source: trunk/www/lims/arraybatches/list_batches.jsp @ 3552

Last change on this file since 3552 was 3552, checked in by Martin Svensson, 16 years ago

References #375. Only wants to do a commit before the weekend.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_batches.jsp 3552 2007-07-06 14:53:14Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) Authors contributing to this file.
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 2
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ArrayBatch"
32  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.Include"
38  import="net.sf.basedb.core.Type"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
48  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
50  import="net.sf.basedb.core.User"
51  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
52  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.util.Values"
60  import="java.util.ArrayList"
61  import="java.util.Iterator"
62  import="java.util.List"
63  import="java.util.Map"
64%>
65<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
66<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
67<%!
68  private static final Item itemType = Item.ARRAYBATCH;
69  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
70%>
71<%
72final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
73final String ID = sc.getId();
74final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
75final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
76
77final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
78final String callback = request.getParameter("callback");
79final String title = mode.generateTitle("array baatch", "array batches");
80final DbControl dc = sc.newDbControl();
81ItemResultIterator<ArrayBatch> batches = null;
82ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
83try
84{
85  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
86
87  // Query for slide relatated to the current batch
88  final ItemQuery<ArraySlide> slideQuery = ArraySlide.getQuery();
89  slideQuery.include(cc.getInclude());
90  slideQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("arrayBatch"), Expressions.parameter("arrayBatch")));
91  slideQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
92  final boolean createSlidePermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYSLIDE);   
93
94  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
95  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
96  try
97  {
98    final ItemQuery<ArrayBatch> query = Base.getConfiguredQuery(cc, true, ArrayBatch.getQuery(), mode);
99    batches = query.iterate(dc);
100  }
101  catch (Throwable t)
102  {
103    cc.setMessage(t.getMessage());
104  }
105  int numListed = 0;
106  %>
107  <base:page title="<%=title==null ? "Array batches" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
108  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
109    <script language="JavaScript">
110    var submitPage = 'index.jsp';
111    var formId = 'batches';
112    function newItem()
113    {
114      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
115    }
116    function editItem(itemId)
117    {
118      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
119    }
120    function viewItem(itemId)
121    {
122      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
123    }
124    function itemOnClick(evt, itemId)
125    {
126      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
127    }
128    function deleteItems()
129    {
130      var frm = document.forms[formId];
131      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
132      {
133        alert('Please select at least one item in the list');
134        return;
135      }
136      frm.action = submitPage;
137      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
138      frm.submit();
139    }
140    function restoreItems()
141    {
142      var frm = document.forms[formId];
143      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
144      {
145        alert('Please select at least one item in the list');
146        return;
147      }
148      frm.action = submitPage;
149      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
150      frm.submit();
151    }
152    function takeOwnership()
153    {
154      var frm = document.forms[formId];
155      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
156      {
157        alert('Please select at least one item in the list');
158        return;
159      }
160      if (confirm('Are you sure that you want to take ownership of the selected items? It can\'t be undone.'))
161      {
162        frm.action = submitPage;
163        frm.cmd.value = 'TakeOwnershipOfItems';
164        frm.submit();
165      }
166    }
167    function shareItem(itemId)
168    {
169      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareBatches', 500, 400);
170    }
171    function shareItems()
172    {
173      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
174    }
175    function configureColumns()
176    {
177      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
178    }
179    function runPlugin(cmd)
180    {
181      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
182    }
183    function returnSelected()
184    {
185      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
186      window.close();
187    }
188    function presetOnChange()
189    {
190      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
191    }
192    function newSlide(batchId)
193    {
194      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'ARRAYSLIDE', 0, true, '&arraybatch_id='+batchId);
195    }
196    function multipleNewSlides(batchId)
197    {     
198      Main.openPopup('../arrayslides/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=NewItems&arraybatch_id='+batchId, 'NewArraySlides', 800, 500);
199    }
200    </script>
201  </base:head>
202 
203  <base:body>
204    <%
205    if (cc.getMessage() != null)
206    {
207      %>
208      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
209      <%
210      cc.setMessage(null);
211    }
212    %>
213    <tbl:table 
214      id="batches" 
215      clazz="itemlist" 
216      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
217      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
218      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
219      title="<%=title%>"
220      action="index.jsp"
221      sc="<%=sc%>"
222      item="<%=itemType%>"
223      >
224      <tbl:hidden 
225        name="mode" 
226        value="<%=mode.getName()%>" 
227      />
228      <tbl:hidden 
229        name="callback" 
230        value="<%=callback%>" 
231        skip="<%=callback == null%>" 
232      />
233      <tbl:columndef 
234        id="name"
235        property="name"
236        datatype="string"
237        title="Name"
238        sortable="true" 
239        filterable="true"
240        exportable="true"
241        show="always" 
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="arrayDesign"
245        property="arrayDesign.name"
246        datatype="string"
247        title="Array design"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />
252      <tbl:columndef 
253        id="printRobot"
254        property="printRobot.name"
255        datatype="string"
256        title="Print robot"
257        sortable="true" 
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="protocol"
263        property="protocol.name"
264        datatype="string"
265        title="Protocol"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef
271        id="slides"
272        title="Slides"
273      />
274      <tbl:columndef 
275        id="owner"
276        property="owner.name"
277        datatype="string"
278        title="Owner"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="description"
285        property="description"
286        datatype="string"
287        title="Description" 
288        sortable="true" 
289        filterable="true" 
290        exportable="true"
291      />     
292      <%
293      for (AnnotationType at : annotationTypes)
294      {
295        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
296        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
297        if (at.isEnumeration())
298        {
299          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
300          List<?> values = at.getValues();
301          for (Object value : values)
302          {
303            String encoded = formatter.format(value);
304            annotationEnum.add(encoded, encoded);
305          }
306        }
307        %>
308        <tbl:columndef 
309          id="<%="at"+at.getId()%>"
310          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
311          property="<%="#"+at.getId()%>"
312          annotation="true"
313          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
314          enumeration="<%=annotationEnum%>"
315          sortable="false" 
316          filterable="true" 
317          exportable="true"
318          formatter="<%=formatter%>"
319        />
320        <%
321      }
322      %>
323      <tbl:columndef
324        id="permission"
325        title="Permission"
326      />
327      <tbl:columndef 
328        id="sharedTo"
329        title="Shared to"       
330      />
331      <tbl:toolbar
332        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
333        >
334        <tbl:button 
335          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
336          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
337          onclick="newItem()" 
338          title="New&hellip;" 
339          tooltip="<%=createPermission ? "Create new array batche" : "You do not have permission to create array batches"%>" 
340        />
341        <tbl:button 
342          image="delete.gif"
343          onclick="deleteItems()" 
344          title="Delete" 
345          tooltip="Delete the selected items" 
346        />
347        <tbl:button 
348          image="restore.gif"
349          onclick="restoreItems()" 
350          title="Restore" 
351          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
352        />
353        <tbl:button 
354          image="share.gif"
355          onclick="shareItems()" 
356          title="Share&hellip;" 
357          tooltip="Share the selected items"
358        />
359        <tbl:button 
360          image="take_ownership.png"
361          onclick="takeOwnership()" 
362          title="Take ownership&hellip;"
363          tooltip="Take ownership of the selected items"
364        />
365        <tbl:button 
366          image="columns.gif" 
367          onclick="configureColumns()" 
368          title="Columns&hellip;" 
369          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
370        />
371        <tbl:button 
372          image="import.gif" 
373          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
374          title="Import&hellip;" 
375          tooltip="Import data" 
376          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
377        />
378        <tbl:button 
379          image="export.gif" 
380          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
381          title="Export&hellip;" 
382          tooltip="Export data" 
383          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
384        />
385        <tbl:button 
386          image="runplugin.gif" 
387          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
388          title="Run plugin&hellip;" 
389          tooltip="Run a plugin" 
390          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
391        />
392      </tbl:toolbar>
393      <tbl:navigator
394        page="<%=cc.getPage()%>" 
395        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
396        totalrows="<%=batches == null ? 0 : batches.getTotalCount()%>" 
397        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
398      />
399      <tbl:data>
400        <tbl:columns>
401        <tbl:presetselector 
402          clazz="columnheader"
403          colspan="3"
404          onchange="presetOnChange()"
405        />
406        </tbl:columns>
407
408        <tr>
409          <tbl:header 
410            clazz="index"
411            >&nbsp;</tbl:header>
412          <tbl:header 
413            clazz="check" 
414            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
415            ><base:icon 
416              image="check_uncheck.gif" 
417              tooltip="Check/uncheck all" 
418              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
419            /></tbl:header>
420          <tbl:header 
421            clazz="check" 
422            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
423            >&nbsp;</tbl:header>
424          <tbl:header 
425            clazz="icons" 
426            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
427            >&nbsp;</tbl:header>
428          <tbl:propertyfilter />
429        </tr>
430         
431          <tbl:rows>
432          <%
433          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
434          int selectedItemId = cc.getId();
435          if (batches != null)
436          { 
437            while (batches.hasNext())
438            {
439              ArrayBatch item = batches.next();
440              int itemId = item.getId();
441              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
442              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
443              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
444              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
445              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
446                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
447              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
448              index++;
449              numListed++;
450              %>
451              <tbl:row>
452                <tbl:header 
453                  clazz="index"
454                  ><%=index%></tbl:header>
455                <tbl:header 
456                  clazz="check" 
457                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
458                  ><input 
459                    type="checkbox" 
460                    name="<%=itemId%>" 
461                    value="<%=itemId%>" 
462                    title="<%=name%>" 
463                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
464                  ></tbl:header>
465                <tbl:header 
466                  clazz="check" 
467                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
468                  ><input 
469                    type="radio" 
470                    name="item_id" 
471                    value="<%=itemId%>" 
472                    title="<%=name%>" 
473                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
474                  ></tbl:header>
475                <tbl:header 
476                  clazz="icons" 
477                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
478                  ><base:icon 
479                    image="deleted.gif" 
480                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
481                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
482                  /><base:icon 
483                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
484                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
485                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
486                    visible="<%=item.isShared()%>"
487                  />&nbsp;</tbl:header>
488                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
489                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
490                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
491                <tbl:cell column="arrayDesign"
492                  ><base:propertyvalue 
493                    item="<%=item%>" 
494                    property="arrayDesign"
495                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
496                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
497                  /></tbl:cell>
498                <tbl:cell column="printRobot"
499                  ><base:propertyvalue 
500                    item="<%=item%>" 
501                    property="printRobot"
502                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
503                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
504                  /></tbl:cell>
505                <tbl:cell column="protocol"
506                  ><base:propertyvalue 
507                    item="<%=item%>" 
508                    property="protocol"
509                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
510                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
511                  /></tbl:cell>
512                <tbl:cell column="slides">
513                  <%
514                  slideQuery.setParameter("arrayBatch", itemId, Type.INT);
515                  try
516                  {
517                    %>
518                    <%=slideQuery.count(dc)%>
519                    <%
520                  }
521                  catch (Throwable t)
522                  {
523                    %>
524                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
525                    <%
526                  }
527                  %>
528                  <base:icon
529                    image="add.png" 
530                    onclick="<%="newSlide("+itemId+")"%>" 
531                    tooltip="Create new slide" 
532                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createSlidePermission && usePermission %>"
533                  />
534                  <base:icon
535                    image="new_wizard.gif" 
536                    onclick="<%="multipleNewSlides("+itemId+")"%>" 
537                    tooltip="Create multiple new slides using a wizard" 
538                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createSlidePermission && usePermission %>"
539                  />
540                </tbl:cell>
541                <tbl:cell column="owner"
542                  ><base:propertyvalue 
543                    item="<%=item%>" 
544                    property="owner"
545                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
546                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
547                  /></tbl:cell>
548                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
549                <%
550                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
551                if (as != null)
552                {
553                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
554                  {
555                    if (as.hasAnnotation(at))
556                    {
557                      %>
558                      <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
559                        ><tbl:cellvalue 
560                        list="<%=as.getAnnotation(at).getValues()%>" 
561                      /></tbl:cell>
562                      <%
563                    }
564                  }
565                }
566                %>
567                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
568                <tbl:cell column="sharedTo">
569                  <%
570                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
571                  while(sharees.hasNext())
572                  {
573                    Nameable n = sharees.next();
574                    if (mode.hasPropertyLink())
575                    {
576                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
577                    }
578                    else
579                    {
580                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
581                    }
582                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
583                  }
584                  %>
585                </tbl:cell>
586              </tbl:row>
587              <%
588              }
589            }
590          %>
591          </tbl:rows>
592      </tbl:data>
593      <%
594      if (numListed == 0)
595      {
596        %>
597        <tbl:panel><%=batches == null || batches.getTotalCount() == 0 ? "No array batches were found" : "No array batches on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
598        <%
599      }
600      else
601      {
602        %>
603        <tbl:navigator
604          page="<%=cc.getPage()%>" 
605          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
606          totalrows="<%=batches == null ? 0 : batches.getTotalCount()%>" 
607          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
608          locked="true"
609        />
610        <%
611      }
612      %>
613    </tbl:table>
614    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
615      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
616      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
617      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
618    </base:buttongroup>
619    <br><br><br>
620  </base:body>
621  </base:page>
622  <%
623}
624finally
625{
626  if (batches != null) batches.close();
627  if (dc != null) dc.close();
628}
629%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.