source: trunk/www/lims/arraydesigns/features/list_features.jsp @ 4860

Last change on this file since 4860 was 4860, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #1282 Use WellCoordinateFormatter? to view row as a character and column as a number. The filters are not updated yet.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 22.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_features.jsp 4860 2009-03-27 14:45:27Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
32  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
33  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
34  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock"
35  import="net.sf.basedb.core.Feature"
36  import="net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod"
37  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
38  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
39  import="net.sf.basedb.core.Well"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
48  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
55  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
59  import="net.sf.basedb.util.Values"
60  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
61  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
63  import="java.util.List"
64  import="java.util.Map"
65  import="java.util.Date"
66%>
67<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
68<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
69<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
70<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
71<%!
72  private static final Item itemType = Item.FEATURE;
73  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
74%>
75<%
76final int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"));
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
78final String ID = sc.getId();
79final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
80
81final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
82final String callback = request.getParameter("callback");
83final String title = mode.generateTitle("feature", "features");
84final DbControl dc = sc.newDbControl();
85DataResultIterator<FeatureData> features = null;
86try
87{
88  final ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
89  final boolean isAffy = design.isAffyChip();
90  final FeatureIdentificationMethod fiMethod = design.getFeatureIdentificationMethod();
91  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
92  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
93
94  final DataQuery<FeatureData> query = design.getFeatures();
95
96  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
97  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
98  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
99  typeQuery.setCacheResult(true);
100 
101  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
102 
103  try
104  {
105    query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rpt", null, false));
106    cc.configureQuery(dc, query, true);
107    if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
108    if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
109    features = query.iterate(dc);
110  }
111  catch (Throwable t)
112  {
113    cc.setMessage(t.getMessage());
114  }
115  int numListed = 0;
116  %>
117<base:page title="<%=title%>">
118  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,headertabcontrol.css,path.css">
119    <script language="JavaScript">
120    var submitPage = 'index.jsp';
121    var formId = 'features';
122    function viewItem(itemId)
123    {
124      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false, '&arraydesign_id=<%=arrayDesignId%>');
125    }
126    function itemOnClick(evt, itemId)
127    {
128      viewItem(itemId);
129    }
130    function configureColumns()
131    {
132      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
133    }
134    function runPlugin(cmd)
135    {
136      Table.submitToPopup(formId, cmd, 540, 460);
137    }
138    function returnSelected()
139    {
140      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
141      window.close();
142    }
143    function presetOnChange()
144    {
145      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
146    }
147    function switchTab(tabControlId, tabId)
148    {
149      if (tabId == 'properties' || tabId == 'annotations' || tabId == 'overview')
150      {
151        location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=arrayDesignId%>&tab='+tabId;
152      }
153      else
154      {
155        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
156      }
157    }
158    function newReporterList()
159    {
160      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 540, 400);
161    }
162    </script>
163  </base:head>
164 
165  <base:body>
166    <p>
167    <p:path>
168      <p:pathelement title="Array designs" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" />
169      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(design.getName())%>" />
170    </p:path>
171
172    <t:tabcontrol id="main" active="images" switch="switchTab">
173    <t:tab id="properties" title="Properties" />
174    <t:tab id="annotations" title="Annotations" />
175   
176    <t:tab id="images" title="Features">
177   
178    <%
179    if (cc.getMessage() != null)
180    {
181      %>
182      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
183      <%
184      cc.setMessage(null);
185    }
186    %>
187    <tbl:table 
188      id="features" 
189      clazz="itemlist" 
190      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
191      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
192      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
193      title="<%=title%>"
194      action="index.jsp"
195      sc="<%=sc%>"
196      item="<%=itemType%>"
197      >
198      <tbl:hidden 
199        name="mode" 
200        value="<%=mode.getName()%>" 
201      />
202      <tbl:hidden 
203        name="arraydesign_id" 
204        value="<%=String.valueOf(arrayDesignId)%>" 
205      />
206      <tbl:hidden 
207        name="callback" 
208        value="<%=callback%>" 
209        skip="<%=callback == null%>" 
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="position"
213        clazz="uniquecol"
214        property="position"
215        datatype="int"
216        title="Position"
217        sortable="true" 
218        filterable="true"
219        exportable="true"
220        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "auto" : "always"%>"
221      />
222      <tbl:columndef 
223        id="id"
224        clazz="uniquecol"
225        property="id"
226        datatype="int"
227        title="ID"
228        sortable="true"
229        filterable="true"
230        exportable="true"
231      />
232      <tbl:columndef 
233        id="externalId"
234        clazz="uniquecol"
235        property="externalId"
236        datatype="string"
237        title="Feature ID"
238        sortable="true" 
239        filterable="true"
240        exportable="true"
241        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "always" : "auto"%>"
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="block"
245        property="arrayDesignBlock.blockNumber"
246        datatype="int"
247        title="Block"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />
252      <tbl:columndef 
253        id="metaGridX"
254        property="arrayDesignBlock.metaGridX"
255        datatype="int"
256        title="Meta grid X"
257        sortable="true" 
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="metaGridY"
263        property="arrayDesignBlock.metaGridY"
264        datatype="int"
265        title="Meta grid Y"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="row"
272        property="row"
273        datatype="int"
274        title="Row"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278        formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(true)%>"
279      />
280      <tbl:columndef 
281        id="column"
282        property="column"
283        datatype="int"
284        title="Column"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288        formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(false)%>"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="blockSizeX"
292        property="arrayDesignBlock.blockSizeX"
293        datatype="int"
294        title="Block size X"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="blockSizeY"
301        property="arrayDesignBlock.blockSizeY"
302        datatype="int"
303        title="Block size Y"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="originX"
310        property="arrayDesignBlock.originX"
311        datatype="int"
312        title="Origin X"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316      />
317      <tbl:columndef 
318        id="originY"
319        property="arrayDesignBlock.originY"
320        datatype="int"
321        title="Origin Y"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />
326      <tbl:columndef 
327        id="spacingX"
328        property="arrayDesignBlock.spacingX"
329        datatype="int"
330        title="Spacing X"
331        sortable="true" 
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334      />
335      <tbl:columndef 
336        id="spacingY"
337        property="arrayDesignBlock.spacingY"
338        datatype="int"
339        title="Spacing Y"
340        sortable="true" 
341        filterable="true"
342        exportable="true"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="diameter"
346        property="arrayDesignBlock.featureDiameter"
347        datatype="int"
348        title="Diameter"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352      />
353      <tbl:columndef
354        id="reporterList"
355        property="$rpt.£reporterListScores"
356        datatype="int"
357        title="[Rep] Reporter list"
358        filterable="true"
359        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
360        multiple="false"
361      />
362      <tbl:columndef 
363        id="reporter.name"
364        property="reporter.name"
365        datatype="string"
366        title="[Rep] Name"
367        sortable="true" 
368        filterable="true"
369        exportable="true"
370      />
371      <tbl:columndef 
372        id="reporter.externalId"
373        clazz="uniquecol"
374        property="reporter.externalId"
375        datatype="string"
376        title="[Rep] ID"
377        sortable="true" 
378        filterable="true"
379        exportable="true"
380      />
381      <tbl:columndef 
382        id="reporter.symbol"
383        property="reporter.symbol"
384        datatype="string"
385        title="[Rep] Gene symbol"
386        sortable="true" 
387        filterable="true"
388        exportable="true"
389      />
390      <tbl:columndef 
391        id="reporter.description"
392        property="reporter.description"
393        datatype="string"
394        title="[Rep] Description" 
395        sortable="true" 
396        filterable="true" 
397        exportable="true"
398      />
399      <tbl:columndef 
400        id="reporter.entryDate"
401        property="reporter.entryDate"
402        datatype="date"
403        title="[Rep] Registered"
404        sortable="true" 
405        filterable="true"
406        exportable="true"
407        formatter="<%=dateFormatter%>"
408      />
409      <tbl:columndef 
410        id="reporter.lastUpdate"
411        property="reporter.lastUpdate"
412        datatype="date"
413        title="[Rep] Last update" 
414        sortable="true" 
415        filterable="true" 
416        exportable="true"
417        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
418      />
419      <%
420      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
421      ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = typeQuery.list(dc);
422      types.add("", "- none -");
423      for (ReporterType rt : reporterTypes)
424      {
425        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
426      }
427      %>
428      <tbl:columndef 
429        id="reporter.reporterType"
430        property="reporter.reporterType"
431        sortproperty="reporter.reporterType.name"
432        exportproperty="reporter.reporterType.name"
433        datatype="int"
434        enumeration="<%=types%>"
435        title="[Rep] Type"
436        sortable="true" 
437        filterable="true"
438        exportable="true"
439      />
440      <%
441      if (reporterProperties != null)
442      {
443        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
444        {
445          String name = ep.getName();
446          %>
447          <tbl:columndef
448            id="<%="reporter."+name%>"
449            property="<%="reporter."+name%>"
450            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
451            title="<%="[Rep] "+HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
452            sortable="true"
453            filterable="true"
454            exportable="true"
455            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
456          />
457          <%
458        }
459      }
460      %>
461      <tbl:columndef 
462        id="well.row"
463        property="well.row"
464        datatype="int"
465        title="[Well] Row" 
466        sortable="true" 
467        filterable="true" 
468        exportable="true"
469      />
470      <tbl:columndef 
471        id="well.column"
472        property="well.column"
473        datatype="int"
474        title="[Well] Column" 
475        sortable="true" 
476        filterable="true" 
477        exportable="true"
478      />
479      <tbl:columndef 
480        id="well.plate"
481        property="well.plate.name"
482        datatype="string"
483        title="[Well] Plate" 
484        sortable="true" 
485        filterable="true" 
486        exportable="true"
487      />
488      <tbl:toolbar
489        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
490        >
491        <tbl:button 
492          image="columns.gif" 
493          onclick="configureColumns()" 
494          title="Columns&hellip;" 
495          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
496        />
497        <tbl:button
498          image="add.png"
499          onclick="newReporterList()"
500          title="New reporter list&hellip;"
501          tooltip="Create a new reporter list from matching features"
502          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
503        />
504        <tbl:button 
505          image="import.gif" 
506          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
507          title="Import&hellip;" 
508          tooltip="Import data" 
509          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
510        />
511        <tbl:button 
512          image="export.gif" 
513          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
514          title="Export&hellip;" 
515          tooltip="Export data" 
516          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
517        />
518        <tbl:button 
519          image="runplugin.gif" 
520          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
521          title="Run plugin&hellip;" 
522          tooltip="Run a plugin" 
523          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
524        />
525      </tbl:toolbar>
526      <tbl:navigator
527        page="<%=cc.getPage()%>" 
528        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
529        totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
530        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
531      />
532      <tbl:data>
533        <tbl:columns>
534        <tbl:presetselector 
535          clazz="columnheader"
536          colspan="3"
537          onchange="presetOnChange()"
538        />
539        </tbl:columns>
540         
541        <tr>
542          <tbl:header 
543            clazz="index"
544            >&nbsp;</tbl:header>
545          <tbl:header 
546            clazz="check" 
547            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
548            ><base:icon 
549              image="check_uncheck.gif" 
550              tooltip="Check/uncheck all" 
551              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
552            /></tbl:header>
553          <tbl:header 
554            clazz="check" 
555            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
556            />
557          <tbl:header 
558            clazz="icons" 
559            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
560            >&nbsp;</tbl:header>
561          <tbl:propertyfilter />
562        </tr>
563   
564          <tbl:rows>
565          <%
566          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
567          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
568          if (features != null)
569          {
570            String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
571              "Select this item" : "View this item";
572            while (features.hasNext())
573            {
574              FeatureData item = features.next();
575              ArrayDesignBlock block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, item);
576              int itemId = item.getId();
577              index++;
578              numListed++;
579              %>
580              <tbl:row>
581                <tbl:header 
582                  clazz="index"
583                  ><%=index%></tbl:header>
584                <tbl:header 
585                  clazz="check" 
586                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
587                  ><input 
588                      type="checkbox" 
589                      name="<%=itemId%>" 
590                      value="<%=itemId%>" 
591                      title="TODO" 
592                      <%=request.getParameter(Integer.toString(itemId)) == null ? "" : "checked"%> 
593                    ></tbl:header>
594                <tbl:header 
595                  clazz="check" 
596                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
597                  ><input 
598                      type="radio" 
599                      name="item_id" 
600                      value="<%=itemId%>" 
601                      title="TODO" 
602                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
603                    ></tbl:header>
604                <tbl:header 
605                  clazz="icons" 
606                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
607                  ></tbl:header>
608                <tbl:cell column="position"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
609                  title="<%=tooltip%>"><%=item.getPosition()%></div></tbl:cell>
610                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
611                <tbl:cell column="externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
612                  title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></div></tbl:cell>
613                <tbl:cell column="block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
614                <tbl:cell column="row" value="<%=item.getRow()%>"/>
615                <tbl:cell column="column" value="<%=item.getColumn()%>"/>
616                <tbl:cell column="metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
617                <tbl:cell column="metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
618                <tbl:cell column="blockSizeX"><%=block.getBlockSizeX()%></tbl:cell>
619                <tbl:cell column="blockSizeY"><%=block.getBlockSizeY()%></tbl:cell>
620                <tbl:cell column="originX"><%=block.getOriginX()%></tbl:cell>
621                <tbl:cell column="originY"><%=block.getOriginY()%></tbl:cell>
622                <tbl:cell column="spacingX"><%=block.getSpacingX()%></tbl:cell>
623                <tbl:cell column="spacingY"><%=block.getSpacingY()%></tbl:cell>
624                <tbl:cell column="diameter"><%=block.getFeatureDiameter()%></tbl:cell>
625                <%
626                ReporterData reporter = item.getReporter();
627                if (reporter == null)
628                {
629                  %>
630                  <tbl:cell column="reporter.name"><i>- none -</i></tbl:cell>
631                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
632                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><i>- none -</i></tbl:cell>
633                  <tbl:cell column="reporter.description"><i>- none -</i></tbl:cell>
634                  <tbl:cell column="entryDate"><i>- none -</i></tbl:cell>
635                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate"><i>- none -</i></tbl:cell>
636                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"><i>- none -</i></tbl:cell>
637                  <%
638                  if (reporterProperties != null)
639                  {
640                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
641                    {
642                      String name = ep.getName();
643                      %>
644                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><i>- none -</i></tbl:cell>
645                      <%
646                    }
647                  }
648                }
649                else
650                {
651                  %>
652                  <tbl:cell column="reporter.name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), true)%></tbl:cell>
653                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></tbl:cell>
654                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
655                  <tbl:cell column="reporter.description"><%=HTML.encodeTags(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
656                  <tbl:cell column="reporter.entryDate" value="<%=reporter.getEntryDate()%>" />
657                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate" value="<%=reporter.getLastUpdate()%>" />
658                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"
659                    ><base:propertyvalue 
660                      dbcontrol="<%=dc%>" 
661                      item="<%=reporter%>" 
662                      property="reporterType"
663                      enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
664                      enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
665                    /></tbl:cell>
666                  <%
667                  if (reporterProperties != null)
668                  {
669                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
670                    {
671                      String name = ep.getName();
672                      %>
673                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
674                      <%
675                    }
676                  }
677                }
678                %>
679                <%
680                Well well = null;
681                boolean readWell = true;
682                try
683                {
684                  well = Feature.getWell(dc, item);
685                }
686                catch (PermissionDeniedException ex)
687                {
688                  readWell = false;
689                }
690                if (!readWell)
691                {
692                  %>
693                  <tbl:cell column="well.row"><i>- denied -</i></tbl:cell>
694                  <tbl:cell column="well.column"><i>- denied -</i></tbl:cell>
695                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- denied -</i></tbl:cell>
696                  <%
697                }
698                else if (well == null)
699                {
700                  %>
701                  <tbl:cell column="well.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
702                  <tbl:cell column="well.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
703                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- none -</i></tbl:cell>
704                  <%
705                }
706                else
707                {
708                  %>
709                  <tbl:cell column="well.row"><%=well.getRow()%></tbl:cell>
710                  <tbl:cell column="well.column"><%=well.getColumn()%></tbl:cell>
711                  <tbl:cell column="well.plate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
712                  <%
713                }
714                %>
715              </tbl:row>
716              <%
717            }
718          }
719          %>
720          </tbl:rows>
721        </tbl:data>
722      <%
723      if (numListed == 0)
724      {
725        %>
726        <tbl:panel><%=features == null || features.getTotalCount() == 0 ? "No features were found" : "No features on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
727        <%
728      }
729      else
730      {
731        %>
732        <tbl:navigator
733          page="<%=cc.getPage()%>" 
734          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
735          totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
736          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
737          locked="true"
738        />
739        <%
740      }
741      %>
742    </tbl:table>
743    <base:buttongroup align="center">
744      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
745      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
746      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
747    </base:buttongroup>
748    </t:tab>
749    <t:tab id="overview" title="Overview" 
750      tooltip="Display a tree overview of related items" />
751    </t:tabcontrol>
752 
753  </base:body>
754  </base:page>
755  <%
756}
757finally
758{
759  if (features != null) features.close();
760  if (dc != null) dc.close();
761}
762%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.