source: trunk/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 6604

Last change on this file since 6604 was 6604, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

References #1890: Improve skinnability of BASE

Updated table listings with some new css classes to make it easier to modify background color.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 25.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6604 2014-11-18 10:39:22Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
41  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
52  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
54  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
70  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="java.util.Iterator"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Date"
76  import="java.util.ArrayList"
77%>
78<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
79<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
84%>
85<%
86final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
87final String ID = sc.getId();
88final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
89final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
97List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
102  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
103  {
104    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
105  }
106  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
107
108  // Query for parent physical bioassays to the current bioassay
109  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalBioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
110  physicalBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
111  physicalBioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
112  physicalBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
113  physicalBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
114
115  // Query for parent bioassays to the current bioassay
116  final ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
117  parentQuery.include(cc.getInclude());
118  parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
119  parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter("bioAssay")));
120  parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
121
122  // Query for child bioassays to the current bioassay
123  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
124  childQuery.include(cc.getInclude());
125  childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
126  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter("bioAssay")));
127  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
128
129  // Query for raw bioassays to the current bioassay
130  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
131  rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
132  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
133  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
134 
135  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
136  try
137  {
138    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
139    bioAssays = query.iterate(dc);
140  }
141  catch (Throwable t)
142  {
143    cc.setMessage(t.getMessage());
144    t.printStackTrace();
145  }
146  int numListed = 0;
147  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
148  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
149  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
150  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
151  %>
152  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
153  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
154    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
155    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
156  </base:head>
157 
158  <base:body>
159    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
160    <div class="content">
161    <tbl:table 
162      id="bioassays" 
163      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
164      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
165      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
166      action="index.jsp"
167      sc="<%=sc%>"
168      item="<%=itemType%>"
169      subclass="fulltable"
170      >
171      <tbl:hidden 
172        name="mode" 
173        value="<%=mode.getName()%>" 
174      />
175      <tbl:hidden 
176        name="callback" 
177        value="<%=callback%>" 
178        skip="<%=callback == null%>" 
179      />
180      <tbl:columndef 
181        id="name"
182        property="name"
183        datatype="string"
184        title="Name"
185        sortable="true" 
186        filterable="true"
187        exportable="true"
188        show="always" 
189      />
190      <tbl:columndef 
191        id="itemSubtype"
192        property="itemSubtype"
193        sortproperty="itemSubtype.name"
194        exportproperty="itemSubtype.name:string"
195        datatype="int"
196        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
197        title="Type"
198        sortable="true" 
199        filterable="true"
200        exportable="true"
201      />
202      <tbl:columndef
203        id="id"
204        clazz="uniquecol"
205        property="id"
206        datatype="int"
207        title="ID"
208        sortable="true"
209        filterable="true"
210        exportable="true"
211      />
212      <tbl:columndef 
213        id="physicalBioAssays"
214        property="&physicalBioAssays(name)"
215        datatype="string"
216        title="Physical bioassays"
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="parents"
222        property="&parents(name)"
223        datatype="string"
224        title="Parent bioassays"
225        filterable="true"
226        exportable="true"
227      />
228      <tbl:columndef
229        id="children"
230        title="Child bioassays"
231        property="&children(name)"
232        datatype="string"
233        filterable="true"
234        exportable="true"
235      />
236      <tbl:columndef 
237        id="extract"
238        property="extract.name"
239        datatype="string"
240        title="Extract"
241        sortable="true" 
242        filterable="true"
243        exportable="true"
244      />
245      <tbl:columndef
246        id="rawBioAssays"
247        title="Raw bioassays"
248        property="&rawBioAssays(name)"
249        datatype="string"
250        filterable="true"
251        exportable="true"
252      />
253      <tbl:columndef 
254        id="plugin"
255        property="job.pluginDefinition.name"
256        datatype="string"
257        title="Plugin"
258        sortable="true" 
259        filterable="true"
260        exportable="true"
261      />
262      <tbl:columndef 
263        id="protocol"
264        property="protocol.name"
265        datatype="string"
266        title="Protocol"
267        sortable="true" 
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270      />
271      <tbl:columndef
272        id="hardware"
273        property="hardware.name"
274        datatype="string"
275        title="Hardware"
276        sortable="true"
277        filterable="true"
278        exportable="true"
279      />
280      <tbl:columndef
281        id="software"
282        property="software.name"
283        datatype="string"
284        title="Software"
285        sortable="true"
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="entryDate"
291        property="entryDate"
292        datatype="date"
293        title="Registered"
294        sortable="true" 
295        filterable="true"
296        exportable="true"
297        formatter="<%=dateFormatter%>"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="owner"
301        property="owner.name"
302        datatype="string"
303        title="Owner"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="description"
310        property="description"
311        datatype="string"
312        title="Description" 
313        sortable="true" 
314        filterable="true" 
315        exportable="true"
316      />
317      <%
318      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
319      {
320        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
321        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
322        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
323        if (at.isEnumeration())
324        {
325          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
326          List<?> values = at.getValues();
327          for (Object value : values)
328          {
329            String encoded = formatter.format(value);
330            annotationEnum.add(encoded, encoded);
331          }
332        }
333        %>
334        <tbl:columndef 
335          id="<%="at"+at.getId()%>"
336          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
337          property="<%="#"+at.getId()%>"
338          annotation="true"
339          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
340          enumeration="<%=annotationEnum%>"
341          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
342          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
343          filterable="true" 
344          exportable="true"
345          formatter="<%=formatter%>"
346          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
347        />
348        <%
349      }
350      %>
351      <tbl:columndef
352        id="permission"
353        title="Permission"
354      />
355      <tbl:columndef
356        id="sharedTo"
357        title="Shared to"
358        filterable="true"
359        filterproperty="!sharedTo.name"
360        datatype="string"
361      />
362      <tbl:columndef 
363        id="xt-columns" 
364        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
365        jspcontext="<%=jspContext%>" 
366      />
367      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
368        <tbl:toolbar
369          subclass="bottomborder"
370          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
371          >
372          <tbl:button 
373            id="btnNewItem"
374            disabled="<%=!createPermission%>" 
375            image="new.png" 
376            title="New&hellip;" 
377            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
378          />
379          <tbl:button 
380            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
381            disabled="<%=!createPermission%>" 
382            image="new_pooled.png" 
383            title="Merge&hellip;" 
384            tooltip="<%=createPermission ? "Create new merged bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassay"%>" 
385          />
386          <tbl:button 
387            id="btnDeleteItems"
388            image="delete.png"
389            title="Delete" 
390            tooltip="Delete the selected items" 
391          />
392          <tbl:button 
393            id="btnRestoreItems"
394            image="restore.png"
395            title="Restore" 
396            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
397          />
398          <tbl:button 
399            id="btnShareItems"
400            image="share.png"
401            title="Share&hellip;" 
402            tooltip="Share the selected items"
403          />
404          <tbl:button 
405            id="btnSetOwner"
406            image="take_ownership.png"
407            title="Set owner&hellip;"
408            tooltip="Change owner of the selected items"
409          />
410          <tbl:button 
411            id="btnColumns"
412            image="columns.png" 
413            title="Columns&hellip;" 
414            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
415          />
416          <tbl:button 
417            id="btnImport"
418            data-plugin-type="IMPORT"
419            image="import.png" 
420            title="Import&hellip;" 
421            tooltip="Import data" 
422            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
423          />
424          <tbl:button 
425            id="btnExport"
426            data-plugin-type="EXPORT"
427            image="export.png" 
428            title="Export&hellip;" 
429            tooltip="Export data" 
430            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
431          />
432          <tbl:button 
433            id="btnRunPlugin"
434            data-plugin-type="OTHER"
435            image="runplugin.png" 
436            title="Run plugin&hellip;" 
437            tooltip="Run a plugin" 
438            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
439          />
440          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
441            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
442        </tbl:toolbar>
443        <tbl:panel>
444          <tbl:presetselector />
445          <tbl:navigator
446            page="<%=cc.getPage()%>" 
447            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
448            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
449            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
450          />
451        </tbl:panel>
452      </div>
453      <tbl:data>
454        <tbl:headers>
455          <tbl:headerrow>
456            <tbl:header colspan="3" />
457            <tbl:columnheaders />
458          </tbl:headerrow>
459          <tbl:headerrow>
460            <tbl:header subclass="index" />
461            <tbl:header 
462              subclass="check" 
463              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
464              ><base:icon 
465                id="check.uncheck"
466                image="check_uncheck.png" 
467                tooltip="Check/uncheck all" 
468                 
469              /></tbl:header>
470            <tbl:header 
471              subclass="check" 
472              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
473              />
474            <tbl:header 
475              subclass="icons" 
476              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
477              />
478            <tbl:propertyfilter />
479          </tbl:headerrow>
480        </tbl:headers>
481        <tbl:rows>
482          <%
483          if (cc.getMessage() != null)
484          {
485            %>
486            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
487              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
488            </tbl:panel>
489            <%
490            cc.setMessage(null);
491          }
492          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
493          int selectedItemId = cc.getId();
494          if (bioAssays != null)
495          {           
496            while (bioAssays.hasNext())
497            {
498              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
499              int itemId = item.getId();
500              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
501             
502             
503              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
504              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
505              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
506              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
507                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
508              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
509              index++;
510              numListed++;
511              %>
512              <tbl:row>
513                <tbl:header 
514                  clazz="index"
515                  ><%=index%></tbl:header>
516                <tbl:header 
517                  clazz="check" 
518                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
519                  ><input 
520                    type="checkbox" 
521                    name="<%=itemId%>" 
522                    value="<%=itemId%>" 
523                    title="<%=name%>" 
524                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
525                  ></tbl:header>
526                <tbl:header 
527                  clazz="check" 
528                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
529                  ><input 
530                    type="radio" 
531                    name="item_id" 
532                    value="<%=itemId%>" 
533                    title="<%=name%>" 
534                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
535                  ></tbl:header>
536                <tbl:header 
537                  clazz="icons" 
538                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
539                  ><base:icon 
540                    image="deleted.png"
541                    id="<%="delete."+itemId %>"
542                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
543                    data-item-id="<%=itemId%>"
544                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
545                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
546                  /><base:icon 
547                    image="shared.png" 
548                    id="<%="share."+itemId %>"
549                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
550                    data-item-id="<%=itemId%>"
551                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
552                    visible="<%=item.isShared()%>"
553                  />&nbsp;</tbl:header>
554                <tbl:cell column="name"><div 
555                  class="link table-item"
556                  data-item-id="<%=itemId%>"
557                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
558                  tabindex="0"
559                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
560                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
561                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
562                    item="<%=item%>" 
563                    property="itemSubtype"
564                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
565                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
566                  /></tbl:cell>
567                <tbl:cell column="children">
568                  <%
569                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
570                  try
571                  {
572                    String separator = "";
573                    for (DerivedBioAssay child : childQuery.list(dc))
574                    {
575                      out.write(separator);
576                      if (mode.hasPropertyLink())
577                      {
578                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
579                      }
580                      else
581                      {
582                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
583                      }
584                      separator = ", ";
585                    }
586                  }
587                  catch (Throwable t)
588                  {
589                    %>
590                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
591                    <%
592                  }
593                  %>             
594                  <base:icon
595                    subclass="link auto-init"
596                    data-auto-init="new-child-bioassay"
597                    data-item-id="<%=itemId %>"
598                    image="add.png" 
599                    tooltip="Create new child bioassay" 
600                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
601                  />
602                </tbl:cell>
603                <tbl:cell column="rawBioAssays">
604                  <%
605                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
606                  try
607                  {
608                    String separator = "";
609                    for (RawBioAssay rba : rawBioAssayQuery.list(dc))
610                    {
611                      out.write(separator);
612                      if (mode.hasPropertyLink())
613                      {
614                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
615                      }
616                      else
617                      {
618                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
619                      }
620                      separator = ", ";
621                    }
622                  }
623                  catch (Throwable t)
624                  {
625                    %>
626                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
627                    <%
628                  }
629                  %>             
630                  <base:icon
631                    subclass="link auto-init"
632                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
633                    data-item-id="<%=itemId %>"
634                    image="add.png" 
635                    tooltip="Create new raw bioassay" 
636                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
637                  />
638                </tbl:cell>
639                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
640                  <%
641                  physicalBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
642                  try
643                  {
644                    String separator = "";
645                    for (PhysicalBioAssay pba : physicalBioAssayQuery.list(dc))
646                    {
647                      out.write(separator);
648                      if (mode.hasPropertyLink())
649                      {
650                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
651                      }
652                      else
653                      {
654                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
655                      }
656                      separator = ", ";
657                    }
658                  }
659                  catch (Throwable t)
660                  {
661                    %>
662                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
663                    <%
664                  }
665                  %>             
666                </tbl:cell>
667                <tbl:cell column="parents">
668                  <%
669                  if (!item.isRoot())
670                  {
671                    parentQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
672                    try
673                    {
674                      String separator = "";
675                      for (DerivedBioAssay dba : parentQuery.list(dc))
676                      {
677                        out.write(separator);
678                        if (mode.hasPropertyLink())
679                        {
680                          out.write(Base.getLinkedName(ID, dba, false, mode.hasEditLink()));
681                        }
682                        else
683                        {
684                          out.write(HTML.encodeTags(dba.getName()));
685                        }
686                        separator = ", ";
687                      }
688                    }
689                    catch (Throwable t)
690                    {
691                      %>
692                      <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
693                      <%
694                    }
695                  }
696                  %>             
697                </tbl:cell>
698                <tbl:cell column="extract"
699                  ><base:propertyvalue 
700                    item="<%=item%>" 
701                    property="extract"
702                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
703                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
704                  /></tbl:cell>
705                <tbl:cell column="plugin"
706                  ><base:propertyvalue 
707                    item="<%=item%>" 
708                    property="job.pluginDefinition"
709                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
710                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
711                  /></tbl:cell>
712                <tbl:cell column="protocol"
713                  ><base:propertyvalue 
714                    item="<%=item%>" 
715                    property="protocol"
716                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
717                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
718                  /></tbl:cell>
719                <tbl:cell column="hardware"
720                  ><base:propertyvalue 
721                    item="<%=item%>"
722                    property="hardware"
723                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
724                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
725                  /></tbl:cell>
726                <tbl:cell column="software"
727                  ><base:propertyvalue 
728                    item="<%=item%>"
729                    property="software"
730                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
731                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
732                  /></tbl:cell>
733                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
734                <tbl:cell column="owner"
735                  ><base:propertyvalue 
736                    item="<%=item%>" 
737                    property="owner"
738                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
739                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
740                  /></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
742                <%
743                if (item.isAnnotated())
744                {
745                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
746                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
747                  {
748                    if (loader.find(snapshot))
749                    {
750                      %>
751                      <tbl:cell 
752                        column="<%="at"+loader.getId()%>"
753                        ><tbl:cellvalue 
754                          list="<%=loader.getValues()%>"
755                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
756                      /></tbl:cell>
757                      <%
758                    }
759                  }
760                }
761                %>
762                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
763                <tbl:cell column="sharedTo">
764                  <%
765                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
766                  while(sharees.hasNext())
767                  {
768                    Nameable n = sharees.next();
769                    if (mode.hasPropertyLink())
770                    {
771                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
772                    }
773                    else
774                    {
775                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
776                    }
777                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
778                  }
779                  %>
780                </tbl:cell>
781                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
782                  <tbl:cell column="xt-columns" />
783                </tbl:xt-cells>
784              </tbl:row>
785              <%
786              }
787            }
788          if (numListed == 0)
789          {
790            %>
791            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
792              <div class="messagecontainer note">
793              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
794              </div>
795            </tbl:panel>
796            <%
797          }
798          %>
799        </tbl:rows>
800      </tbl:data>
801    </tbl:table>
802    </div>
803   
804    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
805      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
806      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
807      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
808    </base:buttongroup>
809   
810  </base:body>
811  </base:page>
812  <%
813}
814finally
815{
816  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
817  if (dc != null) dc.close();
818}
819%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.