source: trunk/www/lims/arraydesigns/list_designs.jsp @ 6702

Last change on this file since 6702 was 6702, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the array lims list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_designs.jsp 6702 2015-02-02 08:13:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
31  import="net.sf.basedb.core.ArrayBatch"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.PlatformVariant"
34  import="net.sf.basedb.core.File"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.Job"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.Type"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
45  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
46  import="net.sf.basedb.core.Permission"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
61  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
62  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
67  import="net.sf.basedb.util.Values"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="java.util.Iterator"
77  import="java.util.List"
78  import="java.util.Map"
79  import="java.util.Date"
80  import="java.util.ArrayList"
81%>
82<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
83<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
84<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
85<%!
86  private static final Item itemType = Item.ARRAYDESIGN;
87  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
88  private static final Enumeration<String, String> fiMethods = new Enumeration<String, String>();
89  static
90  {
91    for (FeatureIdentificationMethod fim : FeatureIdentificationMethod.values())
92    {
93      fiMethods.add(Integer.toString(fim.getValue()), fim.toString());
94    }
95    fiMethods.lock();
96  }
97%>
98<%
99final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
100final String ID = sc.getId();
101final String root = request.getContextPath()+"/";
102final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
103final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
104
105final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
106final String callback = request.getParameter("callback");
107final String title = mode.generateTitle("array design", "array designs");
108final DbControl dc = sc.newDbControl();
109ItemResultIterator<ArrayDesign> designs = null;
110List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
111try
112{
113  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
114  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
115  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
116  {
117    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
118  }
119  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
120  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
121  {
122    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
123  }
124
125  // Query for batches relatated to the current design
126  final ItemQuery<ArrayBatch> batchQuery = ArrayBatch.getQuery();
127  batchQuery.include(cc.getInclude());
128  batchQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("arrayDesign"), Expressions.parameter("arrayDesign")));
129  batchQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
130  final boolean createBatchPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYBATCH);   
131
132  // Get all platforms
133  final ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
134  platformQuery.include(cc.getInclude());
135  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
136  platformQuery.setCacheResult(true);
137  Enumeration<String, String> platforms = new Enumeration<String, String>();
138  for (Platform p : platformQuery.list(dc))
139  {
140    platforms.add(Integer.toString(p.getId()), p.getName());
141  }
142 
143  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
144  try
145  {
146    final ItemQuery<ArrayDesign> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, ArrayDesign.getQuery(), mode);
147    designs = query.iterate(dc);
148  }
149  catch (Throwable t)
150  {
151    cc.setMessage(t.getMessage());
152    t.printStackTrace();
153  }
154  int numListed = 0;
155  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
156  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
157  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
158  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
159  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
160  %>
161  <base:page title="<%=title==null ? "Array designs" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
162  <base:head scripts="table.js,~designs.js" styles="table.css,toolbar.css">
163    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
164    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
165  </base:head>
166 
167  <base:body>
168    <h1><%=title==null ? "Array designs" : title%></h1>
169    <div class="content">
170    <tbl:table 
171      id="designs" 
172      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
173      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
174      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
175      action="index.jsp"
176      sc="<%=sc%>"
177      item="<%=itemType%>"
178      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
179      subclass="fulltable"
180      data-inherited-annotations="true"
181      >
182      <tbl:hidden 
183        name="mode" 
184        value="<%=mode.getName()%>" 
185      />
186      <tbl:hidden 
187        name="callback" 
188        value="<%=callback%>" 
189        skip="<%=callback == null%>" 
190      />
191      <tbl:columndef 
192        id="name"
193        property="name"
194        datatype="string"
195        title="Name"
196        sortable="true" 
197        filterable="true"
198        exportable="true"
199        show="always" 
200      />
201      <tbl:columndef 
202        id="id"
203        clazz="uniquecol"
204        property="id"
205        datatype="int"
206        title="ID"
207        sortable="true"
208        filterable="true"
209        exportable="true"
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="entryDate"
213        property="entryDate"
214        datatype="date"
215        title="Registered"
216        sortable="true" 
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219        formatter="<%=dateFormatter%>"
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="hasFeatures"
223        property="hasFeatures"
224        datatype="boolean"
225        title="Has features"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229      />
230      <tbl:columndef 
231        id="numDbFeatures"
232        property="numDbFeatures"
233        datatype="int"
234        title="Db features"
235        sortable="true" 
236        filterable="true"
237        exportable="true"
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="numFileFeatures"
241        property="numFileFeatures"
242        datatype="int"
243        title="File features"
244        sortable="true" 
245        filterable="true"
246        exportable="true"
247      />
248      <tbl:columndef 
249        id="platform"
250        property="platform"
251        sortproperty="platform.name"
252        exportproperty="platform.name:string"
253        datatype="int"
254        enumeration="<%=platforms%>"
255        title="Platform"
256        sortable="true" 
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      /> 
260      <tbl:columndef 
261        id="variant"
262        property="variant.name"
263        datatype="string"
264        title="Variant"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268      /> 
269      <tbl:columndef 
270        id="featureIdentificationMethod"
271        property="featureIdentificationMethod"
272        datatype="int"
273        title="Feature ID meth."
274        tooltip="Feature identification method"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278        enumeration="<%=fiMethods%>"
279      /> 
280      <tbl:columndef 
281        id="numArrays"
282        property="numArrays"
283        datatype="int"
284        title="Arrays/slide"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="plugin"
291        property="job.pluginDefinition.name"
292        datatype="string"
293        title="Plugin"
294        sortable="true"
295        filterable="true"
296        exportable="true"
297        tooltip="The plug-in that was used to import features"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="configuration"
301        property="job.pluginConfiguration.name"
302        datatype="string"
303        title="Configuration"
304        sortable="true"
305        filterable="true"
306        exportable="true" 
307        tooltip="The configuration/file format that was used to import features"
308      />
309      <tbl:columndef 
310        id="importdate"
311        property="job.ended"
312        datatype="date"
313        title="Import date"
314        sortable="true"
315        filterable="true"
316        exportable="true" 
317        tooltip="The date and time of the feature import"
318        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
319      />
320      <tbl:columndef
321        id="batches"
322        title="Batches"
323        property="&arrayBatches(name)"
324        datatype="string"
325        filterable="true"
326        exportable="true"
327      />
328      <tbl:columndef 
329        id="owner"
330        property="owner.name"
331        datatype="string"
332        title="Owner"
333        sortable="true" 
334        filterable="true"
335        exportable="true"
336      />
337      <tbl:columndef 
338        id="description"
339        property="description"
340        datatype="string"
341        title="Description" 
342        sortable="true" 
343        filterable="true" 
344        exportable="true"
345      />     
346      <%
347      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
348      {
349        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
350        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
351        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
352        if (at.isEnumeration())
353        {
354          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
355          List<?> values = at.getValues();
356          for (Object value : values)
357          {
358            String encoded = formatter.format(value);
359            annotationEnum.add(encoded, encoded);
360          }
361        }
362        %>
363        <tbl:columndef 
364          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
365          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
366          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
367          annotation="true"
368          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
369          enumeration="<%=annotationEnum%>"
370          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
371          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
372          filterable="true" 
373          exportable="true"
374          formatter="<%=formatter%>"
375          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
376        />
377        <%
378      }
379      %>
380      <tbl:columndef
381        id="permission"
382        title="Permission"
383      />
384      <tbl:columndef
385        id="sharedTo"
386        title="Shared to"
387        filterable="true"
388        filterproperty="!sharedTo.name"
389        datatype="string"
390      />
391      <tbl:columndef 
392        id="xt-columns" 
393        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
394        jspcontext="<%=jspContext%>" 
395      />
396      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
397        <tbl:toolbar
398          subclass="bottomborder"
399          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
400          >
401          <tbl:button 
402            id="btnNewItem"
403            disabled="<%=!createPermission%>" 
404            image="new.png" 
405            title="New&hellip;" 
406            tooltip="<%=createPermission ? "Create new array design" : "You do not have permission to create array designs"%>" 
407          />
408          <tbl:button 
409            id="btnDeleteItems"
410            image="delete.png"
411            title="Delete" 
412            tooltip="Delete the selected items" 
413          />
414          <tbl:button 
415            id="btnRestoreItems"
416            image="restore.png"
417            title="Restore" 
418            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
419          />
420          <tbl:button 
421            id="btnShareItems"
422            image="share.png"
423            title="Share&hellip;" 
424            tooltip="Share the selected items"
425          />
426          <tbl:button 
427            id="btnSetOwner"
428            image="take_ownership.png"
429            title="Set owner&hellip;"
430            tooltip="Change owner of the selected items"
431          />
432          <tbl:button 
433            id="btnColumns"
434            image="columns.png" 
435            title="Columns&hellip;" 
436            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
437          />
438          <tbl:button
439            id="btnInheritAnnotations"
440            image="inherit.png"
441            title="Inherit annotations&hellip;"
442            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
443          />
444          <tbl:button 
445            id="btnImport"
446            data-plugin-type="IMPORT"
447            image="import.png" 
448            title="Import&hellip;" 
449            tooltip="Import data" 
450            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
451          />
452          <tbl:button 
453            id="btnExport"
454            data-plugin-type="EXPORT"
455            image="export.png" 
456            title="Export&hellip;" 
457            tooltip="Export data" 
458            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
459          />
460          <tbl:button 
461            id="btnRunPlugin"
462            data-plugin-type="OTHER"
463            image="runplugin.png" 
464            title="Run plugin&hellip;" 
465            tooltip="Run a plugin" 
466            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
467          />
468          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
469            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
470        </tbl:toolbar>
471        <tbl:panel>
472          <tbl:presetselector />
473          <tbl:navigator
474            page="<%=cc.getPage()%>" 
475            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
476            totalrows="<%=designs == null ? 0 : designs.getTotalCount()%>" 
477            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
478          />
479        </tbl:panel>
480      </div>
481      <tbl:data>
482        <tbl:headers>
483          <tbl:headerrow>
484            <tbl:header colspan="3" />
485            <tbl:columnheaders />
486          </tbl:headerrow>
487          <%
488          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
489          int numRows = cc.getFilterRows();
490          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
491          {
492            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
493            %>
494            <tbl:headerrow>
495              <tbl:header subclass="index" />
496              <tbl:header 
497                subclass="check" 
498                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
499                ><base:icon 
500                  id="check.uncheck"
501                  image="check_uncheck.png" 
502                  tooltip="Check/uncheck all" 
503                  visible="<%=lastRow%>"
504                /></tbl:header>
505              <tbl:header 
506                subclass="check" 
507                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
508                />
509              <tbl:header 
510                subclass="icons" 
511                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
512                >
513                <base:icon
514                  subclass="link table-filter-row-action"
515                  image="add.png"
516                  tooltip="Add extra filter row"
517                  visible="<%=lastRow%>"
518                /><base:icon
519                  subclass="link table-filter-row-action"
520                  image="remove.png"
521                  tooltip="Remove this filter row"
522                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
523                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
524                />
525              </tbl:header>
526              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
527            </tbl:headerrow>
528            <%
529          }
530          %>
531        </tbl:headers>
532        <tbl:rows>
533          <%
534          if (cc.getMessage() != null)
535          {
536            %>
537            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
538              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
539            </tbl:panel>
540            <%
541            cc.setMessage(null);
542          }
543          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
544          int selectedItemId = cc.getId();
545          if (designs != null)
546          {           
547            while (designs.hasNext())
548            {
549              ArrayDesign item = designs.next();
550              Job job = null;
551              try
552              {
553                job = item.getJob();
554              }
555              catch (Throwable t)
556              {}
557              int itemId = item.getId();
558             
559             
560              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
561              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
562              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
563              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
564              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
565                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
566              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
567              index++;
568              numListed++;
569              %>
570              <tbl:row>
571                <tbl:header 
572                  clazz="index"
573                  ><%=index%></tbl:header>
574                <tbl:header 
575                  clazz="check" 
576                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
577                  ><input 
578                    type="checkbox" 
579                    name="<%=itemId%>" 
580                    value="<%=itemId%>" 
581                    title="<%=name%>" 
582                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
583                  ></tbl:header>
584                <tbl:header 
585                  clazz="check" 
586                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
587                  ><input 
588                    type="radio" 
589                    name="item_id" 
590                    value="<%=itemId%>" 
591                    title="<%=name%>" 
592                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
593                  ></tbl:header>
594                <tbl:header 
595                  clazz="icons" 
596                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
597                  ><base:icon 
598                    image="deleted.png"
599                    id="<%="delete."+itemId %>"
600                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
601                    data-item-id="<%=itemId%>"
602                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
603                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
604                  /><base:icon 
605                    image="shared.png" 
606                    id="<%="share."+itemId %>"
607                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
608                    data-item-id="<%=itemId%>"
609                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
610                    visible="<%=item.isShared()%>"
611                  />&nbsp;</tbl:header>
612                <tbl:cell column="name"><div
613                  class="link table-item"
614                  data-item-id="<%=itemId%>"
615                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
616                  tabindex="0"
617                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
618                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
619                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
620                <tbl:cell column="platform"
621                  ><base:propertyvalue 
622                    item="<%=item%>" 
623                    property="platform"
624                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
625                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
626                  /></tbl:cell>
627                <tbl:cell column="variant"
628                  ><base:propertyvalue 
629                    item="<%=item%>" 
630                    property="variant"
631                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
632                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
633                  /></tbl:cell>
634                <tbl:cell column="hasFeatures"><%=item.hasFeatures() ? "yes" : "no"%></tbl:cell>
635                <tbl:cell column="numDbFeatures"><%=item.getNumDbFeatures()%></tbl:cell>
636                <tbl:cell column="numFileFeatures"><%=item.getNumFileFeatures()%></tbl:cell>
637                <tbl:cell column="featureIdentificationMethod"><%=item.getFeatureIdentificationMethod()%></tbl:cell>
638                <tbl:cell column="numArrays"><%=item.getNumArrays()%></tbl:cell>
639                <tbl:cell column="plugin">
640                  <base:propertyvalue 
641                    item="<%=item%>"
642                    property="job.pluginDefinition" 
643                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
644                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
645                    />
646                </tbl:cell>
647                <tbl:cell column="configuration">
648                  <base:propertyvalue 
649                    item="<%=item%>"
650                    property="job.pluginConfiguration" 
651                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
652                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
653                  />
654                </tbl:cell>
655                <tbl:cell 
656                  column="importdate" 
657                  value="<%=job == null ? null : job.getEnded() %>" 
658                />
659                <tbl:cell column="batches">
660                  <%
661                  batchQuery.setParameter("arrayDesign", itemId, Type.INT);
662                  try
663                  {
664                    String separator = "";
665                    for (ArrayBatch ab : batchQuery.list(dc))
666                    {
667                      out.write(separator);
668                      if (mode.hasPropertyLink())
669                      {
670                        out.write(Base.getLinkedName(ID, ab, false, mode.hasEditLink()));
671                      }
672                      else
673                      {
674                        out.write(HTML.encodeTags(ab.getName()));
675                      }
676                      separator = ", ";
677                    }
678                  }
679                  catch (Throwable t)
680                  {
681                    %>
682                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
683                    <%
684                  }
685                  %>
686                  <base:icon
687                    subclass="link auto-init"
688                    data-auto-init="new-batch"
689                    data-item-id="<%=itemId %>"
690                    image="add.png" 
691                    tooltip="Create new batch" 
692                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createBatchPermission && usePermission %>"
693                  />
694                </tbl:cell>
695                <tbl:cell column="owner"
696                  ><base:propertyvalue 
697                    item="<%=item%>" 
698                    property="owner"
699                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
700                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
701                  /></tbl:cell>
702                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
703                <%
704                if (item.isAnnotated())
705                {
706                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
707                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
708                  {
709                    if (loader.find(snapshot))
710                    {
711                      %>
712                      <tbl:cell 
713                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
714                        ><tbl:cellvalue 
715                          list="<%=loader.getValues()%>"
716                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
717                      /></tbl:cell>
718                      <%
719                    }
720                  }
721                }
722                %>
723                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
724                <tbl:cell column="sharedTo">
725                  <%
726                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
727                  while(sharees.hasNext())
728                  {
729                    Nameable n = sharees.next();
730                    if (mode.hasPropertyLink())
731                    {
732                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
733                    }
734                    else
735                    {
736                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
737                    }
738                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
739                  }
740                  %>
741                </tbl:cell>
742                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
743                  <tbl:cell column="xt-columns" />
744                </tbl:xt-cells>
745              </tbl:row>
746              <%
747              }
748            }
749          if (numListed == 0)
750          {
751            %>
752            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
753              <div class="messagecontainer note">
754              <%=designs == null || designs.getTotalCount() == 0 ? "No array designs were found" : "No array designs on this page. Please select another page!" %>
755              </div>
756            </tbl:panel>
757            <%
758          }
759          %>
760        </tbl:rows>
761      </tbl:data>
762    </tbl:table>
763    </div>
764   
765    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
766      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
767      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
768      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
769    </base:buttongroup>
770   
771  </base:body>
772  </base:page>
773  <%
774}
775finally
776{
777  if (designs != null) designs.close();
778  if (dc != null) dc.close();
779}
780%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.