source: trunk/www/lims/arraydesigns/view_design.jsp @ 5944

Last change on this file since 5944 was 5944, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

Array section of Array LIMS. This should complete the view pages for all items. Now, it is only the list pages left.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 19.1 KB
Line 
1<%-- $Id: view_design.jsp 5944 2012-02-02 13:10:37Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Group"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
34  import="net.sf.basedb.core.Permission"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.FileSet"
37  import="net.sf.basedb.core.FileSetMember"
38  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
40  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
41  import="net.sf.basedb.core.ArrayBatch"
42  import="net.sf.basedb.core.File"
43  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignPlate"
44  import="net.sf.basedb.core.Plate"
45  import="net.sf.basedb.core.User"
46  import="net.sf.basedb.core.Job"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
48  import="net.sf.basedb.core.Include"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
50  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
55  import="net.sf.basedb.core.Project"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
58  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.Values"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
69  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
70  import="java.util.Collections"
71  import="java.util.Date"
72  import="java.util.Map"
73  import="java.util.Set"
74  import="java.util.List"
75  import="java.util.Date"
76%>
77<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
78<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
79<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
80<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
81<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
82<%!
83  private static final Item itemType = Item.ARRAYDESIGN;
84  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
88final String ID = sc.getId();
89final String root = request.getContextPath()+"/";
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91final int itemId = cc.getId();
92final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
93final float scale = Base.getScale(sc);
94final DbControl dc = sc.newDbControl();
95try
96{
97  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
98
99  String title = null;
100  ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, itemId);
101  Job job = null;
102  boolean readJob = true;
103  try
104  {
105    job = design.getJob();
106  }
107  catch (PermissionDeniedException ex)
108  {
109    readJob = false;
110  }
111  final Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
112  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
113
114  final boolean usePermission = design.hasPermission(Permission.USE);
115  final boolean writePermission = design.hasPermission(Permission.WRITE);
116  final boolean deletePermission = design.hasPermission(Permission.DELETE);
117  final boolean sharePermission = design.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
118  final boolean setOwnerPermission = design.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
119  final boolean isRemoved = design.isRemoved();
120  final boolean isUsed = isRemoved && design.isUsed();
121  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
122  final boolean isOwner = design.isOwner();
123  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, design);
124  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
125  %>
126  <base:page title="<%=title%>">
127  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
128    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
129    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
130    <script language="JavaScript">
131    function editItem()
132    {
133      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
134    }
135    function shareItem()
136    {
137      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareArrayDesign', 600, 400);
138    }
139    function deleteItem()
140    {
141      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
142    }
143    function restoreItem()
144    {
145      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
146    }
147    function deleteItemPermanently()
148    {
149      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
150    }
151    function itemDeleted()
152    {
153      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
154    }
155    function showUsingItems()
156    {
157      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
158    }
159    function setOwner()
160    {
161      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
162    }
163    function runPlugin(cmd)
164    {
165      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
166    }
167    function viewFeatures()
168    {
169      location.href = 'features/index.jsp?ID=<%=ID%>&arraydesign_id=<%=itemId%>';
170    }
171    function managePlates()
172    {
173      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ManagePlates&item_id=<%=itemId%>', 'ManagePlates', 600, 400);
174    }
175    function switchTab(tabControlId, tabId)
176    {
177      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
178      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
179      {
180        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
181      }
182      else if (tabId == 'features')
183      {
184        viewFeatures();
185      }
186      else
187      {
188        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
189      }
190    }
191    function newBatch()
192    {
193      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'ARRAYBATCH', 0, true, '&arraydesign_id=<%=itemId%>');
194    }
195    function verifyReporters()
196    {
197      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=VerifyReporters&item_id=<%=itemId%>', 'VerifyReporters', 750, 500);
198    }
199    </script>
200  </base:head>
201  <base:body>
202    <p:path><p:pathelement 
203      title="Array designs" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
204      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(design.getName())%>" 
205      /></p:path>
206   
207    <t:tabcontrol 
208      id="main" 
209      subclass="content mastertabcontrol" 
210      active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
211    <t:tab id="properties" title="Properties">
212      <div>
213      <table class="fullform">
214      <tr>
215        <th class="itemstatus">
216          <base:icon 
217            image="shared.gif" 
218            visible="<%=design.isShared()%>"
219            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
220          />
221          <base:icon 
222            image="deleted.gif"
223            onclick="deleteItemPermanently()"
224            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
225            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
226            visible="<%=isRemoved%>" 
227          />
228          <base:icon image="used.gif" 
229            onclick="showUsingItems()"
230            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
231            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
232        </th>
233        <td style="padding: 0px;">
234          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
235            <tbl:button 
236              disabled="<%=!writePermission%>" 
237              image="edit.gif" 
238              onclick="editItem()" 
239              title="Edit&hellip;" 
240              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this array design" : "You do not have permission to edit this array design"%>" 
241            />
242            <tbl:button 
243              disabled="<%=!deletePermission%>" 
244              image="delete.gif" 
245              onclick="deleteItem()" 
246              title="Delete"
247              visible="<%=!design.isRemoved()%>"
248              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this array design" : "You do not have permission to delete this array design"%>" 
249            />
250            <tbl:button 
251              disabled="<%=!writePermission%>" 
252              image="restore.gif" 
253              onclick="restoreItem()" 
254              title="Restore"
255              visible="<%=design.isRemoved()%>"
256              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this array design" : "You do not have permission to restore this array design"%>" 
257            />
258            <tbl:button 
259              disabled="<%=!sharePermission%>"
260              image="share.gif"
261              onclick="shareItem()" 
262              title="Share&hellip;" 
263              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this array design to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this array design"%>"
264            />
265            <tbl:button 
266              disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
267              image="take_ownership.png"
268              onclick="setOwner()" 
269              title="Set owner&hellip;"
270              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
271            />
272            <tbl:button
273              image="add.png"
274              onclick="newBatch()"
275              title="New batch&hellip;"
276              tooltip="Create a new array batch with this design"
277              visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYBATCH) && usePermission%>"
278            />
279            <tbl:button 
280              image="import.gif" 
281              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
282              title="Import&hellip;" 
283              tooltip="Import data" 
284              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
285            />
286            <tbl:button 
287              image="export.gif" 
288              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
289              title="Export&hellip;" 
290              tooltip="Export data" 
291              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
292            />
293            <tbl:button 
294              image="runplugin.gif" 
295              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
296              title="Run plugin&hellip;" 
297              tooltip="Run a plugin" 
298              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
299            />
300            <tbl:button 
301              onclick="managePlates()"
302              title="Manage plates&hellip;"
303              tooltip="Attach / detach plates to this array design"
304              visible="<%=writePermission && !design.hasFeatures()%>"
305            />
306            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
307              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
308            <tbl:button
309              image="help.png"
310              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'arraydesign.view.properties')"%>"
311              title="Help&hellip;"
312              tooltip="Get help about this page"
313            />
314          </tbl:toolbar>
315        </td>
316      </tr>
317    </table>
318    <table style="width: 100%; height: 18em;" class="bottomborder">
319    <tr valign="top">
320      <td style="width: 50%; height: 100%;">
321        <table class="fullform" >
322        <tr>
323          <th>Name</th>
324          <td><%=HTML.encodeTags(design.getName())%></td>
325        </tr>
326        <tr>
327          <th>Registered</th>
328          <td><%=dateFormatter.format(design.getEntryDate())%></td>
329        </tr>
330        <tr>
331          <th>Platform</th>
332          <td><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="platform" /></td>
333        </tr>
334        <tr>
335          <th>Variant</th>
336          <td><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="variant" /></td>
337        </tr>
338        <tr>
339          <th>Arrays per slide</th>
340          <td><%=design.getNumArrays()%></td>
341        </tr>
342        <tr>
343          <th>Features</th>
344          <td><%=design.hasFeatures() ? "yes (db: " + design.getNumDbFeatures() + "; file: " + design.getNumFileFeatures() + ")" : "no"%></td>
345        </tr>
346        <tr>
347          <th>Feature identification method</th>
348          <td><%=design.getFeatureIdentificationMethod()%></td>
349        </tr>
350        <tr>
351          <th>Owner</th>
352          <td><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="owner" /></td>
353        </tr>
354        <tr>
355          <th>Permissions</th>
356          <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(design)%></td>
357        </tr>
358        <tr>
359          <th>Description</th>
360          <td><%=HTML.niceFormat(design.getDescription())%></td>
361        </tr>
362        </table>
363      </td>
364      <td style="width: 50%; height: 100%;" class="leftborder">
365        <table class="fullform larger">
366        <tbody class="sectionheader">
367          <tr>
368            <th colspan="2">Feature import</th>
369          </tr>
370        </tbody>
371        <tr>
372          <th>Job</th>
373          <td><%=Base.getLinkedName(ID, job, !readJob, true)%></td>
374        </tr>
375        <tr>
376          <th>Date / time</th>
377          <td><%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%></td>
378        </tr>
379        <tr>
380          <th>Plugin</th>
381          <td><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="job.pluginDefinition" /></td>
382        </tr>
383        <tr>
384          <th>Configuration / file format</th>
385          <td><base:propertyvalue item="<%=design%>" property="job.pluginConfiguration" /></td>
386        </tr>
387        <tr class="dynamic">
388          <th></th>
389          <td></td>
390        </tr>
391        </table>
392      </td>
393      </tr>
394    </table>
395    </div>
396    <jsp:include page="../../common/datafiles/list_files.jsp">
397      <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
398      <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
399      <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
400    </jsp:include>
401     
402    <%
403    ItemQuery<ArrayBatch> batchQuery = design.getArrayBatches();
404    batchQuery.include(Include.ALL);
405    batchQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
406    ItemResultList<ArrayBatch> batches = batchQuery.list(dc);
407    %>
408    <base:section 
409      id="batches" 
410      title="<%="Array batches (" + batches.size() +")"%>"
411      context="<%=cc%>">
412      <%
413      if (batches.size() == 0)
414      {
415        %>
416        <div class="messagecontainer note">
417        No batches exists for this design
418        (or, you don't have permission to view them).
419        </div>
420        <%
421      }
422      else
423      {
424        %>
425        <tbl:table
426          id="batches"
427          columns="all"
428          >
429        <tbl:columndef 
430          id="name"
431          title="Name"
432        />
433        <tbl:columndef 
434          id="description"
435          title="Description"
436        />
437        <tbl:data>
438          <tbl:headers>
439            <tbl:headerrow>
440              <tbl:columnheaders />
441            </tbl:headerrow>
442          </tbl:headers>
443          <tbl:rows>
444          <%
445          for (ArrayBatch item : batches)
446          {
447            %>
448            <tbl:row>
449              <tbl:cell column="name"><base:icon 
450                  image="deleted.gif" 
451                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
452                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
453                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
454              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
455            </tbl:row>
456            <%
457          }
458          %>
459          </tbl:rows>
460        </tbl:data>
461        </tbl:table>
462        <%
463      }
464      %>
465    </base:section>
466     
467    <%
468    ItemQuery<ArrayDesignPlate> platesQuery = design.getArrayDesignPlates();
469    platesQuery.include(Include.ALL);
470    platesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
471    ItemResultList<ArrayDesignPlate> plates = platesQuery.list(dc);
472    %>
473    <base:section 
474      id="plates" 
475      title="<%="Plates (" + plates.size() +")"%>" 
476      context="<%=cc%>">
477      <%
478      if (plates.size() == 0)
479      {
480        %>
481        <div class="messagecontainer note">
482        This array design isn't connected to any plates (or, you don't have permission to view them).
483        </div>
484        <%
485      }
486      else
487      {
488        %>
489        <tbl:table
490          id="plates"
491          columns="all"
492          >
493        <tbl:columndef 
494          id="name"
495          title="Name"
496        />
497        <tbl:columndef 
498          id="position"
499          title="Position"
500        />
501        <tbl:columndef 
502          id="description"
503          title="Description"
504        />
505        <tbl:data>
506          <tbl:headers>
507            <tbl:headerrow>
508              <tbl:columnheaders />
509            </tbl:headerrow>
510          </tbl:headers>
511          <tbl:rows>
512          <%
513          for (ArrayDesignPlate item : plates)
514          {
515            Plate plate = null;
516            boolean readPlate = true;
517            try
518            {
519              plate = item.getPlate();
520            }
521            catch (PermissionDeniedException ex)
522            {
523              readPlate = false;
524            }
525            %>
526            <tbl:row>
527              <tbl:cell column="name"><base:icon 
528                  image="deleted.gif" 
529                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
530                  visible="<%=plate != null && plate.isRemoved()%>"
531                /><%=Base.getLinkedName(ID, plate, !readPlate, true)%></tbl:cell>
532              <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()+1%></tbl:cell>
533              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(plate == null ? "" : plate.getDescription())%></tbl:cell>
534            </tbl:row>
535            <%
536          }
537          %>
538          </tbl:rows>
539        </tbl:data>
540        </tbl:table>
541        <%
542      }
543      %>
544    </base:section>
545    <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
546      <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
547      <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
548      <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
549      <jsp:param name="title" value="Other items related to this array design" />
550    </jsp:include>
551    <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
552      <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
553      <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
554      <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
555      <jsp:param name="title" value="Shared to" />
556    </jsp:include>
557    </t:tab>
558     
559    <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
560      tooltip="View annotation values" clazz="white">
561      <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
562        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
563        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
564        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
565      </jsp:include>
566    </t:tab>
567     
568    <t:tab id="features" title="Features" visible="<%=design.getNumDbFeatures() > 0%>"/>
569
570    <t:tab id="overview" title="Overview" 
571      tooltip="Display a tree overview of related items">
572      <%
573      if ("overview".equals(tab))
574      {
575        %>
576        <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
577          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
578          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
579          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
580        </jsp:include>
581        <%
582      }
583      %>
584    </t:tab>
585    <t:tab id="history" title="Change history" 
586      tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
587      visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
588      <%
589      if ("history".equals(tab))
590      {
591        %>
592        <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
593          <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
594          <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
595          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
596        </jsp:include>
597        <%
598      }
599      %>
600    </t:tab>
601    </t:tabcontrol>
602
603  </base:body>
604  </base:page>
605  <%
606}
607finally
608{
609  if (dc != null) dc.close();
610}
611
612%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.