source: trunk/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 5952

Last change on this file since 5952 was 5952, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

List page in the View menu

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 5952 2012-02-10 12:27:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
41  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
52  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
53  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="java.util.Iterator"
67  import="java.util.List"
68  import="java.util.Map"
69  import="java.util.Date"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
80final String ID = sc.getId();
81final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
82final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
90ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
91try
92{
93  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
94  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
95
96  // Query for child bioassays to the current bioassay
97  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
98  childQuery.include(cc.getInclude());
99  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("bioAssay")));
100  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
101
102  // Query for raw bioassays to the current bioassay
103  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
104  rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
105  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
106  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
107 
108  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
109  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
110  try
111  {
112    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
113    bioAssays = query.iterate(dc);
114  }
115  catch (Throwable t)
116  {
117    cc.setMessage(t.getMessage());
118    t.printStackTrace();
119  }
120  int numListed = 0;
121  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
122  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
123  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
124  %>
125  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
126  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css,toolbar.css">
127    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
128    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
129    <script language="JavaScript">
130    var submitPage = 'index.jsp';
131    var formId = 'bioassays';
132    function newItem()
133    {
134      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
135    }
136    function editItem(itemId)
137    {
138      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
139    }
140    function viewItem(itemId)
141    {
142      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
143    }
144    function itemOnClick(evt, itemId)
145    {
146      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
147    }
148    function deleteItems()
149    {
150      var frm = document.forms[formId];
151      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
152      {
153        alert('Please select at least one item in the list');
154        return;
155      }
156      frm.action = submitPage;
157      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
158      frm.submit();
159    }
160    function restoreItems()
161    {
162      var frm = document.forms[formId];
163      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
164      {
165        alert('Please select at least one item in the list');
166        return;
167      }
168      frm.action = submitPage;
169      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
170      frm.submit();
171    }
172    function deleteItemPermanently(itemId)
173    {
174      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
175    }
176    function setOwner()
177    {
178      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
179    }
180    function shareItem(itemId)
181    {
182      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareItem', 600, 400);
183    }
184    function shareItems()
185    {
186      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
187    }
188    function configureColumns()
189    {
190      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
191    }
192    function runPlugin(cmd)
193    {
194      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
195    }
196    function returnSelected()
197    {
198      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
199      window.close();
200    }
201    function presetOnChange()
202    {
203      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
204    }
205    function newChildBioAssay(parentId)
206    {
207      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&parent_id='+parentId);
208    }
209    function newRawBioAssay(parentId)
210    {
211      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'RAWBIOASSAY', 0, true, '&bioassay_id='+parentId);
212    }
213    </script>
214  </base:head>
215 
216  <base:body>
217    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
218    <div class="content">
219    <tbl:table 
220      id="bioassays" 
221      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
222      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
223      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
224      action="index.jsp"
225      sc="<%=sc%>"
226      item="<%=itemType%>"
227      subclass="fulltable"
228      >
229      <tbl:hidden 
230        name="mode" 
231        value="<%=mode.getName()%>" 
232      />
233      <tbl:hidden 
234        name="callback" 
235        value="<%=callback%>" 
236        skip="<%=callback == null%>" 
237      />
238      <tbl:columndef 
239        id="name"
240        property="name"
241        datatype="string"
242        title="Name"
243        sortable="true" 
244        filterable="true"
245        exportable="true"
246        show="always" 
247      />
248      <tbl:columndef 
249        id="itemSubtype"
250        property="itemSubtype"
251        sortproperty="itemSubtype.name"
252        exportproperty="itemSubtype.name:string"
253        datatype="int"
254        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
255        title="Type"
256        sortable="true" 
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef
261        id="id"
262        clazz="uniquecol"
263        property="id"
264        datatype="int"
265        title="ID"
266        sortable="true"
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="physicalBioAssay"
272        property="physicalBioAssay.name"
273        datatype="string"
274        title="Physical bioassay"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="parent"
281        property="parent.name"
282        datatype="string"
283        title="Parent bioassay"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287      />
288      <tbl:columndef
289        id="children"
290        title="Child bioassays"
291        property="&children(name)"
292        datatype="string"
293        filterable="true"
294        exportable="true"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="extract"
298        property="extract.name"
299        datatype="string"
300        title="Extract"
301        sortable="true" 
302        filterable="true"
303        exportable="true"
304      />
305      <tbl:columndef
306        id="rawBioAssays"
307        title="Raw bioassays"
308        property="&rawBioAssays(name)"
309        datatype="string"
310        filterable="true"
311        exportable="true"
312      />
313      <tbl:columndef 
314        id="plugin"
315        property="job.pluginDefinition.name"
316        datatype="string"
317        title="Plugin"
318        sortable="true" 
319        filterable="true"
320        exportable="true"
321      />
322      <tbl:columndef 
323        id="protocol"
324        property="protocol.name"
325        datatype="string"
326        title="Protocol"
327        sortable="true" 
328        filterable="true"
329        exportable="true"
330      />
331      <tbl:columndef
332        id="hardware"
333        property="hardware.name"
334        datatype="string"
335        title="Hardware"
336        sortable="true"
337        filterable="true"
338        exportable="true"
339      />
340      <tbl:columndef
341        id="software"
342        property="software.name"
343        datatype="string"
344        title="Software"
345        sortable="true"
346        filterable="true"
347        exportable="true"
348      />
349      <tbl:columndef 
350        id="entryDate"
351        property="entryDate"
352        datatype="date"
353        title="Registered"
354        sortable="true" 
355        filterable="true"
356        exportable="true"
357        formatter="<%=dateFormatter%>"
358      />
359      <tbl:columndef 
360        id="owner"
361        property="owner.name"
362        datatype="string"
363        title="Owner"
364        sortable="true" 
365        filterable="true"
366        exportable="true"
367      />
368      <tbl:columndef 
369        id="description"
370        property="description"
371        datatype="string"
372        title="Description" 
373        sortable="true" 
374        filterable="true" 
375        exportable="true"
376      />
377      <%
378      for (AnnotationType at : annotationTypes)
379      {
380        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
381        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
382        if (at.isEnumeration())
383        {
384          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
385          List<?> values = at.getValues();
386          for (Object value : values)
387          {
388            String encoded = formatter.format(value);
389            annotationEnum.add(encoded, encoded);
390          }
391        }
392        %>
393        <tbl:columndef 
394          id="<%="at"+at.getId()%>"
395          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
396          property="<%="#"+at.getId()%>"
397          annotation="true"
398          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
399          enumeration="<%=annotationEnum%>"
400          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
401          sortable="false" 
402          filterable="true" 
403          exportable="true"
404          formatter="<%=formatter%>"
405          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
406        />
407        <%
408      }
409      %>
410      <tbl:columndef
411        id="permission"
412        title="Permission"
413      />
414      <tbl:columndef
415        id="sharedTo"
416        title="Shared to"
417        filterable="true"
418        filterproperty="!sharedTo.name"
419        datatype="string"
420      />
421      <div class="panelgroup bottomborder">
422        <tbl:toolbar
423          subclass="bottomborder"
424          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
425          >
426          <tbl:button 
427            disabled="<%=!createPermission%>" 
428            image="new.png" 
429            onclick="newItem()" 
430            title="New&hellip;" 
431            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
432          />
433          <tbl:button 
434            image="delete.png"
435            onclick="deleteItems()" 
436            title="Delete" 
437            tooltip="Delete the selected items" 
438          />
439          <tbl:button 
440            image="restore.png"
441            onclick="restoreItems()" 
442            title="Restore" 
443            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
444          />
445          <tbl:button 
446            image="share.png"
447            onclick="shareItems()" 
448            title="Share&hellip;" 
449            tooltip="Share the selected items"
450          />
451          <tbl:button 
452            image="take_ownership.png"
453            onclick="setOwner()" 
454            title="Set owner&hellip;"
455            tooltip="Change owner of the selected items"
456          />
457          <tbl:button 
458            image="columns.png" 
459            onclick="configureColumns()" 
460            title="Columns&hellip;" 
461            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
462          />
463          <tbl:button 
464            image="import.png" 
465            onclick="runPlugin('ImportItems')" 
466            title="Import&hellip;" 
467            tooltip="Import data" 
468            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
469          />
470          <tbl:button 
471            image="export.png" 
472            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
473            title="Export&hellip;" 
474            tooltip="Export data" 
475            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
476          />
477          <tbl:button 
478            image="runplugin.png" 
479            onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
480            title="Run plugin&hellip;" 
481            tooltip="Run a plugin" 
482            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
483          />
484          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
485            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
486        </tbl:toolbar>
487        <tbl:panel>
488          <tbl:presetselector 
489            onchange="presetOnChange()"
490          />
491          <tbl:navigator
492            page="<%=cc.getPage()%>" 
493            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
494            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
495            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
496          />
497        </tbl:panel>
498      </div>
499      <tbl:data>
500        <tbl:headers>
501          <tbl:headerrow>
502            <tbl:header colspan="3" />
503            <tbl:columnheaders />
504          </tbl:headerrow>
505          <tbl:headerrow>
506            <tbl:header subclass="index" />
507            <tbl:header 
508              subclass="check" 
509              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
510              ><base:icon 
511                image="check_uncheck.png" 
512                tooltip="Check/uncheck all" 
513                onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" 
514              /></tbl:header>
515            <tbl:header 
516              subclass="check" 
517              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
518              />
519            <tbl:header 
520              subclass="icons" 
521              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
522              />
523            <tbl:propertyfilter />
524          </tbl:headerrow>
525        </tbl:headers>
526        <tbl:rows>
527          <%
528          if (cc.getMessage() != null)
529          {
530            %>
531            <tbl:panel clazz="messagepanel">
532              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
533            </tbl:panel>
534            <%
535            cc.setMessage(null);
536          }
537          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
538          int selectedItemId = cc.getId();
539          if (bioAssays != null)
540          {           
541            while (bioAssays.hasNext())
542            {
543              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
544              int itemId = item.getId();
545              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
546              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
547              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
548              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
549              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
550              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
551              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
552                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
553              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
554              index++;
555              numListed++;
556              %>
557              <tbl:row>
558                <tbl:header 
559                  clazz="index"
560                  ><%=index%></tbl:header>
561                <tbl:header 
562                  clazz="check" 
563                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
564                  ><input 
565                    type="checkbox" 
566                    name="<%=itemId%>" 
567                    value="<%=itemId%>" 
568                    title="<%=name%>" 
569                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
570                  ></tbl:header>
571                <tbl:header 
572                  clazz="check" 
573                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
574                  ><input 
575                    type="radio" 
576                    name="item_id" 
577                    value="<%=itemId%>" 
578                    title="<%=name%>" 
579                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
580                  ></tbl:header>
581                <tbl:header 
582                  clazz="icons" 
583                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
584                  ><base:icon 
585                    image="deleted.png"
586                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
587                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
588                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
589                  /><base:icon 
590                    image="shared.png" 
591                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
592                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
593                    visible="<%=item.isShared()%>"
594                  />&nbsp;</tbl:header>
595                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
596                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
597                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
598                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
599                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
600                    item="<%=item%>" 
601                    property="itemSubtype"
602                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
603                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
604                  /></tbl:cell>
605                <tbl:cell column="children">
606                  <%
607                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
608                  try
609                  {
610                    String separator = "";
611                    for (DerivedBioAssay child : childQuery.list(dc))
612                    {
613                      out.write(separator);
614                      if (mode.hasPropertyLink())
615                      {
616                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
617                      }
618                      else
619                      {
620                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
621                      }
622                      separator = ", ";
623                    }
624                  }
625                  catch (Throwable t)
626                  {
627                    %>
628                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
629                    <%
630                  }
631                  %>             
632                  <base:icon
633                    image="add.png" 
634                    onclick="<%="newChildBioAssay("+itemId+")"%>" 
635                    tooltip="Create new child bioassay" 
636                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
637                  />
638                </tbl:cell>
639                <tbl:cell column="rawBioAssays">
640                  <%
641                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
642                  try
643                  {
644                    String separator = "";
645                    for (RawBioAssay rba : rawBioAssayQuery.list(dc))
646                    {
647                      out.write(separator);
648                      if (mode.hasPropertyLink())
649                      {
650                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
651                      }
652                      else
653                      {
654                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
655                      }
656                      separator = ", ";
657                    }
658                  }
659                  catch (Throwable t)
660                  {
661                    %>
662                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
663                    <%
664                  }
665                  %>             
666                  <base:icon
667                    image="add.png" 
668                    onclick="<%="newRawBioAssay("+itemId+")"%>" 
669                    tooltip="Create new raw bioassay" 
670                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
671                  />
672                </tbl:cell>
673                <tbl:cell column="physicalBioAssay"
674                  ><base:propertyvalue 
675                    item="<%=item%>" 
676                    property="physicalBioAssay"
677                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
678                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
679                  /></tbl:cell>
680                <tbl:cell column="parent"
681                  ><base:propertyvalue 
682                    item="<%=item%>" 
683                    property="parent"
684                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
685                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
686                  /></tbl:cell>
687                <tbl:cell column="extract"
688                  ><base:propertyvalue 
689                    item="<%=item%>" 
690                    property="extract"
691                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
692                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
693                  /></tbl:cell>
694                <tbl:cell column="plugin"
695                  ><base:propertyvalue 
696                    item="<%=item%>" 
697                    property="job.pluginDefinition"
698                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
699                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
700                  /></tbl:cell>
701                <tbl:cell column="protocol"
702                  ><base:propertyvalue 
703                    item="<%=item%>" 
704                    property="protocol"
705                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
706                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
707                  /></tbl:cell>
708                <tbl:cell column="hardware"
709                  ><base:propertyvalue 
710                    item="<%=item%>"
711                    property="hardware"
712                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
713                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
714                  /></tbl:cell>
715                <tbl:cell column="hardware"
716                  ><base:propertyvalue 
717                    item="<%=item%>"
718                    property="software"
719                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
720                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
721                  /></tbl:cell>
722                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
723                <tbl:cell column="owner"
724                  ><base:propertyvalue 
725                    item="<%=item%>" 
726                    property="owner"
727                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
728                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
729                  /></tbl:cell>
730                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
731                <%
732                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
733                if (as != null)
734                {
735                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
736                  {
737                    if (as.hasAnnotation(at))
738                    {
739                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
740                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
741                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
742                      %>
743                      <tbl:cell 
744                        column="<%="at"+at.getId()%>"
745                        ><tbl:cellvalue 
746                          list="<%=a.getValues(null)%>"
747                          suffix="<%=suffix%>"
748                      /></tbl:cell>
749                      <%
750                    }
751                  }
752                }
753                %>
754                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
755                <tbl:cell column="sharedTo">
756                  <%
757                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
758                  while(sharees.hasNext())
759                  {
760                    Nameable n = sharees.next();
761                    if (mode.hasPropertyLink())
762                    {
763                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
764                    }
765                    else
766                    {
767                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
768                    }
769                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
770                  }
771                  %>
772                </tbl:cell>
773              </tbl:row>
774              <%
775              }
776            }
777          if (numListed == 0)
778          {
779            %>
780            <tbl:panel clazz="messagepanel">
781              <div class="messagecontainer note">
782              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
783              </div>
784            </tbl:panel>
785            <%
786          }
787          %>
788        </tbl:rows>
789      </tbl:data>
790    </tbl:table>
791    </div>
792   
793    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
794      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
795      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
796      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
797    </base:buttongroup>
798   
799  </base:body>
800  </base:page>
801  <%
802}
803finally
804{
805  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
806  if (dc != null) dc.close();
807}
808%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.