source: trunk/www/lims/platemappings/list_mappings.jsp @ 6702

Last change on this file since 6702 was 6702, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the array lims list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_mappings.jsp 6702 2015-02-02 08:13:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PlateMapping"
31  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.Include"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
37  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
38  import="net.sf.basedb.core.Permission"
39  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
40  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
43  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
47  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
48  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Values"
54  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
61  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
62  import="java.util.Date"
63  import="java.util.Iterator"
64  import="java.util.List"
65  import="java.util.Map"
66%>
67<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
68<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
69<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
70<%!
71  private static final Item itemType = Item.PLATEMAPPING;
72  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
73%>
74<%
75final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
76final String ID = sc.getId();
77final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
78final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
79
80final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
81final String callback = request.getParameter("callback");
82final String title = mode.generateTitle("plate mapping", "plate mappings");
83final DbControl dc = sc.newDbControl();
84ItemResultIterator<PlateMapping> mappings = null;
85try
86{
87  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
88
89  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
90  geometryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
91  geometryQuery.setCacheResult(true);
92 
93  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
94  try
95  {
96    final ItemQuery<PlateMapping> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PlateMapping.getQuery(), mode);
97    mappings = query.iterate(dc);
98  }
99  catch (Throwable t)
100  {
101    cc.setMessage(t.getMessage());
102  }
103  int numListed = 0;
104  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
105  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
106  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
107  %>
108  <base:page title="<%=title==null ? "Plate mappings" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
109  <base:head scripts="table.js,~mappings.js" styles="table.css,toolbar.css">
110    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
111    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
112  </base:head>
113 
114  <base:body>
115    <h1><%=title==null ? "Plate mappings" : title%></h1>
116    <div class="content">
117    <tbl:table 
118      id="mappings" 
119      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
120      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
121      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
122      action="index.jsp"
123      sc="<%=sc%>"
124      item="<%=itemType%>"
125      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
126      subclass="fulltable"
127      >
128      <tbl:hidden 
129        name="mode" 
130        value="<%=mode.getName()%>" 
131      />
132      <tbl:hidden 
133        name="callback" 
134        value="<%=callback%>" 
135        skip="<%=callback == null%>" 
136      />
137      <tbl:columndef 
138        id="name"
139        property="name"
140        datatype="string"
141        title="Name"
142        sortable="true" 
143        filterable="true"
144        exportable="true"
145        show="always" 
146      />
147      <tbl:columndef 
148        id="id"
149        clazz="uniquecol"
150        property="id"
151        datatype="int"
152        title="ID"
153        sortable="true"
154        filterable="true"
155        exportable="true"
156      />
157      <tbl:columndef 
158        id="entryDate"
159        property="entryDate"
160        datatype="date"
161        title="Registered"
162        sortable="true" 
163        filterable="true"
164        exportable="true"
165        formatter="<%=dateFormatter%>"
166      />
167      <%
168      Enumeration<String, String> geometries = new Enumeration<String, String>();
169      ItemResultList<PlateGeometry> plateGeometries = geometryQuery.list(dc);
170      for (PlateGeometry pg : plateGeometries)
171      {
172        geometries.add(Integer.toString(pg.getId()), HTML.encodeTags(pg.getName()));
173      }
174      %>
175      <tbl:columndef 
176        id="sourceGeometry"
177        property="sourceGeometry"
178        sortproperty="sourceGeometry.name"
179        exportproperty="sourceGeometry.name:string"
180        datatype="int"
181        enumeration="<%=geometries%>"
182        title="Source geometry"
183        sortable="true" 
184        filterable="true"
185        exportable="true"
186      />
187      <tbl:columndef 
188        id="sourceCount"
189        property="sourceCount"
190        datatype="int"
191        title="Source plates"
192        sortable="true" 
193        filterable="true"
194        exportable="true"
195      />
196      <tbl:columndef 
197        id="destinationGeometry"
198        property="destinationGeometry"
199        sortproperty="destinationGeometry.name"
200        exportproperty="destinationGeometry.name:string"
201        datatype="int"
202        enumeration="<%=geometries%>"
203        title="Destination geometry"
204        sortable="true" 
205        filterable="true"
206        exportable="true"
207      />
208      <tbl:columndef 
209        id="destinationCount"
210        property="destinationCount"
211        datatype="int"
212        title="Destination plates"
213        sortable="true" 
214        filterable="true"
215        exportable="true"
216      />
217      <tbl:columndef 
218        id="owner"
219        property="owner.name"
220        datatype="string"
221        title="Owner"
222        sortable="true" 
223        filterable="true"
224        exportable="true"
225      />
226      <tbl:columndef 
227        id="description"
228        property="description"
229        datatype="string"
230        title="Description" 
231        sortable="true" 
232        filterable="true" 
233        exportable="true"
234      />
235      <tbl:columndef 
236        id="image"
237        property="image"
238        datatype="string"
239        title="Image" 
240        sortable="false" 
241        filterable="false" 
242        exportable="true"
243      />
244      <tbl:columndef
245        id="permission"
246        title="Permission"
247      />
248      <tbl:columndef
249        id="sharedTo"
250        title="Shared to"
251        filterable="true"
252        filterproperty="!sharedTo.name"
253        datatype="string"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="xt-columns" 
257        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
258        jspcontext="<%=jspContext%>" 
259      />
260      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
261        <tbl:toolbar
262          subclass="bottomborder"
263          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
264          >
265          <tbl:button 
266            id="btnDeleteItems"
267            image="delete.png"
268            title="Delete" 
269            tooltip="Delete the selected items" 
270          />
271          <tbl:button 
272            id="btnRestoreItems"
273            image="restore.png"
274            title="Restore" 
275            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
276          />
277          <tbl:button 
278            id="btnShareItems"
279            image="share.png"
280            title="Share&hellip;" 
281            tooltip="Share the selected items"
282          />
283          <tbl:button 
284            id="btnSetOwner"
285            image="take_ownership.png"
286            title="Set owner&hellip;"
287            tooltip="Change owner of the selected items"
288          />
289          <tbl:button 
290            id="btnColumns"
291            image="columns.png" 
292            title="Columns&hellip;" 
293            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
294          />
295          <tbl:button 
296            id="btnImport"
297            data-plugin-type="IMPORT"
298            image="import.png" 
299            title="Import&hellip;" 
300            tooltip="Import data" 
301            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
302          />
303          <tbl:button 
304            id="btnExport"
305            data-plugin-type="EXPORT"
306            image="export.png" 
307            title="Export&hellip;" 
308            tooltip="Export data" 
309            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
310          />
311          <tbl:button 
312            id="btnRunPlugin"
313            data-plugin-type="OTHER"
314            image="runplugin.png" 
315            title="Run plugin&hellip;" 
316            tooltip="Run a plugin" 
317            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
318          />
319          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
320            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
321        </tbl:toolbar>
322        <tbl:panel>
323          <tbl:presetselector />
324          <tbl:navigator
325            page="<%=cc.getPage()%>" 
326            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
327            totalrows="<%=mappings == null ? 0 : mappings.getTotalCount()%>" 
328            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
329          />
330        </tbl:panel>
331      </div>
332      <tbl:data>
333        <tbl:headers>
334          <tbl:headerrow>
335            <tbl:header colspan="3" />
336            <tbl:columnheaders />
337          </tbl:headerrow>
338          <%
339          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
340          int numRows = cc.getFilterRows();
341          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
342          {
343            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
344            %>
345            <tbl:headerrow>
346              <tbl:header subclass="index" />
347              <tbl:header 
348                subclass="check" 
349                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
350                ><base:icon 
351                  id="check.uncheck"
352                  image="check_uncheck.png" 
353                  tooltip="Check/uncheck all" 
354                  visible="<%=lastRow%>"
355                /></tbl:header>
356              <tbl:header 
357                subclass="check" 
358                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
359                />
360              <tbl:header 
361                subclass="icons" 
362                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
363                >
364                <base:icon
365                  subclass="link table-filter-row-action"
366                  image="add.png"
367                  tooltip="Add extra filter row"
368                  visible="<%=lastRow%>"
369                /><base:icon
370                  subclass="link table-filter-row-action"
371                  image="remove.png"
372                  tooltip="Remove this filter row"
373                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
374                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
375                />
376              </tbl:header>
377              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
378            </tbl:headerrow>
379            <%
380          }
381          %>
382        </tbl:headers>
383        <tbl:rows>
384          <%
385          if (cc.getMessage() != null)
386          {
387            %>
388            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
389              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
390            </tbl:panel>
391            <%
392            cc.setMessage(null);
393          }
394          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
395          int selectedItemId = cc.getId();
396          if (mappings != null)
397          {           
398            while (mappings.hasNext())
399            {
400              PlateMapping item = mappings.next();
401              int itemId = item.getId();
402             
403             
404              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
405              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
406              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
407              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
408                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
409              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
410              index++;
411              numListed++;
412              %>
413              <tbl:row>
414                <tbl:header 
415                  clazz="index"
416                  ><%=index%></tbl:header>
417                <tbl:header 
418                  clazz="check" 
419                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
420                  ><input 
421                    type="checkbox" 
422                    name="<%=itemId%>" 
423                    value="<%=itemId%>" 
424                    title="<%=name%>" 
425                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
426                  ></tbl:header>
427                <tbl:header 
428                  clazz="check" 
429                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
430                  ><input 
431                    type="radio" 
432                    name="item_id" 
433                    value="<%=itemId%>" 
434                    title="<%=name%>" 
435                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
436                  ></tbl:header>
437                <tbl:header 
438                  clazz="icons" 
439                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
440                  ><base:icon 
441                    image="deleted.png"
442                    id="<%="delete."+itemId %>"
443                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
444                    data-item-id="<%=itemId%>"
445                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
446                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
447                  /><base:icon 
448                    image="shared.png" 
449                    id="<%="share."+itemId %>"
450                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
451                    data-item-id="<%=itemId%>"
452                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
453                    visible="<%=item.isShared()%>"
454                  />&nbsp;</tbl:header>
455                <tbl:cell column="name"><div
456                  class="link table-item"
457                  data-item-id="<%=itemId%>"
458                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
459                  tabindex="0"
460                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
461                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
462                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
463                <tbl:cell column="sourceGeometry"
464                  ><base:propertyvalue 
465                    item="<%=item%>" 
466                    property="sourceGeometry"
467                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
468                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
469                  /></tbl:cell>
470                <tbl:cell column="sourceCount"><%=item.getSourceCount()%></tbl:cell>
471                <tbl:cell column="destinationGeometry"
472                  ><base:propertyvalue 
473                    item="<%=item%>" 
474                    property="destinationGeometry"
475                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
476                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
477                  /></tbl:cell>
478                <tbl:cell column="destinationCount"><%=item.getDestinationCount()%></tbl:cell>
479                <tbl:cell column="owner"
480                  ><base:propertyvalue 
481                    item="<%=item%>" 
482                    property="owner"
483                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
484                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
485                  /></tbl:cell>
486                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
487                <tbl:cell column="image"><%=item.getImage() == null ? "" : "<img src=\"../../images/platemappings/"+item.getImage()+"\" alt=\"\">" %></tbl:cell>
488                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
489                <tbl:cell column="sharedTo">
490                  <%
491                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
492                  while(sharees.hasNext())
493                  {
494                    Nameable n = sharees.next();
495                    if (mode.hasPropertyLink())
496                    {
497                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
498                    }
499                    else
500                    {
501                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
502                    }
503                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
504                  }
505                  %>
506                </tbl:cell>
507                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
508                  <tbl:cell column="xt-columns" />
509                </tbl:xt-cells>
510              </tbl:row>
511              <%
512              }
513            }
514          if (numListed == 0)
515          {
516            %>
517            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
518              <div class="messagecontainer note">
519              <%=mappings == null || mappings.getTotalCount() == 0 ? "No plate mappings were found" : "No plate mappings on this page. Please select another page!" %>
520              </div>
521            </tbl:panel>
522            <%
523          }
524          %>
525        </tbl:rows>
526      </tbl:data>
527    </tbl:table>
528    </div>
529   
530    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
531      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
532      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
533      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
534    </base:buttongroup>
535   
536  </base:body>
537  </base:page>
538  <%
539}
540finally
541{
542  if (mappings != null) mappings.close();
543  if (dc != null) dc.close();
544}
545%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.