source: trunk/www/lims/geometries/list_geometries.jsp @ 6702

Last change on this file since 6702 was 6702, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the array lims list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 14.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_geometries.jsp 6702 2015-02-02 08:13:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
31  import="net.sf.basedb.core.PlateType"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.Include"
34  import="net.sf.basedb.core.Type"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
38  import="net.sf.basedb.core.Permission"
39  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
40  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
46  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
47  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
51  import="net.sf.basedb.util.Values"
52  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
60  import="java.util.Date"
61  import="java.util.List"
62  import="java.util.Map"
63%>
64<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
65<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
66<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
67<%!
68  private static final Item itemType = Item.PLATEGEOMETRY;
69  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
70%>
71<%
72final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
73final String ID = sc.getId();
74final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
75final boolean deletePermission = sc.hasPermission(Permission.DELETE, itemType);
76final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
77
78final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
79final String callback = request.getParameter("callback");
80final String title = mode.generateTitle("plate geometry", "plate geometries");
81final DbControl dc = sc.newDbControl();
82ItemResultIterator<PlateGeometry> geometries = null;
83try
84{
85  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
86  // Query for plate types relatated to the current geometry
87  final ItemQuery<PlateType> plateTypeQuery = PlateType.getQuery();
88  plateTypeQuery.include(cc.getInclude());
89  plateTypeQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
90  plateTypeQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("plateGeometry"), Expressions.parameter("geometry")));
91  plateTypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
92  final boolean createPlateTypePermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLATETYPE); 
93
94  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
95  try
96  {
97    final ItemQuery<PlateGeometry> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PlateGeometry.getQuery(), mode);
98    geometries = query.iterate(dc);
99  }
100  catch (Throwable t)
101  {
102    cc.setMessage(t.getMessage());
103  }
104  int numListed = 0;
105  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
106  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
107  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
108  %>
109  <base:page title="<%=title==null ? "Plate geometries" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
110  <base:head scripts="table.js,~geometries.js" styles="table.css,toolbar.css">
111    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
112    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
113  </base:head>
114 
115  <base:body>
116    <h1><%=title==null ? "Plate geometries" : title%></h1>
117    <div class="content">
118    <tbl:table 
119      id="geometries" 
120      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
121      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
122      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
123      action="index.jsp"
124      sc="<%=sc%>"
125      item="<%=itemType%>"
126      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
127      subclass="fulltable"
128      >
129      <tbl:hidden 
130        name="mode" 
131        value="<%=mode.getName()%>" 
132      />
133      <tbl:hidden 
134        name="callback" 
135        value="<%=callback%>" 
136        skip="<%=callback == null%>" 
137      />
138      <tbl:columndef 
139        id="name"
140        property="name"
141        datatype="string"
142        title="Name"
143        sortable="true" 
144        filterable="true"
145        exportable="true"
146        show="always" 
147      />
148      <tbl:columndef 
149        id="id"
150        clazz="uniquecol"
151        property="id"
152        datatype="int"
153        title="ID"
154        sortable="true"
155        filterable="true"
156        exportable="true"
157      />
158      <tbl:columndef 
159        id="entryDate"
160        property="entryDate"
161        datatype="date"
162        title="Registered"
163        sortable="true" 
164        filterable="true"
165        exportable="true"
166        formatter="<%=dateFormatter%>"
167      />
168      <tbl:columndef 
169        id="rows"
170        property="rows"
171        datatype="int"
172        title="Rows"
173        sortable="true" 
174        filterable="true"
175        exportable="true"
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="columns"
179        property="columns"
180        datatype="int"
181        title="Columns"
182        sortable="true" 
183        filterable="true"
184        exportable="true"
185      />
186      <tbl:columndef
187        id="plateTypes"
188        title="Plate types"
189        property="&plateTypes(name)"
190        datatype="string"
191        filterable="true"
192        exportable="true"
193      />
194      <tbl:columndef 
195        id="description"
196        property="description"
197        datatype="string"
198        title="Description" 
199        sortable="true" 
200        filterable="true" 
201        exportable="true"
202      />
203      <tbl:columndef 
204        id="xt-columns" 
205        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
206        jspcontext="<%=jspContext%>" 
207      />
208      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
209        <tbl:toolbar
210          subclass="bottomborder"
211          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
212          >
213          <tbl:button 
214            id="btnNewItem"
215            disabled="<%=!createPermission%>" 
216            image="new.png" 
217            title="New&hellip;" 
218            tooltip="<%=createPermission ? "Create new plate geometry" : "You do not have permission to create plate geometries"%>" 
219          />
220          <tbl:button 
221            id="btnDeleteItems"
222            image="delete.png"
223            title="Delete" 
224            tooltip="Delete the selected items" 
225          />
226          <tbl:button 
227            id="btnRestoreItems"
228            image="restore.png"
229            title="Restore" 
230            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
231          />
232          <tbl:button 
233            id="btnColumns"
234            image="columns.png" 
235            title="Columns&hellip;" 
236            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
237          />
238          <tbl:button 
239            id="btnImport"
240            data-plugin-type="IMPORT"
241            image="import.png" 
242            title="Import&hellip;" 
243            tooltip="Import data" 
244            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
245          />
246          <tbl:button 
247            id="btnExport"
248            data-plugin-type="EXPORT"
249            image="export.png" 
250            title="Export&hellip;" 
251            tooltip="Export data" 
252            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
253          />
254          <tbl:button 
255            id="btnRunPlugin"
256            data-plugin-type="OTHER"
257            image="runplugin.png" 
258            title="Run plugin&hellip;" 
259            tooltip="Run a plugin" 
260            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
261          />
262          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
263            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
264        </tbl:toolbar>
265        <tbl:panel>
266          <tbl:presetselector />
267          <tbl:navigator
268            page="<%=cc.getPage()%>" 
269            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
270            totalrows="<%=geometries == null ? 0 : geometries.getTotalCount()%>" 
271            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
272          />
273        </tbl:panel>
274      </div>
275      <tbl:data>
276        <tbl:headers>
277          <tbl:headerrow>
278            <tbl:header colspan="3" />
279            <tbl:columnheaders />
280          </tbl:headerrow>
281          <%
282          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
283          int numRows = cc.getFilterRows();
284          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
285          {
286            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
287            %>
288            <tbl:headerrow>
289              <tbl:header subclass="index" />
290              <tbl:header 
291                subclass="check" 
292                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
293                ><base:icon 
294                  id="check.uncheck"
295                  image="check_uncheck.png" 
296                  tooltip="Check/uncheck all" 
297                  visible="<%=lastRow%>"
298                /></tbl:header>
299              <tbl:header 
300                subclass="check" 
301                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
302                />
303              <tbl:header 
304                subclass="icons" 
305                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
306                >
307                <base:icon
308                  subclass="link table-filter-row-action"
309                  image="add.png"
310                  tooltip="Add extra filter row"
311                  visible="<%=lastRow%>"
312                /><base:icon
313                  subclass="link table-filter-row-action"
314                  image="remove.png"
315                  tooltip="Remove this filter row"
316                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
317                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
318                />
319              </tbl:header>
320              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
321            </tbl:headerrow>
322            <%
323          }
324          %>
325        </tbl:headers>
326        <tbl:rows>
327          <%
328          if (cc.getMessage() != null)
329          {
330            %>
331            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
332              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
333            </tbl:panel>
334            <%
335            cc.setMessage(null);
336          }
337          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
338          int selectedItemId = cc.getId();
339          if (geometries != null)
340          {           
341            while (geometries.hasNext())
342            {
343              PlateGeometry item = geometries.next();
344              int itemId = item.getId();
345              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
346              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
347              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
348             
349              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
350                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
351              index++;
352              numListed++;
353              %>
354              <tbl:row>
355                <tbl:header 
356                  clazz="index"
357                  ><%=index%></tbl:header>
358                <tbl:header 
359                  clazz="check" 
360                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
361                  ><input 
362                    type="checkbox" 
363                    name="<%=itemId%>" 
364                    value="<%=itemId%>" 
365                    title="<%=name%>" 
366                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
367                  ></tbl:header>
368                <tbl:header 
369                  clazz="check" 
370                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
371                  ><input 
372                    type="radio" 
373                    name="item_id" 
374                    value="<%=itemId%>" 
375                    title="<%=name%>" 
376                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
377                  ></tbl:header>
378                <tbl:header 
379                  clazz="icons" 
380                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
381                  ><base:icon 
382                    image="deleted.png"
383                    id="<%="delete."+itemId %>"
384                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
385                    data-item-id="<%=itemId%>"
386                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
387                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
388                  />&nbsp;</tbl:header>
389                <tbl:cell column="name"><div
390                  class="link table-item"
391                  data-item-id="<%=itemId%>"
392                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
393                  tabindex="0"
394                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
395                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
396                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
397                <tbl:cell column="rows"><%=item.getRows()%></tbl:cell>
398                <tbl:cell column="columns"><%=item.getColumns()%></tbl:cell>
399                <tbl:cell column="plateTypes">
400                  <%
401                  plateTypeQuery.setParameter("geometry", itemId, Type.INT);
402                  try
403                  {
404                    String separator = "";
405                    for (PlateType p : plateTypeQuery.list(dc))
406                    {
407                      out.write(separator);
408                      if (mode.hasPropertyLink())
409                      {
410                        out.write(Base.getLinkedName(ID, p, false, mode.hasEditLink()));
411                      }
412                      else
413                      {
414                        out.write(HTML.encodeTags(p.getName()));
415                      }
416                      separator = ", ";
417                    }
418                  }
419                  catch (Throwable t)
420                  {
421                    %>
422                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
423                    <%
424                  }
425                  %>
426                  <base:icon
427                    id="<%="newplatetype."+itemId%>"
428                    image="add.png" 
429                    subclass="auto-init"
430                    data-auto-init="new-plate-type"
431                    data-item-id="<%=itemId %>"
432                    tooltip="Create new plate type" 
433                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPlateTypePermission && usePermission %>"
434                  />
435                </tbl:cell>
436                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
437                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
438                  <tbl:cell column="xt-columns" />
439                </tbl:xt-cells>
440              </tbl:row>
441              <%
442              }
443            }
444          if (numListed == 0)
445          {
446            %>
447            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
448              <div class="messagecontainer note">
449              <%=geometries == null || geometries.getTotalCount() == 0 ? "No plate geometries were found" : "No plate geometries on this page. Please select another page!" %>
450              </div>
451            </tbl:panel>
452            <%
453          }
454          %>
455        </tbl:rows>
456      </tbl:data>
457    </tbl:table>
458    </div>
459   
460    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
461      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
462      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
463      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
464    </base:buttongroup>
465   
466  </base:body>
467  </base:page>
468  <%
469}
470finally
471{
472  if (geometries != null) geometries.close();
473  if (dc != null) dc.close();
474}
475%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.