source: trunk/www/lims/arraydesigns/features/list_features.jsp @ 5917

Last change on this file since 5917 was 5917, checked in by Nicklas Nordborg, 12 years ago

References #1655: GUI improvements

Edit dialogs for array lims.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_features.jsp 5917 2011-12-19 11:28:45Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
32  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
33  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
34  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock"
35  import="net.sf.basedb.core.Feature"
36  import="net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod"
37  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
38  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
39  import="net.sf.basedb.core.Well"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
49  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
50  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Aggregations" 
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Selects"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Date"
76%>
77<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
78<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
79<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
80<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.FEATURE;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
85%>
86<%
87final int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"));
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
89final String ID = sc.getId();
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("feature", "features");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96DataResultIterator<FeatureData> features = null;
97try
98{
99  final ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
100  final FeatureIdentificationMethod fiMethod = design.getFeatureIdentificationMethod();
101  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
102  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
103 
104  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
105  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
106 
107  final DataQuery<FeatureData> query = design.getFeatures();
108
109  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
110  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
111  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
112  typeQuery.setCacheResult(true);
113 
114  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
115 
116  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
117  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
118  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
119  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
120  int maxRows = result.next().getRows();
121  for (int row = 0; row < maxRows; row++)
122  {
123    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
124  }
125 
126  try
127  {
128    query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rpt", null, true));
129    cc.configureQuery(dc, query, true);
130    if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
131    if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
132    features = query.iterate(dc);
133  }
134  catch (Throwable t)
135  {
136    cc.setMessage(t.getMessage());
137    t.printStackTrace();
138  }
139  int numListed = 0;
140  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
141  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
142  %>
143  <base:page title="<%=title%>">
144  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,headertabcontrol.css,path.css">
145    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
146    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
147    <script language="JavaScript">
148    var submitPage = 'index.jsp';
149    var formId = 'features';
150    function viewItem(itemId)
151    {
152      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false, '&arraydesign_id=<%=arrayDesignId%>');
153    }
154    function itemOnClick(evt, itemId)
155    {
156      viewItem(itemId);
157    }
158    function configureColumns()
159    {
160      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
161    }
162    function runPlugin(cmd)
163    {
164      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
165    }
166    function returnSelected()
167    {
168      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
169      window.close();
170    }
171    function presetOnChange()
172    {
173      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
174    }
175    function switchTab(tabControlId, tabId)
176    {
177      if (tabId == 'properties' || tabId == 'annotations' || tabId == 'overview' || tabId == 'history')
178      {
179        location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=arrayDesignId%>&tab='+tabId;
180      }
181      else
182      {
183        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
184      }
185    }
186    function newReporterList()
187    {
188      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
189    }
190    </script>
191  </base:head>
192 
193  <base:body>
194    <p>
195    <p:path>
196      <p:pathelement title="Array designs" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" />
197      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(design.getName())%>" />
198    </p:path>
199
200    <t:tabcontrol id="main" active="images" switch="switchTab">
201    <t:tab id="properties" title="Properties" />
202    <t:tab id="annotations" title="Annotations" />
203   
204    <t:tab id="images" title="Features">
205   
206    <%
207    if (cc.getMessage() != null)
208    {
209      %>
210      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
211      <%
212      cc.setMessage(null);
213    }
214    %>
215    <tbl:table 
216      id="features" 
217      clazz="itemlist" 
218      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
219      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
220      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
221      title="<%=title%>"
222      action="index.jsp"
223      sc="<%=sc%>"
224      item="<%=itemType%>"
225      >
226      <tbl:hidden 
227        name="mode" 
228        value="<%=mode.getName()%>" 
229      />
230      <tbl:hidden 
231        name="arraydesign_id" 
232        value="<%=String.valueOf(arrayDesignId)%>" 
233      />
234      <tbl:hidden 
235        name="callback" 
236        value="<%=callback%>" 
237        skip="<%=callback == null%>" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="position"
241        clazz="uniquecol"
242        property="position"
243        datatype="int"
244        title="Position"
245        sortable="true" 
246        filterable="true"
247        exportable="true"
248        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "auto" : "always"%>"
249      />
250      <tbl:columndef 
251        id="id"
252        clazz="uniquecol"
253        property="id"
254        datatype="int"
255        title="ID"
256        sortable="true"
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="externalId"
262        clazz="uniquecol"
263        property="externalId"
264        datatype="string"
265        title="Feature ID"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269        show="<%=fiMethod == FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID ? "always" : "auto"%>"
270      />
271      <tbl:columndef 
272        id="block"
273        property="arrayDesignBlock.blockNumber"
274        datatype="int"
275        title="Block"
276        sortable="true" 
277        filterable="true"
278        exportable="true"
279      />
280      <tbl:columndef 
281        id="metaGridX"
282        property="arrayDesignBlock.metaGridX"
283        datatype="int"
284        title="Meta grid X"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="metaGridY"
291        property="arrayDesignBlock.metaGridY"
292        datatype="int"
293        title="Meta grid Y"
294        sortable="true" 
295        filterable="true"
296        exportable="true"
297      />
298      <tbl:columndef 
299        id="row"
300        property="row"
301        datatype="int"
302        title="Row"
303        sortable="true" 
304        filterable="true"
305        exportable="true"       
306      />
307      <tbl:columndef 
308        id="column"
309        property="column"
310        datatype="int"
311        title="Column"
312        sortable="true" 
313        filterable="true"
314        exportable="true"
315      />
316      <tbl:columndef 
317        id="blockSizeX"
318        property="arrayDesignBlock.blockSizeX"
319        datatype="int"
320        title="Block size X"
321        sortable="true" 
322        filterable="true"
323        exportable="true"
324      />
325      <tbl:columndef 
326        id="blockSizeY"
327        property="arrayDesignBlock.blockSizeY"
328        datatype="int"
329        title="Block size Y"
330        sortable="true" 
331        filterable="true"
332        exportable="true"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="originX"
336        property="arrayDesignBlock.originX"
337        datatype="int"
338        title="Origin X"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="originY"
345        property="arrayDesignBlock.originY"
346        datatype="int"
347        title="Origin Y"
348        sortable="true" 
349        filterable="true"
350        exportable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="spacingX"
354        property="arrayDesignBlock.spacingX"
355        datatype="int"
356        title="Spacing X"
357        sortable="true" 
358        filterable="true"
359        exportable="true"
360      />
361      <tbl:columndef 
362        id="spacingY"
363        property="arrayDesignBlock.spacingY"
364        datatype="int"
365        title="Spacing Y"
366        sortable="true" 
367        filterable="true"
368        exportable="true"
369      />
370      <tbl:columndef 
371        id="diameter"
372        property="arrayDesignBlock.featureDiameter"
373        datatype="int"
374        title="Diameter"
375        sortable="true" 
376        filterable="true"
377        exportable="true"
378      />
379      <tbl:columndef
380        id="reporterList"
381        property="$rpt.£reporterListScores"
382        datatype="int"
383        title="[Rep] Reporter list"
384        filterable="true"
385        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
386        multiple="false"
387      />
388      <tbl:columndef 
389        id="reporter.name"
390        property="reporter.name"
391        datatype="string"
392        title="[Rep] Name"
393        sortable="true" 
394        filterable="true"
395        exportable="true"
396      />
397      <tbl:columndef 
398        id="reporter.externalId"
399        clazz="uniquecol"
400        property="reporter.externalId"
401        datatype="string"
402        title="[Rep] ID"
403        sortable="true" 
404        filterable="true"
405        exportable="true"
406      />
407      <tbl:columndef 
408        id="reporter.symbol"
409        property="reporter.symbol"
410        datatype="string"
411        title="[Rep] Gene symbol"
412        sortable="true" 
413        filterable="true"
414        exportable="true"
415      />
416      <tbl:columndef 
417        id="reporter.description"
418        property="reporter.description"
419        datatype="string"
420        title="[Rep] Description" 
421        sortable="true" 
422        filterable="true" 
423        exportable="true"
424      />
425      <tbl:columndef 
426        id="reporter.entryDate"
427        property="reporter.entryDate"
428        datatype="date"
429        title="[Rep] Registered"
430        sortable="true" 
431        filterable="true"
432        exportable="true"
433        formatter="<%=dateFormatter%>"
434      />
435      <tbl:columndef 
436        id="reporter.lastUpdate"
437        property="reporter.lastUpdate"
438        datatype="timestamp"
439        title="[Rep] Last update" 
440        sortable="true" 
441        filterable="true" 
442        exportable="true"
443        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
444      />
445      <%
446      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
447      ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = typeQuery.list(dc);
448      types.add("", "- none -");
449      for (ReporterType rt : reporterTypes)
450      {
451        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
452      }
453      %>
454      <tbl:columndef 
455        id="reporter.reporterType"
456        property="reporter.reporterType"
457        sortproperty="reporter.reporterType.name"
458        exportproperty="reporter.reporterType.name"
459        datatype="int"
460        enumeration="<%=types%>"
461        title="[Rep] Type"
462        sortable="true" 
463        filterable="true"
464        exportable="true"
465      />
466      <%
467      if (reporterProperties != null)
468      {
469        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
470        {
471          String name = ep.getName();
472          %>
473          <tbl:columndef
474            id="<%="reporter."+name%>"
475            property="<%="reporter."+name%>"
476            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
477            title="<%="[Rep] "+HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
478            sortable="true"
479            filterable="true"
480            exportable="true"
481            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
482          />
483          <%
484        }
485      }
486      %>
487      <tbl:columndef 
488        id="well.row"
489        property="well.row"
490        datatype="int"
491        title="[Well] Row" 
492        sortable="true" 
493        filterable="true" 
494        enumeration="<%=plateRows%>"
495        exportable="true"
496        formatter="<%=rowFormatter%>"
497      />
498      <tbl:columndef 
499        id="well.column"
500        property="well.column"
501        datatype="int"
502        title="[Well] Column" 
503        sortable="true" 
504        filterable="true" 
505        exportable="true"
506        formatter="<%=columnFormatter%>"
507      />
508      <tbl:columndef 
509        id="well.plate"
510        property="well.plate.name"
511        datatype="string"
512        title="[Well] Plate" 
513        sortable="true" 
514        filterable="true" 
515        exportable="true"
516      />
517      <tbl:toolbar
518        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
519        >
520        <tbl:button 
521          image="columns.gif" 
522          onclick="configureColumns()" 
523          title="Columns&hellip;" 
524          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
525        />
526        <tbl:button
527          image="add.png"
528          onclick="newReporterList()"
529          title="New reporter list&hellip;"
530          tooltip="Create a new reporter list from matching features"
531          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
532        />
533        <tbl:button 
534          image="import.gif" 
535          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
536          title="Import&hellip;" 
537          tooltip="Import data" 
538          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
539        />
540        <tbl:button 
541          image="export.gif" 
542          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
543          title="Export&hellip;" 
544          tooltip="Export data" 
545          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
546        />
547        <tbl:button 
548          image="runplugin.gif" 
549          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
550          title="Run plugin&hellip;" 
551          tooltip="Run a plugin" 
552          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
553        />
554        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
555          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
556      </tbl:toolbar>
557      <tbl:navigator
558        page="<%=cc.getPage()%>" 
559        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
560        totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
561        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
562      />
563      <tbl:data>
564        <tbl:columns>
565        <tbl:presetselector 
566          clazz="columnheader"
567          colspan="3"
568          onchange="presetOnChange()"
569        />
570        </tbl:columns>
571         
572        <tr>
573          <tbl:header 
574            clazz="index"
575            >&nbsp;</tbl:header>
576          <tbl:header 
577            clazz="check" 
578            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
579            ><base:icon 
580              image="check_uncheck.gif" 
581              tooltip="Check/uncheck all" 
582              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
583            /></tbl:header>
584          <tbl:header 
585            clazz="check" 
586            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
587            />
588          <tbl:header 
589            clazz="icons" 
590            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
591            >&nbsp;</tbl:header>
592          <tbl:propertyfilter />
593        </tr>
594   
595          <tbl:rows>
596          <%
597          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
598          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
599          if (features != null)
600          {
601            String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
602              "Select this item" : "View this item";
603            while (features.hasNext())
604            {
605              FeatureData item = features.next();
606              ArrayDesignBlock block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, item);
607              int itemId = item.getId();
608              index++;
609              numListed++;
610              %>
611              <tbl:row>
612                <tbl:header 
613                  clazz="index"
614                  ><%=index%></tbl:header>
615                <tbl:header 
616                  clazz="check" 
617                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
618                  ><input 
619                      type="checkbox" 
620                      name="<%=itemId%>" 
621                      value="<%=itemId%>" 
622                      title="TODO" 
623                      <%=request.getParameter(Integer.toString(itemId)) == null ? "" : "checked"%> 
624                    ></tbl:header>
625                <tbl:header 
626                  clazz="check" 
627                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
628                  ><input 
629                      type="radio" 
630                      name="item_id" 
631                      value="<%=itemId%>" 
632                      title="TODO" 
633                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
634                    ></tbl:header>
635                <tbl:header 
636                  clazz="icons" 
637                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
638                  ></tbl:header>
639                <tbl:cell column="position"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
640                  title="<%=tooltip%>"><%=item.getPosition()%></div></tbl:cell>
641                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
642                <tbl:cell column="externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
643                  title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></div></tbl:cell>
644                <tbl:cell column="block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
645                <tbl:cell column="row"><%=item.getRow()%></tbl:cell>
646                <tbl:cell column="column"><%=item.getColumn()%></tbl:cell>
647                <tbl:cell column="metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
648                <tbl:cell column="metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
649                <tbl:cell column="blockSizeX"><%=block.getBlockSizeX()%></tbl:cell>
650                <tbl:cell column="blockSizeY"><%=block.getBlockSizeY()%></tbl:cell>
651                <tbl:cell column="originX"><%=block.getOriginX()%></tbl:cell>
652                <tbl:cell column="originY"><%=block.getOriginY()%></tbl:cell>
653                <tbl:cell column="spacingX"><%=block.getSpacingX()%></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="spacingY"><%=block.getSpacingY()%></tbl:cell>
655                <tbl:cell column="diameter"><%=block.getFeatureDiameter()%></tbl:cell>
656                <%
657                ReporterData reporter = item.getReporter();
658                if (reporter == null)
659                {
660                  %>
661                  <tbl:cell column="reporter.name"><i>- none -</i></tbl:cell>
662                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
663                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><i>- none -</i></tbl:cell>
664                  <tbl:cell column="reporter.description"><i>- none -</i></tbl:cell>
665                  <tbl:cell column="entryDate"><i>- none -</i></tbl:cell>
666                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate"><i>- none -</i></tbl:cell>
667                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"><i>- none -</i></tbl:cell>
668                  <%
669                  if (reporterProperties != null)
670                  {
671                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
672                    {
673                      String name = ep.getName();
674                      %>
675                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><i>- none -</i></tbl:cell>
676                      <%
677                    }
678                  }
679                }
680                else
681                {
682                  %>
683                  <tbl:cell column="reporter.name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), true)%></tbl:cell>
684                  <tbl:cell column="reporter.externalId"><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></tbl:cell>
685                  <tbl:cell column="reporter.symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
686                  <tbl:cell column="reporter.description"><%=HTML.encodeTags(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
687                  <tbl:cell column="reporter.entryDate" value="<%=reporter.getEntryDate()%>" />
688                  <tbl:cell column="reporter.lastUpdate" value="<%=reporter.getLastUpdate()%>" />
689                  <tbl:cell column="reporter.reporterType"
690                    ><base:propertyvalue 
691                      dbcontrol="<%=dc%>" 
692                      item="<%=reporter%>" 
693                      property="reporterType"
694                      enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
695                      enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
696                    /></tbl:cell>
697                  <%
698                  if (reporterProperties != null)
699                  {
700                    for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
701                    {
702                      String name = ep.getName();
703                      %>
704                      <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
705                      <%
706                    }
707                  }
708                }
709                %>
710                <%
711                Well well = null;
712                boolean readWell = true;
713                try
714                {
715                  well = Feature.getWell(dc, item);
716                }
717                catch (PermissionDeniedException ex)
718                {
719                  readWell = false;
720                }
721                if (!readWell)
722                {
723                  %>
724                  <tbl:cell column="well.row"><i>- denied -</i></tbl:cell>
725                  <tbl:cell column="well.column"><i>- denied -</i></tbl:cell>
726                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- denied -</i></tbl:cell>
727                  <%
728                }
729                else if (well == null)
730                {
731                  %>
732                  <tbl:cell column="well.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
733                  <tbl:cell column="well.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
734                  <tbl:cell column="well.plate"><i>- none -</i></tbl:cell>
735                  <%
736                }
737                else
738                {
739                  %>
740                  <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
741                  <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
742                  <tbl:cell column="well.plate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
743                  <%
744                }
745                %>
746              </tbl:row>
747              <%
748            }
749          }
750          %>
751          </tbl:rows>
752        </tbl:data>
753      <%
754      if (numListed == 0)
755      {
756        %>
757        <tbl:panel><%=features == null || features.getTotalCount() == 0 ? "No features were found" : "No features on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
758        <%
759      }
760      else
761      {
762        %>
763        <tbl:navigator
764          page="<%=cc.getPage()%>" 
765          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
766          totalrows="<%=features == null ? 0 : features.getTotalCount()%>" 
767          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
768          locked="true"
769        />
770        <%
771      }
772      %>
773    </tbl:table>
774    <base:buttongroup>
775      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
776      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
777      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
778    </base:buttongroup>
779    </t:tab>
780    <t:tab id="overview" title="Overview" 
781      tooltip="Display a tree overview of related items" />
782    <t:tab id="history" title="Change history" 
783        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
784        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
785    </t:tabcontrol>
786 
787  </base:body>
788  </base:page>
789  <%
790}
791finally
792{
793  if (features != null) features.close();
794  if (dc != null) dc.close();
795}
796%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.