source: trunk/www/plugins/net/sf/basedb/plugins/jep_extra_value_calculator.jsp @ 3518

Last change on this file since 3518 was 3518, checked in by Nicklas Nordborg, 16 years ago

Fixes #637
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 9.5 KB
Line 
1<%-- $Id: jep_extra_value_calculator.jsp 3518 2007-06-20 06:48:57Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) Authors contributing to this file.
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 2
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
34  import="net.sf.basedb.core.Formula"
35  import="net.sf.basedb.core.Job"
36  import="net.sf.basedb.core.ExtraValueType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
42  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
43  import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
44  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
45  import="net.sf.basedb.util.Values"
46  import="java.util.List"
47%>
48<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
49<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
50<%!
51private static void addFormulaOption(StringBuilder options, String formula, String title, String description)
52{
53  options.append("<option value=\"").append(HTML.encodeTags(formula)).append("\"");
54  options.append(" title=\"").append(HTML.encodeTags(description)).append("\"");
55  options.append(">").append(HTML.encodeTags(title)).append("\n");
56}
57%>
58<%
59final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
60final String ID = sc.getId();
61ItemContext cc = sc.getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET);
62ItemContext realContext = (ItemContext)sc.getSessionSetting("plugin.configure.currentContext");
63if (realContext == null) realContext = cc;
64DbControl dc = null;
65try
66{
67  String errorMessage = (String)sc.getSessionSetting("plugin.configure.errors.message");
68  List<Throwable> errors = (List<Throwable>)sc.getSessionSetting("plugin.configure.errors.list");
69 
70  dc = sc.newDbControl();
71  Job job = (Job)sc.getSessionSetting("plugin.configure.job");
72  dc.reattachItem(job);
73  BioAssaySet source = null;
74  if (job != null) source = (BioAssaySet)job.getParameterValue("source");
75  if (source == null && cc.getId() != 0) source = BioAssaySet.getById(dc, cc.getId());
76  if (source == null) throw new WebException("popup", "No current bioassay set", 
77    "Could not find any current bioassay set. Please select a bioassay set before trying again");
78  source = BioAssaySet.getById(dc, source.getId());
79  int maxRawMappings = source.getMaxRawMappingsForSpot();
80
81  RawDataType rdt = source.getRawDataType();
82 
83  // Current parameter values
84  ExtraValueType currentExtraValueType = (ExtraValueType)job.getParameterValue("extraValueType");
85  String expression = (String)job.getParameterValue("expression");
86 
87 
88  // Predefined formulas
89  ItemQuery<Formula> formulaQuery = Formula.getQuery(Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, rdt);
90  formulaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
91  formulaQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
92  ItemResultList<Formula> formulas = formulaQuery.list(dc);
93  StringBuilder formulaOptions = new StringBuilder();
94  for (Formula f : formulas)
95  {
96    String formula = f.getFormula(0);
97    if (maxRawMappings == 1 || !formula.contains("raw("))
98    {
99      addFormulaOption(formulaOptions, formula, f.getName(), f.getDescription());
100    }
101  }
102 
103  // Load recently used items
104  List<ExtraValueType> recentExtraValueTypes = (List<ExtraValueType>)realContext.getRecent(dc, Item.EXTRAVALUETYPE);
105  %>
106  <base:page type="popup" title="Calculate extra value">
107  <base:head styles="parameters.css">
108    <script language="JavaScript">
109    function hideErrorList()
110    {
111      Main.hide('errorlist');
112      Main.show('showerrorlist');
113    }
114    function showErrorList()
115    {
116      Main.show('errorlist');
117      Main.hide('showerrorlist');
118    }
119    function selectExtraValueTypeOnClick()
120    {
121      var frm = document.forms['extraValue'];
122      var url = '../../admin/extravaluetypes/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateContext&mode=selectone&callback=setExtraValueTypeCallback';
123      if (frm['parameter:extraValueType'].length > 1)
124      {
125        var id = Math.abs(parseInt(frm['parameter:extraValueType'][1].value));
126        url += '&item_id='+id;
127      }
128      Main.openPopup(url, 'SelectExtraValueType', 1000, 700);
129    }
130    function setExtraValueTypeCallback(id, name)
131    {
132      var frm = document.forms['extraValue'];
133      var list = frm['parameter:extraValueType'];
134      if (list.length < 1 || list[0].value == '0') // >
135      {
136        Forms.addListOption(list, 0, new Option());
137      }
138      list[0].value = id;
139      list[0].text = name;
140      list.selectedIndex = 0;
141    }
142   
143    function presetOnChange(list, formula, label)
144    {
145      var index = list.selectedIndex;
146      formula.value = list[index].value;
147      if (list[index].value != '' && label) label.value = list[index].text;
148    }
149    function openExpressionBuilder()
150    {
151      Main.expressionBuilder('<%=ID%>', 'Expression', 'extraValue', 'parameter:expression', 'COLUMN_EXPRESSION', '<%=rdt.getId()%>', <%=rdt.getChannels()%>, false, <%=source.getId()%>);
152    }
153    function validate()
154    {
155      var frm = document.forms['extraValue'];
156      if (frm['parameter:extraValueType'].selectedIndex < 0)
157      {
158        alert('You must select a type');
159        return false;
160      }
161      else if (Main.trimString(frm['parameter:expression'].value) == '')
162      {
163        alert('You must enter an expression for the extra value');
164        frm['parameter:expression'].focus();
165        return false;
166      }
167      <%
168      if (maxRawMappings != 1)
169      {
170        %>
171        else if (frm['parameter:expression'].value.search(/raw\(/) != -1)
172        {
173          alert('Can\'t use function raw() for bioassaysets with multiple mappings to raw data');
174          frm['parameter:expression'].focus();
175          return false;
176        }
177        <%
178      }
179      %>
180      return true;
181    }
182    function doNext()
183    {
184      if (validate())
185      {
186        var frm = document.forms['extraValue'];
187        frm.submit();
188      }
189    }   
190    function doCancel()
191    {
192      location = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=CancelWizard';
193    }
194    </script>
195  </base:head>
196  <base:body>
197    <form name="extraValue" action="index.jsp" method="get" onsubmit="return false;">
198    <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
199    <input type="hidden" name="requestId" value="<%=request.getParameter("requestId")%>">
200    <input type="hidden" name="cmd" value="SetParameters">
201    <input type="hidden" name="parameter:source" value="<%=source.getId()%>">
202   
203    <h3 class="docked">Calculate extra value <base:help helpid="jepextravaluecalculator.options"/></h3>
204    <div class="boxed">
205   
206    <%
207    if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
208    {
209      %>
210      <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;" class="parameterhelp">
211        <div class="error" style="margin: 0px;">
212        <%=errorMessage %>
213        </div>
214        <%
215        if (errors != null && errors.size() > 0)
216        {
217          %>
218          <div id="showerrorlist" style="display: none;">
219            <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:showErrorList()">Show details</a>
220          </div>
221          <div id="errorlist">
222          <ol>
223          <%
224          for (Throwable t : errors)
225          {
226            %>
227            <li><%=t.getMessage()%><br>
228            <%
229          }
230          %>
231          </ol>
232          <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:hideErrorList()">Hide details</a>
233          </div>
234          <%
235        }
236        %>
237      </div>
238      <%
239    }
240    %>
241
242      <table class="form" width="100%">
243      <tr valign="top">
244        <td class="prompt">Source bioassay set</td>
245        <td><%=HTML.encodeTags(source.getName())%></td>
246      </tr>
247      <tr>
248        <td class="prompt">Extra value type</td>
249        <td>
250          <base:select 
251            id="parameter:extraValueType"
252            clazz="selectionlist"
253            required="true"
254            current="<%=currentExtraValueType%>"
255            recent="<%=recentExtraValueTypes%>"
256            newitem="true"
257            onselect="selectExtraValueTypeOnClick()"
258          />
259        </td>
260      </tr>
261     
262      <tr>
263        <td class="prompt">Expression</td>
264        <td>
265        <select name="presets" style="width: 32em;"
266          onchange="presetOnChange(this, this.form['parameter:expression'])" 
267          >
268          <option value="">- select from list or enter formula below -
269          <%=formulaOptions.toString()%>
270        </select>
271        </td>
272      </tr>
273     
274      <tr valign="top">
275        <td>&nbsp;</td>
276        <td>
277          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
278          <tr valign="top">
279          <td>
280            <textarea class="text required" name="parameter:expression" 
281              rows="4" cols="50"><%=HTML.encodeTags(expression)%></textarea>&nbsp;
282          </td>
283          <td><base:button onclick="openExpressionBuilder()" 
284            title="Expression builder&hellip;" 
285            image="expression_builder.gif"
286            tooltip="A simple utility for building expressions" />
287          </td>
288          </tr>
289          </table>
290        </td>
291      </tr>
292      </table>
293    </div>
294    </form>
295 
296    <table align="center">
297    <tr>
298      <td width="50%"><base:button onclick="doNext();" title="Next" /></td>
299      <td width="50%"><base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" /></td>
300    </tr>
301    </table>
302  </base:body>
303  </base:page>
304  <%
305}
306finally
307{
308  if (dc != null) dc.close();
309}%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.