source: trunk/www/lims/platetypes/list_platetypes.jsp @ 6702

Last change on this file since 6702 was 6702, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented on the array lims list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 16.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_platetypes.jsp 6702 2015-02-02 08:13:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PlateType"
31  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
32  import="net.sf.basedb.core.Plate"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
34  import="net.sf.basedb.core.Include"
35  import="net.sf.basedb.core.Type"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
39  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
40  import="net.sf.basedb.core.Permission"
41  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
51  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.Values"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Iterator"
67  import="java.util.List"
68  import="java.util.Map"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
72<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
73<%!
74  private static final Item itemType = Item.PLATETYPE;
75  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
76%>
77<%
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
79final String ID = sc.getId();
80final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
81final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
82
83final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
84final String callback = request.getParameter("callback");
85final String title = mode.generateTitle("plate type", "plate types");
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87ItemResultIterator<PlateType> plateTypes = null;
88try
89{
90  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
91  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
92  geometryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
93  geometryQuery.setCacheResult(true);
94
95  // Query for plates relatated to the current plate type
96  final ItemQuery<Plate> plateQuery = Plate.getQuery();
97  plateQuery.include(cc.getInclude());
98  plateQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("plateType"), Expressions.parameter("plateType")));
99  plateQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
100  final boolean createPlatePermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLATE); 
101 
102  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
103  try
104  {
105    final ItemQuery<PlateType> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PlateType.getQuery(), mode);
106    plateTypes = query.iterate(dc);
107  }
108  catch (Throwable t)
109  {
110    cc.setMessage(t.getMessage());
111  }
112  int numListed = 0;
113  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
114  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
115  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
116  %>
117  <base:page title="<%=title==null ? "Plate types" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
118  <base:head scripts="table.js,~platetypes.js" styles="table.css,toolbar.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121  </base:head>
122 
123  <base:body>
124    <h1><%=title==null ? "Plate types" : title%></h1>
125    <div class="content">
126    <tbl:table 
127      id="platetypes" 
128      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
129      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
130      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
131      action="index.jsp"
132      sc="<%=sc%>"
133      item="<%=itemType%>"
134      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
135      subclass="fulltable"
136      >
137      <tbl:hidden 
138        name="mode" 
139        value="<%=mode.getName()%>" 
140      />
141      <tbl:hidden 
142        name="callback" 
143        value="<%=callback%>" 
144        skip="<%=callback == null%>" 
145      />
146      <tbl:columndef 
147        id="name"
148        property="name"
149        datatype="string"
150        title="Name"
151        sortable="true" 
152        filterable="true"
153        exportable="true"
154        show="always" 
155      />
156      <tbl:columndef 
157        id="id"
158        clazz="uniquecol"
159        property="id"
160        datatype="int"
161        title="ID"
162        sortable="true"
163        filterable="true"
164        exportable="true"
165      />
166      <tbl:columndef 
167        id="entryDate"
168        property="entryDate"
169        datatype="date"
170        title="Registered"
171        sortable="true" 
172        filterable="true"
173        exportable="true"
174        formatter="<%=dateFormatter%>"
175      />
176      <%
177      Enumeration<String, String> geometries = new Enumeration<String, String>();
178      ItemResultList<PlateGeometry> plateGeometries = geometryQuery.list(dc);
179      for (PlateGeometry pg : plateGeometries)
180      {
181        geometries.add(Integer.toString(pg.getId()), HTML.encodeTags(pg.getName()));
182      }
183      %>
184      <tbl:columndef 
185        id="geometry"
186        property="plateGeometry"
187        sortproperty="plateGeometry.name"
188        exportproperty="plateGeometry.name:string"
189        datatype="int"
190        enumeration="<%=geometries%>"
191        title="Geometry"
192        sortable="true" 
193        filterable="true"
194        exportable="true"
195      />
196      <tbl:columndef
197        id="plates"
198        title="Plates"
199        property="&plates(name)"
200        datatype="string"
201        filterable="true"
202        exportable="true"
203      />
204      <tbl:columndef 
205        id="owner"
206        property="owner.name"
207        datatype="string"
208        title="Owner"
209        sortable="true" 
210        filterable="true"
211        exportable="true"
212      />
213      <tbl:columndef 
214        id="description"
215        property="description"
216        datatype="string"
217        title="Description" 
218        sortable="true" 
219        filterable="true" 
220        exportable="true"
221      />
222      <tbl:columndef
223        id="sharedTo"
224        title="Shared to"
225        filterable="true"
226        filterproperty="!sharedTo.name"
227        datatype="string"
228      />
229      <tbl:columndef 
230        id="xt-columns" 
231        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
232        jspcontext="<%=jspContext%>" 
233      />
234      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
235        <tbl:toolbar
236          subclass="bottomborder"
237          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
238          >
239          <tbl:button 
240            id="btnNewItem"
241            disabled="<%=!createPermission%>" 
242            image="new.png" 
243            title="New&hellip;" 
244            tooltip="<%=createPermission ? "Create new plate type" : "You do not have permission to create plate types"%>" 
245          />
246          <tbl:button 
247            id="btnDeleteItems"
248            image="delete.png"
249            title="Delete" 
250            tooltip="Delete the selected items" 
251          />
252          <tbl:button 
253            id="btnRestoreItems"
254            image="restore.png"
255            title="Restore" 
256            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
257          />
258          <tbl:button 
259            id="btnShareItems"
260            image="share.png"
261            title="Share&hellip;" 
262            tooltip="Share the selected items"
263          />
264          <tbl:button 
265            id="btnSetOwner"
266            image="take_ownership.png"
267            title="Set owner&hellip;"
268            tooltip="Change owner of the selected items"
269          />
270          <tbl:button 
271            id="btnColumns"
272            image="columns.png" 
273            title="Columns&hellip;" 
274            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
275          />
276          <tbl:button 
277            id="btnImport"
278            data-plugin-type="IMPORT"
279            image="import.png" 
280            title="Import&hellip;" 
281            tooltip="Import data" 
282            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
283          />
284          <tbl:button 
285            id="btnExport"
286            data-plugin-type="EXPORT"
287            image="export.png" 
288            title="Export&hellip;" 
289            tooltip="Export data" 
290            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
291          />
292          <tbl:button 
293            id="btnRunPlugin"
294            data-plugin-type="OTHER"
295            image="runplugin.png" 
296            title="Run plugin&hellip;" 
297            tooltip="Run a plugin" 
298            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
299          />
300          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
301            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
302        </tbl:toolbar>
303        <tbl:panel>
304          <tbl:presetselector />
305          <tbl:navigator
306            page="<%=cc.getPage()%>" 
307            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
308            totalrows="<%=plateTypes == null ? 0 : plateTypes.getTotalCount()%>" 
309            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
310          />
311        </tbl:panel>
312      </div>
313      <tbl:data>
314        <tbl:headers>
315          <tbl:headerrow>
316            <tbl:header colspan="3" />
317            <tbl:columnheaders />
318          </tbl:headerrow>
319          <%
320          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
321          int numRows = cc.getFilterRows();
322          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
323          {
324            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
325            %>
326            <tbl:headerrow>
327              <tbl:header subclass="index" />
328              <tbl:header 
329                subclass="check" 
330                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
331                ><base:icon 
332                  id="check.uncheck"
333                  image="check_uncheck.png" 
334                  tooltip="Check/uncheck all" 
335                  visible="<%=lastRow%>"
336                /></tbl:header>
337              <tbl:header 
338                subclass="check" 
339                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
340                />
341              <tbl:header 
342                subclass="icons" 
343                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
344                >
345                <base:icon
346                  subclass="link table-filter-row-action"
347                  image="add.png"
348                  tooltip="Add extra filter row"
349                  visible="<%=lastRow%>"
350                /><base:icon
351                  subclass="link table-filter-row-action"
352                  image="remove.png"
353                  tooltip="Remove this filter row"
354                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
355                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
356                />
357              </tbl:header>
358              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
359            </tbl:headerrow>
360            <%
361          }
362          %>
363        </tbl:headers>
364        <tbl:rows>
365          <%
366          if (cc.getMessage() != null)
367          {
368            %>
369            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
370              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
371            </tbl:panel>
372            <%
373            cc.setMessage(null);
374          }
375          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
376          int selectedItemId = cc.getId();
377          if (plateTypes != null)
378          {
379            while (plateTypes.hasNext())
380            {
381              PlateType item = plateTypes.next();
382              int itemId = item.getId();
383             
384             
385              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
386              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
387              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
388              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
389              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
390                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
391              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
392              index++;
393              numListed++;
394              %>
395              <tbl:row>
396                <tbl:header 
397                  clazz="index"
398                  ><%=index%></tbl:header>
399                <tbl:header 
400                  clazz="check" 
401                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
402                  ><input 
403                    type="checkbox" 
404                    name="<%=itemId%>" 
405                    value="<%=itemId%>" 
406                    title="<%=name%>" 
407                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
408                  ></tbl:header>
409                <tbl:header 
410                  clazz="check" 
411                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
412                  ><input 
413                    type="radio" 
414                    name="item_id" 
415                    value="<%=itemId%>" 
416                    title="<%=name%>" 
417                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
418                  ></tbl:header>
419                <tbl:header 
420                  clazz="icons" 
421                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
422                  ><base:icon 
423                    image="deleted.png"
424                    id="<%="delete."+itemId %>"
425                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
426                    data-item-id="<%=itemId%>"
427                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
428                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
429                  /><base:icon 
430                    image="shared.png" 
431                    id="<%="share."+itemId %>"
432                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
433                    data-item-id="<%=itemId%>"
434                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
435                    visible="<%=item.isShared()%>"
436                  />&nbsp;</tbl:header>
437                <tbl:cell column="name"><div
438                  class="link table-item"
439                  data-item-id="<%=itemId%>"
440                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
441                  tabindex="0"
442                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
443                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
444                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
445                <tbl:cell column="geometry"
446                  ><base:propertyvalue 
447                    item="<%=item%>" 
448                    property="plateGeometry"
449                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
450                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
451                  /></tbl:cell>
452                <tbl:cell column="owner"
453                  ><base:propertyvalue 
454                    item="<%=item%>" 
455                    property="owner"
456                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
457                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
458                  /></tbl:cell>
459                <tbl:cell column="plates">
460                  <%
461                  plateQuery.setParameter("plateType", itemId, Type.INT);
462                  try
463                  {
464                    String separator = "";
465                    for (Plate p : plateQuery.list(dc))
466                    {
467                      out.write(separator);
468                      if (mode.hasPropertyLink())
469                      {
470                        out.write(Base.getLinkedName(ID, p, false, mode.hasEditLink()));
471                      }
472                      else
473                      {
474                        out.write(HTML.encodeTags(p.getName()));
475                      }
476                      separator = ", ";
477                    }
478                  }
479                  catch (Throwable t)
480                  {
481                    %>
482                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
483                    <%
484                  }
485                  %>
486                </tbl:cell>
487                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
488                <tbl:cell column="sharedTo">
489                  <%
490                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
491                  while(sharees.hasNext())
492                  {
493                    Nameable n = sharees.next();
494                    if (mode.hasPropertyLink())
495                    {
496                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
497                    }
498                    else
499                    {
500                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
501                    }
502                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
503                  }
504                  %>
505                </tbl:cell>
506                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
507                  <tbl:cell column="xt-columns" />
508                </tbl:xt-cells>
509              </tbl:row>
510              <%
511              }
512            }
513          if (numListed == 0)
514          {
515            %>
516            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
517              <div class="messagecontainer note">
518              <%=plateTypes == null || plateTypes.getTotalCount() == 0 ? "No plate types were found" : "No plate types on this page. Please select another page!" %>
519              </div>
520            </tbl:panel>
521            <%
522          }
523          %>
524        </tbl:rows>
525      </tbl:data>
526    </tbl:table>
527    </div>
528   
529    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
530      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
531      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
532      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
533    </base:buttongroup>
534   
535  </base:body>
536  </base:page>
537  <%
538}
539finally
540{
541  if (plateTypes != null) plateTypes.close();
542  if (dc != null) dc.close();
543}
544%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.