source: trunk/www/lims/arraydesigns/features/list_features.jsp @ 5425

Last change on this file since 5425 was 5425, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1514: Fix character encoding of jsp files

I hope this fixes most of the issues, including the reporter list filtering in many places. Let's keep an eye open for more issues until it is time to release 2.16
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_features.jsp 5425 2010-09-23 13:30:07Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
32  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
33  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
34  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock"
35  import="net.sf.basedb.core.Feature"
36  import="net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod"
37  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
38  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
39  import="net.sf.basedb.core.Well"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
49  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
50  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Aggregations" 
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Selects"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Date"
76%>
77<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
78<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
79<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
80<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.FEATURE;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"));
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
89final String ID = sc.getId();
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("feature", "features");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96DataResultIterator<FeatureData> features = null;
97try
98{
99  final ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
100  final boolean isAffy = design.isAffyChip();
101  final FeatureIdentificationMethod fiMethod = design.getFeatureIdentificationMethod();
102  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
103  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
104 
105  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
106  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
107 
108  final DataQuery<FeatureData> query = design.getFeatures();
109
110  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
111  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
112  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
113  typeQuery.setCacheResult(true);
114 
115  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
116 
117  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
118  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
119  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
120  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
121  int maxRows = result.next().getRows();
122  for (int row = 0; row < maxRows; row++)
123  {
124    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
125  }
126 
127  try
128  {
129    query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rpt", null, true));
130    cc.configureQuery(dc, query, true);
131    if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
132    if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
133    features = query.iterate(dc);
134  }
135  catch (Throwable t)
136  {
137    cc.setMessage(t.getMessage());
138    t.printStackTrace();
139  }
140  int numListed = 0;
141  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
142  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
143  %>
144  <base:page title="<%=title%>">
145  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,headertabcontrol.css,path.css">
146    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
147    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
148    <script language="JavaScript">
149    var submitPage = 'index.jsp';
150    var formId = 'features';
151    function viewItem(itemId)
152    {
153      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false, '&arraydesign_id=<%=arrayDesignId%>');
154    }
155    function itemOnClick(evt, itemId)
156    {
157      viewItem(itemId);
158    }
159    function configureColumns()
160    {
161      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
162    }
163    function runPlugin(cmd)
164    {
165      Table.submitToPopup(formId, cmd, 540, 460);
166    }
167    function returnSelected()
168    {
169      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
170      window.close();
171    }
172    function presetOnChange()
173    {
174      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
175    }
176    function switchTab(tabControlId, tabId)
177    {
178      if (tabId == 'properties' || tabId == 'annotations' || tabId == 'overview' || tabId == 'history')
179      {
180        location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=arrayDesignId%>&tab='+tabId;
181      }
182      else
183      {
184        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
185      }
186    }
187    function newReporterList()
188    {
189      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 540, 400);
190    }
191    </script>
192  </base:head>
193 
194  <base:body>
195    <p>
196    <p:path>
197      <p:pathelement title="Array designs" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" />
198      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(design.getName())%>" />
199    </p:path>
200
201    <t:tabcontrol id="main" active="images" switch="switchTab">
202    <t:tab id="properties" title="Properties" />
203    <t:tab id="annotations" title="Annotations" />
204   
205    <t:tab id="images" title="Features">
206   
207    <%
208    if (cc.getMessage() != null)
209    {
210      %>
211      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
212      <%
213      cc.setMessage(null);
214    }
215    %>
216    <tbl:table 
217      id="features" 
218      clazz="itemlist" 
219      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
220      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
221      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
222      title="<%=title%>"
223      action="index.jsp"
224      sc="<%=sc%>"
225      item="<%=itemType%>"
226      >
227      <tbl:hidden 
228        name="mode" 
229        value="<%=mode.getName()%>" 
230      />
231      <tbl:hidden 
232        name="arraydesign_id" 
233        value="<%=String.valueOf(arrayDesignId)%>" 
234      />
235      <tbl:hidden 
236        name="callback" 
237        value="<%=callback%>" 
238        skip="<%=callback == null%>" 
239      />
240      <tbl:columndef 
241        id="position"
242        clazz="uniquecol"
243        property="position"
244        datatype="int"
245        title="Position"
246        sortable="true" 
247        filterable="true"
248        exportable="true"
249        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "auto" : "always"%>"
250      />
251      <tbl:columndef 
252        id="id"
253        clazz="uniquecol"
254        property="id"
255        datatype="int"
256        title="ID"
257        sortable="true"
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="externalId"
263        clazz="uniquecol"
264        property="externalId"
265        datatype="string"
266        title="Feature ID"
267        sortable="true" 
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "always" : "auto"%>"
271      />
272      <tbl:columndef 
273        id="block"
274        property="arrayDesignBlock.blockNumber"
275        datatype="int"
276        title="Block"
277        sortable="true" 
278        filterable="true"
279        exportable="true"
280      />
281      <tbl:columndef 
282        id="metaGridX"
283        property="arrayDesignBlock.metaGridX"
284        datatype="int"
285        title="Meta grid X"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="metaGridY"
292        property="arrayDesignBlock.metaGridY"
293        datatype="int"
294        title="Meta grid Y"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="row"
301        property="row"
302        datatype="int"
303        title="Row"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"       
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="column"
310        property="column"
311        datatype="int"
312        title="Column"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316      />
317      <tbl:columndef 
318        id="blockSizeX"
319        property="arrayDesignBlock.blockSizeX"
320        datatype="int"
321        title="Block size X"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />
326      <tbl:columndef 
327        id="blockSizeY"
328        property="arrayDesignBlock.blockSizeY"
329        datatype="int"
330        title="Block size Y"
331        sortable="true" 
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334      />
335      <tbl:columndef 
336        id="originX"
337        property="arrayDesignBlock.originX"
338        datatype="int"
339        title="Origin X"
340        sortable="true" 
341        filterable="true"
342        exportable="true"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="originY"
346        property="arrayDesignBlock.originY"
347        datatype="int"
348        title="Origin Y"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352      />
353      <tbl:columndef 
354        id="spacingX"
355        property="arrayDesignBlock.spacingX"
356        datatype="int"
357        title="Spacing X"
358        sortable="true" 
359        filterable="true"
360        exportable="true"
361      />
362      <tbl:columndef 
363        id="spacingY"
364        property="arrayDesignBlock.spacingY"
365        datatype="int"
366        title="Spacing Y"
367        sortable="true" 
368        filterable="true"
369        exportable="true"
370      />
371      <tbl:columndef 
372        id="diameter"
373        property="arrayDesignBlock.featureDiameter"
374        datatype="int"
375        title="Diameter"
376        sortable="true" 
377        filterable="true"
378        exportable="true"
379      />
380      <tbl:columndef
381        id="reporterList"
382        property="$rpt.£reporterListScores"
383        datatype="int"
384        title="[Rep] Reporter list"
385        filterable="true"
386        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
387        multiple="false"
388      />
389      <tbl:columndef 
390        id="reporter.name"
391        property="reporter.name"
392        datatype="string"
393        title="[Rep] Name"
394        sortable="true" 
395        filterable="true"
396        exportable="true"
397      />
398      <tbl:columndef 
399        id="reporter.externalId"
400        clazz="uniquecol"
401        property="reporter.externalId"
402        datatype="string"
403        title="[Rep] ID"
404        sortable="true" 
405        filterable="true"
406        exportable="true"
407      />
408      <tbl:columndef 
409        id="reporter.symbol"
410        property="reporter.symbol"
411        datatype="string"
412        title="[Rep] Gene symbol"
413        sortable="true" 
414        filterable="true"
415        exportable="true"
416      />
417      <tbl:columndef 
418        id="reporter.description"
419        property="reporter.description"
420        datatype="string"
421        title="[Rep] Description" 
422        sortable="true" 
423        filterable="true" 
424        exportable="true"
425      />
426      <tbl:columndef 
427        id="reporter.entryDate"
428        property="reporter.entryDate"
429        datatype="date"
430        title="[Rep] Registered"
431        sortable="true" 
432        filterable="true"
433        exportable="true"
434        formatter="<%=dateFormatter%>"
435      />
436      <tbl:columndef 
437        id="reporter.lastUpdate"
438        property="reporter.lastUpdate"
439        datatype="timestamp"
440        title="[Rep] Last update" 
441        sortable="true" 
442        filterable="true" 
443        exportable="true"
444        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
445      />
446      <%
447      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
448      ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = typeQuery.list(dc);
449      types.add("", "- none -");
450      for (ReporterType rt : reporterTypes)
451      {
452        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
453      }
454      %>
455      <tbl:columndef 
456        id="reporter.reporterType"
457        property="reporter.reporterType"
458        sortproperty="reporter.reporterType.name"
459        exportproperty="reporter.reporterType.name"
460        datatype="int"
461        enumeration="<%=types%>"
462        title="[Rep] Type"
463        sortable="true" 
464        filterable="true"
465        exportable="true"
466      />
467      <%
468      if (reporterProperties != null)
469      {
470        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
471        {
472          String name = ep.getName();
473          %>
474          <tbl:columndef
475            id="<%="reporter."+name%>"
476            property="<%="reporter."+name%>"
477            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
478            title="<%="[Rep] "+HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
479            sortable="true"
480            filterable="true"
481            exportable="true"
482            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
483          />
484          <%
485        }
486      }
487      %>
488      <tbl:columndef 
489        id="well.row"
490        property="well.row"
491        datatype="int"
492        title="[Well] Row" 
493        sortable="true" 
494        filterable="true" 
495        enumeration="<%=plateRows%>"
496        exportable="true"
497        formatter="<%=rowFormatter%>"
498      />
499      <tbl:columndef 
500        id="well.column"
501        property="well.column"
502        datatype="int"
503        title="[Well] Column" 
504        sortable="true" 
505        filterable="true" 
506        exportable="true"
507        formatter="<%=columnFormatter%>"
508      />
509      <tbl:columndef 
510        id="well.plate"
511        property="well.plate.name"
512        datatype="string"
513        title="[Well] Plate" 
514        sortable="true" 
515        filterable="true" 
516        exportable="true"
517      />
518      <tbl:toolbar
519        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
520        >
521        <tbl:button 
522          image="columns.gif" 
523          onclick="configureColumns()" 
524          title="Columns&hellip;" 
525          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
526        />
527        <tbl:button
528          image="add.png"
529          onclick="newReporterList()"
530          title="New reporter list&hellip;"
531          tooltip="Create a new reporter list from matching features"
532          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
533        />
534        <tbl:button 
535          image="import.gif" 
536          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
537          title="Import&hellip;" 
538          tooltip="Import data" 
539          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
540        />
541        <tbl:button 
542          image="export.gif" 
543          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
544          title="Export&hellip;" 
545          tooltip="Export data" 
546          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
547        />
548        <tbl:button 
549          image="runplugin.gif" 
550          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
551          title="Run plugin&hellip;" 
552          tooltip="Run a plugin" 
553          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
554        />
555        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
556          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
557      </tbl:toolbar>
558      <tbl:navigator
559        page="<%=cc.getPage()%>" 
560        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
561        totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
562        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
563      />
564      <tbl:data>
565        <tbl:columns>
566        <tbl:presetselector 
567          clazz="columnheader"
568          colspan="3"
569          onchange="presetOnChange()"
570        />
571        </tbl:columns>
572         
573        <tr>
574          <tbl:header 
575            clazz="index"
576            >&nbsp;</tbl:header>
577          <tbl:header 
578            clazz="check" 
579            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
580            ><base:icon 
581              image="check_uncheck.gif" 
582              tooltip="Check/uncheck all" 
583              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
584            /></tbl:header>
585          <tbl:header 
586            clazz="check" 
587            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
588            />
589          <tbl:header 
590            clazz="icons" 
591            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
592            >&nbsp;</tbl:header>
593          <tbl:propertyfilter />
594        </tr>
595   
596          <tbl:rows>
597          <%
598          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
599          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
600          if (features != null)
601          {
602            String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
603              "Select this item" : "View this item";
604            while (features.hasNext())
605            {
606              FeatureData item = features.next();
607              ArrayDesignBlock block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, item);
608              int itemId = item.getId();
609              index++;
610              numListed++;
611              %>
612              <tbl:row>
613                <tbl:header 
614                  clazz="index"
615                  ><%=index%></tbl:header>
616                <tbl:header 
617                  clazz="check" 
618                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
619                  ><input 
620                      type="checkbox" 
621                      name="<%=itemId%>" 
622                      value="<%=itemId%>" 
623                      title="TODO" 
624                      <%=request.getParameter(Integer.toString(itemId)) == null ? "" : "checked"%> 
625                    ></tbl:header>
626                <tbl:header 
627                  clazz="check" 
628                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
629                  ><input 
630                      type="radio" 
631                      name="item_id" 
632                      value="<%=itemId%>" 
633                      title="TODO" 
634                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
635                    ></tbl:header>
636                <tbl:header 
637                  clazz="icons" 
638                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
639                  ></tbl:header>
640                <tbl:cell column="position"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
641                  title="<%=tooltip%>"><%=item.getPosition()%></div></tbl:cell>
642                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
643                <tbl:cell column="externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
644                  title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></div></tbl:cell>
645                <tbl:cell column="block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
646                <tbl:cell column="row"><%=item.getRow()%></tbl:cell>
647                <tbl:cell column="column"><%=item.getColumn()%></tbl:cell>
648                <tbl:cell column="metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
649                <tbl:cell column="metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
650                <tbl:cell column="blockSizeX"><%=block.getBlockSizeX()%></tbl:cell>
651                <tbl:cell column="blockSizeY"><%=block.getBlockSizeY()%></tbl:cell>
652                <tbl:cell column="originX"><%=block.getOriginX()%></tbl:cell>
653                <tbl:cell column="originY"><%=block.getOriginY()%></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="spacingX"><%=block.getSpacingX()%></tbl:cell>
655                <tbl:cell column="spacingY"><%=block.getSpacingY()%></tbl:cell>
656                <tbl:cell column="diameter"><%=block.getFeatureDiameter()%></tbl:cell>
657                <%
658                ReporterData reporter = item.getReporter();
659                if (reporter == null)
660                {
661                  %>
662                  <tbl:cell column="reporter.name"><i>- none -</i></tbl:cell>
663                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
664                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><i>- none -</i></tbl:cell>
665                  <tbl:cell column="reporter.description"><i>- none -</i></tbl:cell>
666                  <tbl:cell column="entryDate"><i>- none -</i></tbl:cell>
667                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate"><i>- none -</i></tbl:cell>
668                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"><i>- none -</i></tbl:cell>
669                  <%
670                  if (reporterProperties != null)
671                  {
672                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
673                    {
674                      String name = ep.getName();
675                      %>
676                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><i>- none -</i></tbl:cell>
677                      <%
678                    }
679                  }
680                }
681                else
682                {
683                  %>
684                  <tbl:cell column="reporter.name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), true)%></tbl:cell>
685                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></tbl:cell>
686                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
687                  <tbl:cell column="reporter.description"><%=HTML.encodeTags(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
688                  <tbl:cell column="reporter.entryDate" value="<%=reporter.getEntryDate()%>" />
689                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate" value="<%=reporter.getLastUpdate()%>" />
690                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"
691                    ><base:propertyvalue 
692                      dbcontrol="<%=dc%>" 
693                      item="<%=reporter%>" 
694                      property="reporterType"
695                      enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
696                      enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
697                    /></tbl:cell>
698                  <%
699                  if (reporterProperties != null)
700                  {
701                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
702                    {
703                      String name = ep.getName();
704                      %>
705                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
706                      <%
707                    }
708                  }
709                }
710                %>
711                <%
712                Well well = null;
713                boolean readWell = true;
714                try
715                {
716                  well = Feature.getWell(dc, item);
717                }
718                catch (PermissionDeniedException ex)
719                {
720                  readWell = false;
721                }
722                if (!readWell)
723                {
724                  %>
725                  <tbl:cell column="well.row"><i>- denied -</i></tbl:cell>
726                  <tbl:cell column="well.column"><i>- denied -</i></tbl:cell>
727                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- denied -</i></tbl:cell>
728                  <%
729                }
730                else if (well == null)
731                {
732                  %>
733                  <tbl:cell column="well.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
734                  <tbl:cell column="well.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
735                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- none -</i></tbl:cell>
736                  <%
737                }
738                else
739                {
740                  %>
741                  <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
742                  <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
743                  <tbl:cell column="well.plate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
744                  <%
745                }
746                %>
747              </tbl:row>
748              <%
749            }
750          }
751          %>
752          </tbl:rows>
753        </tbl:data>
754      <%
755      if (numListed == 0)
756      {
757        %>
758        <tbl:panel><%=features == null || features.getTotalCount() == 0 ? "No features were found" : "No features on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
759        <%
760      }
761      else
762      {
763        %>
764        <tbl:navigator
765          page="<%=cc.getPage()%>" 
766          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
767          totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
768          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
769          locked="true"
770        />
771        <%
772      }
773      %>
774    </tbl:table>
775    <base:buttongroup align="center">
776      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
777      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
778      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
779    </base:buttongroup>
780    </t:tab>
781    <t:tab id="overview" title="Overview" 
782      tooltip="Display a tree overview of related items" />
783    <t:tab id="history" title="Change history" 
784        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
785        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
786    </t:tabcontrol>
787 
788  </base:body>
789  </base:page>
790  <%
791}
792finally
793{
794  if (features != null) features.close();
795  if (dc != null) dc.close();
796}
797%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.