source: trunk/www/lims/arrayslides/view_slide.jsp @ 5044

Last change on this file since 5044 was 5044, checked in by Martin Svensson, 14 years ago

References #360 Covering the submenu items in 'Biomaterial LIMS' and 'Array LIMS' menus.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 15.3 KB
Line 
1<%-- $Id: view_slide.jsp 5044 2009-08-11 14:35:03Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.ArrayBatch"
38  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
39  import="net.sf.basedb.core.User"
40  import="net.sf.basedb.core.Group"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
48  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
50  import="net.sf.basedb.core.Project"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.Values"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Collections"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Set"
68  import="java.util.List"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
74<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
75<%!
76  private static final Item itemType = Item.ARRAYSLIDE;
77  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
78%>
79<%
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
81final String ID = sc.getId();
82final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
83final int itemId = cc.getId();
84final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
85final float scale = Base.getScale(sc);
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87try
88{
89  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91
92  String title = null;
93  ArraySlide slide = ArraySlide.getById(dc, itemId);
94 
95  final boolean writePermission = slide.hasPermission(Permission.WRITE);
96  final boolean deletePermission = slide.hasPermission(Permission.DELETE);
97  final boolean sharePermission = slide.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
98  final boolean setOwnerPermission = slide.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
99  final boolean isRemoved = slide.isRemoved();
100  final boolean isUsed = isRemoved && slide.isUsed();
101  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
102  final boolean isOwner = slide.isOwner();
103  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, slide);
104  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
105  %>
106  <base:page title="<%=title%>">
107  <base:head scripts="tabcontrol.js,table.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
108    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
109    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
110    <script language="JavaScript">
111    function editItem()
112    {
113      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
114    }
115    function shareItem()
116    {
117      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareArraySlide', 600, 400);
118    }
119    function deleteItem()
120    {
121      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
122    }
123    function restoreItem()
124    {
125      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
126    }
127    function deleteItemPermanently()
128    {
129      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
130    }
131    function itemDeleted()
132    {
133      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
134    }
135    function showUsingItems()
136    {
137      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
138    }
139    function setOwner()
140    {
141      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
142    }
143    function runPlugin(cmd)
144    {
145      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
146    }
147    function switchTab(tabControlId, tabId)
148    {
149      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
150      if (tabId == 'overview' && tabId != '<%=tab%>')
151      {
152        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
153      }
154      else
155      {
156        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
157      }
158    }
159    </script>
160  </base:head>
161  <base:body>
162    <p>
163    <p:path>
164      <p:pathelement title="Array slides" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
165      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(slide.getName())%>" />
166    </p:path>
167   
168    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
169    <t:tab id="properties" title="Properties">
170    <tbl:toolbar
171      >
172      <tbl:button 
173        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
174        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
175        onclick="editItem()" 
176        title="Edit&hellip;" 
177        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this array slide" : "You do not have permission to edit this array slide"%>" 
178      />
179      <tbl:button 
180        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
181        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
182        onclick="deleteItem()" 
183        title="Delete"
184        visible="<%=!slide.isRemoved()%>"
185        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this array slide" : "You do not have permission to delete this array slide"%>" 
186      />
187      <tbl:button 
188        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
189        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
190        onclick="restoreItem()" 
191        title="Restore"
192        visible="<%=slide.isRemoved()%>"
193        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this array slide" : "You do not have permission to restore this array slide"%>" 
194      />
195      <tbl:button 
196        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
197        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
198        onclick="shareItem()" 
199        title="Share&hellip;" 
200        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this array slide to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this array slide"%>"
201      />
202      <tbl:button 
203        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
204        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
205        onclick="setOwner()" 
206        title="Set owner&hellip;"
207        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
208      />
209      <tbl:button 
210        image="import.gif" 
211        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
212        title="Import&hellip;" 
213        tooltip="Import data" 
214        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
215      />
216      <tbl:button 
217        image="export.gif" 
218        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
219        title="Export&hellip;" 
220        tooltip="Export data" 
221        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
222      />
223      <tbl:button 
224        image="runplugin.gif" 
225        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
226        title="Run plugin&hellip;" 
227        tooltip="Run a plugin" 
228        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
229      />
230      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
231        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
232      <tbl:button
233        image="help.gif"
234        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'arrayslide.view.properties')"%>"
235        title="Help&hellip;"
236        tooltip="Get help about this page"
237      />
238      </tbl:toolbar>
239    <div class="boxedbottom">
240      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(slide)%></i></div>
241      <%
242      if (slide.isRemoved() || slide.isShared())
243      {
244        %>
245        <div class="itemstatus">
246          <base:icon 
247            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
248            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
249            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
250            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
251          <base:icon image="used.gif" 
252            onclick="showUsingItems()"
253            tooltip="Show the items that are using this one"
254            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
255          <base:icon image="shared.gif" 
256            visible="<%=slide.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
257        </div>
258        <%
259      }
260      %>
261      <table class="form" cellspacing="0">
262      <tr>
263        <td class="prompt">Name</td>
264        <td><%=HTML.encodeTags(slide.getName())%></td>
265      </tr>
266      <tr>
267        <td class="prompt">Registered</td>
268        <td><%=dateFormatter.format(slide.getEntryDate())%></td>
269      </tr>
270      <tr>
271        <td class="prompt">Barcode</td>
272        <td><%=HTML.encodeTags(slide.getBarcode())%></td>
273      </tr>
274      <tr>
275        <td class="prompt">Destroyed</td>
276        <td><%=slide.isDestroyed() ? "yes" : "no"%></td>
277      </tr>
278      <tr>
279        <td class="prompt">Hybridization</td>
280        <td><base:propertyvalue item="<%=slide%>" property="hybridization" /></td>
281      </tr>
282      <tr>
283        <td class="prompt">Array batch</td>
284        <td><base:propertyvalue item="<%=slide%>" property="arrayBatch" />
285        (index: <%=slide.getBatchIndex()%>)
286        </td>
287      </tr>
288      <tr>
289        <td class="prompt">Array design</td>
290        <td><base:propertyvalue item="<%=slide%>" property="arrayBatch.arrayDesign" /></td>
291      </tr>
292      <tr>
293        <td class="prompt">Owner</td>
294        <td><base:propertyvalue item="<%=slide%>" property="owner" /></td>
295      </tr>
296      <tr>
297        <td class="prompt">Description</td>
298        <td><%=HTML.niceFormat(slide.getDescription())%></td>
299      </tr>
300      </table>
301      <%     
302     
303      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
304      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(slide));
305      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
306      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
307      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
308      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
309     
310      if (totalShare > 0)
311      {
312        %>
313        <base:section
314          id="sharedTo"
315          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
316          context="<%=cc%>"
317          >
318          <tbl:table 
319            id="itemsSharedTo"
320            clazz="itemlist"
321            columns="all"
322          >
323            <tbl:columndef 
324              id="itemType"
325              title="Item type"
326            />
327            <tbl:columndef 
328              id="name"
329              title="Name"
330            />
331            <tbl:columndef 
332              id="permissions"
333              title="Permissions"
334            />
335            <tbl:data>
336              <tbl:columns>
337              </tbl:columns>
338              <tbl:rows>
339              <%
340              for (Project project : projects)
341              {
342                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
343                %>     
344                <tbl:row>
345                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
346                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
347                    image="deleted.gif" 
348                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
349                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
350                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
351                  <tbl:cell column="permissions">
352                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
353                  </tbl:cell>
354                </tbl:row>
355                <%
356              }
357              for (Group group : groups)
358              {
359                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
360                %>
361                <tbl:row>             
362                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
363                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
364                    image="deleted.gif" 
365                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
366                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
367                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
368                  <tbl:cell column="permissions">
369                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
370                  </tbl:cell>
371                </tbl:row>
372                <% 
373              }
374              for (User user : users)
375              {
376                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
377                %>
378                <tbl:row>             
379                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
380                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
381                    image="deleted.gif" 
382                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
383                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
384                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
385                  <tbl:cell column="permissions">
386                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
387                  </tbl:cell>
388                </tbl:row>
389                <%
390              }
391              %>
392              </tbl:rows>
393            </tbl:data>
394          </tbl:table>
395        </base:section>
396        <%
397      }
398      else
399      {
400        %>
401        <h4>Shared to</h4>
402        This array slide is not shared
403        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
404        <%
405      }
406      %>
407    </div>
408      </t:tab>
409     
410      <t:tab id="annotations" title="Annotations" >
411        <div class="boxed">
412        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
413          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
414          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
415          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
416        </jsp:include>
417        </div>
418      </t:tab>
419      <t:tab id="overview" title="Overview" 
420        tooltip="Display a tree overview of related items">
421        <%
422        if ("overview".equals(tab))
423        {
424          %>
425          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
426            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
427            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
428            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
429          </jsp:include>
430          <%
431        }
432        %>
433      </t:tab>
434      </t:tabcontrol>
435
436  </base:body>
437  </base:page>
438  <%
439}
440finally
441{
442  if (dc != null) dc.close();
443}
444
445%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.