltip="<%=activeProjectId == 0 ? "No project is active" : "Disable the currently active project"%>"
496      />
497      <%
498      projects = projectQuery.list(dc);
499      for (Project p : projects)
500      {
501        int projectId = p.getId();
502        boolean active = activeProjectId == projectId;
503        %>
504        <m:menuitem
505          title="<%=HTML.encodeTags(p.getName())%>"
506          style="<%=active ? "color: #000000; font-weight: bold;" : null %>"
507          onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"my_base/projects/set_active.jsp?ID="+ID+"&project_id="+p.getId()+"', 'ActivateProject', 300, 140)"%>"
508          icon="<%=active ? "checkedmenu.gif" : null%>"
509          enabled="<%=!active%>"
510          tooltip="<%=active ? "This is the active project" : "Set this project to the active project"%>"
511        />
512        <%
513      }
514      %>
515    </m:menu>
516   
517    <%
518    // Array LIMS - menu
519    final boolean hasPlateGeometries = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.PLATEGEOMETRY);
520    final boolean hasPlateTypes = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLATETYPE);
521    final boolean hasPlates = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLATE);
522    final boolean hasPlateMappings = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLATEMAPPING);
523    final boolean hasArraySlides = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.ARRAYSLIDE);
524    final boolean hasArrayBatches = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.ARRAYBATCH);
525    final boolean hasArrayDesigns = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.ARRAYDESIGN);
526    final boolean hasLims = hasPlateGeometries || hasPlateTypes || hasPlates || hasPlateMappings || 
527      hasArraySlides || hasArrayBatches || hasArrayDesigns;
528    if (hasLims)
529    {
530      %>
531      <m:menu 
532        id="lims" 
533        style="display: none"
534        >
535        <m:menuitem 
536          title="Plate geometries" 
537          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/geometries/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
538          tooltip="<%=hasPlateGeometries ? "Manage plate geometries" : "You do not have permission to manage plate geometries"%>" 
539          enabled="<%=hasPlateGeometries%>"
540        />
541        <m:menuitem 
542          title="Plate types" 
543          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/platetypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
544          tooltip="<%=hasPlateTypes ? "Manage plate types" : "You do not have permission to manage plate types"%>" 
545          enabled="<%=hasPlateTypes%>"
546        />
547        <m:menuitem 
548          title="Plates" 
549          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/plates/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
550          tooltip="<%=hasPlates ? "Manage plates" : "You do not have permission to manage plates"%>" 
551          enabled="<%=hasPlates%>"
552        />
553        <m:menuitem 
554          title="Plate mappings" 
555          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/platemappings/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
556          tooltip="<%=hasPlateTypes ? "Manage plate mappings" : "You do not have permission to manage plate mappings"%>" 
557          enabled="<%=hasPlateTypes%>"
558        />
559        <m:menuseparator />
560        <m:menuitem 
561          title="Array designs" 
562          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/arraydesigns/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
563          tooltip="<%=hasArrayDesigns ? "Manage array designs" : "You do not have permission to manage array designs"%>" 
564          enabled="<%=hasArrayDesigns%>"
565        />
566        <m:menuitem 
567          title="Array batches" 
568          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/arraybatches/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
569          tooltip="<%=hasArrayBatches ? "Manage array batches" : "You do not have permission to manage array batches"%>" 
570          enabled="<%=hasArrayBatches%>"
571        />
572        <m:menuitem 
573          title="Array slides" 
574          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"lims/arrayslides/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
575          tooltip="<%=hasArraySlides ? "Manage array slides" : "You do not have permission to manage array slides"%>" 
576          enabled="<%=hasArraySlides%>"
577        />
578      </m:menu>
579      <%
580    }
581    %>
582    <%
583    // Administrate -> Types menu
584    final boolean hasQuotaTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.QUOTATYPE);
585    final boolean hasProtocolTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.PROTOCOLTYPE);
586    final boolean hasFileTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.FILETYPE);
587    final boolean hasMimeTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.MIMETYPE);
588    final boolean hasHardwareTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.HARDWARETYPE);
589    final boolean hasSoftwareTypes = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.SOFTWARETYPE);
590    final boolean hasAnnotationTypeCategories = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.ANNOTATIONTYPECATEGORY);   
591    final boolean hasAnnotationTypes = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.ANNOTATIONTYPE);
592    final boolean hasReporterTypes = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTERTYPE);
593    final boolean hasExtraValueTypes = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.EXTRAVALUETYPE);
594    final boolean hasTypes = hasFileTypes || hasProtocolTypes || hasMimeTypes || hasQuotaTypes || 
595      hasSoftwareTypes || hasHardwareTypes || hasAnnotationTypeCategories || hasAnnotationTypes || 
596      hasReporterTypes || hasExtraValueTypes;
597    if (hasTypes)
598    {
599      %>
600      <m:menu 
601        id="types" 
602        style="display: none"
603        >
604        <m:menuitem 
605          title="Quota types" 
606          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/quotatypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
607          tooltip="<%=hasQuotaTypes ? "Administrate quota types" : "You do not have permission to administrate quota types"%>" 
608          enabled="<%=hasQuotaTypes%>"
609        />
610        <m:menuitem 
611          title="Protocol types" 
612          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/protocoltypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
613          tooltip="<%=hasProtocolTypes ? "Administrate protocol types" : "You do not have permission to administrate protocol types"%>" 
614          enabled="<%=hasProtocolTypes%>"
615        />
616        <m:menuitem 
617          title="File types" 
618          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/filetypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
619          tooltip="<%=hasFileTypes ? "Administrate file types" : "You do not have permission to administrate file types"%>" 
620          enabled="<%=hasFileTypes%>"
621        />
622        <m:menuitem 
623          title="MIME types" 
624          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/mimetypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
625          tooltip="<%=hasMimeTypes ? "Administrate MIME types" : "You do not have permission to administrate mime types"%>" 
626          enabled="<%=hasMimeTypes%>"
627        />
628        <m:menuitem 
629          title="Software types" 
630          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/softwaretypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
631          tooltip="<%=hasSoftwareTypes ? "Administrate software types" : "You do not have permission to administrate software types"%>" 
632          enabled="<%=hasSoftwareTypes%>"
633        />
634        <m:menuitem 
635          title="Hardware types" 
636          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/hardwaretypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
637          tooltip="<%=hasHardwareTypes ? "Administrate hardware types" : "You do not have permission to administrate hardware types"%>" 
638          enabled="<%=hasHardwareTypes%>"
639        />
640        <m:menuitem 
641          title="Annotation type categories" 
642          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/annotationtypecategories/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
643          tooltip="<%=hasAnnotationTypeCategories ? "Administrate annotation type categories" : "You do not have permission to administrate annotation types categories"%>" 
644          enabled="<%=hasAnnotationTypeCategories%>"
645        />
646        <m:menuitem 
647          title="Annotation types" 
648          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/annotationtypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
649          tooltip="<%=hasAnnotationTypes ? "Administrate annotation types" : "You do not have permission to administrate annotation types"%>" 
650          enabled="<%=hasAnnotationTypes%>"
651        />
652        <m:menuitem 
653          title="Reporter types" 
654          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/reportertypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
655          tooltip="<%=hasReporterTypes ? "Administrate reporter types" : "You do not have permission to administrate reporter types"%>" 
656          enabled="<%=hasReporterTypes%>"
657        />
658        <m:menuitem 
659          title="Extra value types" 
660          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/extravaluetypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
661          tooltip="<%=hasExtraValueTypes ? "Administrate extra value types" : "You do not have permission to administrate extra value types"%>" 
662          enabled="<%=hasExtraValueTypes%>"
663        />
664      </m:menu>
665      <%
666    }
667    %>
668   
669    <%
670    // Plugins menu
671    final boolean hasPluginTypes = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLUGINTYPE);
672    final boolean hasPluginDefinitions = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLUGINDEFINITION);
673    final boolean hasPluginConfigurations = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PLUGINCONFIGURATION);
674    final boolean hasJobAgents = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.JOBAGENT);
675    final boolean hasPlugins = hasPluginTypes || hasPluginDefinitions || 
676      hasPluginConfigurations || hasJobAgents;
677   
678    if (hasPlugins)
679    {
680      %>
681      <m:menu 
682        id="plugins" 
683        style="display: none"
684        >
685        <m:menuitem 
686          title="Types" 
687          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/plugintypes/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
688          tooltip="<%=hasPluginDefinitions ? "Administrate plugin types" : "You do not have permission to administrate plugin types"%>"
689          enabled="<%=hasPluginTypes%>"
690        />
691        <m:menuitem 
692          title="Definitions" 
693          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/plugindefinitions/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
694          tooltip="<%=hasPluginDefinitions ? "Administrate plugin definitions" : "You do not have permission to administrate plugin definitions"%>"
695          enabled="<%=hasPluginDefinitions%>"
696        />
697        <m:menuitem 
698          title="Configurations" 
699          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/pluginconfigurations/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
700          tooltip="<%=hasPluginConfigurations ? "Administrate plugin configurations" : "You do not have permission to administrate plugin configurations"%>"
701          enabled="<%=hasPluginConfigurations%>"
702        />
703        <m:menuseparator />
704        <m:menuitem 
705          title="Job agents" 
706          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/jobagents/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
707          tooltip="<%=hasJobAgents ? "Administrate job agents" : "You do not have permission to administrate job agents"%>"
708          enabled="<%=hasJobAgents%>"
709        />
710      </m:menu>
711      <%
712    }
713    %>
714 
715    <%
716    // Administrate menu
717    final boolean hasUsers = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.USER);
718    final boolean hasGroups = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.GROUP);
719    final boolean hasRoles = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.ROLE);
720    final boolean hasQuota = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.QUOTA);
721    final boolean hasSoftware = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.SOFTWARE);
722    final boolean hasHardware = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.HARDWARE);
723    final boolean hasProtocols = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.PROTOCOL);
724    final boolean hasClients = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.CLIENT);
725    final boolean hasNews = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.NEWS);
726    final boolean hasDiskUsage = sc.hasPermission(Permission.READ, Item.DISKUSAGE);
727    final Client currentClient = Client.getById(dc, sc.getClientId());
728    final boolean hasServer = currentClient.hasPermission(Permission.WRITE);
729
730    final boolean hasAdministrate = 
731      hasUsers || hasGroups || hasRoles || hasQuota || hasTypes || hasPlugins ||
732      hasSoftware || hasHardware || hasProtocols || hasClients || hasNews ||
733      hasDiskUsage || hasServer;
734
735    if (hasAdministrate)
736    {
737      %>
738      <m:menu 
739        id="administrate" 
740        style="display: none"
741        >
742        <m:menuitem 
743          title="Users" 
744          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/users/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
745          tooltip="<%=hasUsers ? "Administrate users" : "You do not have permission to administrate users"%>"
746          enabled="<%=hasUsers%>"
747        />
748        <m:menuitem 
749          title="Groups" 
750          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/groups/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
751          tooltip="<%=hasGroups ? "Administrate groups" : "You do not have permission to administrate groups"%>" 
752          enabled="<%=hasGroups%>"
753        />
754        <m:menuitem 
755          title="Roles" 
756          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/roles/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
757          tooltip="<%=hasRoles ? "Administrate roles" : "You do not have permission to administrate roles"%>" 
758          enabled="<%=hasRoles%>"
759        />
760        <m:menuseparator />
761        <m:submenu 
762          subid="plugins" 
763          title="Plugins"
764          tooltip="Administrate plugin definitions and configurations"
765          enabled="<%=hasPlugins%>"
766        />
767        <m:menuseparator />
768        <m:menuitem 
769          title="Quota" 
770          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/quota/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
771          tooltip="<%=hasQuota ? "Administrate quota" : "You do not have permission to administrate quota"%>" 
772          enabled="<%=hasQuota%>"
773        />
774        <m:menuitem 
775          title="Software" 
776          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/software/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
777          tooltip="<%=hasSoftware ? "Administrate software" : "You do not have permission to administrate software"%>" 
778          enabled="<%=hasSoftware%>"
779        />
780        <m:menuitem 
781          title="Hardware" 
782          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/hardware/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
783          tooltip="<%=hasHardware ? "Administrate hardware" : "You do not have permission to administrate hardware"%>" 
784          enabled="<%=hasHardware%>"
785        />
786        <m:menuitem 
787          title="Protocols" 
788          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/protocols/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
789          tooltip="<%=hasProtocols ? "Administrate protocols" : "You do not have permission to administrate protocols"%>" 
790          enabled="<%=hasProtocols%>"
791        />
792        <m:menuitem 
793          title="Clients" 
794          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/clients/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
795          tooltip="<%=hasClients ? "Administrate client applications" : "You do not have permission to administrate client applications"%>" 
796          enabled="<%=hasClients%>"
797        />
798        <m:menuitem 
799          title="News" 
800          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/news/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
801          tooltip="<%=hasNews ? "Administrate news" : "You do not have permission to administrate news"%>" 
802          enabled="<%=hasNews%>"
803        />
804        <m:menuseparator />
805        <m:submenu 
806          subid="types" 
807          title="Types"
808          tooltip="Administrate quota, file, hardware and software types"
809          enabled="<%=hasTypes%>"
810        />
811        <m:menuseparator />
812        <m:menuitem 
813          title="Disk usage" 
814          onclick="<%="Menu.openUrl('"+root+"admin/diskusage/index.jsp?ID="+ID+"')"%>" 
815          tooltip="<%=hasDiskUsage ? "Check disk usage" : "You do not have permission to check disk usage"%>" 
816          enabled="<%=hasDiskUsage%>"
817        />
818        <m:menuitem 
819          title="Server settings&hellip;"
820          onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"admin/server/configure.jsp?ID="+ID+"', 'ServerSettings', 500, 400);"%>"
821          tooltip="<%=hasServer ? "Configure the server" : "You do not have permission to configure the server"%>"
822          enabled="<%=hasServer%>"
823        />
824        <m:menuitem
825          title="Restart BASE&hellip;"
826          onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"admin/server/restart.jsp?ID="+ID+"', 'RestartServer', 360, 200);"%>"
827          tooltip="<%=hasServer ? "Restart the server" : "You do not have permission to restart the server"%>"
828          enabled="<%=hasServer%>"
829        />
830      </m:menu>
831      <%
832    }
833    %>
834    <%
835    // Help menu
836    final String helplink = Values.getStringOrNull(sc.getClientDefaultSetting("server.links.help"));
837    final String faqlink = Values.getStringOrNull(sc.getClientDefaultSetting("server.links.faq"));
838    final String reportbuglink = Values.getStringOrNull(sc.getClientDefaultSetting("server.links.reportbug"));
839    %>
840    <m:menu id="help" style="display: none">
841      <m:menuitem
842        visible="<%=HTML.isValidUrl(helplink)%>"
843        title="Help&hellip"
844        onclick="<%="window.open('"+helplink+"','Help')"%>"
845      />
846      <m:menuitem
847        visible="<%=HTML.isValidUrl(faqlink)%>"
848        title="FAQ&hellip"
849        onclick="<%="window.open('"+faqlink+"','FAQ')"%>"
850      />
851      <m:menuseparator />
852
853      <m:menuitem
854        title="About&hellip;"
855        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"info/about.jsp?ID="+ID+"&page=about', 'About', 500, 350)"%>"
856      />
857
858      <m:menuitem
859        title="License&hellip;"
860        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"info/about.jsp?ID="+ID+"&page=license', 'About', 500, 350)"%>"
861
862      />
863      <m:menuitem
864        visible="<%=HTML.isValidUrl(reportbuglink)%>"
865        title="Report a bug&hellip"
866        onclick="<%="window.open('"+reportbuglink+"','Reportbug')"%>"
867      />
868      <m:menuseparator />
869      <m:menuitem
870        title="Base project site" onclick="<%="Menu.openUrl('http://base.thep.lu.se', 'basesite')"%>"
871      />
872    </m:menu>
873   
874    <%
875    //Switch user/logout menu
876    final boolean hasImpersonate = 
877      !sc.isImpersonated() && sc.hasSystemPermission(Permission.ACT_AS_ANOTHER_USER);
878    %>
879    <m:menu
880      id="switchuser"
881      style="display: none;"
882      >
883      <m:menuitem 
884        title="Switch user&hellip;" 
885        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"switch.jsp?ID="+ID+"', 'Switch', 360, 200);"%>"
886        tooltip="Login as another user" 
887      />
888      <m:menuitem 
889        title="Impersonate&hellip;" 
890        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"impersonate.jsp?ID="+ID+"', 'Impersonate', 480, 240);"%>"
891        tooltip="Login as another user without knowing the password" 
892        visible="<%=hasImpersonate%>"
893      />
894      <m:menuitem 
895        title="Logout&hellip;" 
896        onclick="<%="Main.openPopup('"+root+"logout.jsp?ID="+ID+"', 'Logout', 360, 200);"%>"
897        tooltip="Exit from BASE" 
898      />
899    </m:menu>
900    <%
901    // Main menu
902    %>
903    <m:menu
904      type="horizontal"
905      clazz="menu_horizontal"
906      id="menubar"
907      style="top: 10px; left: 8px; width: 98%"
908      open="click"
909      filltext="<%=fillText.toString()%>"
910      >
911
912      <m:submenu
913        subid="file"
914        title="File"
915      />
916      <m:submenu
917        subid="view"
918        title="View"
919      />
920      <m:submenu
921        subid="lims"
922        title="Array LIMS"
923      />
924      <m:submenu
925        subid="administrate"
926        title="Administrate"
927        visible="<%=hasAdministrate%>"
928      />
929      <m:submenu
930        subid="help"
931        title="Help"
932      />
933    </m:menu>
934    <br><br>
935    <%
936  }
937  finally
938  {
939    if (dc != null) dc.close();
940  }
941
942}
943%>
944
945
946
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.